# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.178 0.150 0.029 0.027 0.008 0.020 0.080 0.005 0.001 0.007 0.495 2 D 0.014 0.074 0.003 0.008 0.003 0.004 0.099 0.002 0.001 0.001 0.793 3 E 0.026 0.112 0.001 0.004 0.002 0.004 0.223 0.002 0.001 0.004 0.620 4 L 0.055 0.503 0.002 0.004 0.003 0.008 0.178 0.004 0.001 0.006 0.236 5 E 0.022 0.839 0.001 0.002 0.001 0.003 0.065 0.003 0.001 0.002 0.062 6 L 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.048 7 R 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 8 I 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 9 R 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 10 K 0.019 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 11 A 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 12 E 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.018 13 K 0.021 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.061 14 L 0.016 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 15 V 0.028 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 16 Q 0.008 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 17 D 0.021 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.065 18 A 0.043 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 19 K 0.016 0.915 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.047 20 K 0.028 0.866 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.086 21 E 0.033 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.053 22 F 0.035 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.025 23 E 0.029 0.875 0.017 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.058 24 M 0.053 0.829 0.006 0.002 0.001 0.003 0.012 0.025 0.001 0.001 0.068 25 G 0.368 0.390 0.011 0.003 0.002 0.001 0.013 0.045 0.001 0.003 0.165 26 L 0.150 0.299 0.304 0.003 0.002 0.002 0.062 0.004 0.001 0.006 0.167 27 Y 0.011 0.385 0.050 0.027 0.016 0.023 0.070 0.009 0.001 0.001 0.407 28 E 0.032 0.483 0.002 0.042 0.012 0.022 0.061 0.007 0.001 0.004 0.336 29 R 0.031 0.613 0.002 0.006 0.004 0.006 0.055 0.005 0.001 0.002 0.276 30 C 0.038 0.855 0.003 0.007 0.003 0.006 0.021 0.005 0.001 0.001 0.061 31 C 0.019 0.908 0.002 0.004 0.001 0.003 0.011 0.004 0.001 0.001 0.046 32 S 0.009 0.923 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.054 33 T 0.010 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.068 34 A 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.030 35 Y 0.008 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.018 36 Y 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 37 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 38 M 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 39 F 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 40 H 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 41 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 42 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 K 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 45 M 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 46 L 0.016 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 47 L 0.008 0.943 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.004 48 G 0.241 0.601 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.001 0.001 0.054 49 Y 0.132 0.199 0.216 0.007 0.002 0.002 0.008 0.119 0.001 0.001 0.314 50 G 0.162 0.012 0.031 0.014 0.004 0.003 0.046 0.131 0.001 0.006 0.591 51 R 0.042 0.001 0.778 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.156 52 D 0.010 0.003 0.002 0.065 0.016 0.018 0.173 0.002 0.001 0.001 0.710 53 S 0.022 0.001 0.001 0.030 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.002 0.923 54 K 0.037 0.005 0.001 0.043 0.007 0.013 0.458 0.001 0.001 0.012 0.424 55 T 0.266 0.010 0.002 0.040 0.010 0.014 0.355 0.002 0.001 0.054 0.246 56 H 0.306 0.076 0.004 0.080 0.010 0.015 0.178 0.002 0.001 0.024 0.304 57 R 0.068 0.068 0.007 0.039 0.017 0.024 0.212 0.002 0.001 0.019 0.543 58 G 0.086 0.107 0.006 0.048 0.043 0.063 0.231 0.003 0.001 0.014 0.399 59 T 0.065 0.230 0.009 0.044 0.065 0.127 0.140 0.004 0.001 0.007 0.310 60 I 0.027 0.391 0.003 0.046 0.108 0.180 0.050 0.003 0.001 0.003 0.189 61 Y 0.037 0.446 0.002 0.024 0.056 0.123 0.045 0.004 0.001 0.003 0.261 62 L 0.076 0.482 0.004 0.014 0.030 0.045 0.030 0.008 0.001 0.002 0.309 63 I 0.062 0.627 0.010 0.019 0.023 0.054 0.028 0.009 0.001 