# TARGET T0367 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.306 0.118 0.015 0.161 0.007 0.010 0.171 0.056 0.063 0.031 2 D 0.022 0.324 0.148 0.005 0.077 0.005 0.008 0.337 0.042 0.023 0.009 3 E 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.849 0.119 0.014 0.002 4 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.040 0.003 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.004 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.016 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.024 0.007 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.058 0.008 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.057 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.958 0.026 0.004 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.914 0.045 0.028 0.001 15 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.075 0.007 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.941 0.050 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.920 0.043 0.023 0.001 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.869 0.104 0.020 0.001 19 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.873 0.111 0.004 0.001 20 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.893 0.071 0.014 0.001 21 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.044 0.828 0.078 0.033 0.002 22 F 0.015 0.027 0.006 0.001 0.011 0.001 0.005 0.697 0.192 0.033 0.013 23 E 0.005 0.006 0.003 0.002 0.005 0.009 0.069 0.781 0.083 0.034 0.003 24 M 0.006 0.631 0.199 0.014 0.064 0.004 0.008 0.039 0.008 0.023 0.004 25 G 0.023 0.028 0.045 0.079 0.016 0.031 0.019 0.343 0.062 0.232 0.122 26 L 0.023 0.034 0.008 0.005 0.025 0.006 0.018 0.764 0.075 0.034 0.009 27 Y 0.006 0.009 0.004 0.004 0.012 0.003 0.003 0.879 0.067 0.009 0.003 28 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.921 0.042 0.003 0.001 29 R 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.015 0.929 0.036 0.006 0.001 30 C 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.923 0.050 0.014 0.001 31 C 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.902 0.072 0.010 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.958 0.030 0.001 0.001 33 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.026 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.002 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 38 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.022 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.059 0.001 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.029 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.962 0.028 0.002 0.001 45 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.939 0.044 0.003 0.001 46 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.893 0.069 0.014 0.001 47 L 0.003 0.016 0.007 0.002 0.005 0.006 0.087 0.730 0.128 0.015 0.003 48 G 0.015 0.014 0.010 0.007 0.014 0.015 0.149 0.533 0.122 0.108 0.013 49 Y 0.011 0.480 0.238 0.042 0.100 0.021 0.039 0.028 0.013 0.021 0.007 50 G 0.033 0.018 0.035 0.055 0.017 0.018 0.007 0.020 0.030 0.586 0.181 51 R 0.040 0.424 0.186 0.014 0.190 0.012 0.033 0.039 0.022 0.024 0.015 52 D 0.116 0.308 0.099 0.004 0.382 0.002 0.004 0.014 0.009 0.016 0.046 53 S 0.022 0.057 0.015 0.004 0.051 0.005 0.015 0.327 0.450 0.039 0.015 54 K 0.007 0.015 0.009 0.002 0.012 0.013 0.060 0.445 0.344 0.082 0.010 55 T 0.021 0.052 0.019 0.009 0.027 0.008 0.047 0.316 0.150 0.331 0.020 56 H 0.052 0.118 0.081 0.019 0.101 0.011 0.009 0.297 0.103 0.168 0.042 57 R 0.001 0.006 0.005 0.006 0.003 0.035 0.073 0.732 0.127 0.011 0.002 58 G 0.008 0.015 0.012 0.005 0.012 0.002 0.007 0.736 0.128 0.062 0.012 59 T 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.857 0.100 0.021 0.002 60 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.916 0.065 0.005 0.001 61 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.931 0.044 0.002 0.001 62 L 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.014 0.897 0.056 0.021 0.001 