# TARGET T0367 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.411 0.147 0.082 0.126 0.084 0.061 0.044 0.021 0.014 0.007 0.003 2 D 0.591 0.253 0.066 0.048 0.019 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 3 E 0.141 0.222 0.174 0.242 0.116 0.060 0.031 0.009 0.003 0.001 0.001 4 L 0.082 0.040 0.046 0.061 0.067 0.120 0.260 0.143 0.106 0.054 0.023 5 E 0.020 0.039 0.264 0.311 0.195 0.102 0.052 0.011 0.004 0.001 0.001 6 L 0.036 0.068 0.446 0.250 0.093 0.049 0.037 0.012 0.006 0.002 0.001 7 R 0.005 0.035 0.136 0.162 0.164 0.187 0.184 0.068 0.040 0.015 0.004 8 I 0.002 0.012 0.212 0.043 0.049 0.086 0.276 0.141 0.107 0.052 0.019 9 R 0.020 0.034 0.726 0.142 0.051 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.002 0.031 0.508 0.223 0.128 0.071 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.003 0.095 0.014 0.017 0.035 0.179 0.150 0.210 0.187 0.110 12 E 0.006 0.011 0.305 0.220 0.183 0.142 0.111 0.016 0.004 0.001 0.001 13 K 0.004 0.026 0.827 0.107 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.004 0.038 0.019 0.045 0.156 0.387 0.156 0.119 0.055 0.020 15 V 0.001 0.001 0.033 0.011 0.024 0.080 0.394 0.209 0.144 0.075 0.029 16 Q 0.008 0.019 0.906 0.054 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.002 0.020 0.411 0.265 0.176 0.092 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.002 0.019 0.005 0.007 0.016 0.086 0.111 0.242 0.269 0.244 19 K 0.003 0.009 0.113 0.159 0.229 0.221 0.202 0.045 0.015 0.004 0.001 20 K 0.004 0.026 0.829 0.091 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.049 0.074 0.194 0.106 0.114 0.164 0.190 0.052 0.032 0.016 0.008 22 F 0.013 0.014 0.023 0.019 0.024 0.051 0.190 0.163 0.200 0.171 0.132 23 E 0.114 0.230 0.336 0.145 0.079 0.044 0.032 0.009 0.005 0.003 0.002 24 M 0.099 0.104 0.225 0.246 0.138 0.095 0.059 0.018 0.011 0.005 0.002 25 G 0.483 0.178 0.077 0.081 0.054 0.042 0.043 0.017 0.013 0.007 0.005 26 L 0.013 0.051 0.035 0.121 0.139 0.167 0.212 0.107 0.083 0.045 0.027 27 Y 0.007 0.010 0.014 0.026 0.048 0.080 0.178 0.183 0.214 0.150 0.091 28 E 0.066 0.089 0.163 0.247 0.196 0.127 0.074 0.020 0.011 0.004 0.002 29 R 0.016 0.055 0.096 0.213 0.184 0.171 0.159 0.059 0.030 0.013 0.005 30 C 0.003 0.004 0.009 0.013 0.014 0.023 0.091 0.136 0.251 0.241 0.216 31 C 0.002 0.003 0.011 0.017 0.027 0.058 0.202 0.193 0.212 0.169 0.104 32 S 0.004 0.016 0.105 0.136 0.180 0.172 0.172 0.087 0.072 0.040 0.016 33 T 0.001 0.006 0.013 0.044 0.081 0.165 0.295 0.173 0.120 0.068 0.035 34 A 0.001 0.001 0.006 0.008 0.008 0.014 0.068 0.125 0.267 0.281 0.223 35 Y 0.001 0.002 0.011 0.014 0.021 0.049 0.180 0.173 0.223 0.190 0.137 36 Y 0.001 0.008 0.098 0.131 0.150 0.149 0.195 0.102 0.090 0.050 0.027 37 A 0.001 0.001 0.010 0.014 0.024 0.049 0.188 0.175 0.212 0.184 0.143 38 M 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.014 0.082 0.118 0.252 0.275 0.242 39 F 0.001 0.001 0.016 0.014 0.022 0.056 0.215 0.178 0.201 0.174 0.124 40 H 0.001 0.002 0.069 0.060 0.082 0.140 0.262 0.134 0.119 0.081 0.051 41 A 0.001 0.001 0.007 0.006 0.008 0.020 0.114 0.130 0.212 0.251 0.252 42 