# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.001 0.007 0.909 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.042 0.017 0.003 0.007 2 E 0.001 0.014 0.548 0.004 0.060 0.046 0.001 0.001 0.002 0.143 0.163 0.007 0.011 3 N 0.002 0.015 0.336 0.008 0.082 0.060 0.001 0.001 0.006 0.214 0.238 0.016 0.023 4 L 0.008 0.024 0.401 0.005 0.087 0.077 0.002 0.001 0.011 0.173 0.082 0.045 0.084 5 Y 0.016 0.031 0.414 0.010 0.044 0.083 0.006 0.001 0.018 0.113 0.074 0.080 0.110 6 F 0.030 0.032 0.371 0.007 0.045 0.060 0.006 0.001 0.014 0.100 0.073 0.093 0.169 7 Q 0.017 0.029 0.476 0.009 0.035 0.040 0.004 0.001 0.008 0.132 0.069 0.063 0.119 8 S 0.005 0.025 0.431 0.010 0.063 0.040 0.002 0.001 0.004 0.124 0.151 0.052 0.092 9 M 0.003 0.007 0.235 0.070 0.052 0.010 0.001 0.001 0.001 0.204 0.362 0.013 0.041 10 G 0.006 0.003 0.354 0.021 0.021 0.002 0.002 0.001 0.005 0.250 0.224 0.071 0.040 11 L 0.019 0.004 0.469 0.011 0.003 0.001 0.008 0.001 0.026 0.081 0.011 0.033 0.333 12 R 0.090 0.001 0.169 0.010 0.001 0.001 0.041 0.002 0.093 0.031 0.001 0.468 0.094 13 T 0.217 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.121 0.004 0.073 0.002 0.001 0.047 0.499 14 V 0.357 0.001 0.014 0.012 0.001 0.001 0.141 0.006 0.038 0.001 0.001 0.379 0.051 15 E 0.377 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.183 0.008 0.060 0.001 0.001 0.037 0.294 16 M 0.276 0.002 0.058 0.009 0.001 0.001 0.142 0.008 0.101 0.003 0.001 0.278 0.125 17 K 0.153 0.004 0.237 0.021 0.001 0.001 0.051 0.003 0.122 0.034 0.007 0.081 0.285 18 K 0.044 0.037 0.324 0.006 0.002 0.001 0.015 0.002 0.085 0.124 0.011 0.146 0.204 19 G 0.001 0.018 0.658 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.183 0.019 0.037 0.063 20 P 0.001 0.005 0.174 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.264 0.508 0.004 0.015 21 T 0.001 0.006 0.166 0.002 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.246 0.512 0.014 0.010 22 D 0.002 0.013 0.234 0.008 0.065 0.003 0.001 0.001 0.001 0.434 0.206 0.016 0.019 23 S 0.011 0.023 0.374 0.011 0.044 0.002 0.002 0.001 0.002 0.214 0.198 0.025 0.094 24 L 0.125 0.015 0.265 0.072 0.016 0.001 0.009 0.001 0.004 0.119 0.062 0.092 0.220 25 G 0.377 0.005 0.103 0.015 0.004 0.001 0.019 0.001 0.005 0.029 0.012 0.260 0.171 26 I 0.540 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.034 0.002 0.007 0.007 0.001 0.115 0.271 27 S 0.503 0.002 0.022 0.006 0.001 0.001 0.038 0.006 0.017 0.003 0.001 0.324 0.076 28 I 0.410 0.004 0.041 0.006 0.001 0.001 0.057 0.007 0.022 0.003 0.002 0.039 0.405 29 A 0.348 0.005 0.065 0.162 0.002 0.001 0.042 0.004 0.015 0.013 0.012 0.239 0.092 30 G 0.107 0.005 0.146 0.039 0.005 0.001 0.013 0.002 0.018 0.113 0.083 0.215 0.255 31 G 0.026 0.007 0.248 0.031 0.009 0.001 0.005 0.001 0.021 0.250 0.136 0.059 0.206 32 V 0.016 0.049 0.242 0.014 0.010 0.002 0.006 0.001 0.020 0.242 0.105 0.207 0.087 33 G 0.008 0.060 0.309 0.006 0.010 0.003 0.004 0.001 0.010 0.324 0.120 0.027 