0.003 0.165 64 W 0.049 0.560 0.012 0.016 0.019 0.053 0.044 0.013 0.001 0.004 0.231 65 E 0.051 0.448 0.006 0.009 0.014 0.021 0.032 0.011 0.001 0.002 0.407 66 C 0.109 0.534 0.006 0.007 0.011 0.012 0.030 0.010 0.001 0.002 0.278 67 R 0.076 0.646 0.012 0.009 0.013 0.025 0.035 0.006 0.001 0.002 0.176 68 E 0.030 0.705 0.005 0.014 0.026 0.038 0.018 0.008 0.001 0.001 0.156 69 E 0.112 0.598 0.006 0.005 0.012 0.025 0.020 0.010 0.001 0.002 0.211 70 L 0.141 0.450 0.011 0.011 0.024 0.032 0.029 0.033 0.001 0.002 0.267 71 G 0.281 0.146 0.017 0.016 0.019 0.016 0.054 0.077 0.001 0.008 0.366 72 L 0.170 0.050 0.375 0.012 0.011 0.018 0.048 0.005 0.001 0.007 0.303 73 S 0.020 0.024 0.013 0.048 0.046 0.061 0.129 0.007 0.001 0.002 0.651 74 D 0.048 0.008 0.004 0.026 0.010 0.014 0.055 0.002 0.001 0.004 0.830 75 D 0.034 0.011 0.003 0.013 0.007 0.010 0.098 0.001 0.001 0.005 0.817 76 D 0.085 0.013 0.002 0.020 0.016 0.023 0.468 0.003 0.001 0.030 0.340 77 C 0.369 0.061 0.008 0.046 0.017 0.032 0.177 0.003 0.001 0.030 0.257 78 S 0.097 0.193 0.006 0.095 0.078 0.078 0.139 0.004 0.001 0.008 0.302 79 K 0.049 0.099 0.005 0.025 0.029 0.038 0.076 0.003 0.001 0.005 0.672 80 L 0.136 0.175 0.010 0.047 0.056 0.134 0.082 0.007 0.001 0.009 0.344 81 S 0.098 0.168 0.010 0.057 0.069 0.114 0.142 0.011 0.001 0.010 0.320 82 R 0.088 0.109 0.010 0.024 0.041 0.057 0.108 0.006 0.001 0.006 0.550 83 A 0.079 0.110 0.013 0.038 0.027 0.056 0.079 0.005 0.001 0.006 0.587 84 F 0.054 0.125 0.006 0.038 0.029 0.058 0.165 0.005 0.001 0.008 0.512 85 D 0.090 0.156 0.004 0.015 0.017 0.027 0.141 0.006 0.001 0.006 0.537 86 L 0.138 0.382 0.006 0.014 0.018 0.023 0.061 0.006 0.001 0.004 0.348 87 R 0.089 0.398 0.005 0.013 0.020 0.039 0.089 0.008 0.001 0.007 0.332 88 E 0.152 0.330 0.010 0.005 0.010 0.022 0.069 0.011 0.001 0.005 0.385 89 E 0.265 0.370 0.011 0.008 0.011 0.014 0.027 0.021 0.001 0.004 0.270 90 S 0.213 0.352 0.020 0.009 0.014 0.017 0.056 0.015 0.001 0.005 0.300 91 D 0.058 0.174 0.016 0.010 0.016 0.019 0.058 0.010 0.001 0.003 0.637 92 Y 0.071 0.214 0.011 0.020 0.019 0.038 0.085 0.008 0.001 0.006 0.527 93 G 0.123 0.172 0.006 0.016 0.017 0.027 0.192 0.011 0.001 0.013 0.424 94 I 0.185 0.319 0.016 0.016 0.016 0.021 0.108 0.006 0.001 0.009 0.306 95 Y 0.069 0.477 0.012 0.034 0.033 0.053 0.068 0.006 0.001 0.005 0.244 96 K 0.067 0.436 0.007 0.028 0.023 0.046 0.055 0.007 0.001 0.003 0.328 97 E 0.137 0.408 0.007 0.015 0.008 0.020 0.034 0.015 0.001 0.003 0.353 98 V 0.210 0.399 0.025 0.013 0.007 0.014 0.043 0.015 0.001 0.003 0.271 99 S 0.157 0.256 0.016 0.009 0.006 0.009 0.114 0.017 0.001 0.003 0.415 100 K 0.025 0.118 0.008 0.005 0.001 0.002 0.039 0.004 0.001 0.001 0.796 101 D 0.010 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.001 0.001 0.002 0.665 102 L 0.039 0.259 0.001 0.001 0.001 0.001 0.438 0.003 0.001 0.004 0.254 103 A 0.012 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.036 104 I 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 105 K 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 106 I 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 107 L 0.012 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 108 K 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 109 D 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.040 110 A 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 111 E 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 112 I 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 113 F 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 114 V 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 Q 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 116 K 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 117 A 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 118 K 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 119 N 0.007 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.016 120 A 0.033 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 121 V 0.018 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 122 N 0.032 0.875 0.013 0.002 0.002 0.004 0.004 0.022 0.001 0.001 0.046 123 K 0.118 0.662 0.025 0.003 0.003 0.005 0.010 0.042 0.001 0.001 0.133 124 N 0.330 0.292 0.022 0.006 0.005 0.005 0.033 0.063 0.001 0.004 0.238 125 R 0.157 0.104 0.188 0.010 0.006 0.006 0.087 0.012 0.001 0.008 0.420