# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.053 0.010 0.004 0.027 0.039 0.061 0.063 0.003 0.001 0.004 0.737 2 E 0.035 0.005 0.003 0.018 0.019 0.030 0.065 0.001 0.001 0.004 0.819 3 N 0.072 0.005 0.003 0.019 0.025 0.034 0.145 0.001 0.001 0.008 0.689 4 L 0.134 0.008 0.007 0.026 0.026 0.038 0.117 0.001 0.001 0.011 0.634 5 Y 0.066 0.010 0.003 0.034 0.048 0.063 0.178 0.001 0.001 0.006 0.591 6 F 0.067 0.009 0.004 0.035 0.060 0.097 0.079 0.001 0.001 0.006 0.644 7 Q 0.036 0.015 0.001 0.047 0.113 0.180 0.118 0.001 0.001 0.005 0.484 8 S 0.079 0.015 0.001 0.029 0.073 0.122 0.083 0.002 0.001 0.008 0.588 9 M 0.068 0.013 0.002 0.027 0.072 0.089 0.101 0.002 0.001 0.011 0.614 10 G 0.118 0.007 0.003 0.037 0.093 0.097 0.243 0.003 0.001 0.022 0.376 11 L 0.133 0.006 0.027 0.055 0.059 0.103 0.097 0.002 0.001 0.020 0.498 12 R 0.011 0.002 0.004 0.175 0.346 0.275 0.074 0.001 0.001 0.003 0.109 13 T 0.008 0.001 0.003 0.083 0.098 0.194 0.051 0.001 0.001 0.003 0.559 14 V 0.002 0.001 0.001 0.187 0.340 0.403 0.012 0.001 0.001 0.001 0.054 15 E 0.001 0.001 0.001 0.209 0.209 0.313 0.037 0.001 0.001 0.001 0.230 16 M 0.001 0.001 0.001 0.139 0.231 0.393 0.024 0.001 0.001 0.001 0.209 17 K 0.002 0.001 0.001 0.169 0.217 0.376 0.029 0.001 0.001 0.002 0.205 18 K 0.004 0.001 0.001 0.064 0.100 0.242 0.050 0.001 0.001 0.004 0.534 19 G 0.013 0.001 0.001 0.052 0.153 0.204 0.094 0.001 0.001 0.006 0.475 20 P 0.005 0.001 0.001 0.007 0.016 0.020 0.022 0.001 0.001 0.002 0.928 21 T 0.013 0.001 0.001 0.011 0.036 0.046 0.208 0.001 0.001 0.006 0.679 22 D 0.178 0.002 0.001 0.008 0.018 0.019 0.120 0.001 0.001 0.022 0.632 23 S 0.196 0.006 0.002 0.010 0.019 0.026 0.177 0.001 0.001 0.022 0.541 24 L 0.165 0.004 0.009 0.041 0.083 0.080 0.191 0.001 0.001 0.026 0.400 25 G 0.059 0.002 0.007 0.079 0.097 0.140 0.179 0.001 0.001 0.011 0.425 26 I 0.008 0.001 0.005 0.134 0.347 0.352 0.036 0.001 0.001 0.002 0.115 27 S 0.001 0.001 0.001 0.172 0.260 0.439 0.035 0.001 0.001 0.001 0.092 28 I 0.001 0.001 0.001 0.223 0.261 0.407 0.017 0.001 0.001 0.001 0.089 29 A 0.002 0.001 0.001 0.240 0.194 0.437 0.032 0.001 0.001 0.002 0.092 30 G 0.005 0.002 0.001 0.152 0.110 0.219 0.081 0.001 0.001 0.005 0.425 31 G 0.043 0.002 0.001 0.128 0.096 0.120 0.114 0.002 0.001 0.018 0.476 32 V 0.033 0.002 0.008 0.052 0.068 0.099 0.095 0.001 0.001 0.008 0.634 33 G 0.009 0.001 0.001 0.038 0.073 0.118 0.096 0.001 0.001 0.003 0.659 34 S 0.042 0.002 0.001 0.035 0.096 0.144 0.125 0.001 0.001 0.005 0.549 35 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.961 36 L 0.040 0.003 0.001 