# TARGET T0367 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.348 0.152 0.024 0.143 0.012 0.022 0.161 0.043 0.032 0.019 2 D 0.035 0.247 0.096 0.008 0.103 0.007 0.015 0.378 0.065 0.029 0.017 3 E 0.006 0.009 0.004 0.001 0.009 0.001 0.004 0.823 0.124 0.017 0.004 4 L 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.930 0.048 0.007 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.023 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.016 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.016 0.003 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.002 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.024 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.029 0.009 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.064 0.013 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.936 0.053 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.944 0.031 0.008 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.900 0.051 0.037 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.066 0.007 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.049 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.939 0.038 0.016 0.001 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.890 0.085 0.018 0.001 19 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.904 0.084 0.004 0.001 20 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.920 0.057 0.007 0.001 21 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.885 0.060 0.017 0.001 22 F 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.806 0.134 0.029 0.008 23 E 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.007 0.049 0.841 0.070 0.019 0.002 24 M 0.003 0.656 0.166 0.019 0.057 0.006 0.007 0.057 0.010 0.016 0.002 25 G 0.027 0.018 0.025 0.027 0.013 0.014 0.016 0.407 0.078 0.263 0.111 26 L 0.007 0.017 0.007 0.004 0.009 0.005 0.019 0.833 0.070 0.025 0.005 27 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.893 0.083 0.006 0.003 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.948 0.039 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.026 0.002 0.001 30 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.028 0.003 0.001 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.057 0.003 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.001 0.001 33 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.026 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.028 0.001 0.001 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.031 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.068 0.002 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.027 0.001 0.001 45 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.959 0.030 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.057 0.010 0.001 47 L 0.002 0.020 0.008 0.002 0.004 0.008 0.058 0.720 0.166 0.011 0.001 48 G 0.007 0.008 0.006 0.004 0.007 0.010 0.128 0.530 0.134 0.158 0.010 49 Y 0.021 0.404 0.229 0.038 0.133 0.022 0.063 0.035 0.018 0.027 0.012 50 G 0.049 0.026 0.043 0.049 0.025 0.014 0.009 0.026 0.039 0.501 0.217 51 R 0.057 0.386 0.159 0.016 0.185 0.015 0.030 0.049 0.037 0.042 0.023 52 D 0.128 0.271 0.086 0.006 0.383 0.003 0.006 0.018 0.013 0.031 0.055 53 S 0.035 0.087 0.032 0.008 0.087 0.006 0.015 0.248 0.392 0.069 0.022 54 K 0.013 0.031 0.019 0.006 0.025 0.019 0.105 0.396 0.287 0.087 0.011 55 T 0.029 0.086 0.046 0.020 0.046 0.015 0.069 0.314 0.129 0.215 0.031 56 H 0.099 0.101 0.062 0.020 0.125 0.019 0.025 0.241 0.082 0.143 0.082 57 R 0.003 0.031 0.023 0.032 0.012 0.072 0.122 0.560 0.121 0.020 0.004 58 G 0.023 0.027 0.032 0.022 0.021 0.006 0.010 0.449 0.117 0.248 0.046 59 T 0.006 0.017 0.006 0.002 0.011 0.002 0.007 0.803 0.117 0.025 0.003 60 I 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.882 0.085 0.005 0.003 61 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.907 0.061 0.003 0.001 62 L 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.899 0.059 0.019 0.002 63 I 0.003 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.838 0.112 0.023 0.002 64 W 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 