# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.022 0.360 0.122 0.265 0.037 0.032 0.037 0.016 0.003 0.003 0.004 0.008 0.004 0.004 0.003 0.009 0.007 0.021 0.022 0.006 0.011 0.006 2 E 0.012 0.044 0.525 0.166 0.012 0.145 0.024 0.022 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.002 0.004 0.006 0.002 0.007 0.002 0.003 0.009 3 N 0.037 0.129 0.134 0.083 0.012 0.035 0.370 0.105 0.004 0.001 0.004 0.008 0.004 0.004 0.003 0.009 0.020 0.004 0.011 0.005 0.007 0.010 4 L 0.019 0.199 0.165 0.179 0.005 0.082 0.092 0.085 0.005 0.002 0.005 0.006 0.005 0.006 0.005 0.013 0.029 0.013 0.042 0.008 0.010 0.025 5 Y 0.014 0.188 0.132 0.191 0.007 0.021 0.085 0.087 0.006 0.002 0.005 0.012 0.006 0.006 0.004 0.022 0.033 0.080 0.022 0.014 0.015 0.048 6 F 0.018 0.168 0.107 0.152 0.008 0.039 0.089 0.038 0.009 0.003 0.007 0.009 0.005 0.006 0.009 0.019 0.029 0.080 0.039 0.016 0.024 0.128 7 Q 0.011 0.139 0.144 0.136 0.011 0.011 0.032 0.032 0.007 0.003 0.004 0.008 0.003 0.004 0.002 0.019 0.048 0.255 0.018 0.018 0.024 0.070 8 S 0.029 0.137 0.275 0.187 0.013 0.020 0.079 0.015 0.005 0.002 0.004 0.012 0.006 0.002 0.007 0.020 0.018 0.066 0.010 0.018 0.018 0.058 9 M 0.053 0.092 0.175 0.166 0.021 0.016 0.253 0.004 0.004 0.005 0.009 0.006 0.003 0.005 0.002 0.014 0.018 0.070 0.008 0.017 0.029 0.029 10 G 0.257 0.048 0.038 0.086 0.150 0.006 0.152 0.003 0.008 0.002 0.003 0.013 0.008 0.006 0.002 0.041 0.032 0.004 0.069 0.019 0.035 0.017 11 L 0.010 0.177 0.018 0.096 0.001 0.007 0.012 0.002 0.011 0.011 0.010 0.003 0.010 0.008 0.069 0.041 0.104 0.005 0.099 0.012 0.027 0.268 12 R 0.002 0.031 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.012 0.044 0.029 0.011 0.002 0.116 0.438 0.003 0.039 0.070 0.123 0.020 13 T 0.004 0.016 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.010 0.024 0.008 0.023 0.019 0.107 0.096 0.107 0.002 0.092 0.015 0.025 0.419 14 V 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.064 0.042 0.068 0.024 0.026 0.006 0.080 0.135 0.021 0.017 0.233 0.237 0.020 15 E 0.001 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.024 0.045 0.027 0.036 0.026 0.042 0.080 0.114 0.013 0.005 0.268 0.082 0.171 16 M 0.001 0.023 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.056 0.022 0.020 0.025 0.018 0.039 0.100 0.037 0.083 0.001 0.305 0.152 0.076 17 K 0.005 0.069 0.023 0.033 0.006 0.003 0.007 0.002 0.024 0.023 0.046 0.025 0.040 0.021 0.029 0.081 0.052 0.219 0.002 0.137 0.089 0.065 18 K 0.007 0.183 0.041 0.140 0.006 0.006 0.013 0.001 0.012 0.031 0.027 0.021 0.012 0.014 0.013 0.076 0.028 0.027 0.003 0.172 0.111 0.057 19 G 0.012 0.192 0.041 0.257 0.153 0.008 0.009 0.002 0.004 0.007 0.010 0.009 0.005 0.006 0.003 0.014 0.010 0.196 0.005 0.014 0.030 0.014 20 P 0.008 0.058 0.511 0.206 0.015 0.065 0.018 0.005 0.005 0.002 0.004 0.007 0.003 0.002 0.002 0.012 0.009 0.016 0.004 0.011 0.012 0.026 21 T 0.039 0.153 0.154 0.071 0.022 0.028 0.367 0.018 0.005 0.002 0.004 0.006 0.003 0.003 0.002 0.013 0.007 0.043 0.003 0.009 0.017 0.031 22 D 0.044 0.162 0.212 0.205 0.022 0.051 0.076 0.017 0.008 0.002 0.004 0.007 0.003 0.005 0.002 0.035 0.028 0.016 0.054 0.010 0.024 0.013 23 S 0.048 0.166 0.109 0.138 0.017 0.021 0.174 0.017 0.013 0.005 0.007 0.007 0.012 0.006 0.011 0.047 0.042 0.006 0.024 0.007 0.020 0.101 24 L 0.008 0.180 0.057 0.106 0.003 0.007 0.037 0.005 0.018 0.018 0.015 0.013 0.011 0.017 0.009 0.095 0.142 0.008 0.120 0.028 0.081 0.021 25 G 0.046 0.033 0.015 0.029 0.021 0.004 0.032 0.005 0.029 0.015 0.020 0.021 