# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.109 0.266 0.276 0.071 0.149 0.028 0.022 0.012 0.041 0.024 0.001 2 E 0.410 0.081 0.265 0.133 0.036 0.026 0.017 0.006 0.011 0.011 0.003 3 N 0.183 0.085 0.230 0.260 0.035 0.078 0.071 0.014 0.038 0.004 0.002 4 L 0.301 0.198 0.255 0.133 0.033 0.034 0.014 0.005 0.023 0.002 0.001 5 Y 0.242 0.254 0.259 0.109 0.043 0.043 0.013 0.005 0.026 0.005 0.001 6 F 0.200 0.291 0.252 0.090 0.046 0.050 0.017 0.005 0.044 0.004 0.001 7 Q 0.229 0.233 0.350 0.057 0.041 0.034 0.016 0.004 0.030 0.005 0.002 8 S 0.215 0.171 0.344 0.097 0.049 0.056 0.020 0.007 0.024 0.011 0.006 9 M 0.152 0.158 0.282 0.224 0.087 0.015 0.038 0.018 0.015 0.009 0.002 10 G 0.034 0.072 0.180 0.042 0.215 0.014 0.087 0.126 0.012 0.218 0.001 11 L 0.018 0.467 0.421 0.013 0.043 0.023 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 12 R 0.033 0.629 0.144 0.054 0.071 0.029 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 13 T 0.002 0.600 0.351 0.001 0.016 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 V 0.001 0.848 0.069 0.001 0.032 0.012 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 15 E 0.002 0.687 0.244 0.001 0.006 0.036 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 16 M 0.007 0.616 0.284 0.003 0.024 0.039 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 17 K 0.015 0.515 0.350 0.006 0.018 0.060 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 18 K 0.046 0.363 0.429 0.049 0.040 0.043 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 19 G 0.014 0.057 0.283 0.002 0.213 0.005 0.008 0.011 0.020 0.387 0.001 20 P 0.515 0.004 0.218 0.122 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.115 21 T 0.254 0.082 0.080 0.432 0.043 0.017 0.036 0.034 0.011 0.009 0.001 22 D 0.097 0.214 0.222 0.118 0.165 0.016 0.077 0.032 0.040 0.018 0.001 23 S 0.159 0.208 0.305 0.075 0.125 0.032 0.029 0.017 0.017 0.027 0.007 24 L 0.050 0.426 0.179 0.206 0.078 0.023 0.012 0.003 0.021 0.001 0.001 25 G 0.014 0.221 0.159 0.021 0.443 0.015 0.029 0.035 0.012 0.051 0.001 26 I 0.002 0.845 0.067 0.002 0.072 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 27 S 0.003 0.817 0.087 0.002 0.051 0.017 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 28 I 0.009 0.721 0.193 0.004 0.024 0.032 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 29 A 0.030 0.677 0.117 0.027 0.077 0.025 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 30 G 0.030 0.063 0.153 0.039 0.218 0.007 0.169 0.078 0.019 0.223 0.001 31 G 0.052 0.029 0.189 0.019 0.176 0.006 0.023 0.249 0.003 0.249 0.004 32 V 0.144 0.338 0.295 0.130 0.059 0.010 0.006 0.003 0.010 0.004 0.002 33 G 0.062 0.025 0.134 0.043 0.095 0.009 0.051 0.214 0.005 0.360 0.001 34 S 0.035 0.260 0.497 0.003 0.083 0.017 0.008 0.001 0.087 0.007 0.001 35 P 0.279 0.006 0.493 0.027 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.162 36 L 0.211 0.088 0.302 0.293 0.010 0.044 0.021 0.005 0.022 0.001 0.003 37 G 0.044 0.025 0.075 0.028 0.103 0.003 0.045 0.285 0.003 0.389 0.001 38 D 0.145 0.116 0.203 0.342 0.033 0.051 0.068 0.007 0.029 0.003 0.003 39 V 0.015 0.503 0.326 0.002 0.027 0.016 0.014 0.001 0.096 0.001 0.001 40 P 0.031 0.013 0.880 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 41 I 0.042 0.641 0.224 0.007 0.033 0.024 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 42 F 0.013 0.529 0.355 0.002 0.008 0.070 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 43 I 0.009 0.465 0.391 0.002 0.007 0.102 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 44 A 0.749 0.049 0.013 0.174 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 M 0.005 0.624 0.032 0.008 0.308 0.005 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 46 M 0.011 0.632 0.269 0.007 0.020 0.027 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 47 H 0.003 0.345 0.434 0.001 0.035 0.029 0.001 0.001 0.152 0.001 0.001 48 P 0.275 0.002 0.674 0.016 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 49 T 0.159 0.007 0.062 0.601 