# TARGET T0366 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1382 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.266 0.035 0.055 0.037 0.146 0.098 0.363 2 E 0.294 0.022 0.058 0.051 0.180 0.117 0.277 3 N 0.275 0.031 0.064 0.062 0.137 0.109 0.321 4 L 0.242 0.028 0.042 0.046 0.138 0.088 0.414 5 Y 0.196 0.025 0.047 0.041 0.137 0.107 0.448 6 F 0.232 0.023 0.058 0.036 0.175 0.142 0.334 7 Q 0.141 0.019 0.079 0.037 0.184 0.126 0.414 8 S 0.082 0.025 0.106 0.026 0.188 0.103 0.469 9 M 0.050 0.009 0.108 0.027 0.205 0.411 0.190 10 G 0.096 0.007 0.062 0.014 0.166 0.416 0.239 11 L 0.241 0.011 0.009 0.005 0.078 0.015 0.643 12 R 0.649 0.012 0.003 0.002 0.030 0.004 0.300 13 T 0.914 0.004 0.002 0.002 0.012 0.002 0.065 14 V 0.967 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.025 15 E 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 16 M 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 17 K 0.916 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.070 18 K 0.707 0.009 0.003 0.003 0.062 0.017 0.199 19 G 0.247 0.013 0.008 0.002 0.226 0.086 0.418 20 P 0.042 0.007 0.018 0.002 0.356 0.365 0.210 21 T 0.039 0.012 0.029 0.001 0.424 0.314 0.180 22 D 0.097 0.009 0.020 0.002 0.465 0.108 0.299 23 S 0.311 0.030 0.019 0.001 0.142 0.074 0.423 24 L 0.564 0.022 0.014 0.002 0.091 0.048 0.259 25 G 0.845 0.008 0.005 0.001 0.040 0.023 0.079 26 I 0.916 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 27 S 0.934 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 28 I 0.925 0.012 0.001 0.001 0.006 0.003 0.052 29 A 0.862 0.014 0.002 0.001 0.023 0.011 0.087 30 G 0.408 0.017 0.010 0.005 0.152 0.083 0.326 31 G 0.148 0.018 0.025 0.005 0.249 0.186 0.369 32 V 0.115 0.024 0.040 0.010 0.268 0.344 0.200 33 G 0.073 0.035 0.047 0.015 0.325 0.270 0.235 34 S 0.044 0.029 0.035 0.012 0.362 0.093 0.424 35 P 0.037 0.018 0.053 0.017 0.212 0.397 0.266 36 L 0.037 0.013 0.065 0.016 0.206 0.522 0.142 37 G 0.091 0.018 0.056 0.013 0.251 0.242 0.329 38 D 0.160 0.019 0.033 0.014 0.228 0.102 0.444 39 V 0.311 0.025 0.029 0.015 0.218 0.053 0.349 40 P 0.573 0.017 0.011 0.004 0.072 0.025 0.298 41 I 0.859 0.012 0.004 0.003 0.014 0.003 0.106 42 F 0.933 0.007 0.002 0.002 0.005 0.001 0.051 43 I 0.914 0.004 0.004 0.002 0.004 0.002 0.070 44 A 0.914 0.002 0.005 0.002 0.013 0.004 0.060 45 M 0.853 0.012 0.007 0.004 0.025 0.007 0.093 46 M 0.576 0.050 0.008 0.007 0.052 0.009 0.299 47 H 0.165 0.011 0.011 0.004 0.056 0.020 0.733 48 P 0.007 0.002 0.015 0.005 0.122 0.802 0.047 49 T 0.003 0.003 0.010 0.006 0.245 0.673 0.061 50 G 0.012 0.025 0.005 0.029 0.307 0.014 0.609 51 V 0.011 0.016 0.035 0.653 0.056 0.073 0.155 52 A 0.024 0.013 0.106 0.636 0.034 0.116 0.071 53 A 0.025 0.007 0.180 0.591 0.033 0.103 0.060 54 Q 0.032 0.010 0.092 0.587 0.046 0.167 0.067 55 T 0.038 0.008 0.074 0.214 0.083 0.499 0.085 56 Q 0.031 0.002 0.021 0.034 0.092 0.728 0.093 57 K 0.123 0.016 0.010 0.008 0.207 0.113 0.523 58 L 0.185 0.149 0.003 0.003 0.058 0.005 0.597 59 R 0.081 0.014 0.005 0.001 0.040 0.007 0.853 60 V 0.031 0.009 0.066 0.003 0.232 0.585 0.076 61 G 0.035 0.002 0.027 0.001 0.131 0.769 0.036 62 D 0.259 0.007 0.049 0.002 0.090 0.057 0.537 63 R 0.848 0.006 0.001 0.001 0.018 0.002 0.125 64 I 0.980 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 65 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 66 T 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 67 I 0.883 0.002 0.003 0.001 0.011 0.025 0.076 68 C 0.053 0.001 0.008 0.001 0.050 0.876 0.012 69 G 0.022 0.001 0.009 0.001 0.146 0.800 0.023 70 T 0.543 0.030 0.003 0.002 0.098 0.014 0.310 71 S 0.633 0.156 0.001 0.001 0.008 0.003 0.199 72 T 0.630 0.035 0.018 0.006 0.041 0.037 0.233 73 E 0.179 0.006 0.046 0.016 0.135 0.508 0.111 74 G 0.056 0.003 0.052 0.029 0.252 0.530 0.079 75 M 0.103 0.025 0.012 0.034 0.248 0.052 0.526 76 T 0.059 0.059 0.003 0.055 0.113 0.022 0.688 77 H 0.001 0.001 0.009 0.965 0.009 0.008 0.007 78 T 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 82 N 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 83 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.009 0.001 84 L 0.002 0.001 0.010 0.969 0.002 0.014 0.003 85 K 0.004 0.001 0.020 0.882 0.005 0.085 0.005 86 N 0.004 0.001 0.011 0.676 0.025 0.268 0.015 87 A 0.012 0.007 0.016 0.181 0.245 0.168 0.371 88 S 0.009 0.004 0.024 0.015 0.314 0.443 0.191 89 G 0.016 0.003 0.019 0.002 0.389 0.483 0.088 90 S 0.274 0.006 0.012 0.001 0.184 0.077 0.446 91 I 0.808 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.176 92 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 93 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 94 Q 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 95 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 96 V 0.876 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.112 97 A 0.626 0.015 0.002 0.001 0.060 0.006 0.291 98 G 0.191 0.011 0.007 0.002 0.153 0.035 0.600 99 G 0.046 0.018 0.037 0.007 0.269 0.204 0.418 100 D 0.033 0.017 0.046 0.006 0.311 0.172 0.414 101 V 0.033 0.019 0.040 0.009 0.314 0.084 0.502 102 S 0.033 0.028 0.022 0.012 0.200 0.063 0.642 103 E 0.023 0.016 0.040 0.026 0.225 0.099 0.571 104 T 0.022 0.013 0.034 0.035 0.208 0.120 0.568 105 S 0.038 0.032 0.035 0.050 0.066 0.163 0.616 106 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.004 0.005 0.978