# TARGET T0365 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.045 0.024 0.059 0.049 0.141 0.141 0.499 2 P 0.095 0.334 0.017 0.023 0.031 0.066 0.148 0.285 3 V 0.113 0.470 0.013 0.013 0.024 0.052 0.053 0.263 4 N 0.062 0.224 0.057 0.057 0.073 0.072 0.087 0.368 5 S 0.169 0.192 0.038 0.038 0.049 0.081 0.066 0.367 6 I 0.225 0.101 0.054 0.034 0.049 0.093 0.080 0.363 7 L 0.086 0.039 0.038 0.033 0.055 0.105 0.043 0.602 8 G 0.031 0.016 0.035 0.031 0.058 0.090 0.048 0.691 9 V 0.047 0.008 0.023 0.024 0.033 0.107 0.034 0.723 10 F 0.288 0.013 0.026 0.041 0.034 0.104 0.081 0.413 11 A 0.031 0.006 0.007 0.009 0.017 0.083 0.019 0.830 12 K 0.040 0.007 0.008 0.006 0.016 0.069 0.014 0.840 13 S 0.088 0.036 0.014 0.043 0.027 0.144 0.066 0.582 14 P 0.022 0.161 0.008 0.008 0.011 0.091 0.015 0.684 15 I 0.062 0.459 0.008 0.004 0.006 0.049 0.024 0.389 16 K 0.045 0.752 0.010 0.008 0.004 0.023 0.067 0.091 17 P 0.028 0.880 0.003 0.001 0.001 0.006 0.055 0.027 18 L 0.026 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.006 19 Q 0.008 0.925 0.002 0.001 0.001 0.003 0.044 0.017 20 E 0.004 0.905 0.002 0.001 0.001 0.006 0.038 0.044 21 H 0.007 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.006 22 M 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.006 23 D 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.017 24 K 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 25 V 0.007 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 26 Y 0.014 0.603 0.017 0.001 0.001 0.006 0.342 0.017 27 D 0.009 0.777 0.007 0.001 0.001 0.011 0.140 0.055 28 C 0.031 0.649 0.013 0.001 0.001 0.010 0.261 0.035 29 A 0.045 0.828 0.005 0.001 0.001 0.012 0.066 0.041 30 S 0.026 0.249 0.013 0.003 0.003 0.037 0.330 0.339 31 L 0.003 0.729 0.010 0.002 0.002 0.033 0.093 0.128 32 L 0.011 0.952 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 0.014 33 V 0.015 0.958 0.004 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 34 P 0.020 0.932 0.005 0.001 0.001 0.005 0.013 0.023 35 F 0.027 0.161 0.053 0.001 0.001 0.012 0.723 0.022 36 F 0.031 0.689 0.021 0.002 0.001 0.014 0.198 0.043 37 E 0.073 0.213 0.053 0.002 0.004 0.036 0.280 0.341 38 A 0.026 0.145 0.063 0.009 0.008 0.115 0.219 0.416 39 T 0.154 0.070 0.089 0.010 0.013 0.098 0.179 0.387 40 I 0.253 0.033 0.012 0.005 0.005 0.096 0.057 0.539 41 T 0.062 0.030 0.009 0.003 0.005 0.121 0.029 0.741 42 G 0.014 0.024 0.005 0.002 0.002 0.119 0.017 0.817 43 N 0.077 0.512 0.008 0.002 0.002 0.064 0.044 0.290 44 W 0.102 0.731 0.004 0.001 0.001 0.022 0.031 0.107 45 D 0.025 0.789 0.008 0.002 0.002 0.019 0.046 0.109 46 D 0.012 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.017 47 A 0.010 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.011 48 V 0.005 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.013 49 Q 0.007 0.934 0.004 0.001 0.001 0.004 0.025 0.023 50 I 0.023 0.918 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 0.014 51 R 0.037 0.477 0.007 0.001 0.001 0.010 0.428 0.038 52 K 0.005 0.828 0.003 0.002 0.001 0.011 0.067 0.084 53 Q 0.010 0.922 0.003 0.001 0.001 0.007 0.014 0.044 54 I 0.019 0.905 0.006 0.002 0.001 0.009 0.025 0.033 55 S 0.019 0.861 0.006 0.001 0.001 0.010 0.048 0.053 56 L 0.027 0.885 