0.861 0.092 0.008 0.001 65 E 0.005 0.004 0.002 0.001 0.005 0.004 0.031 0.831 0.067 0.046 0.005 66 C 0.010 0.037 0.012 0.003 0.027 0.004 0.015 0.758 0.090 0.039 0.006 67 R 0.040 0.024 0.003 0.002 0.054 0.003 0.013 0.722 0.100 0.028 0.011 68 E 0.011 0.023 0.018 0.004 0.010 0.005 0.039 0.750 0.122 0.010 0.006 69 E 0.011 0.010 0.009 0.004 0.017 0.015 0.186 0.657 0.069 0.018 0.004 70 L 0.007 0.712 0.158 0.011 0.086 0.002 0.003 0.008 0.004 0.006 0.003 71 G 0.084 0.026 0.046 0.031 0.025 0.016 0.007 0.019 0.025 0.424 0.295 72 L 0.066 0.351 0.173 0.017 0.189 0.008 0.014 0.046 0.033 0.074 0.030 73 S 0.013 0.529 0.288 0.018 0.082 0.002 0.002 0.022 0.012 0.026 0.007 74 D 0.008 0.033 0.020 0.008 0.022 0.013 0.020 0.496 0.356 0.020 0.005 75 D 0.003 0.008 0.008 0.001 0.005 0.001 0.010 0.733 0.197 0.030 0.004 76 D 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.643 0.146 0.186 0.003 77 C 0.010 0.010 0.002 0.001 0.016 0.001 0.002 0.722 0.178 0.050 0.008 78 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.871 0.093 0.005 0.001 79 K 0.002 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.006 0.799 0.093 0.081 0.003 80 L 0.007 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.761 0.173 0.039 0.004 81 S 0.002 0.006 0.002 0.002 0.004 0.008 0.033 0.797 0.141 0.006 0.001 82 R 0.008 0.006 0.004 0.002 0.008 0.003 0.035 0.706 0.129 0.090 0.009 83 A 0.011 0.039 0.026 0.012 0.024 0.022 0.069 0.565 0.136 0.089 0.006 84 F 0.029 0.110 0.029 0.011 0.062 0.010 0.027 0.495 0.145 0.061 0.020 85 D 0.079 0.038 0.014 0.006 0.077 0.013 0.067 0.446 0.133 0.085 0.043 86 L 0.026 0.077 0.026 0.007 0.072 0.008 0.038 0.422 0.193 0.115 0.016 87 R 0.083 0.099 0.031 0.014 0.115 0.018 0.050 0.319 0.127 0.102 0.041 88 E 0.048 0.225 0.101 0.024 0.143 0.015 0.042 0.237 0.091 0.053 0.021 89 E 0.059 0.099 0.041 0.014 0.132 0.018 0.051 0.264 0.172 0.116 0.034 90 S 0.056 0.155 0.114 0.020 0.089 0.016 0.046 0.245 0.148 0.075 0.037 91 D 0.067 0.074 0.037 0.020 0.082 0.036 0.128 0.264 0.126 0.127 0.038 92 Y 0.053 0.377 0.133 0.038 0.173 0.016 0.033 0.038 0.038 0.067 0.034 93 G 0.070 0.073 0.101 0.079 0.061 0.045 0.024 0.071 0.089 0.276 0.110 94 I 0.085 0.182 0.069 0.020 0.178 0.027 0.061 0.155 0.106 0.083 0.033 95 Y 0.120 0.086 0.042 0.029 0.125 0.019 0.030 0.092 0.129 0.223 0.105 96 K 0.031 0.379 0.220 0.028 0.160 0.017 0.021 0.065 0.043 0.025 0.012 97 E 0.208 0.256 0.047 0.001 0.336 0.001 0.008 0.031 0.015 0.047 0.050 98 V 0.143 0.295 0.085 0.014 0.305 0.010 0.010 0.026 0.012 0.038 0.062 99 S 0.012 0.595 0.305 0.005 0.067 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.002 100 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.167 0.002 0.001 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.002 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.044 0.015 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.016 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.050 0.014 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.059 0.002 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.948 0.030 0.002 0.001 109 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.033 0.030 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.056 0.003 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.002 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.026 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 116 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.001 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.061 0.005 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.086 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.923 0.052 0.004 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.062 0.814 0.095 0.020 0.001 121 V 0.015 0.028 0.005 0.003 0.018 0.005 0.024 0.605 0.195 0.091 0.011 122 N 0.015 0.039 0.021 0.014 0.022 0.027 0.076 0.449 0.200 0.122 0.015 123 K 0.022 0.072 0.034 0.021 0.058 0.037 0.166 0.257 0.135 0.172 0.026 124 N 0.103 0.151 0.086 0.024 0.161 0.009 0.030 0.082 0.077 0.182 0.097 125 R 0.057 0.179 0.087 0.030 0.112 0.023 0.053 0.202 0.129 0.093 0.034