# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.506 0.192 0.129 0.078 0.049 0.022 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 E 0.504 0.195 0.118 0.081 0.053 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 N 0.408 0.196 0.135 0.103 0.076 0.039 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 L 0.194 0.106 0.115 0.139 0.158 0.121 0.076 0.049 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 5 Y 0.215 0.121 0.109 0.145 0.147 0.103 0.069 0.047 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 6 F 0.203 0.122 0.130 0.144 0.139 0.096 0.064 0.045 0.027 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 7 Q 0.239 0.121 0.121 0.141 0.128 0.097 0.059 0.040 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 8 S 0.221 0.140 0.151 0.148 0.131 0.081 0.052 0.029 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 9 M 0.119 0.087 0.104 0.153 0.144 0.139 0.100 0.065 0.039 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 10 G 0.191 0.180 0.174 0.143 0.122 0.073 0.047 0.026 0.019 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 11 L 0.026 0.038 0.056 0.107 0.144 0.151 0.144 0.125 0.084 0.070 0.032 0.012 0.006 0.003 12 R 0.019 0.021 0.033 0.065 0.093 0.117 0.148 0.151 0.123 0.108 0.069 0.032 0.013 0.008 13 T 0.007 0.013 0.022 0.041 0.078 0.085 0.103 0.192 0.135 0.136 0.101 0.049 0.025 0.015 14 V 0.005 0.002 0.003 0.005 0.008 0.021 0.034 0.070 0.111 0.194 0.182 0.205 0.120 0.040 15 E 0.006 0.010 0.021 0.053 0.078 0.071 0.120 0.181 0.157 0.131 0.075 0.056 0.023 0.018 16 M 0.003 0.002 0.003 0.007 0.013 0.038 0.050 0.134 0.142 0.221 0.202 0.114 0.056 0.015 17 K 0.022 0.043 0.078 0.144 0.172 0.150 0.129 0.105 0.077 0.041 0.020 0.011 0.004 0.003 18 K 0.057 0.064 0.074 0.146 0.173 0.133 0.095 0.084 0.080 0.058 0.024 0.008 0.002 0.002 19 G 0.129 0.157 0.179 0.187 0.146 0.090 0.045 0.031 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 20 P 0.285 0.285 0.153 0.140 0.063 0.034 0.017 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 T 0.333 0.311 0.185 0.080 0.047 0.022 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.257 0.258 0.198 0.114 0.076 0.045 0.027 0.012 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 23 S 0.119 0.134 0.132 0.108 0.146 0.131 0.104 0.050 0.036 0.015 0.018 0.004 0.002 0.002 24 L 0.005 0.007 0.014 0.034 0.078 0.099 0.119 0.161 0.130 0.132 0.120 0.057 0.032 0.013 25 G 0.004 0.006 0.008 0.021 0.034 0.051 0.095 0.172 0.160 0.138 0.128 0.115 0.043 0.024 26 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.023 0.082 0.133 0.209 0.222 0.194 0.084 0.030 27 S 0.002 0.002 0.005 0.009 0.017 0.028 0.048 0.139 0.167 0.185 0.156 0.133 0.065 0.044 28 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.017 0.026 0.056 0.105 0.193 0.217 0.217 0.099 0.055 29 A 0.006 0.011 0.022 0.043 0.068 0.093 0.133 0.155 0.158 0.126 0.088 0.054 0.023 0.020 30 G 0.017 0.029 0.036 0.064 0.091 0.121 0.124 0.134 0.123 0.102 0.091 0.041 0.016 0.013 31 G 0.041 0.066 0.082 0.110 0.137 0.142 0.130 0.115 0.089 0.043 0.026 0.011 0.004 0.003 32 V 0.079 0.112 0.109 0.141 0.142 0.120 0.099 0.085 0.055 0.032 0.016 0.005 0.002 0.001 33 G 0.221 0.183 0.178 0.122 0.102 0.079 0.051 0.030 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 34 S 0.293 0.175 0.169 0.124 0.102 0.060 0.034 0.020 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 35 P 0.298 0.190 0.151 0.133 0.099 0.059 0.033 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 36 L 0.213 0.163 0.145 0.148 0.121 0.083 