# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.024 0.317 0.156 0.249 0.033 0.038 0.049 0.018 0.004 0.003 0.005 0.008 0.004 0.005 0.003 0.011 0.008 0.015 0.025 0.006 0.011 0.007 2 E 0.013 0.077 0.440 0.246 0.013 0.090 0.033 0.024 0.003 0.001 0.003 0.006 0.004 0.004 0.002 0.006 0.007 0.002 0.010 0.003 0.004 0.010 3 N 0.029 0.191 0.149 0.139 0.015 0.038 0.259 0.074 0.004 0.002 0.004 0.010 0.005 0.005 0.005 0.010 0.018 0.006 0.011 0.005 0.009 0.011 4 L 0.014 0.188 0.224 0.203 0.006 0.074 0.082 0.063 0.006 0.002 0.006 0.007 0.005 0.006 0.004 0.012 0.024 0.013 0.025 0.007 0.009 0.020 5 Y 0.015 0.195 0.134 0.197 0.009 0.020 0.113 0.077 0.007 0.002 0.005 0.012 0.006 0.006 0.005 0.019 0.025 0.082 0.015 0.011 0.013 0.034 6 F 0.019 0.187 0.131 0.156 0.008 0.056 0.094 0.034 0.009 0.003 0.007 0.009 0.006 0.006 0.010 0.017 0.026 0.069 0.023 0.012 0.020 0.097 7 Q 0.010 0.145 0.178 0.161 0.011 0.011 0.034 0.030 0.007 0.003 0.005 0.010 0.004 0.005 0.002 0.017 0.046 0.226 0.014 0.015 0.020 0.048 8 S 0.036 0.136 0.248 0.194 0.016 0.021 0.111 0.014 0.006 0.002 0.004 0.013 0.006 0.002 0.007 0.020 0.017 0.055 0.009 0.012 0.016 0.055 9 M 0.049 0.114 0.168 0.164 0.019 0.017 0.248 0.004 0.005 0.006 0.009 0.006 0.003 0.006 0.003 0.015 0.018 0.069 0.009 0.012 0.028 0.028 10 G 0.209 0.057 0.040 0.103 0.136 0.006 0.128 0.003 0.012 0.003 0.004 0.017 0.011 0.008 0.002 0.052 0.041 0.005 0.083 0.020 0.040 0.020 11 L 0.008 0.172 0.014 0.088 0.001 0.006 0.009 0.001 0.012 0.014 0.011 0.003 0.012 0.008 0.090 0.045 0.107 0.004 0.078 0.009 0.026 0.282 12 R 0.001 0.023 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.013 0.050 0.033 0.012 0.002 0.123 0.432 0.002 0.035 0.065 0.129 0.017 13 T 0.003 0.012 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.011 0.029 0.009 0.025 0.022 0.107 0.107 0.109 0.002 0.078 0.019 0.029 0.403 14 V 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.069 0.043 0.069 0.025 0.028 0.005 0.084 0.127 0.017 0.012 0.244 0.232 0.019 15 E 0.001 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.027 0.048 0.026 0.037 0.027 0.043 0.083 0.115 0.013 0.004 0.265 0.090 0.159 16 M 0.001 0.018 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.059 0.023 0.022 0.026 0.019 0.035 0.102 0.036 0.076 0.001 0.318 0.154 0.068 17 K 0.005 0.068 0.023 0.031 0.005 0.003 0.007 0.002 0.025 0.026 0.049 0.024 0.042 0.022 0.032 0.084 0.052 0.213 0.002 0.131 0.088 0.069 18 K 0.006 0.185 0.039 0.135 0.006 0.006 0.012 0.001 0.013 0.033 0.027 0.021 0.012 0.015 0.011 0.078 0.029 0.026 0.004 0.172 0.117 0.051 19 G 0.011 0.189 0.037 0.282 0.150 0.007 0.008 0.002 0.004 0.007 0.010 0.008 0.004 0.005 0.003 0.012 0.009 0.194 0.005 0.013 0.027 0.013 20 P 0.007 0.056 0.530 0.197 0.013 0.063 0.018 0.004 0.005 0.002 0.004 0.007 0.003 0.002 0.002 0.012 0.009 0.014 0.003 0.011 0.012 0.025 21 T 0.039 0.164 0.138 0.071 0.022 0.024 0.382 0.016 0.005 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.002 0.012 0.007 0.041 0.003 0.009 0.017 0.028 22 D 0.041 0.163 0.216 0.217 0.023 0.057 0.067 0.016 0.008 0.002 0.004 0.006 0.003 0.005 0.002 0.033 0.026 0.014 0.053 0.010 0.023 0.012 23 S 0.045 0.165 0.114 0.148 0.019 0.022 0.177 0.018 0.014 0.005 0.007 0.007 0.013 0.006 0.010 0.045 0.040 0.005 0.023 0.006 0.019 0.091 24 L 0.008 0.187 0.061 0.112 0.003 0.008 0.040 0.006 0.019 0.018 0.016 0.013 0.012 0.018 0.010 0.090 0.130 0.008 0.112 0.028 0.079 0.020 25 G 0.046 0.036 0.017 0.031 0.020 0.005 0.035 0.006 0.031 0.016 0.022 0.023 0.026 0.021 