0.004 0.001 0.001 0.006 0.038 0.039 57 A 0.029 0.842 0.006 0.001 0.001 0.009 0.078 0.035 58 E 0.065 0.648 0.011 0.001 0.002 0.021 0.130 0.121 59 K 0.041 0.467 0.011 0.002 0.002 0.043 0.211 0.223 60 Q 0.021 0.707 0.005 0.001 0.001 0.022 0.111 0.132 61 G 0.020 0.880 0.002 0.001 0.001 0.011 0.028 0.058 62 D 0.013 0.902 0.002 0.001 0.001 0.009 0.024 0.048 63 S 0.007 0.932 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 0.030 64 L 0.008 0.943 0.002 0.001 0.001 0.005 0.024 0.015 65 K 0.008 0.915 0.006 0.001 0.002 0.005 0.048 0.015 66 R 0.006 0.926 0.004 0.002 0.002 0.004 0.033 0.024 67 E 0.029 0.216 0.105 0.018 0.019 0.026 0.527 0.061 68 I 0.101 0.291 0.033 0.040 0.030 0.041 0.355 0.109 69 R 0.357 0.045 0.028 0.011 0.017 0.048 0.095 0.399 70 L 0.014 0.006 0.015 0.030 0.032 0.111 0.128 0.665 71 T 0.004 0.003 0.009 0.006 0.009 0.108 0.040 0.820 72 L 0.278 0.010 0.010 0.010 0.010 0.142 0.053 0.487 73 P 0.252 0.010 0.010 0.007 0.010 0.104 0.040 0.568 74 S 0.072 0.008 0.022 0.005 0.027 0.122 0.031 0.713 75 G 0.011 0.003 0.112 0.026 0.092 0.131 0.056 0.570 76 L 0.006 0.003 0.191 0.164 0.166 0.087 0.040 0.344 77 F 0.006 0.003 0.180 0.068 0.081 0.061 0.025 0.576 78 M 0.035 0.016 0.192 0.107 0.093 0.091 0.057 0.409 79 P 0.044 0.018 0.086 0.026 0.027 0.089 0.123 0.588 80 V 0.057 0.074 0.044 0.021 0.015 0.117 0.124 0.547 81 E 0.111 0.496 0.007 0.003 0.004 0.033 0.079 0.267 82 R 0.066 0.777 0.002 0.001 0.001 0.015 0.056 0.081 83 T 0.013 0.845 0.003 0.002 0.002 0.016 0.036 0.083 84 D 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 85 L 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 86 L 0.005 0.104 0.004 0.001 0.001 0.003 0.879 0.005 87 E 0.007 0.680 0.004 0.001 0.001 0.005 0.288 0.015 88 L 0.087 0.737 0.020 0.001 0.001 0.014 0.102 0.038 89 L 0.023 0.551 0.031 0.006 0.003 0.028 0.261 0.095 90 T 0.025 0.712 0.011 0.001 0.002 0.024 0.037 0.190 91 Q 0.025 0.883 0.002 0.001 0.001 0.011 0.014 0.065 92 Q 0.027 0.708 0.009 0.001 0.001 0.015 0.197 0.043 93 D 0.021 0.589 0.009 0.001 0.001 0.016 0.305 0.058 94 K 0.010 0.938 0.006 0.001 0.001 0.006 0.014 0.025 95 I 0.018 0.946 0.009 0.001 0.001 0.003 0.010 0.015 96 A 0.025 0.848 0.008 0.001 0.001 0.009 0.071 0.039 97 N 0.009 0.894 0.005 0.001 0.001 0.005 0.055 0.032 98 K 0.014 0.927 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.022 99 A 0.019 0.429 0.007 0.001 0.001 0.007 0.518 0.018 100 K 0.010 0.747 0.005 0.001 0.001 0.011 0.176 0.050 101 D 0.016 0.885 0.004 0.001 0.001 0.009 0.035 0.051 102 I 0.010 0.904 0.005 0.001 0.001 0.010 0.038 0.032 103 S 0.018 0.812 0.007 0.001 0.004 0.020 0.084 0.054 104 G 0.012 0.668 0.012 0.005 0.006 0.022 0.196 0.079 105 R 0.022 0.508 0.052 0.015 0.021 0.054 0.259 0.069 106 V 0.058 0.353 0.118 0.029 0.037 0.053 0.238 0.114 107 I 0.052 0.248 0.140 0.053 0.107 0.073 0.115 0.212 108 G 0.041 0.042 0.215 0.037 0.080 0.071 0.116 0.399 109 R 0.075 0.028 0.060 0.161 0.128 0.115 0.073 0.360 110 Q 0.049 0.009 0.049 0.034 0.058 0.102 0.047 0.652 111 L 0.011 0.010 0.043 0.040 0.066 0.167 0.033 0.630 112 L 0.012 0.011 0.056 0.038 0.052 0.110 0.030 0.690 113 I 0.169 0.050 0.032 0.036 0.025 0.097 0.075 0.516 114 P 0.325 0.085 0.027 0.017 0.015 0.056 0.140 