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.051 0.102 0.257 0.329 0.248 43 K 0.001 0.001 0.021 0.030 0.038 0.088 0.255 0.173 0.175 0.135 0.083 44 A 0.001 0.002 0.041 0.019 0.023 0.046 0.140 0.149 0.193 0.211 0.175 45 M 0.001 0.001 0.010 0.013 0.014 0.033 0.178 0.186 0.226 0.204 0.135 46 L 0.001 0.002 0.036 0.014 0.008 0.011 0.050 0.092 0.218 0.281 0.288 47 L 0.001 0.004 0.025 0.046 0.099 0.168 0.268 0.155 0.120 0.072 0.042 48 G 0.031 0.072 0.187 0.145 0.114 0.120 0.159 0.074 0.056 0.027 0.014 49 Y 0.023 0.026 0.026 0.075 0.091 0.147 0.283 0.147 0.100 0.058 0.023 50 G 0.417 0.203 0.067 0.101 0.052 0.041 0.044 0.023 0.021 0.016 0.015 51 R 0.112 0.110 0.053 0.124 0.115 0.122 0.150 0.081 0.064 0.041 0.028 52 D 0.277 0.330 0.072 0.138 0.074 0.045 0.031 0.014 0.010 0.006 0.004 53 S 0.245 0.115 0.042 0.129 0.109 0.099 0.098 0.056 0.049 0.033 0.025 54 K 0.153 0.122 0.051 0.166 0.152 0.105 0.099 0.053 0.047 0.030 0.022 55 T 0.024 0.140 0.082 0.201 0.177 0.134 0.113 0.052 0.041 0.022 0.014 56 H 0.006 0.006 0.004 0.022 0.046 0.085 0.172 0.178 0.190 0.161 0.131 57 R 0.284 0.160 0.096 0.175 0.120 0.074 0.055 0.018 0.010 0.005 0.003 58 G 0.034 0.069 0.054 0.212 0.178 0.150 0.152 0.065 0.046 0.027 0.012 59 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.036 0.084 0.231 0.294 0.334 60 I 0.001 0.002 0.004 0.020 0.049 0.122 0.245 0.183 0.180 0.121 0.073 61 Y 0.008 0.029 0.298 0.203 0.158 0.110 0.102 0.042 0.027 0.015 0.008 62 L 0.001 0.001 0.004 0.014 0.031 0.084 0.261 0.204 0.185 0.136 0.080 63 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.027 0.072 0.216 0.326 0.349 64 W 0.005 0.016 0.087 0.160 0.194 0.181 0.187 0.079 0.053 0.027 0.012 65 E 0.018 0.061 0.324 0.246 0.161 0.097 0.060 0.018 0.009 0.004 0.002 66 C 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.053 0.206 0.207 0.226 0.173 0.102 67 R 0.033 0.035 0.034 0.092 0.111 0.146 0.223 0.129 0.105 0.062 0.031 68 E 0.054 0.114 0.235 0.211 0.145 0.098 0.078 0.030 0.019 0.010 0.006 69 E 0.194 0.194 0.178 0.193 0.111 0.070 0.039 0.011 0.006 0.003 0.002 70 L 0.029 0.024 0.012 0.045 0.058 0.096 0.220 0.169 0.159 0.118 0.069 71 G 0.464 0.246 0.062 0.107 0.056 0.029 0.019 0.007 0.005 0.003 0.002 72 L 0.022 0.025 0.017 0.040 0.055 0.082 0.166 0.150 0.185 0.151 0.107 73 S 0.131 0.256 0.075 0.155 0.110 0.088 0.078 0.038 0.031 0.020 0.016 74 D 0.328 0.171 0.072 0.187 0.113 0.062 0.039 0.014 0.008 0.004 0.002 75 D 0.649 0.139 0.052 0.074 0.037 0.020 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 76 D 0.054 0.102 0.057 0.147 0.141 0.160 0.166 0.079 0.054 0.027 0.012 77 C 0.012 0.012 0.010 0.037 0.063 0.119 0.226 0.174 0.169 0.109 0.069 78 S 0.119 0.149 0.338 0.187 0.097 0.051 0.034 0.011 0.007 0.003 0.002 79 K 0.010 0.044 0.121 0.197 0.189 0.171 0.154 0.056 0.036 0.017 0.007 80 L 0.002 0.002 0.003 0.007 0.009 0.019 0.070 0.112 0.222 0.268 0.284 81 S 0.037 0.065 0.149 0.273 0.215 0.128 0.087 0.026 0.013 0.005 0.002 82 R 0.030 0.083 0.320 0.215 0.142 0.096 0.070 0.023 0.013 0.006 0.002 83 A 0.012 0.014 0.024 0.031 0.030 0.044 0.128 0.144 0.212 0.196 0.166 84 F 0.015 