# TARGET T0365 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.521 0.255 0.117 0.062 0.028 0.013 0.003 2 P 0.348 0.230 0.159 0.120 0.080 0.051 0.011 3 V 0.204 0.128 0.136 0.209 0.199 0.110 0.014 4 N 0.254 0.251 0.217 0.160 0.078 0.034 0.007 5 S 0.233 0.158 0.153 0.188 0.150 0.100 0.019 6 I 0.127 0.101 0.121 0.164 0.215 0.208 0.064 7 L 0.164 0.135 0.175 0.216 0.182 0.107 0.022 8 G 0.227 0.251 0.212 0.159 0.097 0.045 0.009 9 V 0.150 0.147 0.166 0.210 0.207 0.105 0.016 10 F 0.172 0.206 0.204 0.205 0.145 0.062 0.007 11 A 0.271 0.296 0.202 0.134 0.068 0.026 0.004 12 K 0.514 0.255 0.128 0.068 0.027 0.006 0.001 13 S 0.420 0.298 0.149 0.083 0.038 0.011 0.001 14 P 0.186 0.248 0.231 0.203 0.101 0.028 0.002 15 I 0.074 0.183 0.269 0.276 0.155 0.040 0.002 16 K 0.423 0.407 0.129 0.032 0.008 0.002 0.001 17 P 0.047 0.223 0.330 0.283 0.093 0.022 0.002 18 L 0.005 0.006 0.019 0.140 0.471 0.338 0.021 19 Q 0.026 0.211 0.420 0.270 0.062 0.009 0.001 20 E 0.076 0.506 0.311 0.088 0.016 0.002 0.001 21 H 0.003 0.010 0.042 0.179 0.480 0.275 0.011 22 M 0.005 0.027 0.095 0.352 0.399 0.118 0.004 23 D 0.055 0.482 0.339 0.102 0.018 0.003 0.001 24 K 0.003 0.028 0.212 0.491 0.240 0.026 0.001 25 V 0.001 0.001 0.003 0.018 0.165 0.701 0.111 26 Y 0.004 0.040 0.176 0.393 0.310 0.075 0.002 27 D 0.010 0.129 0.319 0.338 0.174 0.029 0.001 28 C 0.002 0.006 0.018 0.073 0.271 0.529 0.101 29 A 0.001 0.008 0.019 0.146 0.392 0.391 0.043 30 S 0.010 0.226 0.434 0.245 0.071 0.013 0.001 31 L 0.001 0.011 0.085 0.347 0.426 0.122 0.007 32 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.584 0.366 33 V 0.001 0.019 0.138 0.404 0.328 0.105 0.004 34 P 0.006 0.103 0.339 0.370 0.155 0.024 0.002 35 F 0.003 0.010 0.031 0.120 0.314 0.447 0.075 36 F 0.006 0.009 0.023 0.127 0.359 0.406 0.071 37 E 0.035 0.258 0.356 0.229 0.095 0.025 0.003 38 A 0.098 0.182 0.211 0.261 0.185 0.054 0.009 39 T 0.027 0.096 0.166 0.271 0.249 0.161 0.030 40 I 0.133 0.209 0.257 0.240 0.124 0.035 0.002 41 T 0.583 0.265 0.098 0.040 0.012 0.002 0.001 42 G 0.642 0.236 0.079 0.032 0.010 0.002 0.001 43 N 0.570 0.277 0.101 0.039 0.010 0.002 0.001 44 W 0.178 0.223 0.261 0.236 0.088 0.014 0.001 45 D 0.696 0.230 0.054 0.015 0.004 0.001 0.001 46 D 0.338 0.341 0.200 0.096 0.022 0.003 0.001 47 A 0.068 0.097 0.163 0.315 0.268 0.085 0.003 48 V 0.307 0.334 0.222 0.104 0.028 0.005 0.001 49 Q 0.357 0.430 0.165 0.040 0.007 0.001 0.001 50 I 0.047 0.076 0.165 0.343 0.290 0.076 0.002 51 R 0.047 0.099 0.209 0.330 0.250 0.062 0.002 52 K 0.483 0.371 0.114 0.027 0.004 0.001 0.001 53 Q 0.211 0.294 0.278 0.166 0.043 0.007 0.001 54 I 0.041 0.049 0.100 0.238 0.378 0.186 0.007 55 S 0.290 0.317 0.229 0.118 0.036 0.008 0.001 56 L 0.510 0.314 0.119 0.043 0.012 0.002 0.001 57 A 0.226 0.193 