0.018 0.117 0.135 0.008 0.096 0.040 0.086 0.166 26 I 0.001 0.038 0.006 0.009 0.001 0.003 0.003 0.002 0.024 0.025 0.033 0.015 0.017 0.026 0.032 0.129 0.157 0.031 0.104 0.085 0.110 0.149 27 S 0.002 0.011 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.003 0.033 0.027 0.033 0.067 0.046 0.030 0.010 0.103 0.150 0.054 0.017 0.157 0.124 0.118 28 I 0.003 0.017 0.008 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.025 0.019 0.032 0.026 0.017 0.017 0.051 0.112 0.105 0.062 0.007 0.160 0.107 0.217 29 A 0.005 0.031 0.034 0.020 0.004 0.003 0.009 0.003 0.023 0.028 0.055 0.046 0.043 0.022 0.009 0.082 0.076 0.186 0.005 0.180 0.085 0.050 30 G 0.081 0.039 0.039 0.076 0.077 0.006 0.053 0.002 0.010 0.013 0.030 0.020 0.011 0.017 0.012 0.054 0.114 0.029 0.009 0.173 0.099 0.037 31 G 0.123 0.103 0.071 0.066 0.112 0.019 0.090 0.005 0.008 0.010 0.016 0.014 0.010 0.012 0.012 0.026 0.036 0.034 0.036 0.058 0.049 0.089 32 V 0.007 0.235 0.105 0.181 0.004 0.006 0.015 0.003 0.003 0.004 0.004 0.004 0.003 0.002 0.004 0.024 0.021 0.253 0.038 0.026 0.026 0.031 33 G 0.095 0.134 0.078 0.104 0.041 0.015 0.090 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.005 0.015 0.013 0.035 0.023 0.019 0.016 0.295 34 S 0.002 0.491 0.029 0.169 0.005 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.156 0.091 0.007 0.014 0.007 35 P 0.012 0.052 0.321 0.405 0.048 0.033 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.024 0.012 0.006 0.003 0.037 36 L 0.024 0.066 0.204 0.073 0.006 0.012 0.484 0.009 0.002 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.032 0.004 0.026 0.013 0.021 37 G 0.409 0.042 0.030 0.060 0.091 0.006 0.260 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.010 0.005 0.008 0.035 0.007 0.015 0.005 38 D 0.061 0.157 0.085 0.080 0.028 0.025 0.094 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.003 0.005 0.005 0.023 0.011 0.005 0.195 0.035 0.039 0.131 39 V 0.001 0.288 0.033 0.269 0.002 0.006 0.005 0.001 0.017 0.009 0.005 0.009 0.015 0.008 0.002 0.069 0.059 0.005 0.115 0.017 0.049 0.015 40 P 0.011 0.033 0.015 0.224 0.017 0.004 0.011 0.003 0.028 0.008 0.005 0.008 0.029 0.013 0.026 0.073 0.114 0.002 0.050 0.016 0.037 0.275 41 I 0.001 0.029 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.053 0.034 0.022 0.035 0.025 0.021 0.160 0.249 0.004 0.048 0.070 0.187 0.021 42 F 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.047 0.041 0.057 0.079 0.060 0.018 0.139 0.100 0.002 0.011 0.210 0.111 0.069 43 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.087 0.117 0.034 0.031 0.036 0.028 0.136 0.086 0.004 0.002 0.151 0.227 0.024 44 A 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.115 0.079 0.055 0.118 0.096 0.039 0.122 0.024 0.017 0.002 0.062 0.116 0.041 45 M 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.110 0.097 0.043 0.062 0.056 0.026 0.102 0.021 0.055 0.001 0.195 0.137 0.021 46 M 0.003 0.059 0.029 0.014 0.001 0.005 0.003 0.001 0.076 0.124 0.075 0.037 0.096 0.090 0.046 0.110 0.041 0.009 0.004 0.038 0.070 0.070 47 H 0.003 0.236 0.028 0.128 0.016 0.009 0.003 0.003 0.030 0.066 0.051 0.043 0.046 0.035 0.012 0.076 0.024 0.053 0.006 0.037 0.081 0.013 48 P 0.011 0.068 0.296 0.348 0.028 0.059 0.015 0.011 0.008 0.015 0.018 0.009 0.017 0.013 0.019 0.014 0.006 0.009 0.002 0.004 0.011 0.020 49 T 0.036 0.156 0.165 0.108 0.013 0.020 0.334 0.013 0.006 0.013 0.009 0.017 0.004 0.013 0.002 0.020 0.005 0.002 0.006 0.015 0.039 0.005 50 G 0.030 0.378 0.031 0.297 0.084 0.045 0.032 0.020 0.003 