# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.083 0.298 0.175 0.033 0.223 0.013 0.024 0.058 0.033 0.031 0.028 2 E 0.036 0.119 0.056 0.024 0.075 0.033 0.066 0.237 0.221 0.109 0.025 3 N 0.130 0.107 0.047 0.014 0.194 0.015 0.044 0.121 0.107 0.147 0.075 4 L 0.107 0.110 0.033 0.010 0.165 0.012 0.028 0.185 0.171 0.128 0.052 5 Y 0.101 0.164 0.067 0.015 0.211 0.017 0.047 0.159 0.094 0.085 0.040 6 F 0.183 0.152 0.051 0.015 0.225 0.014 0.028 0.117 0.078 0.080 0.056 7 Q 0.089 0.226 0.130 0.036 0.173 0.033 0.049 0.110 0.067 0.051 0.035 8 S 0.140 0.131 0.071 0.039 0.172 0.038 0.082 0.122 0.072 0.080 0.052 9 M 0.082 0.193 0.109 0.072 0.140 0.045 0.052 0.052 0.078 0.130 0.048 10 G 0.071 0.190 0.208 0.121 0.135 0.046 0.023 0.023 0.026 0.114 0.042 11 L 0.482 0.058 0.011 0.003 0.328 0.003 0.003 0.003 0.004 0.016 0.089 12 R 0.078 0.255 0.041 0.042 0.452 0.048 0.038 0.018 0.005 0.008 0.013 13 T 0.461 0.023 0.001 0.001 0.485 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 14 V 0.174 0.083 0.004 0.001 0.731 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 15 E 0.240 0.054 0.004 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 16 M 0.345 0.109 0.015 0.002 0.455 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.065 17 K 0.154 0.271 0.080 0.006 0.425 0.003 0.005 0.004 0.003 0.018 0.031 18 K 0.131 0.098 0.060 0.126 0.121 0.128 0.145 0.043 0.025 0.054 0.068 19 G 0.037 0.094 0.280 0.391 0.069 0.045 0.014 0.012 0.012 0.022 0.024 20 P 0.059 0.193 0.112 0.075 0.128 0.051 0.053 0.117 0.117 0.067 0.027 21 T 0.063 0.078 0.044 0.045 0.085 0.052 0.089 0.086 0.134 0.258 0.066 22 D 0.068 0.112 0.114 0.089 0.093 0.054 0.068 0.087 0.104 0.161 0.051 23 S 0.132 0.097 0.056 0.038 0.138 0.041 0.058 0.108 0.085 0.189 0.058 24 L 0.137 0.219 0.087 0.055 0.218 0.029 0.020 0.020 0.025 0.110 0.080 25 G 0.207 0.114 0.099 0.109 0.250 0.040 0.011 0.011 0.008 0.062 0.089 26 I 0.304 0.107 0.015 0.002 0.532 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.030 27 S 0.188 0.178 0.017 0.001 0.586 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.017 28 I 0.547 0.034 0.009 0.003 0.271 0.003 0.005 0.008 0.003 0.013 0.104 29 A 0.077 0.077 0.070 0.216 0.107 0.204 0.097 0.037 0.024 0.049 0.042 30 G 0.028 0.100 0.202 0.394 0.052 0.057 0.025 0.018 0.019 0.075 0.030 31 G 0.051 0.085 0.193 0.272 0.065 0.059 0.020 0.039 0.038 0.133 0.044 32 V 0.034 0.186 0.085 0.082 0.113 0.089 0.157 0.119 0.071 0.043 0.019 33 G 0.069 0.052 0.078 0.115 0.071 0.056 0.039 0.032 0.047 0.306 0.136 34 S 0.046 0.284 0.382 0.037 0.148 0.012 0.023 0.031 0.016 0.011 0.010 35 P 0.065 0.216 0.171 0.043 0.105 0.040 0.061 0.122 0.077 0.066 0.033 36 L 0.036 0.128 0.105 0.104 0.048 0.117 0.181 0.083 0.083 0.082 0.033 37 G 0.015 0.041 0.092 0.193 0.021 0.077 0.031 0.047 0.077 0.344 0.062 38 D 0.071 0.151 0.134 0.032 0.143 0.024 0.043 0.091 0.108 0.166 0.037 39 V 0.065 0.369 0.219 0.017 0.198 0.007 0.012 0.037 0.025 0.026 0.024 40 P 0.157 0.268 0.077 0.010 0.426 0.003 0.004 0.007 0.006 0.010 0.031 41 I 0.253 0.114 0.012 0.001 0.604 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 42 F 0.066 0.401 0.024 0.001 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 I 0.682 0.011 0.003 0.001 0.192 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.107 44 A 0.006 0.023 0.006 0.066 0.027 0.410 0.346 0.064 0.039 0.009 0.004 45 M 0.294 0.121 0.028 0.001 0.445 0.001 0.001 0.003 0.005 0.032 0.070 46 M 0.292 0.170 0.022 0.022 0.345 0.009 0.005 0.010 0.012 0.029 0.084 47 H 0.018 0.206 0.518 0.107 0.107 0.014 0.006 0.009 0.007 0.003 0.004 48 P 0.035 0.041 0.018 0.044 0.040 0.158 0.321 0.246 0.058 0.021 0.018 49 T 0.026 0.119 0.104 0.118 0.066 0.026 0.030 0.034 0.033 0.384 0.059 50 G 0.076 0.212 0.275 0.105 0.100 0.021 0.011 0.082 0.020 0.046 0.052 51 V 0.018 0.080 0.037 0.007 