# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.066 0.028 0.080 0.049 0.093 0.159 0.011 0.513 2 E 0.059 0.045 0.149 0.061 0.096 0.112 0.012 0.465 3 N 0.039 0.050 0.049 0.035 0.058 0.251 0.014 0.505 4 L 0.166 0.068 0.101 0.053 0.087 0.152 0.024 0.349 5 Y 0.074 0.080 0.046 0.044 0.084 0.194 0.009 0.468 6 F 0.060 0.091 0.049 0.071 0.139 0.146 0.015 0.428 7 Q 0.106 0.153 0.031 0.069 0.115 0.135 0.017 0.374 8 S 0.123 0.120 0.019 0.060 0.098 0.106 0.031 0.443 9 M 0.145 0.084 0.026 0.075 0.094 0.083 0.035 0.456 10 G 0.144 0.052 0.021 0.066 0.066 0.113 0.060 0.478 11 L 0.229 0.023 0.042 0.078 0.104 0.155 0.033 0.336 12 R 0.073 0.027 0.054 0.233 0.241 0.123 0.010 0.240 13 T 0.023 0.008 0.051 0.231 0.380 0.073 0.003 0.232 14 V 0.006 0.004 0.047 0.438 0.462 0.013 0.001 0.028 15 E 0.005 0.005 0.039 0.349 0.519 0.012 0.001 0.070 16 M 0.002 0.005 0.055 0.437 0.448 0.008 0.001 0.043 17 K 0.007 0.008 0.042 0.381 0.455 0.019 0.002 0.086 18 K 0.012 0.007 0.046 0.171 0.439 0.029 0.007 0.290 19 G 0.016 0.004 0.022 0.077 0.179 0.086 0.005 0.611 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 21 T 0.019 0.002 0.006 0.019 0.036 0.181 0.009 0.728 22 D 0.306 0.003 0.013 0.015 0.013 0.069 0.033 0.549 23 S 0.113 0.006 0.049 0.023 0.027 0.157 0.010 0.616 24 L 0.105 0.010 0.126 0.107 0.131 0.171 0.009 0.342 25 G 0.102 0.004 0.172 0.149 0.257 0.117 0.007 0.190 26 I 0.029 0.003 0.211 0.224 0.314 0.048 0.003 0.169 27 S 0.005 0.002 0.247 0.295 0.346 0.020 0.002 0.083 28 I 0.005 0.003 0.135 0.192 0.378 0.030 0.002 0.256 29 A 0.004 0.004 0.198 0.238 0.377 0.040 0.003 0.137 30 G 0.019 0.004 0.103 0.134 0.230 0.082 0.011 0.418 31 G 0.062 0.004 0.088 0.048 0.087 0.155 0.014 0.542 32 V 0.041 0.003 0.076 0.057 0.080 0.152 0.007 0.584 33 G 0.014 0.003 0.015 0.024 0.046 0.086 0.008 0.804 34 S 0.113 0.006 0.034 0.062 0.111 0.148 0.010 0.516 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 36 L 0.023 0.003 0.010 0.039 0.083 0.325 0.007 0.510 37 G 0.309 0.005 0.017 0.030 0.036 0.108 0.032 0.463 38 D 0.209 0.006 0.029 0.033 0.052 0.219 0.018 0.433 39 V 0.059 0.002 0.096 0.125 0.093 0.118 0.007 0.500 40 P 0.001 0.001 0.009 0.013 0.018 0.012 0.001 0.947 41 I 0.005 0.001 0.231 0.265 0.377 0.024 0.002 0.096 42 F 0.007 0.001 0.273 0.259 0.317 0.023 0.001 0.119 43 I 0.002 0.001 0.250 0.223 0.447 0.014 0.001 0.063 44 A 0.002 0.001 0.282 0.299 0.361 0.016 0.001 0.039 45 M 0.006 0.002 0.195 0.215 0.358 0.030 0.004 0.190 46 M 0.019 0.002 0.280 0.097 0.236 0.033 0.008 0.326 47 H 0.014 0.004 0.123 0.152 0.230 0.105 0.004 0.368 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 T 0.012 0.005 0.018 0.024 0.056 0.161 0.010 0.712 50 G 0.580 0.003 0.007 0.005 0.004 0.041 0.022 0.338 51 V 0.064 0.014 0.057 0.019 0.027 0.079 0.003 0.738 52 A 0.052 0.049 0.023 0.061 0.203 0.140 0.003 0.469 53 A 0.128 0.139 0.028 0.065 