# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.086 0.046 0.005 0.060 0.090 0.127 0.126 0.004 0.001 0.010 0.446 2 E 0.048 0.058 0.005 0.057 0.075 0.107 0.209 0.003 0.001 0.013 0.425 3 N 0.111 0.035 0.004 0.020 0.036 0.057 0.287 0.005 0.001 0.028 0.418 4 L 0.330 0.057 0.019 0.038 0.041 0.058 0.136 0.004 0.001 0.025 0.290 5 Y 0.079 0.043 0.013 0.031 0.050 0.065 0.218 0.003 0.001 0.009 0.489 6 F 0.042 0.023 0.013 0.031 0.086 0.165 0.079 0.001 0.001 0.005 0.556 7 Q 0.031 0.030 0.002 0.047 0.126 0.237 0.064 0.002 0.001 0.003 0.458 8 S 0.079 0.032 0.002 0.021 0.098 0.133 0.068 0.002 0.001 0.004 0.560 9 M 0.024 0.021 0.002 0.014 0.052 0.093 0.069 0.001 0.001 0.003 0.720 10 G 0.087 0.014 0.002 0.022 0.055 0.088 0.183 0.004 0.001 0.019 0.525 11 L 0.333 0.027 0.027 0.034 0.032 0.057 0.105 0.002 0.001 0.026 0.358 12 R 0.037 0.025 0.009 0.087 0.159 0.163 0.082 0.002 0.001 0.005 0.431 13 T 0.028 0.009 0.006 0.090 0.156 0.280 0.055 0.001 0.001 0.004 0.371 14 V 0.010 0.006 0.002 0.129 0.303 0.392 0.021 0.001 0.001 0.001 0.135 15 E 0.005 0.006 0.001 0.152 0.250 0.377 0.028 0.001 0.001 0.001 0.180 16 M 0.005 0.005 0.001 0.105 0.231 0.436 0.026 0.001 0.001 0.001 0.189 17 K 0.008 0.005 0.001 0.129 0.202 0.394 0.032 0.001 0.001 0.002 0.224 18 K 0.012 0.003 0.002 0.064 0.095 0.207 0.042 0.002 0.001 0.004 0.569 19 G 0.019 0.001 0.002 0.039 0.098 0.159 0.087 0.001 0.001 0.005 0.588 20 P 0.008 0.001 0.001 0.008 0.015 0.019 0.019 0.001 0.001 0.001 0.927 21 T 0.014 0.001 0.001 0.016 0.034 0.048 0.138 0.001 0.001 0.004 0.745 22 D 0.085 0.002 0.001 0.013 0.023 0.025 0.100 0.001 0.001 0.009 0.743 23 S 0.157 0.006 0.001 0.014 0.017 0.028 0.153 0.001 0.001 0.017 0.606 24 L 0.198 0.004 0.007 0.051 0.074 0.073 0.186 0.001 0.001 0.027 0.379 25 G 0.086 0.003 0.008 0.102 0.085 0.112 0.196 0.001 0.001 0.014 0.394 26 I 0.011 0.001 0.009 0.190 0.316 0.300 0.040 0.001 0.001 0.003 0.131 27 S 0.001 0.001 0.001 0.264 0.250 0.377 0.033 0.001 0.001 0.001 0.075 28 I 0.001 0.001 0.001 0.247 0.248 0.387 0.016 0.001 0.001 0.001 0.099 29 A 0.001 0.001 0.001 0.263 0.200 0.437 0.024 0.001 0.001 0.001 0.073 30 G 0.004 0.002 0.001 0.159 0.114 0.236 0.072 0.001 0.001 0.003 0.410 31 G 0.033 0.002 0.001 0.139 0.102 0.129 0.101 0.001 0.001 0.015 0.477 32 V 0.022 0.001 0.006 0.051 0.059 0.091 0.086 0.001 0.001 0.007 0.676 33 G 0.009 0.001 0.001 0.039 0.063 0.101 0.106 0.001 0.001 0.004 0.675 34 S 0.056 0.002 0.002 0.035 0.085 0.124 0.140 0.001 0.001 0.007 0.548 35 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.965 36 L 0.051 