# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.017 0.257 0.076 0.089 0.003 0.035 0.047 0.028 0.019 0.030 0.019 0.013 0.024 0.029 0.036 0.053 0.034 0.011 0.023 0.020 0.063 0.074 2 E 0.009 0.094 0.095 0.057 0.006 0.042 0.013 0.037 0.032 0.036 0.037 0.052 0.035 0.044 0.006 0.086 0.077 0.011 0.037 0.055 0.117 0.020 3 N 0.009 0.088 0.081 0.122 0.005 0.022 0.049 0.085 0.041 0.022 0.031 0.028 0.043 0.034 0.033 0.062 0.065 0.008 0.018 0.020 0.035 0.101 4 L 0.008 0.097 0.067 0.039 0.003 0.033 0.046 0.074 0.046 0.032 0.044 0.038 0.038 0.040 0.018 0.066 0.134 0.030 0.010 0.038 0.065 0.035 5 Y 0.014 0.090 0.072 0.063 0.005 0.024 0.036 0.105 0.037 0.012 0.025 0.026 0.034 0.027 0.019 0.060 0.054 0.117 0.013 0.031 0.042 0.095 6 F 0.009 0.073 0.081 0.050 0.003 0.030 0.038 0.087 0.020 0.013 0.025 0.019 0.022 0.020 0.013 0.046 0.042 0.186 0.010 0.033 0.042 0.136 7 Q 0.013 0.110 0.142 0.056 0.006 0.021 0.047 0.090 0.015 0.007 0.011 0.021 0.011 0.016 0.004 0.044 0.051 0.130 0.010 0.029 0.048 0.118 8 S 0.019 0.175 0.258 0.138 0.007 0.021 0.046 0.035 0.006 0.006 0.007 0.009 0.006 0.004 0.007 0.021 0.013 0.135 0.007 0.014 0.028 0.039 9 M 0.087 0.050 0.271 0.149 0.026 0.031 0.240 0.012 0.005 0.004 0.007 0.005 0.003 0.005 0.001 0.017 0.014 0.020 0.007 0.010 0.023 0.014 10 G 0.341 0.032 0.025 0.027 0.131 0.012 0.313 0.008 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.011 0.010 0.002 0.039 0.007 0.016 0.009 11 L 0.011 0.195 0.046 0.153 0.002 0.026 0.016 0.011 0.009 0.008 0.008 0.005 0.010 0.007 0.012 0.032 0.063 0.005 0.285 0.010 0.023 0.064 12 R 0.008 0.083 0.040 0.057 0.002 0.007 0.010 0.012 0.016 0.013 0.015 0.035 0.040 0.015 0.007 0.078 0.282 0.004 0.050 0.032 0.066 0.126 13 T 0.005 0.052 0.014 0.021 0.001 0.005 0.009 0.009 0.017 0.011 0.022 0.014 0.019 0.018 0.039 0.074 0.219 0.005 0.217 0.021 0.042 0.166 14 V 0.002 0.031 0.009 0.012 0.001 0.003 0.004 0.007 0.022 0.023 0.024 0.042 0.038 0.020 0.013 0.076 0.278 0.058 0.073 0.082 0.083 0.101 15 E 0.002 0.024 0.010 0.017 0.001 0.003 0.004 0.009 0.021 0.011 0.027 0.030 0.030 0.020 0.027 0.057 0.148 0.055 0.012 0.208 0.060 0.224 16 M 0.003 0.035 0.016 0.016 0.001 0.002 0.006 0.008 0.017 0.017 0.017 0.024 0.019 0.015 0.017 0.063 0.067 0.169 0.005 0.212 0.104 0.166 17 K 0.008 0.103 0.060 0.043 0.004 0.004 0.013 0.008 0.008 0.010 0.016 0.012 0.012 0.008 0.017 0.041 0.036 0.309 0.003 0.126 0.068 0.092 18 K 0.026 0.188 0.098 0.212 0.009 0.009 0.039 0.002 0.006 0.015 0.016 0.011 0.007 0.007 0.009 0.039 0.019 0.064 0.005 0.097 0.079 0.044 19 G 0.112 0.097 0.066 0.120 0.347 0.009 0.048 0.003 0.002 0.002 0.007 0.007 0.003 0.006 0.002 0.010 0.007 0.078 0.015 0.018 0.026 0.015 20 P 0.020 0.149 0.301 0.253 0.017 0.044 0.034 0.005 0.004 0.002 0.005 0.009 0.003 0.003 0.003 0.013 