# TARGET T0367 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0367.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 60 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.763 0.171 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001 2 D 0.860 0.112 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 3 E 0.479 0.285 0.147 0.070 0.016 0.003 0.001 4 L 0.166 0.141 0.179 0.290 0.179 0.044 0.002 5 E 0.184 0.295 0.295 0.168 0.049 0.009 0.001 6 L 0.227 0.311 0.264 0.141 0.049 0.008 0.001 7 R 0.078 0.093 0.131 0.195 0.310 0.186 0.008 8 I 0.054 0.056 0.100 0.248 0.339 0.195 0.009 9 R 0.124 0.382 0.327 0.140 0.024 0.003 0.001 10 K 0.072 0.185 0.296 0.310 0.121 0.015 0.001 11 A 0.006 0.008 0.019 0.107 0.398 0.435 0.027 12 E 0.084 0.241 0.323 0.251 0.089 0.013 0.001 13 K 0.274 0.497 0.170 0.047 0.011 0.001 0.001 14 L 0.013 0.063 0.174 0.382 0.286 0.079 0.003 15 V 0.016 0.047 0.121 0.311 0.359 0.137 0.008 16 Q 0.386 0.459 0.124 0.027 0.004 0.001 0.001 17 D 0.136 0.299 0.323 0.201 0.038 0.004 0.001 18 A 0.025 0.023 0.053 0.223 0.456 0.213 0.008 19 K 0.107 0.293 0.338 0.207 0.050 0.005 0.001 20 K 0.422 0.458 0.098 0.019 0.003 0.001 0.001 21 E 0.120 0.259 0.307 0.224 0.075 0.014 0.001 22 F 0.050 0.109 0.198 0.342 0.227 0.070 0.003 23 E 0.430 0.324 0.151 0.067 0.022 0.005 0.001 24 M 0.341 0.318 0.198 0.102 0.033 0.007 0.001 25 G 0.186 0.316 0.233 0.148 0.080 0.034 0.004 26 L 0.031 0.149 0.245 0.277 0.199 0.090 0.009 27 Y 0.013 0.021 0.051 0.165 0.340 0.340 0.069 28 E 0.019 0.100 0.212 0.329 0.238 0.094 0.008 29 R 0.018 0.048 0.133 0.262 0.310 0.195 0.033 30 C 0.005 0.007 0.011 0.032 0.134 0.478 0.332 31 C 0.003 0.008 0.017 0.053 0.153 0.366 0.400 32 S 0.005 0.021 0.056 0.107 0.167 0.300 0.345 33 T 0.002 0.010 0.031 0.105 0.218 0.331 0.303 34 A 0.001 0.003 0.007 0.022 0.071 0.309 0.587 35 Y 0.001 0.006 0.014 0.044 0.105 0.317 0.513 36 Y 0.002 0.004 0.010 0.030 0.106 0.343 0.506 37 A 0.001 0.002 0.005 0.017 0.077 0.312 0.586 38 M 0.001 0.004 0.007 0.016 0.040 0.245 0.687 39 F 0.002 0.008 0.023 0.092 0.190 0.371 0.313 40 H 0.002 0.010 0.033 0.101 0.200 0.326 0.328 41 A 0.001 0.004 0.011 0.032 0.071 0.297 0.584 42 A 0.003 0.006 0.008 0.027 0.072 0.369 0.515 43 K 0.002 0.009 0.036 0.110 0.203 0.333 0.307 44 A 0.003 0.010 0.038 0.114 0.226 0.437 0.173 45 M 0.002 0.010 0.018 0.048 0.148 0.507 0.267 46 L 0.002 0.007 0.017 0.074 0.276 0.482 0.141 47 L 0.009 0.035 0.082 0.168 0.296 0.345 0.065 48 G 0.012 0.060 0.154 0.325 0.319 0.123 0.007 49 Y 0.030 0.173 0.309 0.297 0.150 0.038 0.003 50 G 0.168 0.351 0.236 0.148 0.072 0.022 0.002 51 R 0.284 0.243 0.204 0.159 0.088 0.020 0.001 52 D 0.227 0.290 0.244 0.170 0.057 0.012 0.001 53 S 0.446 0.303 0.143 0.077 0.026 0.005 0.001 54 K 0.089 0.221 0.304 0.241 0.115 0.028 0.002 55 T 0.063 0.306 0.331 0.212 0.073 0.015 0.001 56 H 0.003 0.011 0.041 0.178 0.407 0.320 0.040 57 R 0.036 0.159 0.252 0.265 0.198 0.080 0.011 58 G 0.005 0.021 0.077 0.220 0.317 0.309 0.051 59 T 0.001 0.003 0.005 0.017 0.081 0.461 0.432 60 I 0.001 0.007 0.023 0.087 0.224 0.400 0.258 61 Y 0.006 0.046 0.120 0.216 0.235 0.238 0.139 62 L 0.001 