0.336 115 Q 0.209 0.090 0.013 0.008 0.013 0.078 0.065 0.525 116 A 0.052 0.053 0.013 0.006 0.009 0.105 0.062 0.700 117 L 0.019 0.191 0.009 0.008 0.010 0.104 0.054 0.605 118 Q 0.027 0.694 0.003 0.002 0.004 0.032 0.040 0.198 119 V 0.014 0.907 0.002 0.002 0.001 0.009 0.032 0.033 120 P 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 121 F 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 122 I 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 123 A 0.001 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.004 124 Y 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 125 L 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 126 Q 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 127 R 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 128 C 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 129 I 0.007 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.005 130 D 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.015 131 A 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 132 V 0.004 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.004 133 G 0.005 0.883 0.001 0.001 0.001 0.003 0.089 0.019 134 L 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 135 A 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 136 Q 0.007 0.658 0.003 0.001 0.001 0.002 0.317 0.013 137 Q 0.003 0.894 0.003 0.001 0.001 0.004 0.079 0.017 138 V 0.011 0.953 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.006 139 I 0.050 0.787 0.012 0.001 0.001 0.006 0.123 0.022 140 N 0.018 0.692 0.010 0.001 0.001 0.015 0.138 0.125 141 E 0.009 0.942 0.004 0.001 0.001 0.005 0.010 0.031 142 L 0.026 0.928 0.008 0.001 0.001 0.005 0.018 0.016 143 D 0.030 0.870 0.016 0.001 0.001 0.008 0.020 0.055 144 D 0.074 0.764 0.031 0.001 0.001 0.013 0.026 0.091 145 L 0.180 0.280 0.216 0.003 0.002 0.036 0.173 0.112 146 L 0.326 0.153 0.061 0.003 0.003 0.056 0.086 0.311 147 E 0.101 0.046 0.012 0.001 0.001 0.040 0.021 0.778 148 A 0.013 0.033 0.064 0.004 0.006 0.102 0.041 0.738 149 G 0.090 0.042 0.043 0.009 0.014 0.152 0.051 0.599 150 F 0.227 0.031 0.027 0.012 0.007 0.085 0.055 0.557 151 R 0.049 0.086 0.019 0.007 0.011 0.081 0.039 0.708 152 G 0.046 0.125 0.015 0.004 0.009 0.076 0.040 0.685 153 R 0.018 0.263 0.024 0.036 0.018 0.098 0.054 0.488 154 E 0.012 0.897 0.002 0.001 0.002 0.007 0.012 0.066 155 V 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.012 156 D 0.002 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 157 F 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 158 V 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.003 159 A 0.006 0.473 0.002 0.001 0.001 0.003 0.502 0.013 160 K 0.004 0.838 0.002 0.001 0.001 0.006 0.111 0.039 161 M 0.014 0.916 0.002 0.001 0.001 0.005 0.041 0.020 162 I 0.051 0.785 0.008 0.003 0.002 0.015 0.081 0.056 163 N 0.033 0.688 0.008 0.003 0.003 0.027 0.038 0.200 164 E 0.019 0.826 0.006 0.001 0.001 0.016 0.023 0.108 165 L 0.044 0.820 0.015 0.002 0.001 0.018 0.036 0.064 166 D 0.033 0.684 0.027 0.005 0.004 0.030 0.070 0.147 167 I 0.074 0.567 0.030 0.002 0.003 0.034 0.074 0.216 168 I 0.105 0.236 0.032 0.005 0.004 0.032 0.468 0.118 169 E 0.061 0.232 0.012 0.004 0.004 0.056 0.284 0.347 170 E 0.025 