# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.172 0.279 0.045 0.041 0.052 0.064 0.096 0.250 2 E 0.049 0.194 0.047 0.043 0.088 0.101 0.056 0.422 3 N 0.083 0.178 0.033 0.038 0.077 0.084 0.096 0.411 4 L 0.057 0.082 0.034 0.091 0.073 0.084 0.236 0.344 5 Y 0.046 0.076 0.036 0.071 0.115 0.105 0.188 0.363 6 F 0.057 0.044 0.033 0.065 0.103 0.099 0.121 0.477 7 Q 0.162 0.027 0.020 0.040 0.051 0.093 0.043 0.563 8 S 0.302 0.036 0.008 0.022 0.040 0.062 0.046 0.484 9 M 0.024 0.012 0.012 0.017 0.052 0.130 0.027 0.727 10 G 0.025 0.024 0.025 0.065 0.208 0.107 0.063 0.484 11 L 0.020 0.030 0.025 0.159 0.197 0.075 0.048 0.446 12 R 0.006 0.021 0.055 0.234 0.418 0.038 0.026 0.201 13 T 0.006 0.011 0.045 0.263 0.496 0.019 0.034 0.127 14 V 0.007 0.005 0.046 0.435 0.395 0.014 0.022 0.077 15 E 0.006 0.002 0.039 0.344 0.494 0.014 0.015 0.087 16 M 0.018 0.002 0.020 0.312 0.361 0.037 0.019 0.231 17 K 0.012 0.001 0.015 0.244 0.297 0.059 0.030 0.342 18 K 0.015 0.001 0.006 0.043 0.083 0.097 0.019 0.735 19 G 0.147 0.004 0.007 0.064 0.051 0.097 0.042 0.588 20 P 0.149 0.007 0.005 0.020 0.026 0.094 0.041 0.659 21 T 0.074 0.007 0.013 0.011 0.023 0.120 0.050 0.701 22 D 0.156 0.006 0.025 0.029 0.067 0.159 0.032 0.526 23 S 0.026 0.004 0.018 0.028 0.049 0.100 0.062 0.713 24 L 0.003 0.003 0.148 0.077 0.235 0.152 0.030 0.352 25 G 0.003 0.002 0.207 0.122 0.403 0.043 0.062 0.158 26 I 0.002 0.001 0.237 0.343 0.206 0.029 0.045 0.137 27 S 0.003 0.001 0.608 0.116 0.166 0.018 0.035 0.053 28 I 0.034 0.002 0.196 0.211 0.239 0.056 0.081 0.180 29 A 0.032 0.002 0.241 0.089 0.131 0.077 0.061 0.366 30 G 0.043 0.002 0.070 0.051 0.139 0.110 0.040 0.544 31 G 0.042 0.002 0.034 0.057 0.082 0.132 0.058 0.592 32 V 0.011 0.001 0.025 0.069 0.087 0.153 0.026 0.626 33 G 0.017 0.001 0.014 0.022 0.042 0.114 0.032 0.756 34 S 0.245 0.003 0.014 0.048 0.033 0.102 0.065 0.489 35 P 0.316 0.003 0.007 0.011 0.016 0.076 0.034 0.537 36 L 0.044 0.002 0.010 0.010 0.025 0.110 0.024 0.774 37 G 0.019 0.002 0.023 0.019 0.069 0.140 0.024 0.705 38 D 0.029 0.004 0.025 0.048 0.086 0.123 0.055 0.630 39 V 0.013 0.007 0.068 0.151 0.190 0.119 0.043 0.410 40 P 0.003 0.004 0.174 0.122 0.356 0.048 0.051 0.242 41 I 0.001 0.002 0.222 0.243 0.393 0.016 0.044 0.078 42 F 0.004 0.002 0.274 0.280 0.339 0.012 0.030 0.059 43 I 0.007 0.003 0.195 0.326 0.323 0.020 0.028 0.097 44 A 0.016 0.003 0.163 0.220 0.297 0.050 0.041 0.210 45 M 0.007 0.002 0.145 0.150 0.312 0.072 0.058 0.255 46 M 0.017 0.003 0.056 0.078 0.123 0.091 0.026 0.606 47 H 0.532 0.014 0.038 0.072 0.055 0.064 0.051 0.175 48 P 0.032 0.025 0.008 0.016 0.028 0.098 0.012 0.781 49 T 0.012 0.038 0.011 0.005 0.016 0.066 0.006 0.846 50 G 0.183 0.276 0.022 0.048 0.032 0.080 0.092 0.266 51 V 0.177 0.131 0.041 0.046 0.029 0.073 0.271 0.231 52 A 0.151 0.104 0.040 0.034 0.049 0.064 0.212 0.346 53 A 0.232 0.051 0.022 0.021 0.039 0.078 0.070 0.486 