0.010 0.025 0.040 0.012 0.014 0.035 21 T 0.036 0.235 0.195 0.133 0.027 0.042 0.135 0.010 0.005 0.002 0.005 0.008 0.006 0.004 0.002 0.013 0.009 0.035 0.009 0.008 0.017 0.063 22 D 0.028 0.153 0.230 0.214 0.022 0.033 0.055 0.012 0.008 0.002 0.004 0.008 0.004 0.006 0.002 0.028 0.027 0.014 0.106 0.009 0.018 0.017 23 S 0.037 0.156 0.097 0.143 0.014 0.023 0.164 0.016 0.014 0.005 0.007 0.011 0.019 0.006 0.011 0.044 0.049 0.005 0.045 0.008 0.020 0.107 24 L 0.007 0.164 0.057 0.099 0.002 0.008 0.036 0.006 0.017 0.018 0.018 0.018 0.014 0.020 0.012 0.088 0.167 0.009 0.081 0.053 0.080 0.026 25 G 0.038 0.026 0.013 0.022 0.016 0.004 0.027 0.005 0.029 0.015 0.021 0.031 0.027 0.020 0.016 0.123 0.155 0.008 0.091 0.072 0.099 0.141 26 I 0.001 0.031 0.005 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 0.023 0.031 0.013 0.017 0.026 0.035 0.129 0.176 0.030 0.077 0.078 0.101 0.188 27 S 0.002 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.028 0.024 0.031 0.068 0.042 0.026 0.007 0.101 0.166 0.051 0.013 0.193 0.136 0.089 28 I 0.003 0.016 0.007 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.023 0.018 0.031 0.022 0.016 0.016 0.054 0.105 0.095 0.080 0.007 0.144 0.099 0.256 29 A 0.005 0.026 0.029 0.015 0.004 0.003 0.008 0.002 0.019 0.030 0.051 0.048 0.040 0.019 0.007 0.073 0.065 0.242 0.004 0.184 0.084 0.042 30 G 0.090 0.039 0.041 0.068 0.075 0.007 0.056 0.002 0.009 0.012 0.031 0.019 0.010 0.016 0.014 0.053 0.113 0.037 0.009 0.159 0.093 0.047 31 G 0.123 0.108 0.074 0.063 0.106 0.019 0.081 0.006 0.008 0.010 0.016 0.016 0.011 0.012 0.011 0.027 0.030 0.049 0.040 0.061 0.050 0.081 32 V 0.010 0.215 0.123 0.198 0.005 0.007 0.019 0.003 0.002 0.004 0.005 0.004 0.003 0.002 0.005 0.021 0.017 0.245 0.037 0.021 0.023 0.033 33 G 0.152 0.126 0.078 0.081 0.057 0.015 0.111 0.003 0.002 0.001 0.003 0.006 0.003 0.004 0.004 0.015 0.013 0.021 0.031 0.020 0.017 0.239 34 S 0.002 0.493 0.025 0.178 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.128 0.127 0.005 0.011 0.005 35 P 0.014 0.040 0.385 0.339 0.057 0.046 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.013 0.006 0.003 0.037 36 L 0.022 0.063 0.178 0.055 0.006 0.010 0.545 0.010 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.025 0.005 0.026 0.011 0.022 37 G 0.305 0.065 0.044 0.093 0.069 0.008 0.256 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.016 0.009 0.012 0.059 0.012 0.022 0.008 38 D 0.060 0.164 0.083 0.082 0.026 0.021 0.097 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.003 0.005 0.006 0.027 0.013 0.005 0.139 0.042 0.043 0.166 39 V 0.001 0.275 0.030 0.243 0.002 0.006 0.004 0.001 0.019 0.011 0.005 0.010 0.014 0.009 0.002 0.078 0.062 0.006 0.127 0.021 0.060 0.013 40 P 0.010 0.028 0.015 0.204 0.018 0.003 0.011 0.003 0.033 0.009 0.005 0.009 0.033 