0.209 0.222 0.118 0.030 0.002 58 E 0.285 0.203 0.184 0.193 0.108 0.025 0.001 59 K 0.534 0.285 0.117 0.047 0.014 0.003 0.001 60 Q 0.478 0.320 0.132 0.054 0.013 0.003 0.001 61 G 0.312 0.166 0.157 0.193 0.132 0.038 0.002 62 D 0.444 0.269 0.154 0.092 0.033 0.007 0.001 63 S 0.504 0.321 0.118 0.042 0.012 0.003 0.001 64 L 0.129 0.118 0.180 0.276 0.219 0.075 0.004 65 K 0.242 0.306 0.215 0.132 0.073 0.029 0.004 66 R 0.250 0.255 0.212 0.172 0.083 0.027 0.002 67 E 0.149 0.290 0.313 0.170 0.064 0.012 0.001 68 I 0.027 0.026 0.051 0.189 0.375 0.306 0.027 69 R 0.037 0.119 0.189 0.313 0.239 0.095 0.008 70 L 0.179 0.441 0.237 0.100 0.033 0.008 0.001 71 T 0.084 0.165 0.282 0.328 0.119 0.020 0.001 72 L 0.024 0.031 0.058 0.159 0.364 0.332 0.032 73 P 0.074 0.154 0.252 0.300 0.167 0.049 0.004 74 S 0.204 0.397 0.236 0.114 0.039 0.010 0.001 75 G 0.090 0.094 0.184 0.299 0.239 0.085 0.009 76 L 0.060 0.072 0.073 0.111 0.204 0.375 0.106 77 F 0.054 0.079 0.089 0.129 0.201 0.280 0.169 78 M 0.035 0.062 0.085 0.181 0.259 0.265 0.113 79 P 0.056 0.116 0.141 0.211 0.233 0.185 0.058 80 V 0.034 0.053 0.111 0.242 0.295 0.224 0.041 81 E 0.154 0.337 0.223 0.119 0.086 0.061 0.019 82 R 0.061 0.146 0.242 0.292 0.191 0.060 0.007 83 T 0.301 0.341 0.187 0.094 0.049 0.021 0.005 84 D 0.031 0.125 0.266 0.318 0.174 0.074 0.011 85 L 0.006 0.008 0.018 0.099 0.324 0.470 0.075 86 L 0.023 0.129 0.282 0.318 0.178 0.063 0.007 87 E 0.056 0.262 0.292 0.220 0.113 0.050 0.007 88 L 0.005 0.009 0.032 0.116 0.347 0.428 0.063 89 L 0.010 0.020 0.042 0.138 0.340 0.391 0.060 90 T 0.032 0.219 0.323 0.251 0.122 0.049 0.004 91 Q 0.009 0.047 0.186 0.385 0.293 0.076 0.004 92 Q 0.003 0.006 0.011 0.035 0.164 0.597 0.184 93 D 0.008 0.039 0.112 0.281 0.355 0.193 0.012 94 K 0.012 0.138 0.340 0.303 0.164 0.037 0.005 95 I 0.002 0.005 0.013 0.075 0.305 0.501 0.099 96 A 0.002 0.022 0.057 0.212 0.352 0.316 0.038 97 N 0.017 0.227 0.344 0.229 0.132 0.045 0.005 98 K 0.001 0.027 0.161 0.379 0.327 0.095 0.010 99 A 0.001 0.001 0.002 0.025 0.185 0.579 0.208 100 K 0.006 0.098 0.257 0.368 0.207 0.061 0.004 101 D 0.005 0.079 0.274 0.365 0.216 0.056 0.004 102 I 0.001 0.005 0.018 0.063 0.188 0.495 0.229 103 S 0.001 0.004 0.013 0.071 0.238 0.473 0.200 104 G 0.003 0.034 0.115 0.256 0.311 0.221 0.061 105 R 0.003 0.013 0.047 0.146 0.280 0.371 0.141 106 V 0.001 0.003 0.004 0.012 0.058 0.334 0.587 107 I 0.005 0.021 0.049 0.125 0.238 0.364 0.198 108 G 0.007 0.020 0.046 0.099 0.203 0.354 0.271 109 R 0.005 0.024 0.056 0.155 0.302 0.354 0.104 110 Q 0.011 0.069 0.179 0.280 0.264 0.169 0.027 111 L 0.018 0.042 0.075 0.166 0.316 0.320 0.063 112 L 0.071 0.163 0.197 0.228 0.201 0.124 0.017 113 I 0.029 0.080 0.171 0.289 0.284 0.135 0.013 114 P 0.097 0.219 0.286 0.246 0.120 0.031 0.002 