# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.802 0.141 0.039 0.014 0.004 0.001 0.001 2 E 0.740 0.182 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 3 N 0.768 0.161 0.048 0.019 0.004 0.001 0.001 4 L 0.576 0.226 0.113 0.061 0.021 0.003 0.001 5 Y 0.565 0.246 0.119 0.052 0.016 0.003 0.001 6 F 0.434 0.249 0.172 0.106 0.034 0.005 0.001 7 Q 0.606 0.248 0.097 0.036 0.010 0.002 0.001 8 S 0.726 0.174 0.059 0.030 0.010 0.002 0.001 9 M 0.497 0.249 0.150 0.075 0.026 0.004 0.001 10 G 0.436 0.332 0.151 0.063 0.015 0.003 0.001 11 L 0.173 0.270 0.238 0.206 0.093 0.018 0.001 12 R 0.062 0.228 0.302 0.235 0.128 0.041 0.004 13 T 0.030 0.185 0.320 0.320 0.120 0.023 0.003 14 V 0.004 0.013 0.039 0.153 0.359 0.390 0.042 15 E 0.007 0.112 0.314 0.357 0.166 0.041 0.004 16 M 0.004 0.011 0.033 0.164 0.415 0.344 0.028 17 K 0.029 0.262 0.384 0.243 0.070 0.012 0.001 18 K 0.047 0.227 0.335 0.281 0.096 0.013 0.001 19 G 0.490 0.342 0.122 0.036 0.009 0.001 0.001 20 P 0.600 0.259 0.102 0.033 0.006 0.001 0.001 21 T 0.763 0.178 0.042 0.013 0.003 0.001 0.001 22 D 0.256 0.390 0.239 0.092 0.020 0.002 0.001 23 S 0.105 0.387 0.306 0.156 0.041 0.006 0.001 24 L 0.007 0.044 0.105 0.229 0.345 0.242 0.027 25 G 0.001 0.038 0.209 0.386 0.274 0.078 0.013 26 I 0.001 0.001 0.006 0.038 0.191 0.568 0.196 27 S 0.001 0.019 0.120 0.348 0.351 0.137 0.024 28 I 0.001 0.004 0.013 0.061 0.221 0.548 0.154 29 A 0.004 0.051 0.187 0.340 0.270 0.130 0.019 30 G 0.022 0.102 0.196 0.282 0.240 0.135 0.024 31 G 0.101 0.242 0.274 0.216 0.108 0.051 0.008 32 V 0.227 0.240 0.219 0.184 0.096 0.030 0.003 33 G 0.389 0.294 0.162 0.092 0.043 0.018 0.002 34 S 0.353 0.252 0.174 0.129 0.069 0.021 0.002 35 P 0.391 0.300 0.169 0.090 0.037 0.011 0.001 36 L 0.272 0.231 0.207 0.179 0.091 0.020 0.001 37 G 0.406 0.275 0.176 0.098 0.037 0.007 0.001 38 D 0.470 0.337 0.126 0.049 0.014 0.003 0.001 39 V 0.024 0.091 0.212 0.340 0.252 0.075 0.007 40 P 0.014 0.078 0.191 0.301 0.253 0.141 0.023 41 I 0.001 0.005 0.019 0.068 0.257 0.508 0.142 42 F 0.001 0.002 0.010 0.054 0.219 0.530 0.185 43 I 0.001 0.001 0.002 0.013 0.089 0.480 0.414 44 A 0.003 0.029 0.068 0.156 0.257 0.330 0.158 45 M 0.001 0.029 0.141 0.311 0.298 0.189 0.031 46 M 0.001 0.005 0.020 0.112 0.375 0.430 0.058 47 H 0.036 0.170 0.289 0.307 0.154 0.041 0.004 48 P 0.258 0.334 0.219 0.123 0.049 0.015 0.002 49 T 0.235 0.334 0.252 0.119 0.041 0.016 0.002 50 G 0.127 0.156 0.204 0.246 0.187 0.073 0.006 51 V 0.196 0.218 0.179 0.180 0.138 0.078 0.010 52 A 0.170 0.151 0.180 0.238 0.189 0.067 0.005 53 A 0.283 0.326 