# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.003 0.003 0.046 0.044 0.050 0.002 0.023 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.029 0.017 0.058 0.038 0.252 0.414 0.001 2 E 0.001 0.001 0.017 0.014 0.060 0.004 0.033 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.557 0.054 0.057 0.152 0.001 3 N 0.001 0.003 0.023 0.022 0.052 0.021 0.420 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.091 0.085 0.078 0.124 0.001 4 L 0.003 0.004 0.082 0.037 0.073 0.005 0.074 0.032 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.030 0.023 0.176 0.118 0.139 0.193 0.001 5 Y 0.006 0.010 0.059 0.059 0.202 0.010 0.077 0.043 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.026 0.027 0.125 0.068 0.120 0.154 0.002 6 F 0.011 0.011 0.082 0.084 0.161 0.005 0.078 0.029 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.038 0.024 0.119 0.061 0.166 0.113 0.002 7 Q 0.008 0.007 0.081 0.090 0.119 0.009 0.065 0.035 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.047 0.017 0.182 0.058 0.095 0.172 0.001 8 S 0.005 0.005 0.050 0.075 0.136 0.004 0.086 0.009 0.009 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.022 0.181 0.044 0.144 0.190 0.001 9 M 0.004 0.006 0.030 0.038 0.176 0.004 0.261 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.037 0.128 0.057 0.061 0.166 0.001 10 G 0.013 0.027 0.220 0.185 0.069 0.003 0.127 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.033 0.011 0.035 0.109 0.052 0.094 0.004 11 L 0.022 0.050 0.017 0.022 0.713 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.006 0.074 0.005 0.009 0.032 0.025 0.004 12 R 0.087 0.138 0.341 0.231 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.025 0.003 0.105 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.006 13 T 0.123 0.180 0.007 0.022 0.485 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.016 0.025 0.005 0.006 0.035 0.001 0.001 0.005 0.002 0.042 14 V 0.222 0.302 0.097 0.069 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.020 0.103 0.015 0.108 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 15 E 0.233 0.385 0.015 0.057 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.021 0.045 0.008 0.006 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 16 M 0.354 0.298 0.068 0.059 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.041 0.005 0.038 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 17 K 0.273 0.247 0.063 0.099 0.172 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.034 0.007 0.037 0.009 0.005 0.002 0.006 0.006 0.014 18 K 0.204 0.147 0.085 0.129 0.284 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.020 0.005 0.043 0.010 0.008 0.007 0.012 0.023 0.005 19 G 0.042 0.048 0.141 0.209 0.136 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.005 0.041 0.015 0.016 0.021 0.106 0.188 0.005 20 P 0.014 0.010 0.048 0.041 0.371 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.289 0.028 0.042 0.103 0.001 21 T 0.008 0.011 0.089 0.087 0.097 0.011 0.209 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.012 0.127 0.053 0.074 0.150 0.001 22 D 0.006 0.009 0.054 0.070 0.089 0.008 0.125 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.030 0.020 0.219 0.061 0.079 0.211 0.001 23 S 0.013 0.031 0.044 0.065 0.165 0.006 0.166 0.005 0.002 0.003 0.005 0.005 0.009 0.005 0.030 0.041 0.111 0.094 0.073 0.122 0.004 24 L 0.049 0.091 0.085 0.068 0.224 0.002 0.062 0.003 0.001 0.001 0.019 0.012 0.023 0.014 0.065 0.060 0.039 0.026 0.046 0.099 0.011 25 G 0.108 0.168 0.105 0.090 0.126 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.029 0.021 0.070 0.034 0.086 0.023 0.011 0.020 0.023 0.015 0.054 26 I 0.168 0.177 0.033 0.024 0.156 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.044 0.089 0.052 0.037 0.060 0.002 0.003 0.015 0.005 0.070 27 S 0.193 0.153 0.110 0.069 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.037 0.134 0.086 0.087 0.009 0.002 0.001 0.007 0.003 0.038 28 I 0.136 0.149 0.018 0.054 0.157 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.040 0.098 0.143 0.041 0.076 0.005 0.003 0.007 0.004 0.028 29 A 0.108 0.113 0.079 0.107 0.048 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.089 0.158 0.153 0.021 0.009 0.005 0.013 0.011 0.013 30 G 0.047 0.067 0.046 0.109 0.238 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.029 0.067 0.070 0.103 0.039 0.031 0.027 0.066 0.005 31 G 0.021 0.021 0.114 0.068 0.161 0.004 0.046 0.002 0.002 0.001 0.007 0.007 0.010 0.018 0.123 0.045 0.045 0.061 0.057 0.183 0.004 32 V 0.010 0.006 0.104 0.047 0.139 0.005 0.024 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.056 0.034 0.205 0.040 0.098 0.212 0.001 33 G 0.006 0.006 0.046 0.040 0.191 0.007 0.107 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.046 0.029 0.109 