# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.237 0.029 0.001 0.007 0.007 0.008 0.104 0.010 0.001 0.052 0.543 2 E 0.055 0.020 0.001 0.010 0.011 0.025 0.140 0.009 0.001 0.037 0.693 3 N 0.051 0.033 0.001 0.023 0.026 0.073 0.122 0.004 0.001 0.045 0.621 4 L 0.037 0.025 0.002 0.021 0.087 0.132 0.094 0.002 0.001 0.051 0.547 5 Y 0.018 0.045 0.005 0.021 0.098 0.145 0.120 0.003 0.003 0.044 0.499 6 F 0.140 0.008 0.017 0.009 0.053 0.082 0.078 0.006 0.011 0.056 0.538 7 Q 0.312 0.006 0.001 0.005 0.025 0.033 0.068 0.015 0.001 0.077 0.457 8 S 0.054 0.001 0.001 0.005 0.008 0.028 0.093 0.001 0.001 0.040 0.769 9 M 0.004 0.001 0.002 0.023 0.029 0.102 0.099 0.001 0.001 0.041 0.700 10 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.218 0.278 0.082 0.001 0.001 0.051 0.354 11 L 0.001 0.001 0.001 0.030 0.193 0.185 0.066 0.001 0.001 0.034 0.491 12 R 0.001 0.001 0.001 0.069 0.317 0.513 0.013 0.001 0.001 0.038 0.050 13 T 0.001 0.001 0.001 0.072 0.211 0.475 0.017 0.001 0.001 0.080 0.145 14 V 0.001 0.001 0.001 0.217 0.372 0.316 0.007 0.001 0.001 0.035 0.053 15 E 0.001 0.001 0.001 0.163 0.293 0.428 0.012 0.001 0.001 0.044 0.058 16 M 0.002 0.001 0.001 0.133 0.357 0.247 0.026 0.001 0.001 0.031 0.203 17 K 0.003 0.001 0.001 0.155 0.246 0.289 0.056 0.001 0.001 0.030 0.221 18 K 0.002 0.001 0.001 0.050 0.056 0.166 0.113 0.001 0.001 0.020 0.592 19 G 0.236 0.002 0.003 0.043 0.040 0.043 0.096 0.006 0.005 0.061 0.466 20 P 0.095 0.003 0.004 0.018 0.005 0.009 0.099 0.003 0.002 0.128 0.636 21 T 0.018 0.001 0.001 0.010 0.007 0.019 0.126 0.001 0.001 0.062 0.754 22 D 0.011 0.001 0.001 0.022 0.092 0.173 0.100 0.003 0.001 0.103 0.495 23 S 0.008 0.001 0.001 0.017 0.054 0.087 0.108 0.001 0.001 0.064 0.659 24 L 0.001 0.001 0.001 0.033 0.230 0.418 0.051 0.001 0.001 0.063 0.202 25 G 0.001 0.001 0.001 0.051 0.197 0.394 0.044 0.001 0.001 0.098 0.213 26 I 0.001 0.001 0.001 0.155 0.335 0.307 0.026 0.001 0.001 0.059 0.116 27 S 0.003 0.001 0.001 0.286 0.208 0.304 0.031 0.001 0.001 0.072 0.095 28 I 0.012 0.001 0.001 0.157 0.245 0.303 0.031 0.001 0.001 0.100 0.150 29 A 0.029 0.001 0.001 0.220 0.083 0.172 0.102 0.001 0.001 0.074 0.316 30 G 0.014 0.001 0.001 0.084 0.040 0.161 0.151 0.006 0.001 0.047 0.495 31 G 0.195 0.004 0.001 0.040 0.032 0.043 0.105 0.001 0.001 0.050 0.528 32 V 0.005 0.001 0.001 0.015 0.048 0.079 0.152 0.002 0.001 0.026 0.671 33 G 0.016 0.009 0.003 0.007 0.011 0.016 0.116 0.002 0.002 0.017 0.802 34 S 0.307 0.005 0.005 0.003 0.033 0.023 0.073 0.048 0.003 0.100 0.402 35 P 0.221 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.058 0.004 0.001 0.052 0.656 36 L 