# TARGET T0367 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.329 0.166 0.160 0.139 0.103 0.049 0.025 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 D 0.608 0.189 0.086 0.055 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.254 0.181 0.169 0.147 0.126 0.061 0.030 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 L 0.077 0.047 0.067 0.128 0.184 0.203 0.140 0.088 0.036 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 5 E 0.260 0.204 0.180 0.144 0.112 0.052 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.285 0.155 0.137 0.153 0.110 0.074 0.038 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 7 R 0.045 0.057 0.073 0.161 0.201 0.188 0.131 0.078 0.048 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 8 I 0.017 0.024 0.052 0.108 0.152 0.203 0.171 0.137 0.081 0.037 0.013 0.002 0.001 0.001 9 R 0.532 0.291 0.113 0.039 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.137 0.227 0.243 0.183 0.113 0.058 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.005 0.007 0.016 0.063 0.146 0.238 0.261 0.164 0.084 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 12 E 0.173 0.335 0.262 0.144 0.055 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.659 0.270 0.062 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.014 0.030 0.063 0.163 0.305 0.237 0.115 0.054 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.009 0.027 0.062 0.192 0.284 0.161 0.146 0.069 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.655 0.256 0.064 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.214 0.232 0.264 0.145 0.089 0.033 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.018 0.014 0.038 0.093 0.208 0.263 0.203 0.107 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 19 K 0.165 0.221 0.190 0.193 0.146 0.048 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.693 0.166 0.072 0.038 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.290 0.205 0.185 0.143 0.110 0.041 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.097 0.070 0.122 0.174 0.198 0.162 0.093 0.056 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 23 E 0.334 0.196 0.128 0.130 0.115 0.055 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.295 0.172 0.147 0.176 0.103 0.053 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 G 0.356 0.237 0.159 0.107 0.066 0.039 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.067 0.071 0.105 0.154 0.184 0.160 0.101 0.095 0.036 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 27 Y 0.033 0.034 0.044 0.093 0.141 0.174 0.176 0.165 0.069 0.038 0.018 0.009 0.004 0.001 28 E 0.083 0.085 0.095 0.126 0.129 0.133 0.134 0.085 0.060 0.031 0.022 0.011 0.005 0.003 29 R 0.044 0.038 0.065 0.092 0.123 0.155 0.155 0.108 0.096 0.054 0.034 0.020 0.009 0.007 30 C 0.027 0.013 0.022 0.035 0.067 0.128 0.144 0.152 0.149 0.099 0.070 0.049 0.035 0.013 31 C 0.028 0.018 0.025 0.050 0.086 0.130 0.171 0.155 0.125 0.087 0.055 0.038 0.023 0.009 32 S 0.061 0.056 0.060 0.103 0.112 0.154 0.151 0.098 0.082 0.053 0.036 0.020 0.009 0.005 33 T 0.037 0.047 0.066 0.111 0.149 0.187 0.180 0.109 0.057 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 34 A 0.014 0.013 0.023 0.046 0.077 0.144 0.224 0.252 0.127 0.054 0.016 0.006 0.002 0.001 35 Y 0.028 0.039 0.065 0.110 0.175 0.202 0.158 0.116 0.067 0.029 0.006 0.003 0.001 0.001 36 Y 0.104 0.130 0.127 0.152 0.152 0.120 0.084 0.060 0.041 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 37 A 0.018 0.024 0.049 0.102 0.116 0.193 0.249 0.189 0.037 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 38 M 0.011 0.010 0.031 0.038 0.081 0.170 0.312 0.202 0.103 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 39 F 0.039 0.084 0.130 0.161 0.223 0.181 0.102 0.051 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 40 H 0.068 0.135 0.155 0.182 0.193 0.111 0.081 0.044 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 41 A 0.007 0.007 0.023 0.050 0.071 0.142 0.347 0.310 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 42 A 0.013 0.012 0.038 0.036 0.086 0.190 0.301 0.196 0.089 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 43 K 0.043 0.091 0.125 0.190 0.270 0.126 0.073 0.051 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.063 0.082 0.105 0.153 0.160 0.161 0.127 0.083 0.034 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 45 M 0.016 0.014 0.037 0.114 0.166 0.201 0.221 0.139 0.058 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 46 L 0.037 0.037 0.058 0.101 0.142 0.165 0.184 0.137 0.090 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 47 L 0.096 0.095 0.105 0.180 0.151 0.169 0.099 0.057 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 48 G 0.253 0.166 0.136 0.142 0.126 0.080 0.046 0.019 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 49 Y 0.131 0.101 0.132 0.195 0.175 0.133 0.070 0.029 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 50 G 0.470 0.182 0.120 0.081 0.062 0.042 0.021 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.359 0.162 0.160 0.144 0.095 0.039 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.652 0.181 0.087 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.347 0.162 0.165 0.113 0.110 0.053 0.025 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 K 0.375 0.165 0.115 0.129 0.094 0.055 0.035 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 55 T 0.419 0.223 0.140 0.085 0.063 0.035 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 H 0.091 0.059 0.086 0.143 0.191 0.173 0.113 0.074 0.038 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 57 R 0.221 0.160 0.142 0.146 0.132 0.086 0.053 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 58 G 0.163 0.136 0.139 0.150 0.142 0.112 0.066 0.044 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 59 T 0.029 0.025 0.039 0.090 0.140 0.181 0.187 0.144 0.094 0.040 0.019 0.008 0.003 0.001 60 I 0.030 0.042 0.075 0.115 0.163 0.188 0.165 0.098 0.063 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 61 Y 0.225 0.190 0.149 0.126 0.104 0.072 0.049 0.041 0.022 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 62 L 0.043 0.048 0.073 0.142 0.173 0.172 0.154 0.099 0.049 