0.096 0.094 0.209 0.001 34 S 0.003 0.003 0.077 0.053 0.046 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.010 0.058 0.039 0.273 0.383 0.001 35 P 0.002 0.003 0.021 0.032 0.117 0.005 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.020 0.351 0.064 0.115 0.227 0.001 36 L 0.002 0.003 0.023 0.030 0.038 0.023 0.260 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.021 0.309 0.042 0.069 0.138 0.001 37 G 0.004 0.006 0.033 0.033 0.077 0.008 0.335 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.018 0.121 0.107 0.087 0.140 0.001 38 D 0.008 0.013 0.090 0.050 0.126 0.002 0.053 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.022 0.044 0.070 0.109 0.131 0.262 0.003 39 V 0.018 0.032 0.123 0.075 0.147 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.008 0.005 0.011 0.004 0.086 0.041 0.103 0.041 0.061 0.208 0.009 40 P 0.052 0.122 0.050 0.041 0.296 0.002 0.032 0.005 0.001 0.001 0.022 0.015 0.039 0.031 0.081 0.084 0.018 0.024 0.032 0.029 0.023 41 I 0.198 0.210 0.088 0.077 0.037 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.032 0.033 0.123 0.087 0.050 0.018 0.004 0.003 0.010 0.003 0.020 42 F 0.240 0.133 0.042 0.028 0.060 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.052 0.057 0.110 0.162 0.030 0.024 0.003 0.001 0.006 0.001 0.045 43 I 0.174 0.172 0.027 0.047 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 0.062 0.134 0.221 0.076 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.023 44 A 0.144 0.197 0.028 0.057 0.059 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.028 0.032 0.111 0.208 0.071 0.020 0.004 0.003 0.003 0.005 0.022 45 M 0.122 0.142 0.093 0.129 0.091 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.033 0.034 0.049 0.094 0.085 0.032 0.012 0.012 0.016 0.022 0.022 46 M 0.061 0.086 0.029 0.043 0.320 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.027 0.030 0.077 0.125 0.042 0.039 0.029 0.044 0.004 47 H 0.016 0.010 0.115 0.117 0.025 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.012 0.175 0.018 0.024 0.016 0.135 0.307 0.002 48 P 0.001 0.001 0.005 0.005 0.090 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.651 0.025 0.046 0.109 0.001 49 T 0.001 0.001 0.010 0.009 0.012 0.017 0.557 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.011 0.115 0.091 0.025 0.085 0.001 50 G 0.002 0.003 0.039 0.017 0.043 0.003 0.041 0.052 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.104 0.102 0.172 0.378 0.001 51 V 0.003 0.005 0.032 0.013 0.114 0.003 0.027 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.018 0.454 0.088 0.048 0.061 0.001 52 A 0.008 0.011 0.045 0.027 0.041 0.018 0.200 0.413 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.020 0.007 0.130 0.023 0.023 0.018 0.001 53 A 0.010 0.012 0.032 0.030 0.050 0.021 0.181 0.427 0.010 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.025 0.008 0.112 0.020 0.025 0.022 0.001 54 Q 0.013 0.013 0.026 0.046 0.055 0.008 0.222 0.100 0.060 0.020 0.003 0.004 0.011 0.012 0.019 0.019 0.236 0.055 0.037 0.040 0.002 55 T 0.008 0.008 0.018 0.019 0.079 0.003 0.421 0.032 0.008 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.019 0.032 0.091 0.039 0.083 0.120 0.001 56 Q 0.010 0.010 0.102 0.042 0.089 0.018 0.185 0.034 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.024 0.015 0.096 0.226 0.048 0.079 0.003 57 K 0.020 0.019 0.069 0.047 0.233 0.009 0.051 0.018 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.009 0.034 0.073 0.109 0.084 0.141 0.056 0.006 58 L 0.012 0.021 0.103 0.109 0.123 0.003 0.021 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.008 0.158 0.018 0.044 0.022 0.141 0.184 0.003 59 R 0.006 0.007 0.064 0.073 0.127 0.002 0.007 0.006 0.003 0.003 0.005 0.003 0.003 0.003 0.028 0.036 0.036 0.041 0.146 0.397 0.004 60 V 0.002 0.002 0.026 0.014 0.096 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.036 0.038 0.597 0.022 0.025 0.113 0.001 61 G 0.005 0.013 0.035 0.032 0.058 0.009 0.624 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.041 0.016 0.032 0.042 0.022 0.039 0.002 62 D 0.073 0.088 0.137 0.075 0.247 0.003 0.050 0.028 0.001 0.001 0.008 0.007 0.016 0.007 0.020 0.058 0.025 0.040 0.070 0.038 0.007 63 R 0.157 0.127 0.224 0.120 0.106 0.002 0.006 0.035 0.001 0.001 0.007 0.010 0.053 0.017 0.049 0.013 0.025 0.011 0.019 0.010 0.010 64 I 0.220 0.238 0.023 0.048 0.289 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 0.009 0.024 0.030 0.020 0.012 0.020 0.007 0.004 0.007 0.003 0.015 65 V 0.252 0.231 0.110 0.116 0.030 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 0.010 0.015 0.077 0.055 0.048 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 0.010 66 T 0.208 0.311 0.028 0.087 0.119 0.002 0.007 0.025 0.002 0.001 0.022 0.023 0.050 0.051 0.015 0.009 0.007 0.003 