115 Q 0.512 0.336 0.107 0.033 0.010 0.002 0.001 116 A 0.384 0.345 0.164 0.075 0.024 0.007 0.001 117 L 0.026 0.065 0.168 0.356 0.315 0.068 0.002 118 Q 0.095 0.344 0.336 0.172 0.045 0.007 0.001 119 V 0.437 0.401 0.122 0.031 0.007 0.001 0.001 120 P 0.048 0.220 0.356 0.254 0.098 0.023 0.001 121 F 0.003 0.006 0.019 0.131 0.446 0.376 0.018 122 I 0.008 0.104 0.330 0.384 0.144 0.028 0.001 123 A 0.034 0.306 0.395 0.203 0.054 0.008 0.001 124 Y 0.001 0.004 0.021 0.105 0.394 0.447 0.026 125 L 0.001 0.005 0.014 0.077 0.318 0.534 0.050 126 Q 0.010 0.156 0.378 0.307 0.117 0.029 0.002 127 R 0.001 0.014 0.123 0.434 0.361 0.065 0.002 128 C 0.001 0.001 0.001 0.007 0.085 0.695 0.212 129 I 0.002 0.020 0.099 0.322 0.376 0.175 0.006 130 D 0.006 0.108 0.337 0.351 0.171 0.027 0.002 131 A 0.001 0.004 0.016 0.085 0.328 0.475 0.092 132 V 0.001 0.005 0.013 0.107 0.367 0.452 0.055 133 G 0.006 0.199 0.447 0.242 0.088 0.016 0.001 134 L 0.001 0.008 0.078 0.361 0.449 0.100 0.004 135 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.654 0.284 136 Q 0.001 0.022 0.155 0.447 0.309 0.066 0.001 137 Q 0.002 0.055 0.318 0.433 0.177 0.015 0.001 138 V 0.001 0.001 0.004 0.027 0.176 0.654 0.136 139 I 0.001 0.002 0.009 0.110 0.435 0.419 0.025 140 N 0.010 0.287 0.472 0.184 0.042 0.005 0.001 141 E 0.001 0.025 0.165 0.454 0.300 0.052 0.002 142 L 0.001 0.001 0.002 0.013 0.132 0.639 0.213 143 D 0.007 0.097 0.298 0.386 0.180 0.031 0.001 144 D 0.025 0.269 0.373 0.237 0.079 0.015 0.001 145 L 0.004 0.013 0.049 0.220 0.386 0.289 0.040 146 L 0.009 0.037 0.098 0.260 0.327 0.233 0.036 147 E 0.109 0.247 0.232 0.193 0.137 0.070 0.011 148 A 0.144 0.232 0.251 0.203 0.117 0.046 0.008 149 G 0.059 0.116 0.174 0.237 0.226 0.160 0.029 150 F 0.071 0.110 0.162 0.263 0.267 0.117 0.010 151 R 0.215 0.329 0.255 0.136 0.051 0.014 0.001 152 G 0.450 0.312 0.150 0.067 0.018 0.003 0.001 153 R 0.424 0.315 0.159 0.076 0.022 0.003 0.001 154 E 0.474 0.354 0.119 0.041 0.010 0.001 0.001 155 V 0.016 0.109 0.324 0.379 0.150 0.023 0.001 156 D 0.528 0.371 0.076 0.018 0.005 0.001 0.001 157 F 0.021 0.168 0.371 0.299 0.111 0.028 0.002 158 V 0.004 0.006 0.015 0.141 0.448 0.370 0.016 159 A 0.037 0.239 0.420 0.249 0.050 0.005 0.001 160 K 0.169 0.483 0.261 0.073 0.013 0.002 0.001 161 M 0.010 0.020 0.059 0.183 0.409 0.308 0.012 162 I 0.007 0.016 0.073 0.279 0.448 0.172 0.005 163 N 0.181 0.466 0.249 0.083 0.018 0.003 0.001 164 E 0.084 0.247 0.334 0.258 0.066 0.009 0.001 165 L 0.019 0.033 0.080 0.218 0.428 0.213 0.010 166 D 0.190 0.411 0.266 0.105 0.024 0.004 0.001 167 I 0.289 0.422 0.197 0.070 0.019 0.003 0.001 168 I 0.090 0.123 0.200 0.335 0.214 0.037 0.001 169 E 0.169 0.255 0.241 0.253 0.075 0.008 0.001 170 E 0.589 0.313 0.073 0.019 0.005 0.001 0.001 171 D 0.187 0.325 