0.025 0.020 0.018 0.116 0.148 0.007 0.104 0.039 0.083 0.171 26 I 0.001 0.037 0.005 0.008 0.001 0.003 0.002 0.002 0.022 0.026 0.031 0.014 0.016 0.024 0.031 0.130 0.162 0.032 0.105 0.090 0.114 0.144 27 S 0.002 0.010 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.029 0.026 0.032 0.063 0.045 0.029 0.010 0.100 0.142 0.054 0.016 0.176 0.126 0.123 28 I 0.002 0.017 0.006 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.023 0.020 0.031 0.025 0.015 0.017 0.048 0.110 0.095 0.067 0.007 0.181 0.116 0.207 29 A 0.005 0.030 0.030 0.019 0.004 0.003 0.007 0.003 0.023 0.029 0.054 0.046 0.045 0.021 0.010 0.078 0.063 0.217 0.004 0.177 0.083 0.049 30 G 0.073 0.041 0.041 0.077 0.064 0.006 0.052 0.002 0.011 0.014 0.034 0.022 0.012 0.018 0.014 0.057 0.103 0.032 0.008 0.180 0.101 0.039 31 G 0.140 0.100 0.067 0.059 0.128 0.018 0.095 0.005 0.008 0.009 0.017 0.015 0.011 0.013 0.011 0.025 0.029 0.035 0.033 0.054 0.048 0.078 32 V 0.007 0.249 0.117 0.202 0.004 0.007 0.016 0.003 0.003 0.005 0.005 0.004 0.004 0.003 0.005 0.024 0.019 0.199 0.044 0.025 0.026 0.028 33 G 0.110 0.138 0.090 0.111 0.052 0.015 0.101 0.004 0.002 0.001 0.003 0.006 0.003 0.004 0.005 0.015 0.013 0.021 0.023 0.018 0.017 0.247 34 S 0.003 0.508 0.033 0.185 0.006 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.108 0.103 0.006 0.013 0.006 35 P 0.012 0.051 0.333 0.400 0.052 0.036 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.017 0.012 0.005 0.003 0.031 36 L 0.021 0.072 0.203 0.071 0.007 0.013 0.482 0.010 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.027 0.005 0.026 0.012 0.024 37 G 0.303 0.072 0.046 0.094 0.083 0.008 0.246 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.016 0.010 0.013 0.046 0.010 0.020 0.008 38 D 0.047 0.183 0.100 0.100 0.021 0.024 0.087 0.002 0.005 0.002 0.005 0.005 0.003 0.005 0.007 0.027 0.013 0.007 0.120 0.035 0.040 0.162 39 V 0.002 0.274 0.039 0.254 0.003 0.006 0.006 0.001 0.020 0.011 0.006 0.012 0.016 0.010 0.002 0.083 0.065 0.007 0.089 0.020 0.060 0.015 40 P 0.013 0.033 0.015 0.216 0.020 0.004 0.014 0.003 0.033 0.008 0.006 0.009 0.029 0.014 0.027 0.081 0.121 0.002 0.042 0.018 0.041 0.253 41 I 0.001 0.032 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.058 0.033 0.019 0.032 0.026 0.024 0.171 0.249 0.003 0.033 0.068 0.184 0.021 42 F 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.052 0.043 0.051 0.077 0.064 0.019 0.152 0.093 0.002 0.010 0.195 0.121 0.063 43 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.094 0.124 0.032 0.029 0.039 0.027 0.135 0.081 0.003 0.002 0.142 0.231 0.023 44 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.128 0.080 0.055 0.109 0.093 0.034 0.121 0.023 0.016 0.002 0.063 0.119 0.037 45 M 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.118 0.101 0.038 0.062 0.060 0.030 0.108 0.020 0.054 0.001 0.173 0.129 0.021 46 M 0.003 0.055 0.026 0.015 0.001 0.004 0.003 0.001 0.084 0.132 0.081 0.039 0.098 0.091 0.047 0.103 0.037 0.008 0.003 0.038 0.071 0.061 47 H 0.003 0.233 0.028 0.135 0.016 0.008 0.003 0.003 0.033 0.066 0.058 0.041 0.045 0.037 0.013 0.076 0.022 0.047 0.005 0.037 0.078 0.012 48 P 0.011 0.066 0.290 0.361 0.029 0.050 0.015 0.010 0.009 0.016 0.020 0.009 0.017 0.014 0.019 0.014 0.005 0.008 0.001 0.004 0.011 0.018 49 T 0.037 0.156 0.166 0.101 0.013 0.018 0.347 0.011 0.006 0.013 0.009 0.015 0.004 0.013 0.003 0.020 0.004 0.002 0.005 0.013 0.041 0.005 50 G 0.028 0.395 0.029 0.297 0.085 0.042 0.028 0.018 0.003 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.010 