0.011 0.008 0.019 0.124 0.007 0.003 0.001 50 G 0.014 0.030 0.734 0.004 0.088 0.006 0.014 0.024 0.005 0.081 0.001 51 V 0.614 0.047 0.248 0.037 0.012 0.020 0.006 0.003 0.007 0.002 0.004 52 A 0.662 0.066 0.167 0.055 0.011 0.019 0.003 0.003 0.009 0.005 0.001 53 A 0.764 0.067 0.070 0.049 0.018 0.014 0.005 0.003 0.007 0.002 0.001 54 Q 0.655 0.079 0.078 0.133 0.014 0.018 0.010 0.002 0.009 0.002 0.001 55 T 0.306 0.074 0.148 0.352 0.027 0.020 0.039 0.006 0.022 0.006 0.001 56 Q 0.090 0.041 0.073 0.072 0.064 0.012 0.387 0.211 0.009 0.041 0.001 57 K 0.144 0.339 0.259 0.111 0.048 0.048 0.019 0.001 0.029 0.002 0.001 58 L 0.047 0.442 0.407 0.021 0.030 0.030 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 59 R 0.037 0.461 0.372 0.009 0.030 0.038 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 60 V 0.112 0.038 0.802 0.016 0.002 0.016 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 61 G 0.043 0.001 0.014 0.017 0.013 0.002 0.038 0.754 0.002 0.116 0.001 62 D 0.128 0.110 0.487 0.157 0.024 0.046 0.028 0.004 0.014 0.001 0.001 63 R 0.017 0.696 0.205 0.014 0.032 0.016 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 64 I 0.004 0.491 0.451 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 V 0.373 0.411 0.042 0.133 0.010 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 66 T 0.005 0.762 0.083 0.001 0.130 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 67 I 0.047 0.751 0.068 0.017 0.012 0.031 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 68 C 0.058 0.183 0.185 0.155 0.082 0.073 0.145 0.002 0.109 0.007 0.001 69 G 0.021 0.008 0.033 0.020 0.078 0.004 0.124 0.618 0.002 0.091 0.001 70 T 0.122 0.432 0.320 0.035 0.044 0.019 0.003 0.001 0.021 0.004 0.001 71 S 0.132 0.104 0.628 0.015 0.013 0.072 0.010 0.002 0.011 0.010 0.003 72 T 0.378 0.149 0.069 0.330 0.027 0.022 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 73 E 0.192 0.120 0.449 0.168 0.020 0.015 0.019 0.002 0.013 0.002 0.001 74 G 0.012 0.001 0.004 0.087 0.006 0.002 0.200 0.660 0.004 0.023 0.001 75 M 0.002 0.204 0.744 0.002 0.011 0.021 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 76 T 0.003 0.058 0.900 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 77 H 0.992 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.951 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.943 0.002 0.013 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.310 0.003 0.011 0.640 0.002 0.005 0.008 0.013 0.006 0.001 0.001 87 A 0.107 0.057 0.662 0.052 0.007 0.062 0.019 0.003 0.030 0.002 0.001 88 S 0.237 0.038 0.157 0.449 0.032 0.016 0.032 0.018 0.008 0.012 0.001 89 G 0.039 0.072 0.187 0.046 0.290 0.003 0.056 0.185 0.003 0.119 0.001 90 S 0.011 0.519 0.346 0.017 0.070 0.020 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 91 I 0.001 0.810 0.132 0.001 0.024 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 92 E 0.001 0.781 0.167 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 93 M 0.001 0.854 0.108 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.888 0.069 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 95 V 0.001 0.519 0.432 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 96 V 0.007 0.845 0.073 0.003 0.024 0.019 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 97 A 0.016 0.221 0.615 0.014 0.014 0.065 0.012 0.001 0.038 0.003 0.001 98 G 0.046 0.048 0.228 0.033 0.178 0.009 0.092 0.184 0.014 0.166 0.002 99 G 0.131 0.035 0.133 0.025 0.185 0.003 0.014 0.119 0.002 0.350 0.001 100 D 0.170 0.127 0.376 0.199 0.037 0.038 0.019 0.006 0.019 0.005 0.005 101 V 0.181 0.257 0.324 0.114 0.038 0.047 0.013 0.004 0.018 0.004 0.001 102 S 0.158 0.230 0.301 0.114 0.084 0.041 0.020 0.009 0.027 0.015 0.001 103 E 0.269 0.161 0.265 0.112 0.085 0.026 0.024 0.019 0.019 0.018 0.003 104 T 0.242 0.238 0.251 0.146 0.059 0.026 0.009 0.005 0.019 0.003 0.001 105 S 0.145 0.260 0.299 0.107 0.075 0.049 0.017 0.007 0.033 0.006 0.001 106 V 0.214 0.317 0.240 0.077 0.064 0.031 0.013 0.005 0.029 0.009 0.001