0.073 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.072 0.001 0.001 0.031 0.796 37 G 0.011 0.001 0.001 0.010 0.010 0.014 0.108 0.001 0.001 0.016 0.829 38 D 0.003 0.001 0.001 0.007 0.043 0.035 0.163 0.002 0.001 0.019 0.726 39 V 0.004 0.002 0.001 0.111 0.158 0.094 0.122 0.002 0.001 0.046 0.461 40 P 0.002 0.003 0.001 0.299 0.120 0.198 0.059 0.001 0.001 0.050 0.270 41 I 0.001 0.002 0.001 0.440 0.156 0.202 0.025 0.001 0.001 0.040 0.133 42 F 0.003 0.001 0.001 0.629 0.121 0.121 0.016 0.001 0.001 0.034 0.074 43 I 0.014 0.002 0.001 0.449 0.139 0.169 0.029 0.002 0.001 0.049 0.146 44 A 0.016 0.001 0.001 0.372 0.068 0.122 0.065 0.001 0.001 0.034 0.321 45 M 0.003 0.001 0.001 0.174 0.062 0.126 0.126 0.001 0.001 0.024 0.484 46 M 0.007 0.001 0.001 0.101 0.062 0.070 0.143 0.002 0.001 0.024 0.587 47 H 0.432 0.011 0.002 0.037 0.029 0.018 0.087 0.008 0.002 0.068 0.306 48 P 0.054 0.014 0.001 0.012 0.005 0.006 0.113 0.002 0.001 0.034 0.758 49 T 0.008 0.035 0.001 0.006 0.005 0.011 0.106 0.005 0.001 0.009 0.814 50 G 0.118 0.431 0.002 0.009 0.008 0.015 0.072 0.034 0.001 0.032 0.276 51 V 0.141 0.312 0.004 0.011 0.010 0.014 0.045 0.008 0.001 0.226 0.228 52 A 0.056 0.295 0.046 0.010 0.015 0.026 0.077 0.005 0.019 0.207 0.243 53 A 0.364 0.141 0.016 0.006 0.013 0.021 0.075 0.018 0.007 0.067 0.272 54 Q 0.392 0.147 0.004 0.010 0.011 0.017 0.052 0.028 0.003 0.055 0.280 55 T 0.089 0.079 0.001 0.009 0.011 0.044 0.119 0.007 0.001 0.026 0.614 56 Q 0.030 0.041 0.003 0.043 0.027 0.115 0.088 0.003 0.001 0.039 0.612 57 K 0.018 0.021 0.006 0.020 0.109 0.128 0.159 0.002 0.002 0.054 0.483 58 L 0.013 0.003 0.005 0.040 0.037 0.055 0.080 0.002 0.003 0.024 0.739 59 R 0.569 0.021 0.002 0.020 0.025 0.039 0.056 0.012 0.002 0.079 0.175 60 V 0.127 0.004 0.005 0.025 0.008 0.021 0.112 0.003 0.002 0.058 0.634 61 G 0.007 0.006 0.001 0.049 0.024 0.123 0.125 0.003 0.001 0.037 0.624 62 D 0.004 0.003 0.001 0.053 0.140 0.288 0.093 0.001 0.001 0.111 0.305 63 R 0.001 0.002 0.001 0.090 0.253 0.454 0.027 0.001 0.001 0.076 0.096 64 I 0.001 0.001 0.001 0.076 0.294 0.441 0.015 0.001 0.001 0.053 0.118 65 V 0.001 0.001 0.001 0.112 0.390 0.356 0.017 0.001 0.001 0.039 0.084 66 T 0.013 0.001 0.001 0.130 0.203 0.385 0.024 0.001 0.001 0.135 0.107 67 I 0.227 0.001 0.001 0.065 0.092 0.109 0.068 0.005 0.001 0.134 0.298 68 C 0.027 0.001 0.001 0.043 0.022 0.042 0.118 0.002 0.001 0.035 0.710 69 G 0.006 0.001 0.001 0.038 0.021 0.047 0.146 0.002 0.001 0.031 0.708 70 T 0.017 0.001 0.001 0.072 0.082 0.068 0.191 0.003 0.001 0.050 0.515 71 S 0.055 0.004 0.001 0.120 0.058 0.069 0.134 0.007 0.001 0.114 0.438 72 T 0.160 