# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.853 0.001 0.002 0.004 0.002 0.012 0.006 0.001 0.010 0.072 2 D 0.013 0.911 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.007 0.050 3 E 0.004 0.944 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.020 0.022 4 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.008 5 E 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 6 L 0.001 0.969 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 7 R 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 8 I 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 9 R 0.004 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.125 0.012 10 K 0.005 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.037 0.018 11 A 0.010 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.005 0.011 12 E 0.022 0.751 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.140 0.071 13 K 0.005 0.789 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.084 0.100 14 L 0.013 0.890 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.035 0.039 15 V 0.033 0.863 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.047 0.034 16 Q 0.024 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.061 0.104 17 D 0.010 0.872 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.002 0.029 0.065 18 A 0.016 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.010 0.037 19 K 0.029 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.025 0.059 20 K 0.009 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.021 0.062 21 E 0.046 0.281 0.269 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.123 0.153 0.089 22 F 0.578 0.231 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.003 0.053 0.084 23 E 0.084 0.212 0.002 0.002 0.001 0.002 0.037 0.005 0.002 0.034 0.619 24 M 0.024 0.431 0.003 0.004 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.011 0.481 25 G 0.015 0.572 0.002 0.008 0.004 0.010 0.044 0.004 0.001 0.055 0.284 26 L 0.019 0.759 0.001 0.003 0.004 0.004 0.026 0.002 0.001 0.065 0.118 27 Y 0.010 0.948 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.020 28 E 0.020 0.736 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.194 0.034 29 R 0.002 0.168 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.794 0.020 30 C 0.005 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.113 0.025 31 C 0.004 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 0.017 32 S 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 33 T 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 34 A 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 0.008 35 Y 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 36 Y 0.004 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.078 0.008 37 A 0.001 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.096 0.008 38 M 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 39 F 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 40 H 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 41 A 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.007 42 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 43 K 0.007 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.014 44 A 0.012 0.766 0.016 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.139 0.044 45 M 0.111 0.631 0.017 0.004 0.001 0.002 0.022 0.015 0.007 0.132 0.058 46 L 0.038 0.050 0.338 0.006 0.001 0.002 0.028 0.011 0.314 0.095 0.118 47 L 0.487 0.016 0.004 0.003 0.002 0.003 0.066 0.008 0.004 0.028 0.378 48 G 0.110 0.009 0.001 0.007 0.001 0.003 0.066 0.004 0.001 0.036 0.762 49 Y 0.022 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.134 0.001 0.001 0.022 0.805 50 G 0.007 0.002 0.001 0.028 0.004 0.014 0.108 0.001 0.001 0.028 0.807 51 R 0.011 0.001 0.001 0.013 0.014 0.016 0.132 0.002 0.001 0.032 0.777 52 D 0.121 0.024 0.001 0.066 0.016 0.021 0.140 0.007 0.001 0.100 0.503 53 S 0.118 0.018 0.002 0.035 0.007 0.013 0.157 0.004 0.001 0.077 0.567 54 K 0.052 0.020 0.002 0.035 0.006 0.017 0.176 0.004 0.001 0.039 0.648 55 T 0.063 0.042 0.001 0.025 0.008 0.015 0.126 0.004 0.001 0.242 0.473 56 H 0.063 0.496 0.003 0.010 0.005 0.009 0.057 0.007 0.001 0.112 0.238 57 R 0.047 0.620 0.004 0.006 0.005 0.009 0.033 0.006 0.001 0.031 0.238 58 G 0.013 0.776 0.002 0.005 0.014 0.019 0.025 0.003 0.001 0.019 0.122 59 T 0.018 0.921 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.004 0.001 0.004 0.033 60 I 0.028 0.854 0.003 0.005 0.012 0.013 0.009 0.008 0.001 0.021 0.048 61 Y 0.041 0.755 0.005 0.008 0.014 0.020 0.022 0.005 0.002 0.048 0.079 62 L 0.044 0.581 0.019 0.011 0.017 0.021 0.046 0.009 0.007 0.088 0.156 63 I 0.115 