0.014 0.023 0.083 0.132 0.001 0.038 0.020 0.042 0.264 41 I 0.001 0.027 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.057 0.036 0.020 0.032 0.028 0.024 0.165 0.245 0.003 0.033 0.077 0.189 0.019 42 F 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.055 0.045 0.058 0.083 0.063 0.018 0.144 0.090 0.002 0.009 0.196 0.122 0.057 43 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.096 0.134 0.033 0.030 0.039 0.029 0.129 0.088 0.004 0.001 0.145 0.210 0.022 44 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.127 0.080 0.057 0.121 0.094 0.037 0.121 0.023 0.017 0.002 0.054 0.106 0.036 45 M 0.002 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 0.118 0.106 0.038 0.067 0.058 0.034 0.108 0.021 0.070 0.001 0.150 0.122 0.023 46 M 0.003 0.062 0.031 0.018 0.001 0.005 0.003 0.001 0.073 0.128 0.080 0.042 0.098 0.088 0.043 0.102 0.037 0.009 0.003 0.038 0.072 0.062 47 H 0.003 0.263 0.029 0.156 0.019 0.009 0.003 0.004 0.026 0.060 0.048 0.038 0.038 0.031 0.013 0.065 0.019 0.055 0.005 0.031 0.073 0.012 48 P 0.012 0.058 0.356 0.307 0.027 0.073 0.016 0.012 0.008 0.012 0.015 0.009 0.014 0.011 0.014 0.012 0.005 0.007 0.001 0.003 0.010 0.017 49 T 0.039 0.149 0.157 0.093 0.012 0.022 0.385 0.016 0.004 0.009 0.007 0.012 0.003 0.011 0.002 0.018 0.004 0.002 0.005 0.012 0.034 0.004 50 G 0.033 0.364 0.032 0.297 0.080 0.056 0.033 0.027 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 0.006 0.004 0.021 0.005 0.012 0.005 51 V 0.004 0.051 0.369 0.110 0.006 0.329 0.008 0.070 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.006 0.007 0.005 0.002 0.004 0.013 52 A 0.004 0.026 0.081 0.012 0.002 0.040 0.252 0.536 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.003 0.002 0.004 0.011 53 A 0.003 0.029 0.081 0.022 0.001 0.021 0.179 0.592 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.007 0.010 0.007 0.005 0.006 0.019 54 Q 0.011 0.072 0.215 0.069 0.002 0.009 0.155 0.370 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.009 0.017 0.014 0.005 0.009 0.008 0.016 55 T 0.035 0.130 0.171 0.163 0.003 0.013 0.365 0.019 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.010 0.009 0.011 0.011 0.023 0.007 56 Q 0.473 0.019 0.035 0.018 0.198 0.007 0.154 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.006 0.003 0.031 0.005 0.015 0.005 57 K 0.009 0.102 0.049 0.100 0.002 0.015 0.022 0.014 0.005 0.003 0.008 0.006 0.005 0.008 0.010 0.010 0.009 0.011 0.550 0.012 0.012 0.038 58 L 0.007 0.258 0.074 0.170 0.003 0.011 0.015 0.011 0.019 0.011 0.011 0.049 0.033 0.028 0.005 0.027 0.046 0.019 0.024 0.014 0.030 0.137 59 R 0.007 0.347 0.084 0.181 0.006 0.010 0.012 0.006 0.020 0.008 0.010 0.011 0.013 0.011 0.021 0.031 0.013 0.039 0.072 0.007 0.026 0.068 60 V 0.006 0.161 0.111 0.352 0.006 0.023 0.016 0.005 0.023 0.018 0.015 