# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323.01 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.072 0.547 0.191 0.039 0.114 0.015 0.003 0.002 0.014 0.003 0.001 2 E 0.215 0.461 0.149 0.047 0.061 0.023 0.009 0.002 0.029 0.004 0.001 3 N 0.120 0.122 0.206 0.103 0.020 0.197 0.093 0.004 0.131 0.002 0.002 4 L 0.232 0.194 0.223 0.174 0.038 0.061 0.036 0.007 0.031 0.002 0.002 5 Y 0.208 0.237 0.306 0.077 0.067 0.034 0.026 0.009 0.022 0.012 0.002 6 F 0.233 0.210 0.298 0.105 0.035 0.058 0.018 0.010 0.026 0.005 0.002 7 Q 0.212 0.185 0.308 0.103 0.037 0.061 0.041 0.005 0.043 0.005 0.001 8 S 0.274 0.188 0.278 0.115 0.050 0.037 0.017 0.009 0.019 0.009 0.003 9 M 0.200 0.100 0.311 0.269 0.036 0.014 0.043 0.007 0.012 0.007 0.001 10 G 0.027 0.007 0.051 0.029 0.059 0.002 0.098 0.574 0.002 0.148 0.001 11 L 0.035 0.365 0.512 0.018 0.025 0.024 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 12 R 0.022 0.324 0.590 0.008 0.008 0.032 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 13 T 0.010 0.681 0.254 0.004 0.020 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 14 V 0.006 0.723 0.214 0.001 0.019 0.020 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 15 E 0.009 0.708 0.204 0.003 0.012 0.036 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 16 M 0.018 0.553 0.319 0.007 0.028 0.043 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 17 K 0.017 0.524 0.337 0.006 0.046 0.036 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 18 K 0.040 0.383 0.453 0.046 0.019 0.034 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 19 G 0.011 0.060 0.170 0.002 0.245 0.003 0.011 0.027 0.018 0.453 0.001 20 P 0.369 0.017 0.302 0.147 0.009 0.041 0.005 0.002 0.004 0.006 0.097 21 T 0.132 0.139 0.122 0.352 0.103 0.020 0.060 0.045 0.014 0.014 0.001 22 D 0.064 0.149 0.213 0.143 0.183 0.016 0.111 0.058 0.028 0.034 0.001 23 S 0.095 0.255 0.305 0.052 0.192 0.018 0.017 0.022 0.013 0.027 0.004 24 L 0.034 0.474 0.185 0.110 0.140 0.018 0.013 0.003 0.019 0.002 0.001 25 G 0.008 0.239 0.123 0.020 0.548 0.006 0.006 0.014 0.004 0.031 0.001 26 I 0.001 0.850 0.060 0.001 0.081 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 S 0.002 0.852 0.086 0.001 0.033 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 28 I 0.004 0.802 0.117 0.003 0.032 0.025 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 29 A 0.020 0.667 0.110 0.027 0.079 0.030 0.009 0.001 0.056 0.001 0.001 30 G 0.020 0.047 0.109 0.027 0.282 0.004 0.169 0.111 0.008 0.222 0.001 31 G 0.051 0.049 0.211 0.034 0.188 0.007 0.035 0.229 0.003 0.189 0.003 32 V 0.113 0.397 0.304 0.111 0.048 0.007 0.006 0.002 0.009 0.003 0.001 33 G 0.056 0.019 0.156 0.048 0.072 0.009 0.050 0.254 0.003 0.330 0.001 34 S 0.029 0.192 0.606 0.002 0.070 0.010 0.004 0.001 0.076 0.010 0.001 35 P 0.350 0.004 0.344 0.021 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 36 L 0.214 0.079 0.294 0.336 0.010 0.024 0.017 0.004 0.019 0.001 0.002 37 G 0.029 0.009 0.042 0.021 0.057 0.001 0.034 0.379 0.001 0.428 0.001 38 D 0.120 0.153 0.228 0.306 0.035 0.050 0.060 0.007 0.034 0.003 0.003 39 V 0.007 0.541 0.309 0.002 0.021 0.017 0.007 0.001 0.095 0.001 0.001 40 P 0.014 0.014 0.906 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 41 I 0.014 0.713 0.181 0.004 0.045 0.015 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 42 F 0.007 0.630 0.303 0.001 0.007 0.040 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 I 0.011 0.415 0.424 0.002 0.004 0.113 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 44 A 0.576 0.094 0.032 0.265 0.016 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 45 M 0.004 0.551 0.039 0.007 0.376 0.005 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 46 M 0.017 0.589 0.315 0.015 0.019 0.023 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 47 H 0.002 0.379 0.384 0.001 0.052 0.020 0.001 0.001 0.161 0.001 0.001 48 P 0.399 0.005 0.541 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 49 T 0.228 0.014 0.092 0.482 0.021 0.004 0.026 0.122 0.005 0.005 0.001 50 G 0.058 0.030 0.516 0.009 