0.003 0.001 0.021 0.033 0.058 0.318 0.001 0.001 0.017 0.498 37 G 0.354 0.005 0.002 0.016 0.010 0.019 0.159 0.001 0.001 0.027 0.406 38 D 0.193 0.015 0.009 0.033 0.023 0.029 0.090 0.001 0.001 0.011 0.596 39 V 0.051 0.004 0.009 0.092 0.083 0.103 0.124 0.001 0.001 0.007 0.526 40 P 0.008 0.001 0.002 0.032 0.017 0.039 0.028 0.001 0.001 0.001 0.872 41 I 0.012 0.002 0.001 0.215 0.219 0.325 0.044 0.001 0.001 0.002 0.180 42 F 0.010 0.005 0.001 0.205 0.192 0.349 0.052 0.001 0.001 0.002 0.184 43 I 0.006 0.009 0.001 0.317 0.220 0.320 0.021 0.001 0.001 0.001 0.105 44 A 0.006 0.009 0.001 0.295 0.175 0.397 0.035 0.001 0.001 0.002 0.081 45 M 0.026 0.016 0.001 0.172 0.134 0.234 0.075 0.003 0.001 0.005 0.334 46 M 0.061 0.026 0.012 0.184 0.102 0.142 0.080 0.005 0.001 0.007 0.380 47 H 0.027 0.014 0.008 0.086 0.077 0.142 0.141 0.002 0.001 0.005 0.497 48 P 0.002 0.001 0.002 0.011 0.005 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.948 49 T 0.033 0.005 0.001 0.025 0.019 0.057 0.109 0.001 0.001 0.004 0.745 50 G 0.274 0.012 0.001 0.007 0.006 0.009 0.048 0.001 0.001 0.007 0.636 51 V 0.062 0.034 0.002 0.004 0.007 0.006 0.034 0.001 0.001 0.001 0.850 52 A 0.062 0.081 0.002 0.020 0.037 0.084 0.180 0.001 0.001 0.006 0.528 53 A 0.075 0.278 0.001 0.041 0.075 0.149 0.120 0.004 0.001 0.007 0.250 54 Q 0.147 0.487 0.001 0.006 0.025 0.027 0.059 0.007 0.001 0.004 0.237 55 T 0.235 0.472 0.006 0.008 0.022 0.042 0.059 0.017 0.001 0.011 0.129 56 Q 0.335 0.161 0.025 0.016 0.036 0.031 0.097 0.049 0.001 0.024 0.225 57 K 0.186 0.069 0.281 0.021 0.033 0.028 0.136 0.010 0.001 0.012 0.223 58 L 0.033 0.041 0.054 0.111 0.124 0.160 0.098 0.006 0.001 0.005 0.367 59 R 0.026 0.017 0.005 0.137 0.193 0.221 0.112 0.002 0.001 0.004 0.282 60 V 0.011 0.008 0.002 0.026 0.051 0.061 0.051 0.001 0.001 0.002 0.787 61 G 0.024 0.015 0.002 0.131 0.109 0.294 0.120 0.002 0.001 0.014 0.288 62 D 0.125 0.010 0.006 0.093 0.114 0.144 0.138 0.003 0.001 0.044 0.324 63 R 0.046 0.009 0.006 0.274 0.186 0.187 0.099 0.001 0.001 0.012 0.180 64 I 0.017 0.005 0.006 0.215 0.232 0.335 0.050 0.001 0.001 0.004 0.134 65 V 0.002 0.002 0.001 0.380 0.279 0.302 0.013 0.001 0.001 0.001 0.020 66 T 0.001 0.005 0.001 0.232 0.206 0.331 0.028 0.001 0.001 0.001 0.196 67 I 0.004 0.003 0.001 0.220 0.276 0.447 0.015 0.001 0.001 0.001 0.032 68 C 0.004 0.004 0.001 0.062 0.087 0.250 0.127 0.001 0.001 0.003 0.461 69 G 0.026 0.002 0.002 0.065 0.063 0.106 0.106 0.002 0.001 0.023 0.605 70 T 0.127 0.003 0.071 0.074 0.056 0.082 0.192 0.001 0.001 0.038 0.356 71 S 0.011 0.004 0.002 0.064 0.075 