# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.068 0.310 0.187 0.022 0.193 0.011 0.018 0.072 0.051 0.042 0.026 2 E 0.034 0.108 0.067 0.023 0.070 0.036 0.084 0.279 0.208 0.070 0.020 3 N 0.104 0.121 0.061 0.015 0.169 0.012 0.041 0.149 0.118 0.141 0.067 4 L 0.114 0.110 0.029 0.009 0.152 0.011 0.029 0.180 0.173 0.138 0.055 5 Y 0.087 0.185 0.077 0.018 0.188 0.019 0.036 0.136 0.091 0.117 0.046 6 F 0.190 0.133 0.047 0.016 0.223 0.011 0.021 0.104 0.095 0.104 0.056 7 Q 0.069 0.168 0.132 0.041 0.124 0.049 0.074 0.150 0.104 0.057 0.031 8 S 0.121 0.149 0.054 0.034 0.146 0.026 0.081 0.146 0.084 0.099 0.060 9 M 0.088 0.169 0.078 0.037 0.124 0.024 0.044 0.056 0.110 0.201 0.068 10 G 0.041 0.267 0.226 0.090 0.127 0.042 0.018 0.025 0.036 0.107 0.021 11 L 0.533 0.035 0.007 0.001 0.299 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.106 12 R 0.071 0.167 0.063 0.076 0.358 0.126 0.100 0.014 0.005 0.008 0.012 13 T 0.426 0.036 0.004 0.001 0.501 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 14 V 0.179 0.076 0.004 0.001 0.728 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 15 E 0.312 0.031 0.002 0.001 0.600 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 16 M 0.276 0.140 0.014 0.003 0.501 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.052 17 K 0.167 0.239 0.071 0.008 0.464 0.005 0.006 0.003 0.002 0.013 0.023 18 K 0.108 0.123 0.076 0.120 0.128 0.088 0.134 0.059 0.040 0.056 0.067 19 G 0.015 0.074 0.306 0.460 0.035 0.051 0.006 0.009 0.013 0.020 0.011 20 P 0.040 0.093 0.066 0.092 0.081 0.090 0.130 0.193 0.155 0.040 0.020 21 T 0.041 0.087 0.042 0.048 0.054 0.041 0.084 0.093 0.127 0.314 0.070 22 D 0.116 0.204 0.104 0.033 0.204 0.017 0.025 0.030 0.047 0.159 0.062 23 S 0.247 0.134 0.038 0.010 0.300 0.016 0.033 0.041 0.044 0.090 0.047 24 L 0.235 0.160 0.047 0.042 0.352 0.027 0.021 0.008 0.010 0.031 0.067 25 G 0.287 0.091 0.036 0.044 0.415 0.023 0.008 0.004 0.003 0.021 0.067 26 I 0.263 0.116 0.008 0.001 0.573 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 27 S 0.251 0.113 0.012 0.001 0.589 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.026 28 I 0.479 0.039 0.010 0.005 0.255 0.007 0.007 0.007 0.007 0.030 0.154 29 A 0.058 0.086 0.093 0.230 0.111 0.175 0.137 0.038 0.027 0.026 0.020 30 G 0.032 0.097 0.135 0.302 0.058 0.070 0.037 0.039 0.044 0.140 0.046 31 G 0.065 0.103 0.173 0.170 0.094 0.042 0.015 0.043 0.059 0.178 0.057 32 V 0.050 0.209 0.077 0.042 0.169 0.048 0.090 0.154 0.090 0.045 0.024 33 G 0.057 0.084 0.088 0.102 0.093 0.059 0.042 0.048 0.063 0.272 0.092 34 S 0.060 0.259 0.379 0.042 0.140 0.014 0.023 0.035 0.017 0.014 0.016 35 P 0.059 0.156 0.133 0.037 0.095 0.053 0.085 0.197 0.093 0.063 0.030 36 L 0.033 0.312 0.156 0.098 0.077 0.053 0.077 0.044 0.043 0.078 0.030 37 G 0.018 0.034 0.093 0.188 0.020 0.079 0.025 0.040 0.063 0.353 0.086 38 D 0.065 0.146 0.167 0.036 0.123 0.026 0.054 0.100 0.101 0.144 0.038 39 V 0.063 0.438 0.145 0.009 0.261 0.005 0.011 0.029 0.013 0.011 0.015 40 P 0.260 0.194 0.034 0.006 0.407 0.005 0.007 0.010 0.008 0.018 0.052 41 I 0.199 0.153 0.021 0.001 0.608 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 42 F 0.102 0.257 0.013 0.001 0.618 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 43 I 0.589 0.016 0.002 0.001 0.296 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.087 44 A 0.042 0.058 0.012 0.038 0.158 0.227 0.313 0.091 0.031 0.015 0.014 45 M 0.236 0.133 0.017 0.001 0.508 0.001 0.002 0.007 0.005 0.023 0.069 46 M 0.283 0.151 0.026 0.010 0.366 0.005 0.005 0.011 0.009 0.037 0.098 47 H 0.036 0.191 0.379 0.159 0.114 0.041 0.016 0.021 0.012 0.016 0.015 48 P 0.052 0.136 0.058 0.045 0.104 0.082 0.184 0.228 0.060 0.024 0.027 49 T 0.025 0.126 0.091 0.097 0.054 0.030 0.030 0.053 0.053 0.375 0.067 50 G 0.076 0.190 0.267 0.075 0.135 0.021 0.013 0.096 