0.117 34 S 0.001 0.020 0.535 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.327 0.049 0.031 0.017 35 P 0.002 0.019 0.278 0.004 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.267 0.339 0.003 0.052 36 L 0.003 0.016 0.191 0.003 0.062 0.006 0.001 0.001 0.002 0.190 0.495 0.019 0.012 37 G 0.003 0.012 0.306 0.005 0.042 0.003 0.001 0.001 0.002 0.344 0.238 0.020 0.023 38 D 0.009 0.018 0.474 0.008 0.013 0.001 0.002 0.001 0.004 0.299 0.089 0.012 0.070 39 V 0.021 0.014 0.329 0.010 0.007 0.001 0.004 0.001 0.011 0.334 0.018 0.195 0.057 40 P 0.042 0.006 0.434 0.057 0.004 0.001 0.017 0.001 0.017 0.080 0.006 0.025 0.310 41 I 0.336 0.005 0.081 0.034 0.002 0.001 0.155 0.015 0.038 0.012 0.001 0.179 0.141 42 F 0.579 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.168 0.029 0.021 0.001 0.001 0.106 0.079 43 I 0.351 0.002 0.064 0.016 0.003 0.003 0.167 0.035 0.058 0.002 0.002 0.054 0.244 44 A 0.149 0.001 0.094 0.482 0.002 0.001 0.059 0.008 0.058 0.010 0.003 0.062 0.073 45 M 0.109 0.002 0.111 0.009 0.001 0.001 0.032 0.003 0.105 0.030 0.003 0.417 0.177 46 M 0.026 0.026 0.140 0.005 0.002 0.001 0.016 0.003 0.080 0.021 0.002 0.025 0.654 47 H 0.002 0.024 0.519 0.051 0.005 0.005 0.002 0.001 0.043 0.073 0.006 0.229 0.039 48 P 0.001 0.004 0.121 0.008 0.041 0.044 0.001 0.001 0.007 0.250 0.473 0.003 0.046 49 T 0.001 0.004 0.217 0.010 0.032 0.048 0.001 0.001 0.003 0.230 0.441 0.008 0.005 50 G 0.001 0.032 0.393 0.002 0.037 0.157 0.001 0.001 0.004 0.273 0.079 0.011 0.013 51 V 0.001 0.014 0.208 0.001 0.066 0.459 0.001 0.001 0.004 0.055 0.173 0.002 0.016 52 A 0.004 0.026 0.090 0.013 0.166 0.481 0.001 0.003 0.004 0.055 0.141 0.008 0.008 53 A 0.010 0.019 0.108 0.004 0.234 0.367 0.002 0.005 0.006 0.059 0.152 0.010 0.023 54 Q 0.013 0.019 0.094 0.002 0.134 0.427 0.005 0.003 0.006 0.065 0.191 0.020 0.022 55 T 0.004 0.022 0.201 0.011 0.055 0.241 0.001 0.003 0.006 0.069 0.366 0.004 0.016 56 Q 0.002 0.004 0.103 0.006 0.021 0.050 0.001 0.001 0.003 0.234 0.556 0.015 0.005 57 K 0.003 0.028 0.572 0.006 0.004 0.012 0.002 0.001 0.017 0.202 0.081 0.009 0.061 58 L 0.002 0.099 0.625 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 0.150 0.006 0.071 0.015 59 R 0.001 0.019 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.001 0.002 0.038 60 V 0.001 0.007 0.044 0.010 0.057 0.042 0.001 0.001 0.001 0.055 0.779 0.002 0.002 61 G 0.001 0.001 0.033 0.009 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.065 0.848 0.002 0.002 62 D 0.004 0.003 0.546 0.020 0.049 0.019 0.001 0.001 0.003 0.201 0.082 0.013 0.058 63 R 0.140 0.046 0.292 0.018 0.015 0.023 0.017 0.002 0.011 0.095 0.034 0.099 0.208 64 I 0.221 0.028 0.067 0.014 0.004 0.038 0.056 0.028 0.040 0.017 0.009 0.183 0.295 65 V 0.311 0.002 0.056 0.271 0.002 0.020 0.036 0.020 0.018 0.016 0.013 0.060 0.175 66 T 0.772 0.001 0.016 0.005 0.002 0.011 0.055 0.011 0.007 0.002 0.009 0.045 0.064 67 I 0.597 0.006 0.018 0.001 0.002 0.007 0.040 0.003 0.008 