# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.032 0.007 0.026 0.023 0.042 0.091 0.005 0.774 2 E 0.008 0.005 0.011 0.009 0.015 0.041 0.002 0.908 3 N 0.033 0.010 0.013 0.014 0.024 0.139 0.009 0.757 4 L 0.198 0.018 0.032 0.020 0.029 0.102 0.013 0.589 5 Y 0.087 0.028 0.034 0.035 0.060 0.194 0.008 0.554 6 F 0.068 0.031 0.025 0.043 0.096 0.129 0.008 0.600 7 Q 0.091 0.075 0.027 0.067 0.119 0.127 0.010 0.484 8 S 0.068 0.043 0.014 0.036 0.065 0.107 0.016 0.653 9 M 0.150 0.049 0.024 0.079 0.089 0.074 0.032 0.503 10 G 0.213 0.017 0.020 0.069 0.074 0.132 0.058 0.417 11 L 0.116 0.005 0.045 0.071 0.096 0.100 0.019 0.550 12 R 0.049 0.003 0.082 0.365 0.352 0.064 0.005 0.079 13 T 0.004 0.001 0.041 0.102 0.163 0.026 0.001 0.662 14 V 0.001 0.001 0.135 0.426 0.421 0.004 0.001 0.012 15 E 0.003 0.001 0.118 0.311 0.390 0.011 0.001 0.166 16 M 0.001 0.001 0.187 0.346 0.403 0.006 0.001 0.057 17 K 0.003 0.001 0.150 0.278 0.434 0.034 0.001 0.100 18 K 0.004 0.001 0.080 0.140 0.388 0.039 0.002 0.347 19 G 0.008 0.001 0.033 0.052 0.162 0.130 0.002 0.613 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 21 T 0.017 0.001 0.006 0.019 0.036 0.323 0.007 0.591 22 D 0.295 0.003 0.012 0.017 0.016 0.095 0.030 0.531 23 S 0.107 0.008 0.046 0.026 0.032 0.180 0.010 0.592 24 L 0.095 0.011 0.106 0.107 0.131 0.185 0.009 0.355 25 G 0.103 0.005 0.155 0.157 0.277 0.114 0.008 0.182 26 I 0.030 0.004 0.176 0.238 0.346 0.043 0.003 0.160 27 S 0.005 0.003 0.212 0.296 0.365 0.021 0.002 0.096 28 I 0.006 0.003 0.124 0.195 0.376 0.031 0.002 0.263 29 A 0.005 0.005 0.168 0.230 0.378 0.056 0.003 0.155 30 G 0.026 0.005 0.095 0.120 0.212 0.093 0.013 0.435 31 G 0.080 0.004 0.075 0.040 0.068 0.160 0.016 0.556 32 V 0.058 0.004 0.088 0.060 0.083 0.166 0.008 0.534 33 G 0.011 0.003 0.015 0.023 0.043 0.084 0.006 0.814 34 S 0.098 0.006 0.033 0.065 0.121 0.151 0.009 0.517 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 36 L 0.025 0.003 0.011 0.042 0.090 0.304 0.007 0.516 37 G 0.263 0.005 0.018 0.032 0.041 0.116 0.029 0.496 38 D 0.169 0.006 0.027 0.033 0.051 0.186 0.019 0.509 39 V 0.071 0.002 0.087 0.112 0.087 0.119 0.008 0.514 40 P 0.001 0.001 0.008 0.010 0.013 0.010 0.001 0.958 41 I 0.005 0.001 0.231 0.269 0.375 0.024 0.002 0.094 42 F 0.008 0.001 0.260 0.257 0.313 0.024 0.001 0.136 43 I 0.002 0.001 0.241 0.226 0.452 0.014 0.001 0.065 44 A 0.001 0.001 0.271 0.306 0.367 0.014 0.001 0.039 45 M 0.005 0.001 0.194 0.220 0.362 0.025 0.003 0.189 46 M 0.014 0.001 0.274 0.097 0.242 0.030 0.006 0.335 47 H 0.011 0.003 0.130 0.162 0.244 0.098 0.003 0.349 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 T 0.012 0.004 0.019 0.023 0.057 0.159 0.009 0.717 50 G 0.579 0.002 0.006 0.005 0.004 0.042 0.020 0.342 51 V 0.058 0.011 0.049 0.016 0.023 0.076 0.003 0.764 52 A 0.050 0.047 0.021 0.052 0.182 0.139 0.003 0.506 53 A 0.121 0.141 0.026 0.051 0.177 0.134 0.009 0.342 54 Q 0.172 0.349 