0.060 0.006 0.012 0.539 0.192 0.037 0.011 52 A 0.024 0.063 0.020 0.008 0.054 0.011 0.028 0.550 0.190 0.041 0.011 53 A 0.015 0.020 0.023 0.009 0.013 0.011 0.049 0.666 0.152 0.033 0.010 54 Q 0.012 0.022 0.035 0.017 0.016 0.026 0.102 0.458 0.176 0.122 0.015 55 T 0.037 0.477 0.083 0.023 0.138 0.017 0.033 0.095 0.047 0.036 0.014 56 Q 0.036 0.046 0.024 0.010 0.037 0.012 0.012 0.088 0.148 0.468 0.118 57 K 0.061 0.176 0.036 0.007 0.133 0.010 0.058 0.171 0.163 0.157 0.030 58 L 0.284 0.171 0.017 0.002 0.302 0.001 0.003 0.020 0.028 0.049 0.123 59 R 0.007 0.168 0.674 0.053 0.050 0.008 0.002 0.009 0.014 0.012 0.002 60 V 0.008 0.007 0.010 0.025 0.006 0.083 0.477 0.318 0.056 0.005 0.006 61 G 0.029 0.022 0.031 0.072 0.017 0.015 0.015 0.012 0.037 0.554 0.195 62 D 0.190 0.327 0.043 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.025 63 R 0.042 0.464 0.041 0.001 0.445 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 I 0.742 0.005 0.001 0.001 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 65 V 0.102 0.121 0.010 0.066 0.399 0.231 0.028 0.008 0.005 0.006 0.023 66 T 0.342 0.093 0.014 0.001 0.522 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.022 67 I 0.217 0.014 0.007 0.192 0.059 0.324 0.047 0.030 0.011 0.026 0.075 68 C 0.003 0.062 0.085 0.717 0.028 0.056 0.028 0.014 0.004 0.003 0.001 69 G 0.014 0.008 0.035 0.145 0.007 0.025 0.006 0.016 0.034 0.615 0.097 70 T 0.004 0.571 0.316 0.013 0.077 0.002 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 71 S 0.341 0.127 0.024 0.002 0.336 0.003 0.010 0.014 0.006 0.013 0.124 72 T 0.189 0.064 0.036 0.042 0.161 0.050 0.041 0.048 0.115 0.114 0.139 73 E 0.002 0.013 0.010 0.069 0.007 0.192 0.398 0.215 0.070 0.021 0.003 74 G 0.033 0.019 0.035 0.019 0.015 0.005 0.004 0.012 0.024 0.686 0.148 75 M 0.041 0.517 0.140 0.008 0.258 0.003 0.003 0.008 0.003 0.010 0.008 76 T 0.007 0.715 0.226 0.001 0.038 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.825 0.167 0.003 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.033 0.006 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.040 0.005 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.867 0.116 0.012 0.001 85 K 0.001 0.015 0.002 0.001 0.004 0.004 0.046 0.799 0.118 0.009 0.001 86 N 0.013 0.004 0.003 0.001 0.006 0.005 0.092 0.481 0.161 0.210 0.023 87 A 0.133 0.221 0.197 0.029 0.225 0.020 0.045 0.045 0.015 0.024 0.045 88 S 0.011 0.054 0.031 0.215 0.017 0.120 0.193 0.163 0.082 0.090 0.025 89 G 0.026 0.073 0.098 0.116 0.041 0.036 0.010 0.047 0.087 0.401 0.064 90 S 0.199 0.071 0.005 0.002 0.566 0.003 0.010 0.028 0.038 0.048 0.030 91 I 0.260 0.083 0.006 0.001 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 92 E 0.209 0.047 0.003 0.002 0.717 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 93 M 0.344 0.046 0.005 0.001 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 94 Q 0.148 0.151 0.007 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 95 V 0.405 0.066 0.011 0.001 0.426 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.078 96 V 0.188 0.211 0.102 0.029 0.323 0.015 0.020 0.012 0.009 0.028 0.063 97 A 0.060 0.169 0.164 0.195 0.127 0.121 0.079 0.029 0.016 0.021 0.021 98 G 0.029 0.054 0.105 0.281 0.036 0.085 0.066 0.060 0.092 0.151 0.042 99 G 0.024 0.140 0.194 0.203 0.072 0.075 0.038 0.047 0.077 0.106 0.023 100 D 0.150 0.152 0.056 0.015 0.265 0.015 0.037 0.063 0.064 0.118 0.065 101 V 0.125 0.216 0.113 0.022 0.198 0.014 0.029 0.052 0.063 0.101 0.067 102 S 0.050 0.227 0.183 0.079 0.154 0.047 0.059 0.089 0.049 0.042 0.022 103 E 0.121 0.106 0.049 0.017 0.144 0.021 0.041 0.132 0.151 0.147 0.071 104 T 0.104 0.203 0.082 0.021 0.206 0.015 0.034 0.092 0.077 0.106 0.060 105 S 0.126 0.206 0.080 0.018 0.241 0.013 0.025 0.100 0.064 0.077 0.049 106 V 0.091 0.194 0.076 0.020 0.188 0.019 0.037 0.172 0.098 0.067 0.036