0.005 0.005 0.019 0.005 0.012 0.005 51 V 0.004 0.049 0.394 0.131 0.008 0.307 0.007 0.048 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 0.004 0.002 0.003 0.013 52 A 0.005 0.031 0.099 0.014 0.003 0.047 0.286 0.467 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 0.003 0.002 0.005 0.010 53 A 0.004 0.035 0.095 0.024 0.001 0.024 0.231 0.513 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.007 0.010 0.007 0.006 0.007 0.017 54 Q 0.012 0.078 0.219 0.068 0.003 0.010 0.191 0.324 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.010 0.017 0.013 0.005 0.009 0.008 0.015 55 T 0.033 0.135 0.166 0.163 0.004 0.013 0.369 0.018 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.010 0.008 0.012 0.010 0.023 0.006 56 Q 0.439 0.022 0.037 0.022 0.204 0.008 0.162 0.008 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.008 0.008 0.004 0.033 0.006 0.017 0.006 57 K 0.010 0.114 0.051 0.106 0.003 0.015 0.022 0.013 0.006 0.003 0.009 0.006 0.006 0.009 0.011 0.012 0.010 0.012 0.518 0.013 0.013 0.040 58 L 0.007 0.265 0.072 0.177 0.003 0.012 0.015 0.010 0.019 0.011 0.011 0.050 0.033 0.029 0.005 0.028 0.042 0.019 0.024 0.014 0.031 0.124 59 R 0.007 0.355 0.082 0.193 0.006 0.010 0.011 0.005 0.020 0.008 0.010 0.011 0.013 0.012 0.021 0.030 0.013 0.038 0.062 0.007 0.025 0.062 60 V 0.006 0.155 0.110 0.380 0.006 0.023 0.015 0.005 0.022 0.018 0.015 0.022 0.038 0.015 0.013 0.033 0.016 0.031 0.015 0.007 0.030 0.024 61 G 0.036 0.060 0.076 0.103 0.082 0.019 0.146 0.013 0.026 0.012 0.019 0.078 0.036 0.028 0.009 0.039 0.032 0.008 0.006 0.080 0.052 0.038 62 D 0.007 0.135 0.050 0.122 0.002 0.017 0.036 0.013 0.061 0.035 0.025 0.018 0.046 0.022 0.020 0.139 0.124 0.003 0.019 0.023 0.055 0.028 63 R 0.006 0.034 0.027 0.022 0.003 0.005 0.018 0.011 0.036 0.032 0.022 0.018 0.048 0.035 0.023 0.119 0.378 0.002 0.007 0.023 0.069 0.062 64 I 0.002 0.020 0.006 0.003 0.001 0.002 0.006 0.006 0.033 0.031 0.046 0.030 0.033 0.023 0.020 0.182 0.214 0.028 0.018 0.087 0.146 0.062 65 V 0.001 0.009 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.023 0.044 0.054 0.031 0.046 0.052 0.019 0.122 0.070 0.149 0.015 0.054 0.097 0.196 66 T 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.039 0.038 0.068 0.021 0.033 0.008 0.092 0.069 0.097 0.006 0.206 0.181 0.095 67 I 0.002 0.057 0.020 0.014 0.001 0.003 0.002 0.005 0.034 0.056 0.044 0.016 0.036 0.018 0.073 0.053 0.041 0.390 0.002 0.022 0.045 0.066 68 C 0.032 0.035 0.110 0.091 0.013 0.009 0.048 0.005 0.026 0.053 0.069 0.048 0.055 0.022 0.020 0.064 0.040 0.111 0.002 0.072 0.058 0.018 69 G 0.551 0.010 0.005 0.003 0.200 0.004 0.154 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.003 0.005 0.004 0.016 0.005 0.004 0.009 0.006 70 T 0.008 0.127 0.044 0.070 0.005 0.013 0.011 0.004 0.003 0.007 0.009 0.006 0.005 0.006 0.002 0.012 0.011 0.026 0.587 0.009 0.014 0.019 71 S 0.011 0.310 0.061 0.248 0.009 0.010 0.010 0.012 0.003 0.003 0.005 0.011 0.011 0.004 0.004 0.011 0.013 0.038 0.020 0.006 0.013 0.188 72 T 0.025 0.096 0.514 0.067 0.009 0.056 0.023 0.017 0.002 0.001 0.007 0.005 0.003 0.004 0.007 0.009 0.021 0.011 0.074 0.004 0.008 0.038 73 E 0.034 0.088 0.164 0.149 0.009 0.008 0.388 0.026 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.004 0.084 0.004 0.007 0.006 74 G 0.389 0.047 0.022 0.033 0.090 0.034 0.307 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.030 0.009 0.004 0.008 75 M 0.016 0.241 0.141 0.225 0.007 0.066 0.032 0.022 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 