0.023 0.040 0.015 0.013 0.036 0.017 0.034 0.017 0.008 0.033 0.027 61 G 0.035 0.059 0.077 0.101 0.077 0.018 0.138 0.013 0.027 0.012 0.019 0.079 0.038 0.028 0.008 0.041 0.034 0.008 0.006 0.088 0.053 0.040 62 D 0.006 0.129 0.048 0.120 0.002 0.015 0.035 0.012 0.064 0.036 0.025 0.017 0.046 0.022 0.020 0.145 0.126 0.003 0.019 0.024 0.058 0.029 63 R 0.006 0.033 0.026 0.020 0.003 0.005 0.017 0.010 0.039 0.034 0.023 0.019 0.050 0.036 0.023 0.127 0.356 0.002 0.007 0.025 0.076 0.062 64 I 0.002 0.017 0.006 0.003 0.001 0.002 0.005 0.005 0.034 0.032 0.049 0.029 0.033 0.025 0.020 0.186 0.214 0.023 0.017 0.091 0.149 0.060 65 V 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.050 0.058 0.033 0.048 0.058 0.019 0.129 0.076 0.122 0.015 0.057 0.103 0.182 66 T 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.046 0.042 0.068 0.022 0.035 0.009 0.095 0.061 0.097 0.006 0.197 0.188 0.086 67 I 0.002 0.052 0.020 0.014 0.001 0.003 0.002 0.005 0.040 0.061 0.053 0.018 0.043 0.022 0.077 0.062 0.043 0.337 0.002 0.024 0.048 0.071 68 C 0.028 0.036 0.098 0.085 0.013 0.009 0.042 0.005 0.027 0.058 0.076 0.050 0.056 0.024 0.021 0.067 0.039 0.111 0.002 0.075 0.062 0.018 69 G 0.540 0.012 0.007 0.004 0.199 0.005 0.147 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.003 0.006 0.003 0.007 0.004 0.019 0.005 0.005 0.011 0.007 70 T 0.010 0.130 0.058 0.071 0.006 0.017 0.015 0.005 0.003 0.008 0.011 0.007 0.006 0.007 0.003 0.015 0.013 0.026 0.535 0.010 0.017 0.024 71 S 0.013 0.322 0.066 0.237 0.010 0.012 0.012 0.015 0.003 0.003 0.005 0.011 0.011 0.004 0.004 0.013 0.014 0.038 0.023 0.007 0.015 0.164 72 T 0.026 0.088 0.514 0.066 0.009 0.064 0.024 0.020 0.002 0.001 0.007 0.005 0.003 0.003 0.006 0.009 0.020 0.010 0.071 0.004 0.008 0.039 73 E 0.032 0.085 0.173 0.137 0.009 0.009 0.391 0.033 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.004 0.082 0.004 0.007 0.006 74 G 0.368 0.048 0.024 0.036 0.081 0.037 0.318 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.033 0.009 0.004 0.009 75 M 0.017 0.241 0.144 0.217 0.007 0.072 0.035 0.028 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 0.164 0.022 0.016 0.008 76 T 0.006 0.367 0.021 0.490 0.009 0.027 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.006 0.004 77 H 0.002 0.004 0.045 0.009 0.002 0.903 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.074 0.010 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.004 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.002 0.135 0.002 0.001 0.002 0.043 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.012 0.006 0.170 0.003 0.001 0.008 0.251 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 86 N 0.020 0.020 0.352 0.010 0.002 0.017 0.359 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.005 0.003 0.002 0.018 87 A 0.022 