0.098 0.007 0.013 0.052 0.005 0.211 0.001 51 V 0.860 0.022 0.079 0.022 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 52 A 0.909 0.020 0.035 0.021 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 A 0.943 0.013 0.012 0.024 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.914 0.015 0.013 0.048 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 55 T 0.305 0.018 0.070 0.569 0.009 0.005 0.014 0.003 0.005 0.001 0.001 56 Q 0.043 0.009 0.023 0.043 0.021 0.003 0.512 0.323 0.005 0.017 0.001 57 K 0.182 0.283 0.276 0.132 0.024 0.059 0.028 0.001 0.013 0.001 0.001 58 L 0.031 0.309 0.570 0.013 0.013 0.046 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 59 R 0.023 0.410 0.442 0.006 0.029 0.037 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 60 V 0.154 0.045 0.763 0.017 0.002 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 61 G 0.048 0.003 0.018 0.012 0.017 0.001 0.023 0.598 0.001 0.280 0.001 62 D 0.126 0.082 0.473 0.160 0.024 0.059 0.051 0.005 0.015 0.001 0.003 63 R 0.034 0.646 0.253 0.013 0.026 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 64 I 0.017 0.586 0.349 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 V 0.319 0.513 0.072 0.047 0.012 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 66 T 0.017 0.745 0.086 0.002 0.133 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 67 I 0.156 0.645 0.064 0.027 0.009 0.037 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 68 C 0.049 0.161 0.105 0.330 0.068 0.034 0.138 0.004 0.105 0.006 0.001 69 G 0.011 0.006 0.023 0.016 0.051 0.003 0.174 0.646 0.001 0.068 0.001 70 T 0.071 0.510 0.287 0.058 0.044 0.013 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 71 S 0.081 0.101 0.665 0.013 0.043 0.059 0.009 0.003 0.008 0.016 0.002 72 T 0.399 0.154 0.095 0.272 0.026 0.028 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 73 E 0.147 0.106 0.549 0.138 0.018 0.010 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 74 G 0.010 0.001 0.005 0.045 0.008 0.001 0.103 0.784 0.001 0.041 0.001 75 M 0.002 0.199 0.729 0.004 0.015 0.030 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 76 T 0.002 0.033 0.932 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 H 0.988 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.923 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.943 0.002 0.029 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.245 0.002 0.012 0.712 0.002 0.005 0.006 0.012 0.005 0.001 0.001 87 A 0.085 0.080 0.610 0.045 0.007 0.077 0.012 0.002 0.079 0.002 0.001 88 S 0.115 0.046 0.171 0.415 0.026 0.013 0.171 0.013 0.010 0.019 0.001 89 G 0.009 0.005 0.032 0.026 0.058 0.001 0.067 0.708 0.001 0.093 0.001 90 S 0.013 0.486 0.367 0.032 0.069 0.021 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 91 I 0.001 0.764 0.178 0.002 0.037 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 92 E 0.001 0.894 0.069 0.002 0.020 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 93 M 0.001 0.804 0.160 0.001 0.024 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.876 0.085 0.001 0.014 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 95 V 0.001 0.689 0.279 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 96 V 0.002 0.855 0.082 0.002 0.017 0.014 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 97 A 0.010 0.252 0.681 0.007 0.008 0.026 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 98 G 0.020 0.081 0.231 0.027 0.188 0.009 0.101 0.163 0.011 0.167 0.001 99 G 0.049 0.022 0.071 0.009 0.114 0.001 0.014 0.089 0.002 0.629 0.001 100 D 0.155 0.079 0.340 0.230 0.033 0.077 0.040 0.005 0.023 0.004 0.014 101 V 0.135 0.314 0.377 0.087 0.033 0.030 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 102 S 0.107 0.217 0.488 0.045 0.060 0.048 0.005 0.003 0.020 0.006 0.001 103 E 0.259 0.220 0.255 0.117 0.062 0.034 0.008 0.003 0.035 0.004 0.003 104 T 0.317 0.191 0.226 0.141 0.092 0.010 0.004 0.004 0.009 0.005 0.001 105 S 0.182 0.163 0.264 0.177 0.109 0.035 0.018 0.021 0.020 0.010 0.001 106 V 0.114 0.411 0.286 0.070 0.049 0.032 0.006 0.002 0.027 0.002 0.001