# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.074 0.072 0.003 0.112 0.058 0.091 0.140 0.008 0.001 0.147 0.295 2 E 0.057 0.053 0.004 0.107 0.062 0.128 0.133 0.008 0.002 0.078 0.370 3 N 0.040 0.042 0.003 0.080 0.067 0.153 0.125 0.005 0.001 0.068 0.415 4 L 0.044 0.023 0.002 0.052 0.089 0.202 0.105 0.004 0.001 0.121 0.358 5 Y 0.027 0.054 0.005 0.062 0.086 0.175 0.124 0.003 0.003 0.095 0.365 6 F 0.086 0.021 0.028 0.032 0.077 0.121 0.118 0.005 0.018 0.077 0.417 7 Q 0.172 0.009 0.005 0.014 0.065 0.102 0.089 0.017 0.004 0.091 0.432 8 S 0.247 0.007 0.001 0.008 0.016 0.038 0.086 0.004 0.001 0.054 0.538 9 M 0.023 0.001 0.003 0.024 0.019 0.073 0.122 0.001 0.001 0.052 0.681 10 G 0.003 0.003 0.001 0.019 0.072 0.179 0.109 0.001 0.001 0.045 0.569 11 L 0.004 0.002 0.001 0.022 0.268 0.247 0.074 0.001 0.001 0.033 0.348 12 R 0.001 0.004 0.001 0.055 0.313 0.431 0.028 0.001 0.001 0.020 0.148 13 T 0.001 0.002 0.001 0.031 0.271 0.525 0.015 0.001 0.001 0.052 0.102 14 V 0.003 0.001 0.001 0.078 0.399 0.355 0.014 0.001 0.001 0.054 0.094 15 E 0.007 0.002 0.001 0.106 0.226 0.486 0.022 0.001 0.001 0.046 0.103 16 M 0.026 0.001 0.001 0.097 0.235 0.257 0.038 0.001 0.001 0.055 0.291 17 K 0.006 0.001 0.001 0.057 0.202 0.187 0.069 0.001 0.001 0.022 0.457 18 K 0.001 0.001 0.001 0.011 0.050 0.100 0.108 0.001 0.001 0.009 0.718 19 G 0.135 0.001 0.002 0.016 0.044 0.038 0.112 0.010 0.002 0.054 0.586 20 P 0.125 0.003 0.003 0.012 0.005 0.008 0.095 0.003 0.001 0.134 0.610 21 T 0.027 0.001 0.002 0.009 0.006 0.020 0.119 0.001 0.001 0.075 0.740 22 D 0.010 0.001 0.001 0.024 0.059 0.147 0.113 0.002 0.001 0.097 0.547 23 S 0.008 0.001 0.001 0.023 0.061 0.105 0.120 0.001 0.001 0.066 0.616 24 L 0.001 0.001 0.001 0.047 0.226 0.399 0.052 0.001 0.001 0.068 0.206 25 G 0.001 0.001 0.001 0.054 0.199 0.407 0.042 0.001 0.001 0.103 0.192 26 I 0.001 0.001 0.001 0.171 0.327 0.295 0.025 0.001 0.001 0.058 0.121 27 S 0.003 0.001 0.001 0.256 0.234 0.329 0.026 0.001 0.001 0.067 0.084 28 I 0.008 0.001 0.001 0.130 0.272 0.339 0.027 0.001 0.001 0.081 0.140 29 A 0.024 0.002 0.001 0.221 0.107 0.216 0.092 0.001 0.001 0.071 0.263 30 G 0.027 0.002 0.001 0.081 0.048 0.183 0.140 0.008 0.001 0.053 0.457 31 G 0.258 0.005 0.001 0.033 0.033 0.044 0.092 0.001 0.001 0.046 0.486 32 V 0.004 0.001 0.001 0.014 0.046 0.079 0.146 0.001 0.001 0.021 0.686 33 G 0.011 0.008 0.003 0.008 0.011 0.016 0.103 0.001 0.002 0.014 0.823 34 S 0.397 0.007 0.005 0.003 0.041 0.022 0.061 0.043 0.003 0.117 0.303 35 P 0.173 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.058 0.003 0.001 0.049 0.707 36 L 0.083 