0.428 0.065 0.015 0.018 0.018 0.061 0.025 0.025 0.065 0.166 64 W 0.251 0.281 0.011 0.011 0.012 0.021 0.054 0.018 0.007 0.040 0.293 65 E 0.106 0.150 0.003 0.007 0.015 0.040 0.057 0.005 0.002 0.030 0.586 66 C 0.026 0.170 0.010 0.012 0.020 0.055 0.087 0.005 0.004 0.033 0.578 67 R 0.158 0.136 0.051 0.012 0.020 0.040 0.063 0.011 0.019 0.051 0.438 68 E 0.356 0.034 0.003 0.008 0.017 0.020 0.047 0.016 0.001 0.055 0.443 69 E 0.097 0.017 0.001 0.010 0.008 0.020 0.070 0.003 0.001 0.034 0.739 70 L 0.011 0.005 0.001 0.020 0.007 0.015 0.088 0.001 0.001 0.016 0.837 71 G 0.008 0.009 0.001 0.019 0.040 0.041 0.149 0.002 0.001 0.029 0.701 72 L 0.021 0.013 0.001 0.013 0.021 0.017 0.110 0.004 0.001 0.039 0.759 73 S 0.232 0.221 0.002 0.012 0.008 0.009 0.085 0.018 0.001 0.058 0.355 74 D 0.345 0.131 0.004 0.008 0.002 0.003 0.063 0.005 0.001 0.113 0.324 75 D 0.046 0.176 0.004 0.017 0.006 0.013 0.105 0.007 0.001 0.089 0.536 76 D 0.114 0.385 0.003 0.009 0.012 0.020 0.059 0.012 0.001 0.038 0.346 77 C 0.175 0.147 0.011 0.022 0.031 0.029 0.073 0.013 0.003 0.103 0.392 78 S 0.052 0.302 0.002 0.016 0.034 0.054 0.089 0.008 0.001 0.046 0.396 79 K 0.130 0.308 0.007 0.012 0.025 0.046 0.067 0.012 0.003 0.031 0.360 80 L 0.060 0.375 0.016 0.025 0.028 0.034 0.077 0.023 0.006 0.026 0.330 81 S 0.200 0.238 0.005 0.010 0.032 0.061 0.068 0.012 0.003 0.033 0.339 82 R 0.064 0.144 0.010 0.027 0.030 0.047 0.082 0.009 0.004 0.053 0.530 83 A 0.082 0.096 0.018 0.024 0.021 0.035 0.107 0.011 0.008 0.057 0.543 84 F 0.240 0.087 0.004 0.025 0.027 0.033 0.078 0.017 0.002 0.074 0.413 85 D 0.054 0.032 0.001 0.019 0.016 0.026 0.099 0.003 0.001 0.034 0.716 86 L 0.022 0.014 0.002 0.024 0.023 0.036 0.096 0.002 0.001 0.032 0.749 87 R 0.024 0.052 0.002 0.023 0.030 0.046 0.124 0.005 0.001 0.045 0.648 88 E 0.131 0.218 0.005 0.012 0.016 0.020 0.081 0.009 0.003 0.053 0.454 89 E 0.219 0.181 0.015 0.010 0.012 0.016 0.075 0.010 0.006 0.065 0.391 90 S 0.145 0.096 0.003 0.007 0.012 0.022 0.072 0.010 0.002 0.041 0.591 91 D 0.239 0.091 0.004 0.010 0.010 0.024 0.082 0.009 0.002 0.054 0.474 92 Y 0.149 0.045 0.005 0.017 0.018 0.029 0.073 0.008 0.001 0.047 0.608 93 G 0.074 0.020 0.001 0.009 0.023 0.041 0.088 0.003 0.001 0.027 0.713 94 I 0.014 0.007 0.001 0.014 0.053 0.069 0.102 0.005 0.001 0.020 0.715 95 Y 0.064 0.023 0.001 0.018 0.022 0.030 0.119 0.003 0.001 0.028 0.692 96 K 0.033 0.005 0.001 0.012 0.037 0.026 0.137 0.004 0.001 0.034 0.711 97 E 0.015 0.009 0.001 0.017 0.007 0.011 0.133 0.001 0.001 0.036 0.770 98 V 0.006 0.075 0.001 0.027 0.010 0.010 0.105 0.005 0.001 0.084 0.677 99 S 0.024 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.008 0.034 100 K 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.032 101 D 0.010 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.069 0.054 102 L 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.011 103 A 0.007 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.008 0.012 104 I 0.023 0.586 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.323 0.050 105 K 0.005 0.549 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.357 0.067 106 I 0.013 0.715 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.185 0.051 107 L 0.019 0.867 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.068 0.033 108 K 0.018 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.056 0.083 109 D 0.005 0.802 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.129 0.048 110 A 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 111 E 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.014 112 I 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 113 F 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 114 V 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 115 Q 0.008 0.610 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.347 0.024 116 K 0.006 0.894 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.044 0.029 117 A 0.038 0.877 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.002 0.010 0.028 118 K 0.072 0.419 0.009 0.006 0.001 0.003 0.030 0.007 0.005 0.232 0.216 119 N 0.070 0.217 0.011 0.005 0.002 0.005 0.075 0.005 0.006 0.192 0.412 120 A 0.140 0.056 0.085 0.015 0.002 0.008 0.100 0.024 0.035 0.199 0.337 121 V 0.289 0.015 0.024 0.022 0.003 0.008 0.078 0.008 0.016 0.061 0.476 122 N 0.077 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.061 0.001 0.001 0.014 0.834 123 K 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.092 0.002 0.001 0.012 0.875 124 N 0.053 0.002 0.001 0.006 0.003 0.005 0.127 0.007 0.001 0.030 0.764 125 R 0.051 0.004 0.001 0.013 0.007 0.013 0.116 0.006 0.001 0.033 0.754