0.438 0.006 0.002 0.003 0.052 0.041 0.432 171 D 0.018 0.701 0.003 0.002 0.002 0.037 0.016 0.221 172 T 0.024 0.895 0.002 0.001 0.001 0.009 0.029 0.040 173 D 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 174 D 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 175 L 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 176 Q 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 177 I 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 178 Q 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 179 L 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 180 R 0.015 0.934 0.004 0.001 0.001 0.002 0.035 0.010 181 R 0.034 0.867 0.007 0.002 0.001 0.007 0.027 0.055 182 Q 0.071 0.680 0.017 0.003 0.003 0.023 0.056 0.147 183 L 0.173 0.431 0.036 0.004 0.003 0.047 0.091 0.215 184 F 0.082 0.092 0.042 0.009 0.007 0.080 0.197 0.491 185 A 0.029 0.036 0.021 0.004 0.004 0.082 0.114 0.710 186 L 0.326 0.064 0.020 0.007 0.007 0.065 0.106 0.405 187 E 0.203 0.013 0.010 0.005 0.007 0.092 0.048 0.622 188 S 0.032 0.009 0.008 0.003 0.006 0.092 0.037 0.813 189 E 0.012 0.019 0.008 0.004 0.008 0.133 0.018 0.798 190 L 0.019 0.040 0.016 0.009 0.008 0.139 0.036 0.733 191 N 0.065 0.628 0.011 0.009 0.008 0.044 0.057 0.178 192 P 0.025 0.876 0.005 0.002 0.004 0.013 0.022 0.055 193 V 0.012 0.858 0.014 0.007 0.008 0.012 0.042 0.049 194 D 0.006 0.937 0.005 0.004 0.005 0.003 0.029 0.011 195 V 0.005 0.952 0.004 0.001 0.003 0.003 0.023 0.010 196 M 0.007 0.886 0.012 0.007 0.008 0.005 0.061 0.014 197 F 0.005 0.809 0.005 0.006 0.006 0.005 0.149 0.017 198 L 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.007 199 Y 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 200 K 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 201 T 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 202 I 0.016 0.759 0.006 0.001 0.001 0.003 0.207 0.008 203 E 0.007 0.833 0.008 0.002 0.001 0.006 0.108 0.036 204 W 0.033 0.903 0.004 0.001 0.001 0.006 0.018 0.034 205 V 0.067 0.611 0.014 0.001 0.001 0.012 0.255 0.040 206 G 0.021 0.709 0.011 0.001 0.001 0.014 0.099 0.145 207 G 0.019 0.861 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 0.095 208 L 0.013 0.941 0.004 0.001 0.001 0.004 0.018 0.018 209 A 0.024 0.908 0.003 0.001 0.001 0.006 0.031 0.028 210 D 0.010 0.886 0.004 0.001 0.001 0.004 0.065 0.030 211 L 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 212 A 0.033 0.717 0.004 0.001 0.001 0.003 0.231 0.012 213 E 0.002 0.229 0.002 0.001 0.001 0.004 0.742 0.021 214 R 0.003 0.825 0.002 0.001 0.001 0.005 0.141 0.024 215 V 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 216 G 0.007 0.948 0.002 0.001 0.001 0.004 0.028 0.011 217 S 0.009 0.871 0.003 0.001 0.002 0.011 0.072 0.031 218 R 0.013 0.761 0.017 0.002 0.003 0.017 0.166 0.021 219 L 0.019 0.661 0.054 0.011 0.013 0.023 0.161 0.058 220 E 0.026 0.258 0.142 0.033 0.064 0.087 0.180 0.210 221 L 0.020 0.057 0.301 0.060 0.096 0.079 0.193 0.194 222 M 0.036 0.019 0.261 0.183 0.219 0.062 0.073 0.148 223 L 0.024 0.004 0.098 0.153 0.279 0.076 0.049 0.316 224 A 0.007 0.002 0.053 0.125 0.221 0.107 0.033 0.453 225 R 0.029 0.003 0.034 0.122 0.195 0.118 0.045 0.454 226 V 0.069 0.006 0.013 0.041 0.052 0.125 0.043 0.651