0.203 0.121 0.009 0.307 54 Q 0.176 0.306 0.016 0.046 0.085 0.113 0.024 0.233 55 T 0.222 0.446 0.028 0.041 0.034 0.031 0.041 0.156 56 Q 0.484 0.104 0.020 0.062 0.026 0.011 0.155 0.138 57 K 0.473 0.018 0.080 0.036 0.062 0.085 0.032 0.214 58 L 0.038 0.023 0.115 0.133 0.193 0.054 0.011 0.432 59 R 0.037 0.021 0.055 0.140 0.260 0.236 0.008 0.242 60 V 0.002 0.003 0.017 0.023 0.020 0.021 0.001 0.912 61 G 0.009 0.022 0.119 0.168 0.203 0.102 0.012 0.365 62 D 0.369 0.005 0.038 0.052 0.073 0.177 0.026 0.260 63 R 0.057 0.010 0.286 0.231 0.173 0.105 0.006 0.131 64 I 0.018 0.006 0.065 0.277 0.549 0.044 0.002 0.040 65 V 0.007 0.005 0.237 0.332 0.380 0.010 0.002 0.027 66 T 0.004 0.006 0.162 0.345 0.395 0.015 0.003 0.071 67 I 0.004 0.007 0.168 0.281 0.400 0.022 0.003 0.115 68 C 0.004 0.006 0.088 0.142 0.275 0.057 0.005 0.424 69 G 0.019 0.006 0.086 0.104 0.200 0.085 0.020 0.478 70 T 0.182 0.004 0.076 0.057 0.088 0.157 0.012 0.424 71 S 0.014 0.004 0.043 0.040 0.051 0.084 0.005 0.759 72 T 0.044 0.015 0.080 0.091 0.169 0.082 0.006 0.513 73 E 0.053 0.011 0.094 0.063 0.092 0.341 0.012 0.334 74 G 0.183 0.012 0.025 0.035 0.054 0.141 0.019 0.531 75 M 0.212 0.020 0.095 0.038 0.064 0.209 0.006 0.357 76 T 0.010 0.020 0.015 0.024 0.033 0.358 0.003 0.537 77 H 0.027 0.028 0.014 0.009 0.064 0.059 0.004 0.794 78 T 0.012 0.040 0.004 0.003 0.011 0.248 0.002 0.681 79 Q 0.030 0.097 0.001 0.002 0.003 0.425 0.004 0.439 80 A 0.012 0.876 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.098 81 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 82 N 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 L 0.010 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 85 K 0.031 0.936 0.003 0.004 0.003 0.002 0.010 0.013 86 N 0.125 0.728 0.006 0.009 0.006 0.004 0.063 0.059 87 A 0.346 0.317 0.033 0.013 0.013 0.014 0.115 0.148 88 S 0.039 0.084 0.023 0.017 0.012 0.062 0.071 0.692 89 G 0.075 0.027 0.053 0.064 0.030 0.051 0.147 0.553 90 S 0.343 0.003 0.062 0.033 0.044 0.189 0.025 0.302 91 I 0.035 0.001 0.113 0.221 0.163 0.113 0.004 0.349 92 E 0.008 0.001 0.097 0.337 0.489 0.035 0.001 0.033 93 M 0.002 0.001 0.061 0.389 0.485 0.009 0.001 0.054 94 Q 0.001 0.001 0.113 0.477 0.406 0.001 0.001 0.003 95 V 0.001 0.001 0.082 0.325 0.514 0.004 0.001 0.074 96 V 0.001 0.001 0.284 0.272 0.427 0.003 0.001 0.014 97 A 0.001 0.001 0.076 0.186 0.362 0.038 0.001 0.337 98 G 0.004 0.001 0.095 0.063 0.355 0.053 0.003 0.427 99 G 0.015 0.001 0.024 0.014 0.026 0.114 0.004 0.804 100 D 0.056 0.001 0.011 0.013 0.014 0.110 0.009 0.788 101 V 0.070 0.002 0.031 0.017 0.026 0.086 0.005 0.762 102 S 0.024 0.007 0.035 0.036 0.065 0.356 0.005 0.471 103 E 0.068 0.015 0.049 0.032 0.065 0.153 0.008 0.611 104 T 0.056 0.033 0.035 0.029 0.044 0.261 0.007 0.535 105 S 0.093 0.023 0.033 0.026 0.043 0.224 0.013 0.544 106 V 0.080 0.083 0.060 0.058 0.089 0.135 0.008 0.485