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.010 0.007 0.005 0.019 0.005 0.012 0.005 51 V 0.004 0.049 0.393 0.113 0.006 0.315 0.008 0.055 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.008 0.004 0.002 0.003 0.013 52 A 0.005 0.030 0.095 0.014 0.002 0.041 0.289 0.468 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.015 0.003 0.003 0.005 0.013 53 A 0.004 0.037 0.095 0.027 0.001 0.023 0.212 0.515 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.012 0.009 0.012 0.008 0.007 0.007 0.022 54 Q 0.014 0.095 0.224 0.081 0.003 0.010 0.162 0.299 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.002 0.010 0.018 0.019 0.006 0.010 0.010 0.018 55 T 0.037 0.134 0.174 0.183 0.004 0.013 0.334 0.016 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.010 0.010 0.012 0.010 0.023 0.007 56 Q 0.469 0.018 0.030 0.018 0.212 0.007 0.155 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.006 0.003 0.030 0.005 0.013 0.005 57 K 0.009 0.107 0.045 0.103 0.002 0.014 0.019 0.012 0.005 0.003 0.008 0.005 0.005 0.007 0.010 0.010 0.008 0.011 0.558 0.012 0.011 0.036 58 L 0.007 0.255 0.073 0.177 0.003 0.011 0.015 0.010 0.017 0.010 0.011 0.049 0.032 0.027 0.005 0.026 0.043 0.018 0.024 0.014 0.029 0.143 59 R 0.007 0.357 0.080 0.183 0.006 0.010 0.011 0.005 0.017 0.007 0.009 0.010 0.012 0.010 0.020 0.029 0.012 0.038 0.074 0.007 0.026 0.067 60 V 0.006 0.155 0.112 0.378 0.007 0.024 0.016 0.005 0.021 0.016 0.013 0.022 0.036 0.014 0.012 0.034 0.017 0.030 0.018 0.008 0.031 0.026 61 G 0.038 0.061 0.075 0.104 0.085 0.019 0.144 0.014 0.024 0.011 0.017 0.072 0.033 0.026 0.008 0.039 0.032 0.008 0.007 0.092 0.052 0.040 62 D 0.006 0.133 0.051 0.127 0.002 0.019 0.035 0.014 0.058 0.031 0.022 0.016 0.045 0.021 0.018 0.142 0.125 0.003 0.020 0.025 0.057 0.029 63 R 0.006 0.034 0.028 0.022 0.003 0.005 0.019 0.012 0.033 0.030 0.021 0.018 0.045 0.034 0.021 0.120 0.371 0.002 0.007 0.028 0.078 0.063 64 I 0.002 0.018 0.006 0.003 0.001 0.002 0.006 0.006 0.032 0.030 0.044 0.030 0.032 0.022 0.018 0.181 0.212 0.025 0.017 0.098 0.155 0.060 65 V 0.001 0.010 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.024 0.044 0.053 0.030 0.047 0.053 0.019 0.129 0.076 0.131 0.015 0.055 0.099 0.195 66 T 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.040 0.039 0.070 0.022 0.034 0.008 0.092 0.069 0.091 0.006 0.212 0.185 0.085 67 I 0.003 0.057 0.021 0.014 0.001 0.003 0.002 0.006 0.036 0.060 0.050 0.017 0.041 0.020 0.082 0.057 0.047 0.340 0.002 0.022 0.047 0.072 68 C 0.030 0.036 0.106 0.083 0.012 0.009 0.046 0.005 0.026 0.056 0.069 0.052 0.059 0.023 0.021 0.068 0.037 0.105 0.002 0.073 0.061 0.018 69 G 0.550 0.012 0.006 0.004 0.186 0.005 0.149 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.002 0.006 0.003 0.006 0.004 0.024 0.005 0.004 0.010 0.008 70 T 0.008 0.133 0.050 0.070 0.005 0.015 0.012 0.005 0.003 0.008 0.010 0.007 0.006 0.007 0.003 0.014 0.012 0.025 0.557 0.011 0.016 0.023 71 S 0.010 0.342 0.056 0.250 0.009 0.010 0.009 0.013 0.003 0.003 0.004 0.010 0.010 0.004 0.004 0.010 0.011 0.048 0.019 0.006 0.013 0.155 72 T 0.022 0.069 0.587 0.057 0.009 0.068 0.019 0.018 0.002 0.001 0.006 0.005 0.003 0.003 0.005 0.007 0.016 0.009 0.054 0.003 0.007 0.030 73 E 0.031 0.068 0.155 0.115 0.007 0.007 0.490 0.031 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.057 0.003 0.005 0.005 74 G 0.410 0.041 0.020 0.027 0.084 0.033 0.314 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.028 0.007 0.004 0.006 75 M 0.017 0.231 0.146 0.220 0.007 0.069 0.032 0.025 