0.299 0.149 0.034 0.006 0.001 172 T 0.073 0.076 0.124 0.274 0.313 0.134 0.007 173 D 0.204 0.272 0.243 0.184 0.077 0.019 0.001 174 D 0.282 0.408 0.201 0.074 0.026 0.008 0.001 175 L 0.048 0.065 0.138 0.291 0.315 0.134 0.009 176 Q 0.075 0.140 0.157 0.221 0.237 0.151 0.019 177 I 0.099 0.243 0.254 0.225 0.126 0.051 0.004 178 Q 0.056 0.179 0.346 0.296 0.108 0.015 0.001 179 L 0.006 0.010 0.022 0.083 0.309 0.517 0.053 180 R 0.006 0.022 0.053 0.172 0.351 0.358 0.038 181 R 0.047 0.296 0.365 0.206 0.069 0.016 0.001 182 Q 0.013 0.067 0.254 0.459 0.186 0.020 0.001 183 L 0.004 0.005 0.010 0.066 0.313 0.557 0.046 184 F 0.008 0.048 0.158 0.360 0.336 0.087 0.003 185 A 0.170 0.536 0.221 0.060 0.012 0.002 0.001 186 L 0.056 0.208 0.311 0.304 0.103 0.018 0.001 187 E 0.038 0.107 0.212 0.327 0.239 0.072 0.004 188 S 0.470 0.330 0.125 0.052 0.019 0.004 0.001 189 E 0.544 0.259 0.118 0.056 0.018 0.004 0.001 190 L 0.103 0.185 0.248 0.255 0.148 0.056 0.005 191 N 0.230 0.331 0.210 0.137 0.064 0.025 0.004 192 P 0.053 0.094 0.160 0.243 0.267 0.156 0.028 193 V 0.035 0.067 0.125 0.231 0.284 0.215 0.043 194 D 0.021 0.089 0.179 0.258 0.241 0.173 0.038 195 V 0.012 0.027 0.060 0.161 0.294 0.348 0.099 196 M 0.006 0.030 0.074 0.157 0.289 0.338 0.105 197 F 0.003 0.015 0.055 0.151 0.256 0.389 0.131 198 L 0.002 0.005 0.009 0.034 0.141 0.499 0.309 199 Y 0.008 0.051 0.147 0.300 0.287 0.178 0.030 200 K 0.013 0.109 0.266 0.323 0.192 0.083 0.014 201 T 0.001 0.004 0.012 0.046 0.187 0.548 0.201 202 I 0.002 0.012 0.028 0.124 0.339 0.431 0.063 203 E 0.006 0.098 0.289 0.329 0.200 0.071 0.007 204 W 0.001 0.006 0.053 0.276 0.452 0.200 0.011 205 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.065 0.560 0.363 206 G 0.004 0.029 0.106 0.305 0.360 0.185 0.011 207 G 0.005 0.069 0.284 0.379 0.208 0.050 0.007 208 L 0.001 0.004 0.012 0.058 0.234 0.537 0.154 209 A 0.002 0.007 0.017 0.083 0.283 0.493 0.115 210 D 0.010 0.122 0.275 0.281 0.209 0.088 0.016 211 L 0.003 0.029 0.116 0.292 0.339 0.188 0.032 212 A 0.001 0.004 0.007 0.038 0.184 0.558 0.208 213 E 0.007 0.099 0.259 0.358 0.206 0.066 0.004 214 R 0.006 0.067 0.244 0.372 0.246 0.059 0.005 215 V 0.001 0.003 0.007 0.026 0.136 0.588 0.239 216 G 0.001 0.009 0.044 0.223 0.413 0.288 0.022 217 S 0.010 0.116 0.265 0.324 0.210 0.066 0.008 218 R 0.003 0.014 0.065 0.225 0.376 0.272 0.045 219 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.074 0.449 0.462 220 E 0.005 0.044 0.138 0.288 0.302 0.180 0.044 221 L 0.011 0.042 0.102 0.208 0.276 0.258 0.103 222 M 0.007 0.014 0.023 0.055 0.135 0.450 0.315 223 L 0.018 0.032 0.049 0.110 0.201 0.409 0.179 224 A 0.059 0.088 0.112 0.178 0.244 0.231 0.088 225 R 0.095 0.152 0.188 0.244 0.197 0.104 0.020 226 V 0.121 0.142 0.174 0.231 0.198 0.115 0.020