0.231 0.412 0.168 0.003 0.016 0.033 0.033 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.048 0.009 0.001 0.003 0.003 88 S 0.108 0.054 0.360 0.243 0.018 0.025 0.143 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.005 0.001 0.003 0.007 89 G 0.241 0.034 0.041 0.034 0.087 0.008 0.456 0.003 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.006 0.001 0.009 0.010 0.005 0.037 0.001 0.008 0.003 90 S 0.020 0.160 0.030 0.118 0.005 0.014 0.035 0.004 0.018 0.008 0.014 0.017 0.040 0.015 0.026 0.035 0.045 0.003 0.309 0.003 0.010 0.069 91 I 0.002 0.123 0.017 0.036 0.001 0.002 0.003 0.001 0.028 0.076 0.044 0.058 0.066 0.028 0.021 0.068 0.240 0.010 0.028 0.011 0.065 0.072 92 E 0.003 0.016 0.007 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.072 0.025 0.035 0.052 0.124 0.039 0.045 0.164 0.172 0.001 0.093 0.009 0.030 0.102 93 M 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.095 0.074 0.027 0.054 0.038 0.089 0.091 0.313 0.011 0.023 0.021 0.061 0.051 94 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.042 0.049 0.102 0.078 0.036 0.013 0.088 0.151 0.016 0.005 0.246 0.075 0.050 95 V 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.073 0.037 0.014 0.029 0.024 0.063 0.078 0.045 0.218 0.002 0.110 0.080 0.187 96 V 0.001 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.032 0.041 0.030 0.022 0.006 0.071 0.058 0.167 0.001 0.257 0.159 0.076 97 A 0.002 0.114 0.017 0.081 0.002 0.002 0.002 0.001 0.015 0.050 0.034 0.012 0.014 0.010 0.035 0.052 0.025 0.275 0.001 0.111 0.088 0.058 98 G 0.069 0.064 0.104 0.168 0.084 0.016 0.034 0.003 0.014 0.030 0.042 0.025 0.027 0.014 0.012 0.036 0.039 0.086 0.002 0.049 0.054 0.028 99 G 0.151 0.082 0.085 0.100 0.110 0.016 0.262 0.003 0.005 0.006 0.022 0.009 0.004 0.010 0.005 0.017 0.014 0.013 0.016 0.019 0.036 0.014 100 D 0.134 0.188 0.060 0.121 0.054 0.026 0.119 0.007 0.006 0.004 0.008 0.009 0.008 0.006 0.006 0.022 0.018 0.014 0.108 0.012 0.021 0.048 101 V 0.013 0.306 0.131 0.171 0.005 0.021 0.018 0.006 0.004 0.003 0.006 0.006 0.004 0.006 0.005 0.022 0.029 0.008 0.110 0.010 0.022 0.093 102 S 0.011 0.315 0.064 0.284 0.013 0.011 0.022 0.010 0.005 0.002 0.004 0.010 0.006 0.004 0.004 0.021 0.023 0.011 0.094 0.010 0.019 0.057 103 E 0.012 0.179 0.151 0.262 0.012 0.055 0.028 0.013 0.006 0.003 0.005 0.006 0.005 0.005 0.008 0.022 0.026 0.010 0.112 0.014 0.020 0.048 104 T 0.018 0.120 0.098 0.193 0.019 0.019 0.128 0.056 0.010 0.004 0.006 0.020 0.009 0.009 0.006 0.030 0.053 0.012 0.035 0.077 0.034 0.046 105 S 0.017 0.203 0.054 0.179 0.005 0.027 0.058 0.041 0.009 0.004 0.007 0.009 0.007 0.008 0.017 0.037 0.042 0.016 0.022 0.105 0.047 0.087 106 V 0.014 0.140 0.097 0.107 0.007 0.030 0.033 0.043 0.011 0.007 0.010 0.017 0.010 0.015 0.007 0.058 0.054 0.022 0.020 0.123 0.094 0.080