0.029 0.053 0.045 51 V 0.036 0.078 0.026 0.004 0.066 0.005 0.011 0.531 0.162 0.065 0.015 52 A 0.019 0.068 0.024 0.008 0.059 0.009 0.019 0.594 0.131 0.059 0.010 53 A 0.041 0.035 0.022 0.008 0.034 0.009 0.038 0.665 0.100 0.034 0.014 54 Q 0.019 0.033 0.034 0.018 0.031 0.031 0.103 0.533 0.126 0.061 0.011 55 T 0.027 0.479 0.084 0.021 0.169 0.016 0.035 0.113 0.026 0.019 0.011 56 Q 0.056 0.068 0.025 0.011 0.051 0.008 0.010 0.058 0.071 0.448 0.194 57 K 0.097 0.226 0.061 0.006 0.213 0.008 0.031 0.108 0.078 0.132 0.041 58 L 0.251 0.200 0.019 0.004 0.290 0.004 0.006 0.034 0.032 0.052 0.107 59 R 0.029 0.220 0.506 0.056 0.120 0.010 0.005 0.017 0.018 0.011 0.008 60 V 0.005 0.008 0.015 0.022 0.005 0.105 0.426 0.329 0.076 0.005 0.003 61 G 0.032 0.057 0.065 0.098 0.029 0.022 0.023 0.040 0.073 0.441 0.122 62 D 0.205 0.263 0.031 0.002 0.364 0.001 0.003 0.008 0.014 0.048 0.061 63 R 0.052 0.356 0.036 0.001 0.528 0.002 0.005 0.008 0.005 0.004 0.003 64 I 0.592 0.011 0.001 0.001 0.370 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 65 V 0.177 0.086 0.007 0.017 0.618 0.056 0.015 0.007 0.001 0.003 0.014 66 T 0.337 0.060 0.007 0.001 0.558 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.032 67 I 0.220 0.051 0.018 0.117 0.136 0.221 0.054 0.055 0.012 0.045 0.071 68 C 0.025 0.252 0.165 0.302 0.110 0.038 0.035 0.019 0.007 0.028 0.019 69 G 0.029 0.035 0.064 0.150 0.027 0.052 0.009 0.022 0.030 0.476 0.106 70 T 0.008 0.580 0.233 0.007 0.140 0.003 0.005 0.013 0.006 0.003 0.001 71 S 0.281 0.149 0.085 0.004 0.279 0.005 0.021 0.044 0.015 0.018 0.099 72 T 0.100 0.072 0.052 0.047 0.109 0.056 0.082 0.157 0.154 0.105 0.066 73 E 0.002 0.086 0.096 0.168 0.015 0.202 0.252 0.117 0.041 0.017 0.004 74 G 0.022 0.011 0.032 0.023 0.007 0.008 0.002 0.006 0.012 0.668 0.209 75 M 0.029 0.558 0.150 0.006 0.227 0.002 0.002 0.006 0.002 0.008 0.008 76 T 0.005 0.745 0.210 0.001 0.030 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.111 0.002 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.002 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.041 0.004 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.815 0.166 0.015 0.001 85 K 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.808 0.149 0.005 0.001 86 N 0.006 0.003 0.003 0.002 0.003 0.006 0.142 0.463 0.130 0.229 0.012 87 A 0.110 0.231 0.185 0.038 0.227 0.026 0.048 0.049 0.018 0.025 0.044 88 S 0.010 0.060 0.042 0.207 0.013 0.136 0.242 0.132 0.068 0.071 0.020 89 G 0.019 0.088 0.196 0.149 0.030 0.027 0.007 0.017 0.035 0.381 0.051 90 S 0.212 0.123 0.018 0.006 0.499 0.010 0.023 0.015 0.020 0.031 0.043 91 I 0.192 0.112 0.005 0.001 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 92 E 0.258 0.050 0.003 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 93 M 0.350 0.042 0.003 0.001 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 94 Q 0.136 0.135 0.007 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 95 V 0.398 0.068 0.012 0.001 0.430 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.080 96 V 0.133 0.203 0.132 0.060 0.307 0.036 0.032 0.012 0.008 0.028 0.050 97 A 0.072 0.130 0.117 0.185 0.129 0.145 0.095 0.052 0.027 0.021 0.027 98 G 0.027 0.048 0.080 0.249 0.035 0.069 0.033 0.053 0.111 0.250 0.046 99 G 0.012 0.111 0.249 0.339 0.044 0.068 0.024 0.033 0.040 0.067 0.011 100 D 0.101 0.253 0.095 0.015 0.291 0.010 0.029 0.068 0.042 0.056 0.039 101 V 0.113 0.189 0.053 0.011 0.191 0.017 0.046 0.108 0.112 0.104 0.056 102 S 0.057 0.170 0.184 0.060 0.126 0.044 0.057 0.089 0.071 0.103 0.040 103 E 0.109 0.190 0.147 0.028 0.191 0.020 0.040 0.093 0.069 0.071 0.043 104 T 0.079 0.243 0.108 0.017 0.167 0.016 0.033 0.105 0.097 0.084 0.052 105 S 0.084 0.285 0.123 0.014 0.210 0.011 0.024 0.090 0.062 0.063 0.036 106 V 0.096 0.177 0.056 0.013 0.179 0.018 0.042 0.185 0.130 0.070 0.035