0.224 0.118 0.038 0.008 0.001 54 Q 0.355 0.358 0.187 0.079 0.018 0.003 0.001 55 T 0.342 0.287 0.212 0.114 0.038 0.006 0.001 56 Q 0.582 0.278 0.097 0.032 0.009 0.002 0.001 57 K 0.147 0.332 0.308 0.161 0.045 0.008 0.001 58 L 0.015 0.028 0.079 0.267 0.408 0.193 0.010 59 R 0.091 0.268 0.300 0.202 0.098 0.036 0.005 60 V 0.062 0.124 0.182 0.252 0.216 0.141 0.023 61 G 0.055 0.097 0.146 0.216 0.237 0.196 0.052 62 D 0.011 0.037 0.088 0.208 0.319 0.274 0.063 63 R 0.013 0.038 0.103 0.207 0.254 0.282 0.103 64 I 0.007 0.016 0.024 0.057 0.152 0.474 0.269 65 V 0.014 0.032 0.051 0.107 0.215 0.369 0.213 66 T 0.012 0.070 0.165 0.265 0.245 0.200 0.043 67 I 0.009 0.017 0.039 0.116 0.292 0.394 0.133 68 C 0.033 0.094 0.162 0.237 0.245 0.198 0.032 69 G 0.139 0.198 0.193 0.206 0.171 0.082 0.011 70 T 0.211 0.263 0.241 0.177 0.074 0.028 0.005 71 S 0.193 0.248 0.239 0.185 0.096 0.035 0.003 72 T 0.148 0.097 0.118 0.225 0.263 0.136 0.014 73 E 0.284 0.311 0.226 0.124 0.044 0.011 0.001 74 G 0.562 0.304 0.090 0.030 0.010 0.003 0.001 75 M 0.194 0.240 0.251 0.206 0.088 0.020 0.002 76 T 0.168 0.366 0.246 0.142 0.060 0.016 0.002 77 H 0.035 0.069 0.129 0.294 0.321 0.136 0.016 78 T 0.210 0.388 0.248 0.109 0.036 0.009 0.001 79 Q 0.055 0.275 0.381 0.215 0.061 0.012 0.001 80 A 0.003 0.007 0.021 0.112 0.381 0.437 0.039 81 V 0.007 0.045 0.177 0.386 0.297 0.082 0.005 82 N 0.159 0.519 0.223 0.079 0.017 0.003 0.001 83 L 0.008 0.059 0.235 0.426 0.225 0.046 0.002 84 L 0.012 0.016 0.045 0.176 0.449 0.288 0.014 85 K 0.127 0.412 0.298 0.131 0.028 0.003 0.001 86 N 0.406 0.428 0.123 0.037 0.006 0.001 0.001 87 A 0.087 0.205 0.336 0.270 0.091 0.010 0.001 88 S 0.598 0.310 0.076 0.015 0.002 0.001 0.001 89 G 0.311 0.434 0.177 0.063 0.013 0.002 0.001 90 S 0.103 0.469 0.313 0.100 0.014 0.001 0.001 91 I 0.003 0.030 0.118 0.367 0.377 0.102 0.003 92 E 0.002 0.079 0.387 0.413 0.107 0.012 0.001 93 M 0.001 0.002 0.007 0.056 0.336 0.560 0.039 94 Q 0.001 0.041 0.259 0.481 0.195 0.022 0.001 95 V 0.002 0.008 0.028 0.159 0.416 0.371 0.017 96 V 0.010 0.124 0.374 0.351 0.119 0.022 0.001 97 A 0.069 0.279 0.328 0.239 0.075 0.010 0.001 98 G 0.308 0.340 0.238 0.090 0.021 0.003 0.001 99 G 0.546 0.262 0.124 0.052 0.014 0.002 0.001 100 D 0.656 0.221 0.081 0.031 0.009 0.002 0.001 101 V 0.416 0.257 0.172 0.111 0.039 0.005 0.001 102 S 0.519 0.267 0.134 0.059 0.018 0.003 0.001 103 E 0.639 0.234 0.082 0.035 0.009 0.001 0.001 104 T 0.646 0.199 0.089 0.045 0.017 0.003 0.001 105 S 0.771 0.151 0.049 0.021 0.007 0.001 0.001 106 V 0.653 0.202 0.091 0.041 0.011 0.002 0.001