# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.065 0.901 2 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 0.973 3 N 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.060 0.910 4 L 0.108 0.021 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.014 0.076 0.725 5 Y 0.067 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 0.027 0.011 0.248 0.531 6 F 0.168 0.106 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.020 0.110 0.522 7 Q 0.134 0.321 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.071 0.383 8 S 0.082 0.164 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.016 0.048 0.616 9 M 0.219 0.100 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.034 0.058 0.503 10 G 0.231 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.052 0.129 0.422 11 L 0.032 0.003 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 0.117 0.735 12 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.001 0.012 0.053 13 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.002 0.147 0.623 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.001 0.005 0.032 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.877 0.001 0.020 0.098 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.036 0.733 0.002 0.024 0.172 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.058 0.202 0.092 0.561 0.001 0.013 0.053 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.004 0.035 0.021 0.005 0.273 0.002 0.093 0.548 19 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.195 0.043 0.027 0.019 0.006 0.005 0.233 0.005 0.129 0.301 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 21 T 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.002 0.133 0.670 22 D 0.466 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.049 0.427 23 S 0.063 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.009 0.185 0.682 24 L 0.100 0.004 0.018 0.003 0.008 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.025 0.250 0.411 25 G 0.033 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.495 0.009 0.133 0.245 26 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.171 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.608 0.001 0.038 0.121 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.001 0.012 0.043 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.854 0.001 0.017 0.120 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.019 0.874 0.002 0.020 0.071 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.007 0.015 0.437 0.006 0.086 0.426 31 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.010 0.002 0.009 0.009 0.020 0.292 0.019 0.110 0.515 32 V 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.132 0.133 0.104 0.026 0.070 0.003 0.095 0.399 33 G 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 0.150 0.004 0.084 0.654 34 S 0.088 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.098 0.231 0.051 0.018 0.023 0.003 0.002 0.001 0.028 0.003 0.065 0.377 35 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 36 L 0.030 0.004 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 0.241 0.657 37 G 0.496 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.034 0.073 0.359 38 D 0.083 0.030 0.010 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.008 0.278 0.544 39 V 0.030 0.003 0.006 0.002 0.054 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.004 0.157 0.531 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.991 41 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.149 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.639 0.003 0.028 0.126 42 F 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.688 0.002 0.049 0.226 43 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.865 0.004 0.016 0.104 44 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.917 0.003 0.018 0.052 45 M 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.005 0.005 0.453 0.009 0.075 0.418 46 M 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.718 0.010 0.021 0.209 47 H 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.013 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.441 0.009 0.064 0.406 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.194 0.003 0.191 0.591 50 G 0.415 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.043 0.493 51 V 0.044 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.003 0.136 0.740 52 A 0.042 0.015 0.003 0.003 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.092 0.005 0.176 0.622 53 A 0.108 0.043 0.001 0.001 0.002 0.020 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.004 0.189 0.554 54 Q 0.196 0.198 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.011 0.050 0.447 55 T 0.231 0.220 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.031 0.031 0.414 56 Q 0.208 0.143 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.043 0.029 0.456 57 K 0.166 0.023 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.043 0.124 0.561 58 L 0.072 0.012 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.221 0.004 0.077 0.548 59 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.134 0.001 0.642 0.201 60 V 0.011 0.009 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.003 0.093 0.639 61 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.002 0.023 0.141 62 D 0.783 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.008 0.171 63 R 0.148 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.014 0.118 0.277 64 I 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.001 0.023 0.057 65 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.032 0.005 0.001 0.729 0.001 0.018 0.051 66 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.903 0.001 0.011 0.051 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.711 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.202 0.001 0.010 0.057 68 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.544 0.018 0.072 0.340 69 G 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.066 0.019 0.113 0.769 70 T 0.337 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.061 0.009 0.212 0.363 71 S 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.129 0.763 72 T 0.009 0.003 0.002 0.003 0.585 0.009 0.002 0.002 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.002 0.031 0.258 73 E 0.024 0.010 0.001 0.001 0.005 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.407 0.458 74 G 0.116 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.036 0.161 0.618 75 M 0.533 0.019 0.006 0.006 0.001 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.016 0.082 0.266 76 T 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.484 0.486 77 H 0.010 0.011 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.007 0.043 0.827 78 T 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.160 0.793 79 Q 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.806 0.177 80 A 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 81 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 82 N 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 83 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 84 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 85 K 0.020 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.014 86 N 0.123 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.046 87 A 0.181 0.558 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.001 0.114 88 S 0.222 0.163 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.022 0.531 89 G 0.014 0.008 0.218 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.009 0.156 0.537 90 S 0.125 0.001 0.013 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.004 0.172 0.535 91 I 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.755 0.001 0.049 0.182 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.737 0.001 0.070 0.138 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.001 0.012 0.049 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 0.006 0.019 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.873 0.001 0.014 0.105 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.949 0.001 0.010 0.034 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.406 0.004 0.095 0.480 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.498 0.019 0.074 0.391 99 G 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.005 0.119 0.754 100 D 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.005 0.112 0.711 101 V 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.005 0.060 0.775 102 S 0.043 0.011 0.001 0.002 0.011 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.006 0.194 0.607 103 E 0.067 0.009 0.002 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.009 0.074 0.782 104 T 0.111 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.007 0.143 0.644 105 S 0.069 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.011 0.151 0.650 106 V 0.054 0.022 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.006 0.078 0.778