# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.377 0.072 0.009 0.016 0.018 0.062 0.061 0.384 2 E 0.058 0.045 0.011 0.013 0.025 0.109 0.029 0.710 3 N 0.062 0.051 0.015 0.020 0.048 0.100 0.053 0.651 4 L 0.051 0.024 0.020 0.084 0.070 0.099 0.114 0.539 5 Y 0.034 0.017 0.026 0.091 0.113 0.104 0.104 0.512 6 F 0.063 0.008 0.028 0.051 0.078 0.097 0.103 0.572 7 Q 0.232 0.005 0.015 0.035 0.037 0.071 0.039 0.567 8 S 0.179 0.003 0.007 0.011 0.029 0.056 0.030 0.684 9 M 0.015 0.001 0.015 0.014 0.042 0.120 0.018 0.775 10 G 0.017 0.001 0.042 0.082 0.273 0.105 0.038 0.441 11 L 0.005 0.001 0.037 0.099 0.144 0.063 0.031 0.622 12 R 0.002 0.001 0.161 0.262 0.378 0.031 0.015 0.151 13 T 0.002 0.001 0.115 0.202 0.408 0.017 0.027 0.229 14 V 0.002 0.001 0.147 0.426 0.272 0.014 0.016 0.123 15 E 0.004 0.001 0.171 0.322 0.389 0.012 0.015 0.086 16 M 0.016 0.001 0.055 0.292 0.247 0.044 0.024 0.321 17 K 0.011 0.001 0.060 0.203 0.207 0.068 0.030 0.421 18 K 0.018 0.001 0.010 0.030 0.050 0.091 0.018 0.782 19 G 0.252 0.005 0.012 0.052 0.032 0.080 0.057 0.509 20 P 0.161 0.008 0.007 0.019 0.027 0.102 0.042 0.633 21 T 0.061 0.006 0.014 0.009 0.023 0.113 0.042 0.732 22 D 0.163 0.005 0.022 0.030 0.064 0.149 0.030 0.538 23 S 0.028 0.003 0.014 0.026 0.047 0.103 0.059 0.719 24 L 0.004 0.002 0.117 0.071 0.242 0.163 0.027 0.374 25 G 0.003 0.001 0.196 0.122 0.410 0.044 0.057 0.168 26 I 0.002 0.001 0.225 0.346 0.207 0.031 0.042 0.146 27 S 0.003 0.001 0.594 0.116 0.169 0.019 0.036 0.061 28 I 0.036 0.002 0.198 0.207 0.217 0.060 0.077 0.203 29 A 0.043 0.002 0.238 0.084 0.110 0.077 0.065 0.381 30 G 0.046 0.002 0.068 0.042 0.112 0.115 0.042 0.572 31 G 0.040 0.002 0.035 0.045 0.072 0.128 0.056 0.621 32 V 0.015 0.001 0.026 0.071 0.078 0.146 0.029 0.634 33 G 0.020 0.001 0.016 0.026 0.046 0.122 0.039 0.729 34 S 0.196 0.003 0.015 0.045 0.037 0.106 0.064 0.535 35 P 0.324 0.003 0.008 0.013 0.019 0.075 0.037 0.522 36 L 0.046 0.002 0.011 0.010 0.024 0.105 0.026 0.776 37 G 0.018 0.001 0.025 0.019 0.073 0.142 0.022 0.700 38 D 0.024 0.003 0.026 0.043 0.084 0.119 0.049 0.652 39 V 0.012 0.005 0.074 0.155 0.192 0.119 0.041 0.402 40 P 0.003 0.003 0.177 0.120 0.355 0.046 0.047 0.249 41 I 0.001 0.001 0.216 0.257 0.395 0.015 0.039 0.075 42 F 0.003 0.002 0.279 0.284 0.336 0.011 0.026 0.059 43 I 0.006 0.002 0.189 0.337 0.327 0.019 0.024 0.095 44 A 0.015 0.003 0.161 0.231 0.308 0.045 0.038 0.198 45 M 0.006 0.002 0.150 0.161 0.329 0.065 0.052 0.235 46 M 0.016 0.002 0.054 0.086 0.132 0.081 0.023 0.606 47 H 0.530 0.012 0.038 0.080 0.058 0.062 0.052 0.169 48 P 0.028 0.019 0.007 0.016 0.027 0.102 0.010 0.791 49 T 0.010 0.029 0.009 0.004 0.012 0.060 0.005 0.870 50 G 0.205 0.290 0.018 0.040 0.024 0.076 0.085 0.263 51 V 0.201 0.143 0.038 0.037 0.023 0.070 0.275 0.213 52 A 0.188 0.108 0.034 0.028 0.040 0.062 0.195 0.345 53 A 0.296 0.045 0.019 0.016 0.030 0.073 0.067 0.454 54 Q 0.078 