0.003 0.004 0.147 0.164 68 C 0.019 0.002 0.028 0.140 0.009 0.015 0.002 0.001 0.003 0.042 0.654 0.066 0.020 69 G 0.009 0.001 0.012 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.792 0.001 0.018 70 T 0.044 0.022 0.175 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.006 0.022 0.002 0.655 0.056 71 S 0.020 0.091 0.188 0.014 0.001 0.001 0.015 0.003 0.044 0.013 0.004 0.019 0.586 72 T 0.021 0.020 0.469 0.072 0.045 0.017 0.017 0.012 0.024 0.054 0.131 0.074 0.045 73 E 0.002 0.009 0.046 0.007 0.040 0.013 0.003 0.003 0.004 0.115 0.738 0.006 0.013 74 G 0.001 0.002 0.114 0.010 0.018 0.003 0.001 0.001 0.003 0.198 0.637 0.004 0.010 75 M 0.003 0.043 0.703 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.145 0.006 0.062 0.029 76 T 0.001 0.082 0.731 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 0.039 0.005 0.006 0.119 77 H 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.885 0.001 0.001 0.001 0.003 0.100 0.001 0.001 86 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.537 0.001 0.001 0.001 0.024 0.411 0.001 0.001 87 A 0.001 0.004 0.450 0.001 0.022 0.111 0.001 0.001 0.001 0.221 0.188 0.001 0.001 88 S 0.001 0.003 0.133 0.007 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.141 0.665 0.001 0.001 89 G 0.001 0.002 0.161 0.013 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.410 0.388 0.003 0.004 90 S 0.014 0.008 0.636 0.019 0.003 0.001 0.010 0.002 0.039 0.101 0.025 0.030 0.112 91 I 0.208 0.006 0.106 0.004 0.001 0.001 0.110 0.014 0.093 0.016 0.001 0.287 0.157 92 E 0.446 0.001 0.034 0.010 0.001 0.001 0.176 0.021 0.041 0.003 0.001 0.134 0.134 93 M 0.651 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.176 0.018 0.016 0.001 0.001 0.056 0.071 94 Q 0.658 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.179 0.011 0.016 0.001 0.001 0.082 0.046 95 V 0.536 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.141 0.003 0.021 0.001 0.001 0.064 0.215 96 V 0.276 0.003 0.169 0.053 0.001 0.001 0.052 0.001 0.037 0.015 0.003 0.216 0.176 97 A 0.046 0.014 0.300 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.033 0.118 0.023 0.116 0.332 98 G 0.004 0.009 0.344 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.310 0.202 0.036 0.064 99 G 0.002 0.008 0.259 0.005 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.382 0.272 0.027 0.025 100 D 0.004 0.015 0.477 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.003 0.244 0.145 0.022 0.064 101 V 0.011 0.031 0.565 0.003 0.015 0.006 0.004 0.001 0.003 0.172 0.051 0.064 0.075 102 S 0.008 0.036 0.591 0.007 0.015 0.009 0.002 0.001 0.003 0.149 0.030 0.055 0.094 103 E 0.005 0.010 0.701 0.009 0.021 0.010 0.001 0.001 0.002 0.104 0.042 0.016 0.077 104 T 0.006 0.022 0.599 0.005 0.029 0.018 0.002 0.001 0.003 0.126 0.073 0.061 0.054 105 S 0.004 0.020 0.726 0.003 0.016 0.015 0.001 0.001 0.004 0.086 0.040 0.018 0.066 106 V 0.001 0.004 0.945 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.009 0.010