# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.005 0.010 0.006 0.012 0.047 0.002 0.904 2 D 0.006 0.012 0.006 0.009 0.011 0.047 0.001 0.909 3 E 0.013 0.015 0.004 0.004 0.009 0.070 0.001 0.884 4 L 0.037 0.201 0.008 0.011 0.018 0.180 0.003 0.543 5 E 0.034 0.671 0.006 0.007 0.014 0.123 0.002 0.143 6 L 0.006 0.951 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.030 7 R 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 8 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 9 R 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 12 E 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 K 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 14 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 15 V 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 16 Q 0.008 0.930 0.004 0.001 0.001 0.007 0.004 0.046 17 D 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.043 18 A 0.011 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 19 K 0.005 0.959 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.027 20 K 0.016 0.927 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.042 21 E 0.018 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 22 F 0.033 0.915 0.003 0.001 0.002 0.003 0.011 0.033 23 E 0.066 0.825 0.015 0.003 0.003 0.024 0.020 0.043 24 M 0.084 0.789 0.014 0.004 0.003 0.011 0.021 0.073 25 G 0.310 0.398 0.017 0.006 0.004 0.017 0.043 0.206 26 L 0.066 0.395 0.104 0.010 0.009 0.060 0.014 0.341 27 Y 0.025 0.488 0.045 0.016 0.031 0.068 0.009 0.316 28 E 0.026 0.545 0.021 0.011 0.021 0.070 0.006 0.300 29 R 0.018 0.729 0.007 0.006 0.008 0.045 0.003 0.184 30 C 0.012 0.915 0.003 0.002 0.003 0.011 0.002 0.052 31 C 0.006 0.959 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.023 32 S 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 33 T 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 34 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 35 Y 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 36 Y 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 M 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 39 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 H 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 42 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 47 L 0.018 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 48 G 0.174 0.712 0.006 0.004 0.002 0.002 0.065 0.035 49 Y 0.221 0.475 0.072 0.011 0.005 0.008 0.109 0.099 50 G 0.242 0.133 0.088 0.021 0.016 0.031 0.095 0.373 51 R 0.078 0.032 0.278 0.028 0.030 0.064 0.015 0.476 52 D 0.011 0.014 0.037 0.019 0.025 0.100 0.004 0.790 53 S 0.020 0.011 0.029 0.008 0.017 0.051 0.003 0.861 54 K 0.043 0.018 0.030 0.009 0.015 0.351 0.006 0.528 55 T 0.066 0.024 0.012 0.005 0.009 0.594 0.010 0.281 56 H 0.168 0.235 0.028 0.015 0.020 0.113 0.012 0.407 57 R 0.041 0.170 0.023 0.011 0.017 0.183 0.010 0.545 58 G 0.158 0.099 0.017 0.013 0.017 0.166 0.024 0.506 59 T 0.235 0.295 0.048 0.023 0.040 0.108 0.013 0.236 60 I 0.033 0.405 0.055 0.043 0.096 0.067 0.008 0.292 61 Y 0.026 0.509 0.033 0.037 0.077 0.064 0.006 0.247 62 L 0.029 0.699 0.016 0.025 0.041 0.046 0.007 0.138 63 I 0.050 0.749 0.012 0.016 0.038 0.023 0.010 0.102 64 W 0.050 0.698 0.011 0.013 0.023 0.029 0.016 0.159 65 E 0.105 0.651 0.008 0.009 0.009 0.027 0.027 0.164 66 C 0.187 0.583 0.022 0.011 0.014 0.023 0.035 0.126 67 R 0.099 0.592 0.021 0.021 0.026 0.022 0.026 0.194 68 E 0.043 0.392 0.100 0.031 0.044 0.039 0.024 0.326 69 E 0.061 0.341 0.047 0.031 0.042 0.092 0.021 0.366 70 L 0.130 0.319 0.058 0.029 0.037 0.040 0.027 0.360 71 G 0.166 0.154 0.057 0.042 0.031 0.065 0.041 0.444 72 L 0.131 0.040 0.118 0.024 0.025 0.087 0.016 0.561 73 S 0.073 0.041 0.035 0.024 0.052 0.153 0.008 0.614 74 D 0.020 0.020 0.013 0.006 0.021 0.036 0.003 0.880 75 D 0.009 0.021 0.005 0.002 0.006 0.119 0.002 0.836 76 D 0.070 0.077 0.005 0.002 0.004 0.424 0.008 0.410 77 C 0.138 0.618 0.009 0.005 0.008 0.052 0.008 0.163 78 S 0.027 0.819 0.010 0.006 0.008 0.028 0.005 0.098 79 K 0.047 0.744 0.013 0.005 0.008 0.020 0.009 0.153 80 L 0.072 0.806 0.017 0.005 0.012 0.014 0.011 0.062 81 S 0.039 0.810 0.013 0.008 0.011 0.022 0.013 0.084 82 R 0.080 0.688 0.021 0.005 0.009 0.030 0.022 0.145 83 A 0.152 0.671 0.027 0.006 0.008 0.038 0.023 0.073 84 F 0.196 0.497 0.038 0.011 0.012 0.038 0.046 0.161 85 D 0.094 0.311 0.045 0.013 0.014 0.051 0.030 0.443 86 L 0.103 0.190 0.075 0.016 0.029 0.063 0.022 0.502 87 R 0.113 0.213 0.039 0.021 0.038 0.231 0.020 0.326 88 E 0.110 0.166 0.051 0.024 0.043 0.180 0.023 0.403 89 E 0.061 0.177 0.034 0.017 0.025 0.052 0.009 0.625 90 S 0.073 0.140 0.032 0.020 0.030 0.107 0.022 0.576 91 D 0.148 0.072 0.021 0.014 0.020 0.094 0.027 0.604 92 Y 0.243 0.101 0.052 0.028 0.048 0.124 0.028 0.375 93 G 0.182 0.056 0.032 0.033 0.042 0.201 0.029 0.425 94 I 0.113 0.044 0.055 0.018 0.029 0.089 0.011 0.641 95 Y 0.070 0.065 0.040 0.039 0.072 0.109 0.007 0.598 96 K 0.106 0.044 0.052 0.046 0.086 0.142 0.012 0.513 97 E 0.033 0.026 0.015 0.024 0.033 0.073 0.007 0.790 98 V 0.095 0.042 0.034 0.029 0.046 0.124 0.007 0.623 99 S 0.041 0.059 0.013 0.016 0.026 0.357 0.006 0.482 100 K 0.025 0.049 0.008 0.003 0.020 0.035 0.003 0.856 101 D 0.011 0.061 0.003 0.001 0.004 0.182 0.002 0.737 102 L 0.025 0.126 0.001 0.001 0.001 0.500 0.003 0.344 103 A 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 104 I 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 105 K 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 106 I 0.021 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 107 L 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 108 K 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 109 D 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.042 110 A 0.016 0.925 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.049 111 E 0.003 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 112 I 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 113 F 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 114 V 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 115 Q 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 116 K 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 117 A 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 118 K 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 119 N 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 120 A 0.026 0.931 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.027 121 V 0.020 0.940 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.024 122 N 0.043 0.785 0.017 0.007 0.008 0.015 0.024 0.101 123 K 0.177 0.500 0.021 0.008 0.007 0.021 0.053 0.214 124 N 0.205 0.301 0.028 0.008 0.007 0.045 0.068 0.336 125 R 0.120 0.080 0.046 0.013 0.010 0.062 0.041 0.629