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.001 0.008 0.002 0.001 0.190 0.016 0.013 0.007 76 T 0.006 0.380 0.022 0.476 0.009 0.027 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.004 0.006 0.004 77 H 0.002 0.004 0.046 0.009 0.002 0.904 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.079 0.010 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.003 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.002 0.111 0.001 0.001 0.002 0.033 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.011 0.005 0.166 0.003 0.001 0.007 0.218 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 86 N 0.017 0.015 0.404 0.008 0.002 0.012 0.343 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.004 0.003 0.002 0.018 87 A 0.032 0.201 0.426 0.155 0.004 0.014 0.054 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.049 0.009 0.001 0.004 0.004 88 S 0.166 0.060 0.312 0.203 0.025 0.023 0.152 0.006 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.007 0.009 0.001 0.004 0.008 89 G 0.191 0.054 0.055 0.061 0.067 0.008 0.365 0.003 0.006 0.004 0.006 0.008 0.007 0.011 0.003 0.020 0.020 0.008 0.080 0.002 0.016 0.006 90 S 0.017 0.112 0.020 0.069 0.004 0.007 0.026 0.002 0.028 0.012 0.021 0.028 0.079 0.026 0.033 0.063 0.083 0.002 0.244 0.004 0.016 0.104 91 I 0.001 0.099 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.158 0.055 0.042 0.059 0.031 0.034 0.076 0.219 0.008 0.025 0.010 0.085 0.045 92 E 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.038 0.042 0.068 0.188 0.049 0.036 0.185 0.131 0.001 0.050 0.010 0.033 0.062 93 M 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.142 0.118 0.028 0.061 0.052 0.123 0.085 0.199 0.012 0.010 0.024 0.060 0.040 94 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.066 0.054 0.128 0.107 0.045 0.011 0.087 0.084 0.014 0.002 0.235 0.079 0.030 95 V 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.147 0.054 0.012 0.034 0.030 0.100 0.070 0.025 0.203 0.001 0.076 0.078 0.127 96 V 0.001 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.072 0.051 0.073 0.062 0.034 0.008 0.082 0.056 0.107 0.001 0.197 0.152 0.043 97 A 0.002 0.134 0.020 0.132 0.003 0.002 0.004 0.001 0.019 0.069 0.059 0.013 0.020 0.013 0.054 0.045 0.022 0.213 0.001 0.060 0.065 0.047 98 G 0.086 0.063 0.102 0.154 0.106 0.018 0.045 0.002 0.019 0.036 0.038 0.033 0.034 0.020 0.012 0.040 0.039 0.041 0.002 0.035 0.054 0.020 99 G 0.106 0.127 0.087 0.110 0.084 0.013 0.256 0.005 0.006 0.007 0.030 0.009 0.005 0.013 0.007 0.016 0.014 0.015 0.024 0.014 0.032 0.020 100 D 0.057 0.278 0.077 0.197 0.029 0.020 0.062 0.007 0.009 0.006 0.008 0.010 0.011 0.008 0.007 0.027 0.020 0.012 0.082 0.011 0.022 0.040 101 V 0.016 0.315 0.159 0.195 0.009 0.019 0.028 0.006 0.004 0.003 0.007 0.005 0.004 0.007 0.010 0.016 0.015 0.008 0.061 0.007 0.018 0.089 102 S 0.008 0.346 0.082 0.298 0.013 0.008 0.027 0.007 0.005 0.003 0.004 0.010 0.005 0.006 0.003 0.018 0.013 0.011 0.082 0.012 0.022 0.017 103 E 0.019 0.189 0.135 0.374 0.023 0.029 0.058 0.008 0.005 0.002 0.004 0.005 0.004 0.004 0.010 0.011 0.008 0.008 0.042 0.009 0.011 0.041 104 T 0.012 0.244 0.122 0.274 0.018 0.021 0.079 0.014 0.007 0.004 0.006 0.016 0.006 0.009 0.005 0.020 0.017 0.010 0.024 0.048 0.031 0.012 105 S 0.015 0.193 0.072 0.467 0.020 0.023 0.054 0.018 0.006 0.002 0.004 0.007 0.005 0.005 0.008 0.011 0.009 0.007 0.009 0.022 0.015 0.028 106 V 0.011 0.232 0.179 0.230 0.011 0.067 0.045 0.026 0.008 0.004 0.006 0.011 0.007 0.009 0.006 0.025 0.017 0.009 0.010 0.030 0.034 0.021