0.018 0.031 0.057 0.319 0.001 0.001 0.015 0.516 37 G 0.359 0.005 0.001 0.015 0.010 0.018 0.173 0.001 0.001 0.030 0.388 38 D 0.251 0.018 0.011 0.031 0.020 0.026 0.091 0.001 0.001 0.012 0.538 39 V 0.048 0.006 0.008 0.082 0.083 0.108 0.125 0.001 0.001 0.006 0.532 40 P 0.009 0.001 0.002 0.027 0.017 0.044 0.025 0.001 0.001 0.001 0.873 41 I 0.014 0.003 0.001 0.169 0.227 0.327 0.040 0.001 0.001 0.002 0.218 42 F 0.012 0.007 0.001 0.149 0.198 0.360 0.053 0.001 0.001 0.002 0.218 43 I 0.007 0.011 0.001 0.243 0.230 0.364 0.025 0.001 0.001 0.001 0.117 44 A 0.008 0.011 0.001 0.254 0.179 0.409 0.041 0.001 0.001 0.002 0.095 45 M 0.031 0.018 0.001 0.157 0.128 0.221 0.081 0.003 0.001 0.006 0.353 46 M 0.074 0.030 0.014 0.172 0.105 0.142 0.084 0.005 0.001 0.008 0.366 47 H 0.030 0.016 0.009 0.088 0.084 0.145 0.132 0.002 0.001 0.005 0.489 48 P 0.002 0.001 0.002 0.011 0.005 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 0.948 49 T 0.031 0.005 0.001 0.029 0.023 0.071 0.102 0.001 0.001 0.004 0.734 50 G 0.238 0.010 0.001 0.008 0.007 0.011 0.047 0.001 0.001 0.006 0.671 51 V 0.057 0.024 0.002 0.005 0.008 0.007 0.031 0.001 0.001 0.001 0.865 52 A 0.060 0.059 0.002 0.023 0.041 0.090 0.174 0.001 0.001 0.005 0.545 53 A 0.084 0.224 0.001 0.048 0.082 0.157 0.123 0.003 0.001 0.007 0.270 54 Q 0.156 0.422 0.002 0.007 0.029 0.032 0.068 0.006 0.001 0.005 0.274 55 T 0.252 0.401 0.007 0.010 0.027 0.049 0.077 0.015 0.001 0.013 0.150 56 Q 0.337 0.137 0.024 0.019 0.038 0.034 0.111 0.042 0.001 0.027 0.231 57 K 0.193 0.064 0.237 0.022 0.036 0.030 0.156 0.010 0.001 0.013 0.240 58 L 0.035 0.035 0.054 0.098 0.106 0.143 0.102 0.005 0.001 0.006 0.415 59 R 0.028 0.014 0.005 0.122 0.186 0.222 0.125 0.002 0.001 0.004 0.290 60 V 0.009 0.006 0.001 0.019 0.038 0.045 0.044 0.001 0.001 0.002 0.836 61 G 0.022 0.014 0.001 0.108 0.095 0.279 0.127 0.002 0.001 0.014 0.337 62 D 0.148 0.010 0.006 0.081 0.108 0.141 0.143 0.002 0.001 0.050 0.310 63 R 0.054 0.012 0.006 0.256 0.176 0.178 0.112 0.001 0.001 0.012 0.192 64 I 0.021 0.008 0.006 0.209 0.226 0.332 0.049 0.001 0.001 0.005 0.143 65 V 0.002 0.004 0.001 0.381 0.275 0.306 0.013 0.001 0.001 0.001 0.018 66 T 0.001 0.008 0.001 0.225 0.196 0.320 0.028 0.001 0.001 0.001 0.219 67 I 0.006 0.005 0.001 0.217 0.281 0.444 0.015 0.001 0.001 0.001 0.030 68 C 0.004 0.005 0.001 0.058 0.083 0.238 0.128 0.001 0.001 0.003 0.478 69 G 0.027 0.002 0.002 0.062 0.063 0.101 0.107 0.003 0.001 0.023 0.611 70 T 0.132 0.003 0.097 0.071 0.049 0.075 0.190 0.001 0.001 0.038 0.345 71 S 0.011 0.004 0.002 0.067 0.070 0.054 0.194 0.001 