0.030 0.006 0.016 0.031 0.074 0.033 0.730 55 T 0.018 0.020 0.013 0.016 0.054 0.097 0.023 0.758 56 Q 0.035 0.026 0.043 0.094 0.164 0.123 0.064 0.452 57 K 0.014 0.013 0.062 0.142 0.155 0.114 0.088 0.412 58 L 0.040 0.014 0.092 0.074 0.079 0.104 0.058 0.539 59 R 0.313 0.034 0.066 0.054 0.051 0.081 0.089 0.312 60 V 0.090 0.041 0.029 0.014 0.025 0.079 0.033 0.690 61 G 0.030 0.031 0.033 0.024 0.108 0.128 0.076 0.570 62 D 0.006 0.014 0.038 0.095 0.218 0.101 0.235 0.294 63 R 0.003 0.012 0.114 0.321 0.375 0.028 0.062 0.086 64 I 0.006 0.007 0.076 0.251 0.437 0.024 0.053 0.146 65 V 0.003 0.002 0.141 0.393 0.352 0.016 0.039 0.056 66 T 0.026 0.002 0.099 0.197 0.427 0.037 0.049 0.163 67 I 0.130 0.003 0.037 0.209 0.174 0.080 0.093 0.273 68 C 0.014 0.003 0.018 0.032 0.078 0.137 0.014 0.704 69 G 0.023 0.003 0.013 0.016 0.056 0.110 0.017 0.762 70 T 0.023 0.006 0.038 0.111 0.083 0.150 0.059 0.530 71 S 0.134 0.016 0.022 0.031 0.041 0.097 0.033 0.627 72 T 0.400 0.016 0.017 0.034 0.027 0.059 0.098 0.350 73 E 0.037 0.023 0.021 0.017 0.033 0.117 0.038 0.713 74 G 0.018 0.028 0.012 0.008 0.028 0.077 0.055 0.774 75 M 0.016 0.112 0.024 0.086 0.043 0.130 0.065 0.525 76 T 0.024 0.843 0.005 0.006 0.008 0.016 0.023 0.076 77 H 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 78 T 0.008 0.808 0.007 0.005 0.006 0.008 0.127 0.031 79 Q 0.002 0.962 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 0.006 80 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 81 V 0.019 0.947 0.005 0.002 0.002 0.001 0.017 0.006 82 N 0.023 0.724 0.029 0.015 0.010 0.010 0.110 0.079 83 L 0.136 0.491 0.025 0.007 0.006 0.029 0.126 0.180 84 L 0.216 0.041 0.088 0.049 0.019 0.043 0.355 0.189 85 K 0.086 0.005 0.009 0.007 0.009 0.055 0.078 0.750 86 N 0.187 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.039 0.740 87 A 0.108 0.001 0.006 0.005 0.007 0.113 0.018 0.741 88 S 0.009 0.001 0.006 0.001 0.007 0.073 0.007 0.896 89 G 0.010 0.001 0.059 0.032 0.118 0.170 0.015 0.596 90 S 0.002 0.001 0.186 0.107 0.240 0.049 0.038 0.378 91 I 0.001 0.001 0.165 0.385 0.257 0.018 0.016 0.157 92 E 0.001 0.001 0.230 0.326 0.373 0.007 0.014 0.049 93 M 0.001 0.001 0.168 0.390 0.314 0.008 0.013 0.107 94 Q 0.001 0.001 0.224 0.421 0.325 0.003 0.008 0.017 95 V 0.004 0.001 0.125 0.304 0.369 0.019 0.021 0.158 96 V 0.038 0.002 0.127 0.360 0.278 0.026 0.045 0.124 97 A 0.139 0.003 0.029 0.102 0.120 0.063 0.028 0.516 98 G 0.052 0.003 0.011 0.023 0.045 0.081 0.026 0.761 99 G 0.020 0.003 0.011 0.025 0.046 0.106 0.019 0.770 100 D 0.037 0.004 0.011 0.044 0.056 0.116 0.049 0.682 101 V 0.032 0.004 0.012 0.035 0.034 0.091 0.048 0.743 102 S 0.114 0.014 0.017 0.045 0.062 0.098 0.077 0.574 103 E 0.073 0.008 0.014 0.028 0.048 0.091 0.038 0.700 104 T 0.033 0.007 0.022 0.037 0.067 0.102 0.039 0.693 105 S 0.037 0.013 0.026 0.050 0.099 0.114 0.055 0.605 106 V 0.036 0.014 0.025 0.061 0.096 0.109 0.051 0.608