0.016 0.021 0.054 0.084 0.156 0.284 0.161 0.118 0.065 0.027 85 D 0.057 0.107 0.310 0.249 0.131 0.067 0.043 0.015 0.011 0.006 0.003 86 L 0.017 0.032 0.061 0.074 0.095 0.134 0.204 0.129 0.116 0.082 0.056 87 R 0.038 0.030 0.026 0.054 0.058 0.082 0.154 0.146 0.172 0.138 0.101 88 E 0.091 0.110 0.072 0.115 0.116 0.118 0.154 0.087 0.070 0.044 0.023 89 E 0.187 0.152 0.165 0.224 0.130 0.070 0.041 0.015 0.010 0.005 0.002 90 S 0.118 0.054 0.027 0.068 0.066 0.080 0.134 0.115 0.134 0.113 0.090 91 D 0.180 0.161 0.092 0.164 0.119 0.092 0.087 0.042 0.033 0.019 0.012 92 Y 0.032 0.036 0.024 0.052 0.057 0.080 0.169 0.154 0.177 0.133 0.086 93 G 0.252 0.163 0.077 0.129 0.096 0.081 0.080 0.043 0.038 0.025 0.016 94 I 0.085 0.097 0.057 0.124 0.113 0.110 0.152 0.094 0.084 0.051 0.033 95 Y 0.085 0.067 0.034 0.099 0.119 0.128 0.145 0.096 0.102 0.068 0.057 96 K 0.282 0.137 0.071 0.150 0.128 0.091 0.080 0.029 0.019 0.009 0.005 97 E 0.551 0.161 0.050 0.110 0.057 0.033 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 98 V 0.005 0.005 0.002 0.013 0.029 0.057 0.164 0.211 0.215 0.183 0.118 99 S 0.021 0.792 0.062 0.081 0.023 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 100 K 0.102 0.044 0.040 0.173 0.297 0.217 0.096 0.021 0.007 0.002 0.001 101 D 0.923 0.055 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.007 0.032 0.232 0.232 0.238 0.189 0.052 0.013 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 0.105 0.173 0.244 0.254 0.202 104 I 0.001 0.007 0.402 0.247 0.182 0.120 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.016 0.559 0.262 0.103 0.041 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.015 0.107 0.145 0.255 0.262 0.209 107 L 0.001 0.001 0.010 0.006 0.017 0.058 0.378 0.264 0.175 0.070 0.020 108 K 0.009 0.023 0.822 0.114 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.001 0.004 0.047 0.071 0.180 0.320 0.303 0.051 0.017 0.005 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.079 0.242 0.346 0.298 111 E 0.002 0.006 0.080 0.212 0.279 0.248 0.139 0.024 0.008 0.003 0.001 112 I 0.002 0.025 0.558 0.216 0.118 0.058 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.116 0.151 0.278 0.257 0.179 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.211 0.224 0.242 0.186 0.107 115 Q 0.004 0.014 0.801 0.141 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.001 0.002 0.026 0.054 0.165 0.338 0.336 0.056 0.017 0.005 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.053 0.220 0.365 0.346 118 K 0.001 0.002 0.020 0.107 0.235 0.322 0.238 0.050 0.018 0.006 0.001 119 N 0.008 0.037 0.846 0.081 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.001 0.002 0.007 0.012 0.042 0.188 0.479 0.157 0.075 0.028 0.008 121 V 0.001 0.003 0.009 0.006 0.006 0.013 0.097 0.141 0.242 0.267 0.214 122 N 0.018 0.105 0.387 0.252 0.145 0.060 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 123 K 0.194 0.157 0.372 0.158 0.064 0.035 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 124 N 0.317 0.153 0.042 0.081 0.072 0.082 0.109 0.059 0.045 0.028 0.012 125 R 0.462 0.162 0.051 0.085 0.063 0.058 0.053 0.026 0.021 0.013 0.007