0.178 0.020 0.015 0.008 76 T 0.005 0.367 0.019 0.504 0.010 0.024 0.006 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.006 0.005 77 H 0.002 0.004 0.049 0.009 0.002 0.903 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.075 0.012 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.004 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.003 0.151 0.002 0.001 0.003 0.042 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.016 0.009 0.196 0.005 0.001 0.009 0.283 0.452 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.005 86 N 0.025 0.024 0.381 0.012 0.003 0.013 0.368 0.104 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.007 0.004 0.004 0.021 87 A 0.031 0.218 0.386 0.185 0.005 0.014 0.043 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.059 0.011 0.001 0.004 0.004 88 S 0.168 0.058 0.310 0.186 0.030 0.025 0.162 0.005 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.005 0.005 0.007 0.009 0.001 0.004 0.010 89 G 0.176 0.064 0.058 0.066 0.059 0.008 0.338 0.003 0.007 0.004 0.007 0.010 0.007 0.011 0.003 0.022 0.024 0.010 0.099 0.002 0.017 0.006 90 S 0.021 0.102 0.019 0.063 0.004 0.007 0.025 0.002 0.027 0.011 0.019 0.027 0.081 0.023 0.035 0.063 0.082 0.002 0.243 0.004 0.014 0.126 91 I 0.001 0.101 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.148 0.054 0.039 0.051 0.030 0.035 0.079 0.225 0.009 0.030 0.012 0.091 0.048 92 E 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.035 0.037 0.067 0.179 0.044 0.030 0.194 0.133 0.001 0.059 0.012 0.035 0.068 93 M 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.141 0.106 0.023 0.050 0.049 0.129 0.088 0.206 0.011 0.010 0.028 0.068 0.046 94 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.056 0.042 0.113 0.095 0.038 0.009 0.090 0.088 0.012 0.002 0.288 0.086 0.027 95 V 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.134 0.050 0.010 0.028 0.027 0.101 0.069 0.025 0.198 0.001 0.098 0.085 0.134 96 V 0.001 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.068 0.047 0.074 0.056 0.033 0.006 0.079 0.052 0.095 0.001 0.233 0.161 0.038 97 A 0.002 0.143 0.018 0.134 0.003 0.002 0.003 0.001 0.019 0.066 0.060 0.012 0.020 0.013 0.061 0.043 0.019 0.208 0.001 0.059 0.062 0.050 98 G 0.073 0.060 0.108 0.168 0.095 0.019 0.042 0.003 0.020 0.037 0.042 0.035 0.036 0.021 0.012 0.039 0.039 0.042 0.002 0.036 0.054 0.018 99 G 0.135 0.109 0.076 0.093 0.099 0.013 0.275 0.005 0.006 0.006 0.025 0.009 0.005 0.012 0.007 0.016 0.012 0.013 0.020 0.013 0.032 0.019 100 D 0.056 0.280 0.088 0.178 0.026 0.023 0.067 0.007 0.008 0.006 0.008 0.010 0.010 0.008 0.007 0.027 0.019 0.015 0.087 0.010 0.021 0.040 101 V 0.015 0.350 0.152 0.204 0.011 0.020 0.028 0.006 0.003 0.003 0.005 0.005 0.004 0.006 0.006 0.016 0.011 0.007 0.052 0.007 0.019 0.070 102 S 0.007 0.323 0.077 0.367 0.017 0.012 0.023 0.007 0.003 0.002 0.003 0.007 0.004 0.004 0.003 0.013 0.010 0.010 0.067 0.008 0.018 0.014 103 E 0.019 0.130 0.194 0.338 0.027 0.049 0.066 0.018 0.005 0.002 0.003 0.006 0.005 0.005 0.007 0.012 0.010 0.006 0.041 0.010 0.011 0.034 104 T 0.018 0.207 0.113 0.184 0.012 0.023 0.174 0.041 0.007 0.003 0.006 0.016 0.007 0.008 0.007 0.021 0.021 0.012 0.024 0.048 0.030 0.018 105 S 0.022 0.214 0.104 0.252 0.012 0.037 0.089 0.035 0.008 0.003 0.006 0.012 0.008 0.009 0.010 0.022 0.018 0.007 0.019 0.037 0.027 0.047 106 V 0.012 0.250 0.137 0.203 0.010 0.044 0.045 0.036 0.009 0.006 0.008 0.014 0.008 0.012 0.006 0.033 0.022 0.014 0.019 0.039 0.048 0.026