0.053 0.036 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 37 G 0.244 0.204 0.154 0.129 0.088 0.066 0.047 0.034 0.014 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 38 D 0.179 0.200 0.171 0.119 0.105 0.083 0.059 0.036 0.022 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 39 V 0.017 0.027 0.052 0.091 0.155 0.157 0.157 0.105 0.088 0.070 0.048 0.018 0.009 0.006 40 P 0.008 0.014 0.022 0.043 0.080 0.116 0.151 0.138 0.133 0.114 0.095 0.046 0.021 0.018 41 I 0.003 0.002 0.004 0.008 0.013 0.030 0.052 0.091 0.138 0.170 0.209 0.148 0.084 0.047 42 F 0.002 0.002 0.003 0.008 0.013 0.022 0.042 0.103 0.144 0.171 0.188 0.159 0.089 0.055 43 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.024 0.073 0.114 0.162 0.204 0.226 0.130 0.047 44 A 0.004 0.007 0.010 0.022 0.028 0.045 0.083 0.181 0.156 0.164 0.144 0.077 0.052 0.028 45 M 0.008 0.018 0.027 0.049 0.086 0.104 0.123 0.130 0.146 0.118 0.096 0.054 0.019 0.023 46 M 0.007 0.009 0.016 0.032 0.061 0.109 0.143 0.175 0.159 0.137 0.084 0.042 0.017 0.008 47 H 0.030 0.069 0.105 0.126 0.144 0.155 0.141 0.105 0.069 0.028 0.016 0.007 0.002 0.002 48 P 0.075 0.082 0.111 0.121 0.170 0.139 0.099 0.091 0.053 0.033 0.016 0.007 0.003 0.002 49 T 0.109 0.135 0.145 0.144 0.173 0.097 0.071 0.059 0.035 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 50 G 0.138 0.109 0.108 0.148 0.152 0.125 0.082 0.057 0.038 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 51 V 0.096 0.084 0.101 0.149 0.187 0.155 0.099 0.052 0.044 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 52 A 0.157 0.082 0.091 0.140 0.137 0.139 0.105 0.047 0.041 0.026 0.022 0.008 0.003 0.001 53 A 0.314 0.241 0.164 0.116 0.066 0.042 0.029 0.013 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.221 0.132 0.147 0.129 0.142 0.093 0.055 0.035 0.025 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 55 T 0.181 0.136 0.145 0.163 0.151 0.085 0.060 0.039 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 56 Q 0.486 0.164 0.114 0.077 0.060 0.043 0.024 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 57 K 0.148 0.117 0.154 0.197 0.205 0.083 0.044 0.023 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 58 L 0.058 0.034 0.048 0.108 0.151 0.178 0.155 0.122 0.068 0.049 0.016 0.008 0.004 0.001 59 R 0.082 0.117 0.128 0.180 0.166 0.129 0.087 0.058 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 60 V 0.083 0.063 0.092 0.127 0.153 0.146 0.108 0.089 0.055 0.043 0.025 0.010 0.004 0.002 61 G 0.050 0.064 0.079 0.134 0.188 0.156 0.107 0.068 0.064 0.045 0.025 0.012 0.005 0.003 62 D 0.027 0.029 0.046 0.089 0.105 0.118 0.147 0.135 0.125 0.088 0.048 0.024 0.012 0.007 63 R 0.013 0.015 0.028 0.055 0.086 0.123 0.131 0.186 0.140 0.108 0.060 0.027 0.016 0.011 64 I 0.008 0.005 0.008 0.015 0.035 0.055 0.063 0.088 0.136 0.159 0.159 0.138 0.091 0.041 65 V 0.014 0.011 0.016 0.039 0.042 0.059 0.108 0.107 0.134 0.146 0.143 0.102 0.052 0.028 66 T 0.025 0.031 0.045 0.071 0.078 0.102 0.129 0.129 0.141 0.078 0.101 0.041 0.016 0.014 67 I 0.011 0.008 0.013 0.022 0.042 0.080 0.099 0.179 0.164 0.131 0.130 0.070 0.040 0.011 68 C 0.029 0.048 0.058 0.098 0.131 0.136 0.136 0.158 0.086 0.061 0.033 0.016 0.007 0.004 69 G 0.069 0.078 0.106 0.125 0.188 0.127 0.098 0.067 0.063 0.042 0.021 0.012 0.003 0.003 70 T 0.096 0.091 0.117 0.152 0.153 0.128 0.092 0.064 0.052 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 71 S 0.206 0.163 0.132 0.134 0.116 0.095 0.066 0.037 0.028 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 72 T 0.070 