54 Q 0.091 0.039 0.008 0.020 0.038 0.072 0.038 0.695 55 T 0.022 0.029 0.013 0.020 0.059 0.096 0.027 0.734 56 Q 0.032 0.031 0.044 0.097 0.176 0.116 0.065 0.439 57 K 0.015 0.015 0.062 0.148 0.166 0.109 0.096 0.390 58 L 0.044 0.015 0.094 0.084 0.084 0.102 0.065 0.511 59 R 0.293 0.031 0.069 0.056 0.056 0.081 0.093 0.322 60 V 0.082 0.033 0.029 0.014 0.026 0.079 0.034 0.704 61 G 0.030 0.026 0.034 0.025 0.104 0.132 0.071 0.577 62 D 0.006 0.012 0.038 0.091 0.208 0.108 0.210 0.328 63 R 0.003 0.010 0.137 0.300 0.367 0.030 0.065 0.089 64 I 0.005 0.007 0.089 0.242 0.422 0.024 0.059 0.152 65 V 0.003 0.002 0.167 0.392 0.325 0.016 0.039 0.056 66 T 0.026 0.002 0.123 0.195 0.413 0.037 0.053 0.152 67 I 0.118 0.003 0.045 0.207 0.179 0.082 0.101 0.265 68 C 0.014 0.003 0.022 0.032 0.077 0.138 0.016 0.697 69 G 0.025 0.004 0.015 0.017 0.060 0.116 0.020 0.742 70 T 0.023 0.007 0.042 0.104 0.081 0.153 0.062 0.529 71 S 0.144 0.019 0.023 0.030 0.041 0.099 0.034 0.609 72 T 0.404 0.019 0.017 0.031 0.026 0.060 0.108 0.336 73 E 0.036 0.029 0.021 0.017 0.034 0.122 0.040 0.701 74 G 0.017 0.032 0.013 0.009 0.031 0.079 0.067 0.752 75 M 0.016 0.130 0.026 0.092 0.046 0.126 0.088 0.476 76 T 0.021 0.854 0.005 0.006 0.009 0.015 0.024 0.066 77 H 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 78 T 0.007 0.836 0.007 0.005 0.006 0.007 0.105 0.028 79 Q 0.002 0.960 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 0.005 80 A 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 81 V 0.015 0.954 0.005 0.002 0.001 0.001 0.017 0.005 82 N 0.018 0.767 0.024 0.011 0.008 0.008 0.106 0.056 83 L 0.104 0.610 0.022 0.005 0.005 0.021 0.104 0.129 84 L 0.221 0.079 0.077 0.042 0.017 0.039 0.355 0.170 85 K 0.065 0.010 0.011 0.009 0.010 0.056 0.100 0.738 86 N 0.186 0.002 0.004 0.001 0.002 0.034 0.056 0.714 87 A 0.160 0.002 0.006 0.006 0.007 0.096 0.030 0.693 88 S 0.017 0.001 0.004 0.001 0.005 0.071 0.007 0.893 89 G 0.014 0.001 0.026 0.015 0.066 0.157 0.013 0.709 90 S 0.004 0.001 0.120 0.084 0.200 0.077 0.040 0.474 91 I 0.002 0.001 0.150 0.312 0.297 0.027 0.023 0.188 92 E 0.001 0.001 0.162 0.323 0.409 0.010 0.020 0.075 93 M 0.001 0.001 0.129 0.433 0.327 0.008 0.013 0.089 94 Q 0.001 0.001 0.153 0.433 0.386 0.003 0.007 0.018 95 V 0.002 0.001 0.091 0.333 0.441 0.013 0.015 0.105 96 V 0.009 0.001 0.110 0.428 0.329 0.017 0.025 0.081 97 A 0.065 0.003 0.036 0.168 0.190 0.056 0.026 0.456 98 G 0.075 0.005 0.016 0.044 0.071 0.081 0.044 0.663 99 G 0.026 0.004 0.019 0.039 0.073 0.117 0.028 0.694 100 D 0.044 0.005 0.019 0.046 0.076 0.109 0.069 0.632 101 V 0.027 0.005 0.025 0.069 0.067 0.103 0.085 0.619 102 S 0.052 0.012 0.032 0.063 0.104 0.106 0.078 0.554 103 E 0.049 0.008 0.025 0.053 0.089 0.092 0.051 0.633 104 T 0.024 0.008 0.039 0.063 0.088 0.104 0.044 0.631 105 S 0.046 0.019 0.042 0.065 0.118 0.115 0.065 0.531 106 V 0.046 0.018 0.030 0.062 0.084 0.103 0.049 0.608