0.058 0.191 0.001 0.001 0.003 0.592 72 T 0.015 0.006 0.002 0.054 0.060 0.092 0.068 0.001 0.001 0.005 0.698 73 E 0.026 0.028 0.001 0.068 0.068 0.157 0.244 0.001 0.001 0.007 0.400 74 G 0.120 0.019 0.001 0.015 0.011 0.022 0.237 0.005 0.001 0.022 0.547 75 M 0.484 0.068 0.046 0.055 0.016 0.030 0.090 0.003 0.001 0.019 0.189 76 T 0.030 0.046 0.006 0.033 0.026 0.027 0.297 0.003 0.001 0.003 0.531 77 H 0.011 0.021 0.003 0.015 0.003 0.006 0.035 0.001 0.001 0.001 0.903 78 T 0.008 0.057 0.001 0.006 0.002 0.006 0.140 0.001 0.001 0.003 0.777 79 Q 0.020 0.088 0.001 0.001 0.002 0.004 0.661 0.002 0.001 0.010 0.212 80 A 0.036 0.814 0.001 0.003 0.002 0.003 0.040 0.002 0.001 0.001 0.099 81 V 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 N 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 83 L 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 84 L 0.013 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 85 K 0.048 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.021 86 N 0.111 0.778 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.045 0.001 0.001 0.050 87 A 0.220 0.410 0.013 0.002 0.003 0.001 0.003 0.084 0.001 0.001 0.263 88 S 0.138 0.173 0.025 0.011 0.008 0.008 0.037 0.040 0.001 0.004 0.556 89 G 0.100 0.020 0.039 0.011 0.008 0.008 0.093 0.015 0.001 0.008 0.697 90 S 0.391 0.010 0.052 0.043 0.012 0.017 0.121 0.004 0.001 0.015 0.334 91 I 0.092 0.003 0.052 0.251 0.115 0.091 0.109 0.001 0.001 0.009 0.277 92 E 0.003 0.001 0.006 0.406 0.189 0.240 0.046 0.001 0.001 0.001 0.108 93 M 0.001 0.001 0.001 0.377 0.249 0.344 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.411 0.240 0.320 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 95 V 0.001 0.001 0.001 0.328 0.223 0.327 0.012 0.001 0.001 0.001 0.108 96 V 0.001 0.001 0.001 0.369 0.222 0.339 0.013 0.001 0.001 0.001 0.055 97 A 0.001 0.001 0.001 0.127 0.134 0.322 0.045 0.001 0.001 0.003 0.367 98 G 0.004 0.001 0.001 0.083 0.145 0.263 0.063 0.001 0.001 0.006 0.435 99 G 0.012 0.001 0.001 0.021 0.039 0.076 0.080 0.001 0.001 0.007 0.763 100 D 0.042 0.002 0.001 0.013 0.030 0.035 0.107 0.001 0.001 0.008 0.762 101 V 0.139 0.007 0.003 0.021 0.045 0.062 0.109 0.001 0.001 0.015 0.599 102 S 0.074 0.016 0.002 0.017 0.062 0.077 0.209 0.001 0.001 0.007 0.536 103 E 0.051 0.014 0.002 0.013 0.033 0.056 0.075 0.001 0.001 0.006 0.749 104 T 0.091 0.026 0.004 0.021 0.078 0.137 0.168 0.001 0.001 0.015 0.460 105 S 0.112 0.024 0.006 0.022 0.092 0.118 0.204 0.002 0.001 0.017 0.402 106 V 0.049 0.042 0.009 0.035 0.117 0.172 0.108 0.002 0.001 0.008 0.457