# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.289 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.040 0.066 0.504 2 E 0.094 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.029 0.098 0.665 3 N 0.085 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.082 0.051 0.083 0.561 4 L 0.080 0.050 0.004 0.002 0.002 0.013 0.006 0.002 0.016 0.006 0.012 0.006 0.004 0.002 0.003 0.003 0.064 0.111 0.107 0.506 5 Y 0.047 0.044 0.007 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.003 0.008 0.006 0.006 0.005 0.088 0.102 0.087 0.566 6 F 0.074 0.007 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.014 0.007 0.010 0.003 0.058 0.087 0.088 0.634 7 Q 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.004 0.004 0.069 0.041 0.076 0.677 8 S 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.061 0.031 0.093 0.745 9 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.013 0.113 0.813 10 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.540 0.040 0.051 0.341 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.008 0.083 0.863 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.015 0.017 0.839 0.030 0.010 0.070 13 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.183 0.046 0.054 0.710 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.020 0.003 0.025 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.347 0.061 0.043 0.530 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.029 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.656 0.052 0.027 0.184 17 K 0.008 0.001 0.001 0.003 0.029 0.084 0.136 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.060 0.072 0.385 18 K 0.014 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.029 0.094 0.774 19 G 0.147 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.074 0.091 0.646 20 P 0.127 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.098 0.708 21 T 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.034 0.106 0.763 22 D 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.061 0.152 0.675 23 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.055 0.010 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.157 0.081 0.129 0.535 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.031 0.020 0.062 0.058 0.022 0.008 0.290 0.088 0.077 0.334 25 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.026 0.033 0.140 0.020 0.020 0.572 0.113 0.012 0.052 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.030 0.005 0.723 0.063 0.027 0.125 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.004 0.876 0.057 0.007 0.030 28 I 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.599 0.071 0.055 0.248 29 A 0.022 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.118 0.066 0.197 30 G 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.038 0.129 0.601 31 G 0.072 0.004 0.002 0.001 0.004 0.017 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.124 0.109 0.543 32 V 0.013 0.004 0.001 0.005 0.023 0.047 0.018 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.054 0.133 0.607 33 G 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.096 0.830 34 S 0.295 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.073 0.107 0.458 35 P 0.173 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.047 0.098 0.649 36 L 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.023 0.051 0.090 0.748 37 G 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.003 0.012 0.002 0.005 0.002 0.002 0.042 0.031 0.118 0.738 38 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.009 0.002 0.006 0.001 0.005 0.002 0.086 0.027 0.162 0.668 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.005 0.020 0.032 0.020 0.009 0.173 0.040 0.144 0.544 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.015 0.008 0.061 0.015 0.022 0.509 0.066 0.053 0.240 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.007 0.007 0.732 0.052 0.030 0.154 42 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.006 0.855 0.054 0.010 0.063 43 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.726 0.036 0.030 0.195 44 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.732 0.033 0.038 0.183 45 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.054 0.117 0.479 46 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.342 0.037 0.110 0.504 47 H 0.382 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.102 0.070 0.315 48 P 0.068 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.026 0.097 0.703 49 T 0.042 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.016 0.069 0.670 50 G 0.141 0.411 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.182 0.047 0.173 51 V 0.101 0.125 0.015 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.473 0.064 0.176 52 A 0.039 0.128 0.036 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.025 0.348 0.084 0.289 53 A 0.337 0.028 0.027 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.002 0.003 0.035 0.108 0.076 0.356 54 Q 0.150 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.045 0.099 0.631 55 T 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.020 0.099 0.827 56 Q 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.058 0.130 0.569 57 K 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.036 0.147 0.664 58 L 0.014 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.375 0.030 0.109 0.436 59 R 0.481 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.130 0.105 0.045 0.207 60 V 0.121 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.208 0.083 0.105 0.458 61 G 0.018 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.044 0.146 0.610 62 D 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.617 0.097 0.058 0.201 63 R 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.659 0.128 0.029 0.152 64 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.064 0.008 0.067 65 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.437 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.443 0.044 0.007 0.052 66 T 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.821 0.015 0.017 0.118 67 I 0.535 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.047 0.041 0.207 68 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.019 0.125 0.795 69 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.037 0.069 0.800 70 T 0.009 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.682 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.022 0.215 71 S 0.233 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.027 0.058 0.542 72 T 0.199 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.001 0.002 0.001 0.024 0.070 0.070 0.499 73 E 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.043 0.005 0.007 0.057 0.022 0.101 0.734 74 G 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.047 0.110 0.772 75 M 0.002 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.055 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.094 0.142 0.502 76 T 0.018 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.008 0.045 77 H 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.022 78 T 0.004 0.654 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.003 0.027 79 Q 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.013 80 A 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 81 V 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.023 82 N 0.022 0.490 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.024 0.068 83 L 0.117 0.408 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.055 0.140 84 L 0.243 0.022 0.063 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.395 0.049 0.213 85 K 0.040 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 0.098 0.790 86 N 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.057 0.916 87 A 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.135 0.753 88 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.185 0.781 89 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.038 0.123 0.593 90 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.503 0.073 0.077 0.329 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.798 0.036 0.030 0.133 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.011 0.005 0.856 0.067 0.006 0.047 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.909 0.036 0.007 0.045 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.065 0.002 0.015 95 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.010 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.610 0.091 0.034 0.201 96 V 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.809 0.048 0.023 0.102 97 A 0.162 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.067 0.119 0.522 98 G 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.045 0.116 0.774 99 G 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.031 0.103 0.817 100 D 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.049 0.113 0.708 101 V 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.046 0.094 0.786 102 S 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.002 0.003 0.001 0.034 0.046 0.083 0.775 103 E 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.016 0.007 0.003 0.028 0.015 0.067 0.832 104 T 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.003 0.004 0.007 0.006 0.061 0.019 0.073 0.806 105 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.056 0.018 0.084 0.828 106 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.047 0.019 0.101 0.815