0.012 0.001 0.062 0.016 0.027 0.135 0.003 0.001 0.089 0.495 73 E 0.021 0.007 0.001 0.031 0.014 0.041 0.195 0.005 0.001 0.048 0.638 74 G 0.066 0.045 0.001 0.025 0.005 0.011 0.147 0.001 0.001 0.097 0.602 75 M 0.006 0.041 0.001 0.023 0.024 0.034 0.177 0.007 0.001 0.213 0.475 76 T 0.028 0.827 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.001 0.050 0.070 77 H 0.016 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.029 0.029 78 T 0.012 0.578 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.344 0.048 79 Q 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.011 80 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 81 V 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.023 0.014 82 N 0.019 0.708 0.007 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.003 0.163 0.079 83 L 0.083 0.333 0.054 0.003 0.001 0.001 0.037 0.026 0.020 0.347 0.093 84 L 0.090 0.044 0.255 0.006 0.001 0.002 0.053 0.019 0.252 0.132 0.148 85 K 0.126 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.077 0.002 0.009 0.019 0.752 86 N 0.087 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.028 0.804 87 A 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.171 0.003 0.001 0.048 0.745 88 S 0.006 0.001 0.001 0.011 0.002 0.009 0.126 0.001 0.001 0.029 0.816 89 G 0.001 0.001 0.001 0.043 0.084 0.180 0.122 0.001 0.001 0.061 0.507 90 S 0.001 0.001 0.001 0.120 0.076 0.266 0.063 0.001 0.001 0.101 0.373 91 I 0.001 0.001 0.001 0.185 0.247 0.397 0.014 0.001 0.001 0.065 0.091 92 E 0.001 0.001 0.001 0.126 0.274 0.500 0.006 0.001 0.001 0.049 0.043 93 M 0.001 0.001 0.001 0.158 0.386 0.371 0.004 0.001 0.001 0.027 0.053 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.117 0.371 0.457 0.006 0.001 0.001 0.023 0.025 95 V 0.002 0.001 0.001 0.082 0.334 0.463 0.014 0.001 0.001 0.029 0.074 96 V 0.143 0.001 0.002 0.065 0.196 0.265 0.040 0.005 0.004 0.068 0.211 97 A 0.256 0.002 0.001 0.022 0.018 0.028 0.064 0.006 0.002 0.060 0.541 98 G 0.017 0.001 0.001 0.008 0.007 0.017 0.068 0.001 0.001 0.015 0.866 99 G 0.008 0.001 0.001 0.011 0.038 0.059 0.094 0.002 0.001 0.024 0.764 100 D 0.017 0.001 0.001 0.012 0.063 0.061 0.086 0.002 0.001 0.048 0.711 101 V 0.019 0.001 0.001 0.015 0.036 0.036 0.089 0.002 0.001 0.040 0.761 102 S 0.103 0.002 0.001 0.010 0.027 0.032 0.109 0.005 0.001 0.054 0.656 103 E 0.045 0.001 0.001 0.007 0.010 0.014 0.114 0.003 0.001 0.031 0.774 104 T 0.018 0.001 0.001 0.010 0.020 0.030 0.114 0.003 0.001 0.021 0.784 105 S 0.027 0.003 0.001 0.015 0.024 0.034 0.124 0.002 0.001 0.025 0.744 106 V 0.024 0.003 0.001 0.015 0.046 0.050 0.141 0.009 0.001 0.029 0.681