0.005 0.003 0.022 67 I 0.240 0.171 0.100 0.079 0.072 0.002 0.010 0.011 0.025 0.009 0.016 0.026 0.051 0.030 0.078 0.010 0.025 0.004 0.010 0.009 0.021 68 C 0.087 0.066 0.037 0.065 0.330 0.002 0.060 0.007 0.004 0.001 0.006 0.006 0.015 0.010 0.067 0.028 0.079 0.005 0.022 0.098 0.006 69 G 0.027 0.031 0.058 0.033 0.282 0.003 0.121 0.006 0.002 0.001 0.006 0.005 0.009 0.008 0.034 0.026 0.027 0.246 0.025 0.039 0.012 70 T 0.025 0.031 0.262 0.097 0.068 0.003 0.012 0.007 0.001 0.001 0.009 0.008 0.019 0.019 0.092 0.060 0.048 0.028 0.072 0.126 0.012 71 S 0.015 0.019 0.038 0.034 0.520 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.014 0.057 0.047 0.058 0.022 0.073 0.057 0.004 72 T 0.009 0.009 0.115 0.089 0.058 0.002 0.028 0.005 0.005 0.004 0.008 0.007 0.007 0.013 0.229 0.044 0.086 0.040 0.112 0.126 0.003 73 E 0.003 0.003 0.021 0.029 0.082 0.013 0.074 0.011 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.047 0.038 0.399 0.021 0.053 0.192 0.001 74 G 0.001 0.002 0.005 0.007 0.039 0.009 0.452 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.054 0.062 0.245 0.039 0.036 0.001 75 M 0.003 0.002 0.078 0.059 0.008 0.001 0.024 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.044 0.013 0.078 0.053 0.169 0.446 0.001 76 T 0.001 0.001 0.004 0.006 0.079 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.020 0.017 0.214 0.606 0.001 77 H 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.886 0.017 0.011 0.009 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.926 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.131 0.613 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.190 0.005 0.003 0.004 0.001 86 N 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.010 0.347 0.072 0.251 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.177 0.033 0.009 0.006 0.001 87 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.369 0.005 0.030 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.211 0.049 0.144 0.136 0.001 88 S 0.001 0.001 0.008 0.003 0.019 0.001 0.228 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.070 0.405 0.114 0.127 0.001 89 G 0.002 0.004 0.067 0.024 0.058 0.002 0.082 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.101 0.054 0.260 0.084 0.234 0.002 90 S 0.015 0.063 0.124 0.076 0.291 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.016 0.009 0.105 0.075 0.030 0.033 0.047 0.071 0.015 91 I 0.060 0.199 0.060 0.041 0.206 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.027 0.059 0.044 0.123 0.054 0.002 0.003 0.009 0.007 0.041 92 E 0.151 0.263 0.051 0.052 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.042 0.124 0.044 0.084 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 93 M 0.230 0.217 0.010 0.007 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.058 0.121 0.034 0.020 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 94 Q 0.305 0.277 0.061 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.032 0.107 0.020 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 95 V 0.265 0.399 0.006 0.021 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.018 0.068 0.013 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 96 V 0.255 0.311 0.089 0.148 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.058 0.014 0.050 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 97 A 0.093 0.085 0.035 0.065 0.508 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.025 0.053 0.032 0.006 0.017 0.049 0.003 98 G 0.022 0.021 0.080 0.071 0.158 0.002 0.096 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.177 0.020 0.094 0.044 0.044 0.153 0.001 99 G 0.005 0.005 0.086 0.042 0.064 0.006 0.109 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.043 0.019 0.119 0.108 0.094 0.288 0.001 100 D 0.004 0.004 0.064 0.048 0.090 0.010 0.068 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.022 0.122 0.087 0.199 0.247 0.001 101 V 0.004 0.006 0.052 0.048 0.120 0.006 0.069 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.031 0.021 0.162 0.095 0.144 0.228 0.001 102 S 0.003 0.004 0.058 0.066 0.074 0.004 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.014 0.069 0.035 0.176 0.415 0.001 103 E 0.003 0.004 0.031 0.043 0.139 0.004 0.045 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.026 0.031 0.234 0.094 0.118 0.207 0.001 104 T 0.006 0.010 0.068 0.081 0.090 0.011 0.140 0.031 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.045 0.027 0.100 0.060 0.114 0.203 0.001 105 S 0.010 0.013 0.071 0.070 0.149 0.004 0.058 0.034 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.003 0.034 0.031 0.100 0.063 0.167 0.176 0.002 106 V 0.013 0.018 0.073 0.076 0.178 0.005 0.052 0.049 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.060 0.040 0.115 0.059 0.106 0.132 0.003