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.074 0.001 0.001 0.031 0.783 37 G 0.015 0.001 0.001 0.013 0.013 0.017 0.117 0.001 0.001 0.020 0.802 38 D 0.004 0.001 0.001 0.008 0.029 0.028 0.161 0.002 0.001 0.019 0.748 39 V 0.004 0.003 0.001 0.125 0.173 0.085 0.119 0.002 0.001 0.044 0.444 40 P 0.002 0.003 0.001 0.345 0.106 0.178 0.059 0.001 0.001 0.045 0.260 41 I 0.001 0.002 0.001 0.467 0.142 0.185 0.024 0.001 0.001 0.039 0.138 42 F 0.003 0.001 0.001 0.663 0.113 0.107 0.015 0.001 0.001 0.030 0.067 43 I 0.014 0.002 0.001 0.455 0.137 0.168 0.029 0.002 0.001 0.052 0.140 44 A 0.016 0.001 0.001 0.410 0.063 0.118 0.062 0.001 0.001 0.036 0.292 45 M 0.004 0.001 0.001 0.191 0.061 0.129 0.127 0.001 0.001 0.026 0.460 46 M 0.007 0.001 0.001 0.100 0.063 0.073 0.142 0.002 0.001 0.025 0.586 47 H 0.421 0.013 0.002 0.035 0.033 0.021 0.088 0.009 0.002 0.067 0.308 48 P 0.069 0.020 0.001 0.012 0.005 0.006 0.109 0.003 0.001 0.037 0.737 49 T 0.011 0.049 0.001 0.006 0.006 0.012 0.102 0.006 0.001 0.010 0.800 50 G 0.103 0.414 0.002 0.010 0.010 0.019 0.075 0.033 0.001 0.034 0.300 51 V 0.129 0.290 0.004 0.012 0.015 0.018 0.047 0.007 0.001 0.240 0.238 52 A 0.047 0.290 0.046 0.012 0.019 0.031 0.076 0.005 0.020 0.219 0.235 53 A 0.359 0.135 0.020 0.007 0.015 0.022 0.074 0.018 0.009 0.066 0.276 54 Q 0.398 0.148 0.003 0.011 0.012 0.018 0.050 0.027 0.003 0.053 0.276 55 T 0.087 0.074 0.001 0.009 0.011 0.045 0.117 0.007 0.001 0.026 0.623 56 Q 0.028 0.041 0.003 0.050 0.026 0.112 0.090 0.004 0.001 0.040 0.606 57 K 0.020 0.020 0.006 0.021 0.112 0.129 0.151 0.002 0.002 0.056 0.482 58 L 0.014 0.003 0.004 0.044 0.040 0.055 0.080 0.002 0.002 0.026 0.730 59 R 0.490 0.023 0.002 0.028 0.030 0.048 0.069 0.012 0.002 0.086 0.208 60 V 0.128 0.005 0.005 0.030 0.010 0.026 0.118 0.003 0.002 0.062 0.611 61 G 0.008 0.006 0.001 0.053 0.029 0.139 0.130 0.004 0.001 0.039 0.591 62 D 0.005 0.003 0.001 0.058 0.131 0.281 0.096 0.001 0.001 0.106 0.318 63 R 0.001 0.002 0.001 0.105 0.249 0.443 0.029 0.001 0.001 0.075 0.096 64 I 0.001 0.001 0.001 0.087 0.285 0.424 0.017 0.001 0.001 0.056 0.128 65 V 0.001 0.001 0.001 0.136 0.387 0.324 0.019 0.001 0.001 0.040 0.091 66 T 0.014 0.001 0.001 0.145 0.204 0.362 0.026 0.001 0.001 0.135 0.111 67 I 0.200 0.001 0.001 0.072 0.093 0.110 0.075 0.005 0.001 0.132 0.311 68 C 0.027 0.001 0.001 0.051 0.024 0.048 0.129 0.002 0.001 0.040 0.678 69 G 0.008 0.001 0.001 0.057 0.023 0.057 0.163 0.002 0.001 0.044 0.644 70 T 0.026 0.002 0.001 0.098 0.080 0.069 0.190 0.003 0.001 0.064 0.465 71 S 0.057 0.006 0.002 0.123 0.058 0.070 0.141 0.007 0.001 0.118 0.419 72 T 0.173 0.017 0.001 