0.013 0.037 0.068 0.108 0.022 0.231 55 T 0.225 0.503 0.023 0.032 0.027 0.027 0.038 0.125 56 Q 0.539 0.098 0.016 0.050 0.019 0.008 0.160 0.111 57 K 0.505 0.018 0.090 0.034 0.053 0.067 0.034 0.199 58 L 0.036 0.022 0.120 0.128 0.192 0.051 0.011 0.440 59 R 0.037 0.018 0.056 0.132 0.259 0.241 0.008 0.249 60 V 0.002 0.002 0.014 0.017 0.014 0.017 0.001 0.933 61 G 0.008 0.020 0.126 0.165 0.188 0.104 0.012 0.377 62 D 0.418 0.004 0.036 0.046 0.067 0.171 0.024 0.234 63 R 0.058 0.008 0.280 0.245 0.180 0.102 0.006 0.123 64 I 0.015 0.005 0.056 0.284 0.568 0.037 0.001 0.034 65 V 0.007 0.004 0.210 0.338 0.406 0.009 0.002 0.024 66 T 0.003 0.005 0.134 0.365 0.413 0.014 0.002 0.064 67 I 0.004 0.006 0.144 0.289 0.425 0.020 0.003 0.109 68 C 0.003 0.005 0.078 0.141 0.280 0.059 0.005 0.428 69 G 0.020 0.006 0.077 0.106 0.199 0.085 0.021 0.487 70 T 0.209 0.003 0.072 0.058 0.091 0.163 0.012 0.392 71 S 0.011 0.003 0.036 0.037 0.046 0.075 0.004 0.789 72 T 0.041 0.012 0.079 0.097 0.183 0.079 0.006 0.502 73 E 0.051 0.009 0.090 0.063 0.092 0.360 0.011 0.324 74 G 0.188 0.010 0.024 0.035 0.057 0.139 0.018 0.529 75 M 0.207 0.017 0.094 0.038 0.066 0.214 0.006 0.359 76 T 0.009 0.015 0.014 0.022 0.031 0.355 0.003 0.552 77 H 0.025 0.022 0.013 0.008 0.061 0.055 0.004 0.811 78 T 0.011 0.031 0.003 0.003 0.011 0.261 0.002 0.679 79 Q 0.029 0.073 0.001 0.001 0.003 0.453 0.003 0.436 80 A 0.014 0.861 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.110 81 V 0.001 0.971 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 82 N 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 83 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 L 0.012 0.973 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 85 K 0.038 0.924 0.003 0.005 0.004 0.002 0.011 0.015 86 N 0.126 0.692 0.007 0.011 0.009 0.006 0.074 0.074 87 A 0.355 0.254 0.027 0.013 0.013 0.016 0.146 0.176 88 S 0.048 0.066 0.027 0.021 0.012 0.057 0.116 0.652 89 G 0.065 0.016 0.070 0.085 0.032 0.053 0.137 0.543 90 S 0.177 0.001 0.070 0.045 0.068 0.204 0.013 0.422 91 I 0.036 0.001 0.084 0.310 0.320 0.111 0.002 0.136 92 E 0.006 0.001 0.073 0.359 0.527 0.018 0.001 0.016 93 M 0.001 0.001 0.042 0.498 0.442 0.002 0.001 0.014 94 Q 0.001 0.001 0.089 0.442 0.463 0.001 0.001 0.006 95 V 0.001 0.001 0.087 0.344 0.533 0.003 0.001 0.032 96 V 0.001 0.001 0.180 0.264 0.531 0.005 0.001 0.019 97 A 0.001 0.001 0.061 0.150 0.432 0.042 0.001 0.314 98 G 0.005 0.001 0.045 0.039 0.190 0.070 0.003 0.648 99 G 0.039 0.001 0.013 0.013 0.019 0.127 0.007 0.781 100 D 0.066 0.001 0.009 0.013 0.013 0.114 0.009 0.775 101 V 0.042 0.002 0.015 0.014 0.024 0.077 0.004 0.822 102 S 0.035 0.009 0.026 0.039 0.075 0.241 0.005 0.569 103 E 0.014 0.004 0.008 0.007 0.013 0.037 0.002 0.915 104 T 0.044 0.019 0.020 0.020 0.036 0.245 0.006 0.610 105 S 0.134 0.021 0.021 0.022 0.036 0.186 0.013 0.567 106 V 0.061 0.041 0.026 0.032 0.057 0.118 0.006 0.660