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 63 I 0.014 0.014 0.033 0.070 0.132 0.180 0.196 0.155 0.126 0.057 0.015 0.005 0.002 0.001 64 W 0.183 0.167 0.162 0.177 0.143 0.080 0.042 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 65 E 0.321 0.224 0.171 0.125 0.082 0.036 0.020 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 C 0.073 0.060 0.087 0.175 0.205 0.181 0.116 0.063 0.025 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 67 R 0.200 0.147 0.194 0.160 0.146 0.068 0.043 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 E 0.555 0.156 0.106 0.087 0.048 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.510 0.218 0.118 0.073 0.048 0.019 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.142 0.089 0.114 0.197 0.199 0.122 0.065 0.039 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 71 G 0.638 0.200 0.083 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.337 0.169 0.189 0.136 0.091 0.045 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.195 0.094 0.097 0.150 0.172 0.142 0.079 0.037 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 74 D 0.432 0.257 0.146 0.091 0.044 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 D 0.651 0.223 0.082 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.131 0.125 0.159 0.157 0.202 0.124 0.058 0.025 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 77 C 0.062 0.064 0.110 0.155 0.196 0.156 0.140 0.076 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 78 S 0.466 0.252 0.120 0.072 0.042 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.131 0.129 0.169 0.172 0.181 0.098 0.063 0.029 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 80 L 0.015 0.015 0.034 0.080 0.152 0.223 0.202 0.159 0.066 0.039 0.010 0.003 0.001 0.001 81 S 0.218 0.199 0.186 0.152 0.119 0.062 0.034 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 82 R 0.188 0.149 0.157 0.175 0.134 0.082 0.053 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 83 A 0.027 0.024 0.038 0.086 0.154 0.197 0.183 0.155 0.086 0.035 0.010 0.004 0.002 0.001 84 F 0.053 0.078 0.125 0.200 0.190 0.139 0.102 0.060 0.026 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 85 D 0.420 0.202 0.155 0.081 0.062 0.036 0.020 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 86 L 0.066 0.049 0.072 0.157 0.207 0.180 0.111 0.076 0.040 0.027 0.010 0.003 0.002 0.001 87 R 0.089 0.093 0.119 0.176 0.182 0.119 0.096 0.064 0.039 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 88 E 0.219 0.130 0.114 0.148 0.135 0.108 0.058 0.042 0.023 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 89 E 0.373 0.190 0.164 0.108 0.078 0.040 0.022 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 90 S 0.251 0.115 0.124 0.157 0.138 0.097 0.048 0.027 0.019 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 91 D 0.288 0.185 0.141 0.128 0.115 0.062 0.036 0.020 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.127 0.071 0.079 0.139 0.147 0.152 0.110 0.081 0.039 0.031 0.017 0.004 0.002 0.001 93 G 0.351 0.215 0.146 0.104 0.073 0.045 0.032 0.017 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 94 I 0.163 0.095 0.118 0.144 0.160 0.122 0.077 0.052 0.032 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 95 Y 0.168 0.113 0.120 0.149 0.154 0.110 0.078 0.047 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 96 K 0.257 0.144 0.139 0.147 0.119 0.087 0.048 0.029 0.014 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 97 E 0.481 0.190 0.130 0.082 0.059 0.026 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 V 0.147 0.095 0.133 0.176 0.165 0.137 0.076 0.041 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 99 S 0.273 0.176 0.150 0.138 0.128 0.068 0.033 0.016 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 100 K 0.166 0.139 0.166 0.205 0.162 0.084 0.037 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 101 D 0.699 0.205 0.057 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.082 0.154 0.188 0.239 0.177 0.092 0.038 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.008 0.008 0.016 0.068 0.169 0.235 0.206 0.151 0.116 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 104 I 0.199 0.297 0.204 0.190 0.071 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.528 0.357 0.098 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.003 0.006 0.021 0.081 0.228 0.283 0.186 0.146 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.005 0.020 0.064 0.218 0.314 0.184 0.121 0.044 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.600 0.298 0.071 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.016 0.057 0.127 0.278 0.207 0.145 0.113 0.046 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.002 0.003 0.015 0.046 0.127 0.238 0.302 0.158 0.087 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 111 E 0.230 0.321 0.202 0.128 0.075 0.028 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.340 0.327 0.183 0.087 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 F 0.004 0.006 0.019 0.068 0.153 0.251 0.242 0.182 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 114 V 0.005 0.021 0.073 0.174 0.262 0.212 0.151 0.064 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.604 0.278 0.080 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.018 0.062 0.141 0.263 0.240 0.132 0.094 0.042 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.002 0.003 0.010 0.032 0.082 0.183 0.349 0.220 0.098 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 118 K 0.082 0.191 0.249 0.229 0.151 0.060 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.659 0.230 0.080 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.024 0.036 0.069 0.187 0.285 0.201 0.111 0.064 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 121 V 0.023 0.031 0.064 0.141 0.213 0.195 0.191 0.091 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 122 N 0.562 0.224 0.104 0.061 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.572 0.184 0.121 0.065 0.032 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 N 0.413 0.171 0.149 0.106 0.085 0.042 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 R 0.512 0.208 0.133 0.062 0.043 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001