0.058 0.017 0.028 0.143 0.003 0.001 0.109 0.451 73 E 0.025 0.012 0.001 0.032 0.013 0.041 0.200 0.006 0.001 0.060 0.610 74 G 0.074 0.061 0.001 0.023 0.005 0.012 0.144 0.001 0.001 0.127 0.550 75 M 0.008 0.069 0.001 0.021 0.023 0.033 0.163 0.007 0.001 0.258 0.417 76 T 0.026 0.815 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.001 0.060 0.073 77 H 0.014 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.033 0.029 78 T 0.012 0.618 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.308 0.045 79 Q 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.010 80 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 81 V 0.009 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.020 0.011 82 N 0.018 0.701 0.007 0.002 0.001 0.001 0.014 0.004 0.003 0.181 0.069 83 L 0.081 0.342 0.050 0.003 0.001 0.001 0.036 0.029 0.019 0.349 0.088 84 L 0.125 0.065 0.208 0.008 0.001 0.002 0.060 0.022 0.177 0.163 0.169 85 K 0.093 0.007 0.008 0.003 0.001 0.003 0.092 0.002 0.010 0.023 0.757 86 N 0.076 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.079 0.002 0.001 0.026 0.809 87 A 0.061 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.150 0.005 0.001 0.066 0.705 88 S 0.015 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.124 0.001 0.001 0.029 0.812 89 G 0.003 0.001 0.001 0.028 0.036 0.092 0.130 0.001 0.001 0.042 0.667 90 S 0.002 0.001 0.001 0.092 0.063 0.170 0.096 0.001 0.001 0.082 0.494 91 I 0.001 0.001 0.001 0.204 0.207 0.352 0.027 0.001 0.001 0.066 0.143 92 E 0.001 0.001 0.001 0.156 0.240 0.449 0.013 0.001 0.001 0.060 0.082 93 M 0.001 0.001 0.001 0.176 0.349 0.360 0.007 0.001 0.001 0.029 0.078 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.178 0.322 0.421 0.008 0.001 0.001 0.031 0.039 95 V 0.002 0.001 0.001 0.105 0.357 0.418 0.013 0.001 0.001 0.038 0.066 96 V 0.029 0.001 0.001 0.150 0.199 0.337 0.039 0.001 0.002 0.059 0.182 97 A 0.225 0.001 0.001 0.043 0.051 0.091 0.071 0.005 0.002 0.062 0.446 98 G 0.040 0.001 0.001 0.011 0.010 0.018 0.071 0.001 0.001 0.019 0.828 99 G 0.003 0.001 0.001 0.006 0.033 0.064 0.110 0.004 0.001 0.020 0.759 100 D 0.042 0.001 0.001 0.014 0.040 0.053 0.097 0.002 0.001 0.053 0.697 101 V 0.021 0.001 0.002 0.024 0.070 0.085 0.091 0.003 0.001 0.068 0.634 102 S 0.056 0.001 0.001 0.012 0.032 0.054 0.076 0.002 0.001 0.053 0.714 103 E 0.029 0.001 0.001 0.014 0.018 0.028 0.103 0.002 0.001 0.027 0.778 104 T 0.010 0.001 0.001 0.012 0.045 0.035 0.090 0.001 0.001 0.017 0.790 105 S 0.005 0.001 0.001 0.016 0.037 0.039 0.118 0.001 0.001 0.012 0.770 106 V 0.003 0.001 0.001 0.016 0.067 0.047 0.114 0.007 0.001 0.011 0.735