0.007 0.024 0.084 0.261 0.493 0.129 63 I 0.001 0.002 0.006 0.034 0.190 0.586 0.182 64 W 0.005 0.062 0.209 0.359 0.269 0.089 0.008 65 E 0.045 0.282 0.330 0.222 0.092 0.026 0.003 66 C 0.013 0.050 0.146 0.339 0.324 0.123 0.006 67 R 0.076 0.182 0.249 0.269 0.175 0.047 0.002 68 E 0.345 0.328 0.199 0.092 0.031 0.006 0.001 69 E 0.475 0.281 0.136 0.070 0.029 0.009 0.001 70 L 0.189 0.235 0.269 0.203 0.080 0.023 0.001 71 G 0.487 0.275 0.107 0.070 0.042 0.017 0.002 72 L 0.134 0.168 0.253 0.254 0.154 0.035 0.002 73 S 0.204 0.255 0.235 0.185 0.094 0.024 0.001 74 D 0.555 0.292 0.109 0.035 0.008 0.001 0.001 75 D 0.600 0.289 0.080 0.023 0.006 0.001 0.001 76 D 0.115 0.204 0.265 0.260 0.129 0.027 0.001 77 C 0.039 0.084 0.181 0.368 0.260 0.066 0.003 78 S 0.226 0.457 0.226 0.073 0.015 0.003 0.001 79 K 0.052 0.227 0.343 0.261 0.099 0.017 0.001 80 L 0.010 0.013 0.031 0.156 0.402 0.358 0.031 81 S 0.054 0.232 0.326 0.248 0.102 0.034 0.004 82 R 0.061 0.239 0.301 0.246 0.110 0.040 0.004 83 A 0.018 0.040 0.072 0.185 0.332 0.309 0.044 84 F 0.033 0.094 0.192 0.285 0.248 0.124 0.024 85 D 0.134 0.321 0.240 0.146 0.079 0.060 0.019 86 L 0.036 0.099 0.169 0.258 0.244 0.162 0.032 87 R 0.030 0.061 0.117 0.231 0.307 0.210 0.044 88 E 0.136 0.232 0.247 0.207 0.121 0.049 0.008 89 E 0.315 0.345 0.203 0.094 0.032 0.010 0.002 90 S 0.188 0.204 0.225 0.209 0.125 0.044 0.005 91 D 0.226 0.294 0.234 0.153 0.068 0.023 0.002 92 Y 0.134 0.117 0.178 0.261 0.222 0.083 0.006 93 G 0.362 0.290 0.182 0.108 0.044 0.012 0.001 94 I 0.210 0.223 0.217 0.193 0.111 0.042 0.004 95 Y 0.161 0.160 0.199 0.228 0.178 0.069 0.005 96 K 0.238 0.273 0.247 0.158 0.067 0.016 0.001 97 E 0.408 0.343 0.146 0.065 0.027 0.010 0.002 98 V 0.052 0.099 0.179 0.287 0.280 0.096 0.007 99 S 0.161 0.342 0.252 0.155 0.069 0.019 0.002 100 K 0.107 0.330 0.316 0.188 0.049 0.008 0.001 101 D 0.446 0.347 0.129 0.051 0.021 0.005 0.001 102 L 0.033 0.239 0.384 0.258 0.073 0.013 0.001 103 A 0.003 0.008 0.028 0.202 0.472 0.273 0.013 104 I 0.024 0.206 0.385 0.280 0.089 0.015 0.001 105 K 0.049 0.372 0.382 0.157 0.035 0.005 0.001 106 I 0.001 0.004 0.014 0.088 0.392 0.478 0.023 107 L 0.002 0.024 0.107 0.332 0.385 0.145 0.005 108 K 0.028 0.382 0.404 0.147 0.032 0.006 0.001 109 D 0.001 0.019 0.165 0.435 0.331 0.048 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.017 0.206 0.713 0.062 111 E 0.005 0.088 0.304 0.412 0.167 0.023 0.001 112 I 0.008 0.170 0.420 0.312 0.084 0.006 0.001 113 F 0.001 0.002 0.008 0.062 0.333 0.558 0.037 114 V 0.001 0.009 0.044 0.247 0.457 0.233 0.010 115 Q 0.050 0.462 0.351 0.112 0.022 0.003 0.001 116 K 0.004 0.046 0.276 0.506 0.158 0.011 0.001 117 A 0.001 0.002 0.005 0.046 0.335 0.579 0.032 118 K 0.015 0.117 0.332 0.385 0.137 0.013 0.001 119 N 0.211 0.557 0.176 0.045 0.009 0.001 0.001 120 A 0.021 0.123 0.320 0.407 0.114 0.013 0.001 121 V 0.026 0.056 0.137 0.376 0.343 0.061 0.001 122 N 0.370 0.417 0.167 0.040 0.006 0.001 0.001 123 K 0.737 0.219 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 124 N 0.714 0.188 0.069 0.024 0.005 0.001 0.001 125 R 0.795 0.148 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001