0.054 0.071 0.109 0.154 0.172 0.139 0.096 0.068 0.037 0.020 0.006 0.003 0.001 73 E 0.233 0.167 0.149 0.151 0.120 0.081 0.049 0.024 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 74 G 0.437 0.195 0.155 0.078 0.058 0.032 0.022 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 75 M 0.252 0.138 0.132 0.146 0.132 0.088 0.053 0.032 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 76 T 0.207 0.169 0.159 0.141 0.121 0.087 0.055 0.032 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 77 H 0.049 0.045 0.079 0.132 0.191 0.196 0.140 0.087 0.049 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 78 T 0.374 0.275 0.167 0.085 0.056 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.137 0.238 0.220 0.180 0.124 0.056 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.007 0.008 0.015 0.052 0.106 0.186 0.270 0.254 0.083 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 81 V 0.013 0.036 0.095 0.187 0.223 0.189 0.145 0.065 0.028 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 82 N 0.540 0.318 0.103 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.013 0.035 0.091 0.192 0.252 0.196 0.137 0.064 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 84 L 0.006 0.008 0.025 0.074 0.169 0.200 0.257 0.158 0.077 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 85 K 0.190 0.221 0.199 0.185 0.114 0.056 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.371 0.217 0.156 0.122 0.071 0.033 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.040 0.055 0.094 0.214 0.232 0.178 0.098 0.051 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 88 S 0.145 0.207 0.194 0.157 0.124 0.079 0.051 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 89 G 0.149 0.115 0.148 0.153 0.168 0.115 0.075 0.033 0.021 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 90 S 0.032 0.052 0.074 0.147 0.197 0.176 0.133 0.068 0.051 0.034 0.022 0.007 0.004 0.003 91 I 0.006 0.004 0.009 0.018 0.037 0.071 0.109 0.106 0.158 0.172 0.131 0.103 0.053 0.024 92 E 0.003 0.007 0.012 0.041 0.069 0.077 0.123 0.225 0.148 0.123 0.083 0.048 0.024 0.017 93 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.017 0.043 0.090 0.158 0.273 0.244 0.115 0.042 94 Q 0.002 0.004 0.007 0.021 0.035 0.046 0.086 0.189 0.190 0.175 0.105 0.078 0.035 0.026 95 V 0.002 0.002 0.002 0.005 0.009 0.021 0.038 0.119 0.153 0.196 0.213 0.151 0.067 0.022 96 V 0.007 0.014 0.027 0.054 0.083 0.135 0.149 0.210 0.144 0.088 0.048 0.023 0.012 0.006 97 A 0.035 0.059 0.064 0.110 0.155 0.126 0.111 0.092 0.095 0.077 0.046 0.019 0.006 0.005 98 G 0.093 0.118 0.149 0.152 0.149 0.119 0.088 0.051 0.047 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 99 G 0.271 0.203 0.158 0.123 0.093 0.063 0.038 0.024 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 100 D 0.348 0.203 0.171 0.107 0.082 0.040 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.291 0.139 0.144 0.121 0.123 0.077 0.048 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 102 S 0.417 0.168 0.126 0.098 0.086 0.047 0.028 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 E 0.401 0.155 0.127 0.110 0.092 0.048 0.029 0.019 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 104 T 0.288 0.125 0.113 0.130 0.128 0.087 0.053 0.034 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 105 S 0.218 0.118 0.118 0.138 0.131 0.102 0.069 0.046 0.028 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 106 V 0.179 0.098 0.102 0.129 0.128 0.125 0.091 0.062 0.037 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001