0.001 0.003 0.596 72 T 0.015 0.005 0.002 0.056 0.052 0.078 0.064 0.001 0.001 0.004 0.725 73 E 0.026 0.024 0.001 0.070 0.061 0.141 0.268 0.001 0.001 0.007 0.400 74 G 0.132 0.017 0.001 0.016 0.009 0.018 0.234 0.005 0.001 0.023 0.545 75 M 0.502 0.063 0.046 0.056 0.014 0.026 0.089 0.002 0.001 0.020 0.181 76 T 0.030 0.040 0.005 0.031 0.023 0.023 0.313 0.003 0.001 0.003 0.529 77 H 0.010 0.018 0.003 0.014 0.003 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.913 78 T 0.008 0.051 0.001 0.006 0.002 0.005 0.146 0.001 0.001 0.003 0.778 79 Q 0.019 0.075 0.001 0.001 0.002 0.003 0.692 0.002 0.001 0.010 0.197 80 A 0.035 0.823 0.001 0.003 0.001 0.003 0.033 0.002 0.001 0.001 0.098 81 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 82 N 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 83 L 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 84 L 0.013 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 85 K 0.051 0.906 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.019 86 N 0.105 0.782 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.047 0.001 0.001 0.047 87 A 0.207 0.376 0.010 0.003 0.004 0.002 0.004 0.116 0.001 0.001 0.279 88 S 0.174 0.117 0.025 0.011 0.007 0.007 0.041 0.048 0.001 0.006 0.564 89 G 0.109 0.011 0.068 0.013 0.007 0.007 0.089 0.011 0.001 0.008 0.676 90 S 0.256 0.004 0.063 0.066 0.013 0.019 0.138 0.002 0.001 0.013 0.426 91 I 0.053 0.001 0.044 0.342 0.132 0.106 0.093 0.001 0.001 0.006 0.221 92 E 0.001 0.001 0.002 0.474 0.171 0.234 0.038 0.001 0.001 0.001 0.078 93 M 0.001 0.001 0.001 0.438 0.228 0.305 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.456 0.217 0.296 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 95 V 0.001 0.001 0.001 0.341 0.196 0.320 0.014 0.001 0.001 0.001 0.128 96 V 0.001 0.001 0.001 0.376 0.203 0.333 0.018 0.001 0.001 0.001 0.067 97 A 0.002 0.001 0.001 0.095 0.111 0.283 0.062 0.001 0.001 0.003 0.444 98 G 0.006 0.001 0.001 0.059 0.085 0.159 0.072 0.001 0.001 0.007 0.611 99 G 0.026 0.001 0.001 0.017 0.027 0.051 0.098 0.001 0.001 0.009 0.769 100 D 0.061 0.003 0.001 0.010 0.022 0.022 0.109 0.001 0.001 0.006 0.765 101 V 0.097 0.007 0.002 0.014 0.023 0.035 0.083 0.001 0.001 0.007 0.731 102 S 0.093 0.015 0.002 0.018 0.046 0.071 0.177 0.001 0.001 0.007 0.570 103 E 0.074 0.011 0.003 0.010 0.020 0.034 0.069 0.001 0.001 0.005 0.774 104 T 0.065 0.015 0.003 0.014 0.032 0.059 0.119 0.001 0.001 0.006 0.687 105 S 0.100 0.013 0.004 0.016 0.037 0.052 0.150 0.002 0.001 0.010 0.617 106 V 0.062 0.020 0.005 0.020 0.028 0.045 0.117 0.001 0.001 0.008 0.695