63 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.830 0.123 0.020 0.003 64 W 0.004 0.015 0.003 0.003 0.009 0.008 0.034 0.774 0.134 0.013 0.002 65 E 0.015 0.009 0.005 0.005 0.014 0.013 0.088 0.627 0.099 0.112 0.013 66 C 0.033 0.094 0.047 0.014 0.065 0.013 0.043 0.500 0.093 0.081 0.017 67 R 0.097 0.054 0.017 0.008 0.108 0.011 0.022 0.441 0.119 0.079 0.043 68 E 0.035 0.138 0.065 0.009 0.068 0.012 0.056 0.459 0.129 0.018 0.011 69 E 0.066 0.045 0.028 0.009 0.080 0.014 0.104 0.476 0.094 0.056 0.027 70 L 0.013 0.609 0.171 0.018 0.105 0.010 0.021 0.026 0.011 0.011 0.005 71 G 0.064 0.038 0.053 0.032 0.033 0.021 0.010 0.032 0.030 0.438 0.249 72 L 0.110 0.351 0.068 0.006 0.266 0.005 0.016 0.063 0.036 0.049 0.029 73 S 0.015 0.500 0.302 0.016 0.075 0.005 0.005 0.025 0.015 0.033 0.009 74 D 0.017 0.080 0.043 0.011 0.052 0.008 0.017 0.420 0.307 0.033 0.013 75 D 0.003 0.011 0.008 0.001 0.006 0.003 0.011 0.602 0.321 0.029 0.004 76 D 0.003 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.009 0.529 0.166 0.262 0.005 77 C 0.016 0.012 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 0.612 0.238 0.084 0.013 78 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.794 0.154 0.007 0.001 79 K 0.006 0.020 0.010 0.001 0.012 0.001 0.006 0.670 0.134 0.135 0.004 80 L 0.020 0.012 0.004 0.001 0.019 0.001 0.005 0.631 0.215 0.081 0.010 81 S 0.003 0.013 0.003 0.004 0.010 0.013 0.040 0.734 0.162 0.014 0.003 82 R 0.014 0.016 0.006 0.003 0.020 0.003 0.033 0.586 0.191 0.113 0.014 83 A 0.017 0.041 0.019 0.007 0.034 0.018 0.071 0.505 0.140 0.138 0.009 84 F 0.039 0.175 0.050 0.016 0.111 0.010 0.021 0.354 0.132 0.067 0.024 85 D 0.058 0.064 0.032 0.011 0.082 0.018 0.069 0.380 0.149 0.096 0.040 86 L 0.031 0.071 0.023 0.005 0.064 0.007 0.035 0.350 0.214 0.175 0.025 87 R 0.062 0.145 0.057 0.013 0.114 0.014 0.036 0.255 0.154 0.116 0.035 88 E 0.030 0.218 0.103 0.028 0.108 0.017 0.065 0.249 0.112 0.054 0.016 89 E 0.042 0.085 0.044 0.010 0.084 0.016 0.053 0.271 0.214 0.142 0.039 90 S 0.050 0.183 0.108 0.016 0.092 0.014 0.045 0.205 0.163 0.092 0.033 91 D 0.058 0.090 0.032 0.012 0.087 0.020 0.073 0.244 0.164 0.185 0.035 92 Y 0.044 0.337 0.136 0.030 0.136 0.015 0.035 0.066 0.079 0.092 0.030 93 G 0.051 0.070 0.087 0.073 0.058 0.040 0.032 0.105 0.110 0.285 0.091 94 I 0.085 0.153 0.045 0.014 0.177 0.017 0.070 0.178 0.118 0.107 0.035 95 Y 0.112 0.135 0.073 0.027 0.153 0.014 0.023 0.105 0.123 0.159 0.076 96 K 0.017 0.320 0.244 0.042 0.095 0.026 0.043 0.126 0.057 0.023 0.007 97 E 0.184 0.194 0.070 0.003 0.203 0.006 0.019 0.085 0.040 0.107 0.090 98 V 0.067 0.421 0.120 0.014 0.212 0.011 0.014 0.036 0.018 0.046 0.041 99 S 0.013 0.646 0.263 0.002 0.057 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.002 100 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.158 0.003 0.001 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.006 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 106 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.049 0.006 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.058 0.002 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.945 0.027 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.918 0.033 0.042 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.051 0.003 0.001 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 116 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.005 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.083 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.938 0.040 0.003 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.858 0.070 0.022 0.001 121 V 0.008 0.027 0.004 0.002 0.013 0.006 0.026 0.696 0.164 0.049 0.006 122 N 0.010 0.021 0.009 0.008 0.014 0.014 0.048 0.552 0.192 0.120 0.013 123 K 0.022 0.072 0.036 0.011 0.067 0.026 0.143 0.329 0.136 0.139 0.019 124 N 0.089 0.161 0.076 0.014 0.158 0.008 0.030 0.119 0.097 0.182 0.065 125 R 0.087 0.139 0.062 0.018 0.137 0.017 0.052 0.225 0.128 0.095 0.041