# TARGET T0364 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.646 0.002 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.228 0.043 0.034 0.015 2 P 0.001 0.015 0.860 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 0.021 0.002 0.037 3 A 0.002 0.027 0.551 0.007 0.011 0.007 0.001 0.001 0.005 0.206 0.045 0.118 0.021 4 L 0.002 0.004 0.623 0.028 0.006 0.005 0.001 0.001 0.009 0.124 0.024 0.004 0.170 5 I 0.020 0.008 0.313 0.006 0.002 0.004 0.004 0.001 0.052 0.029 0.007 0.504 0.049 6 T 0.025 0.009 0.095 0.005 0.001 0.004 0.012 0.002 0.046 0.016 0.002 0.013 0.771 7 Y 0.017 0.003 0.094 0.008 0.001 0.002 0.010 0.002 0.059 0.012 0.001 0.767 0.024 8 R 0.014 0.004 0.177 0.013 0.001 0.002 0.010 0.002 0.086 0.009 0.002 0.014 0.667 9 T 0.022 0.009 0.255 0.048 0.004 0.005 0.016 0.004 0.106 0.058 0.011 0.394 0.066 10 T 0.022 0.010 0.284 0.009 0.003 0.004 0.011 0.001 0.081 0.051 0.006 0.056 0.461 11 V 0.007 0.036 0.526 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.047 0.059 0.002 0.212 0.096 12 Q 0.001 0.013 0.772 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 0.012 0.036 0.002 0.007 0.140 13 E 0.001 0.002 0.071 0.008 0.284 0.325 0.001 0.001 0.002 0.057 0.231 0.005 0.013 14 D 0.002 0.001 0.032 0.004 0.337 0.362 0.001 0.001 0.002 0.036 0.216 0.003 0.005 15 W 0.005 0.005 0.045 0.001 0.341 0.470 0.001 0.001 0.004 0.028 0.065 0.010 0.024 16 V 0.013 0.017 0.061 0.002 0.039 0.754 0.001 0.004 0.011 0.026 0.028 0.007 0.038 17 D 0.015 0.015 0.097 0.003 0.026 0.697 0.001 0.003 0.007 0.027 0.058 0.023 0.029 18 Y 0.011 0.003 0.032 0.002 0.019 0.682 0.001 0.001 0.002 0.046 0.187 0.005 0.009 19 N 0.006 0.003 0.045 0.004 0.018 0.538 0.001 0.001 0.002 0.063 0.305 0.004 0.009 20 G 0.010 0.006 0.131 0.002 0.029 0.421 0.001 0.003 0.005 0.102 0.256 0.021 0.013 21 H 0.021 0.010 0.187 0.003 0.028 0.516 0.002 0.008 0.006 0.089 0.081 0.016 0.035 22 L 0.020 0.030 0.111 0.003 0.029 0.583 0.002 0.010 0.013 0.067 0.064 0.019 0.049 23 R 0.015 0.014 0.121 0.007 0.020 0.623 0.002 0.005 0.006 0.067 0.088 0.014 0.017 24 D 0.004 0.003 0.062 0.002 0.016 0.749 0.001 0.001 0.002 0.061 0.089 0.003 0.007 25 A 0.005 0.002 0.033 0.001 0.017 0.857 0.001 0.001 0.002 0.022 0.053 0.002 0.006 26 F 0.005 0.003 0.016 0.001 0.012 0.926 0.001 0.001 0.002 0.010 0.020 0.002 0.003 27 Y 0.006 0.001 0.007 0.001 0.007 0.955 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.001 0.004 28 L 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 29 L 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 0.838 0.001 0.001 0.001 0.007 0.120 0.001 0.001 42 I 0.001 0.002 0.011 0.001 0.022 0.314 0.001 0.001 0.002 0.060 0.589 0.001 0.001 43 G 0.001 0.002 0.084 0.001 0.007 0.036 0.001 0.001 0.005 0.041 0.824 0.001 0.001 44 L 0.001 0.029 0.740 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 0.194 0.013 0.001 0.005 45 D 0.001 0.014 0.850 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.116 0.003 0.001 0.004 46 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 47 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 48 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 49 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 50 G 0.001 0.002 0.006 0.001 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 51 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.872 0.001 0.001 0.001 0.007 0.105 0.001 0.001 52 S 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.473 0.001 0.001 0.001 0.036 0.466 0.001 0.001 53 G 0.001 0.001 0.091 0.001 0.006 0.114 0.001 0.001 0.001 0.130 0.653 0.002 0.001 54 N 0.001 0.007 0.654 0.001 0.005 0.103 0.001 0.001 0.004 0.145 0.043 0.005 0.031 55 S 0.004 0.029 0.503 0.005 0.005 0.121 0.001 0.001 0.033 0.186 0.021 0.052 0.037 56 L 0.049 0.016 0.177 0.006 0.014 0.365 0.013 0.011 0.058 0.065 0.018 0.045 0.164 57 F 0.208 0.007 0.098 0.021 0.022 0.322 0.050 0.031 0.060 0.018 0.011 0.070 0.081 58 T 0.297 0.005 0.047 0.013 0.021 0.271 0.067 0.034 0.047 0.014 0.013 0.055 0.115 59 L 0.386 0.004 0.033 0.031 0.016 0.231 0.073 0.023 0.042 0.012 0.009 0.040 0.101 60 E 0.359 0.002 0.061 0.066 0.017 0.177 0.062 0.008 0.035 0.017 0.013 0.090 0.092 61 A 0.394 0.002 0.047 0.037 0.013 0.188 0.049 0.004 0.022 0.018 0.027 0.065 0.135 62 H 0.298 0.005 0.056 0.013 0.021 0.300 0.037 0.007 0.024 0.018 0.036 0.057 0.127 63 I 0.302 0.006 0.052 0.030 0.031 0.274 0.036 0.005 0.012 0.020 0.037 0.058 0.136 64 N 0.249 0.004 0.062 0.021 0.029 0.277 0.023 0.004 0.007 0.030 0.051 0.176 0.066 65 Y 0.146 0.010 0.067 0.015 0.031 0.191 0.021 0.003 0.016 0.044 0.100 0.031 0.325 66 L 0.102 0.020 0.170 0.061 0.042 0.156 0.013 0.004 0.015 0.082 0.079 0.087 0.171 67 H 0.031 0.007 0.241 0.021 0.042 0.097 0.006 0.001 0.018 0.202 0.072 0.182 0.080 68 E 0.013 0.035 0.318 0.020 0.040 0.037 0.004 0.001 0.036 0.090 0.084 0.017 0.306 69 V 0.020 0.123 0.410 0.011 0.012 0.008 0.006 0.001 0.029 0.071 0.044 0.213 0.054 70 K 0.003 0.041 0.690 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.067 0.037 0.012 0.125 71 L 0.001 0.003 0.036 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.866 0.007 0.005 72 G 0.001 0.001 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.894 0.001 0.004 73 T 0.007 0.005 0.432 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.409 0.091 0.025 0.022 74 E 0.073 0.013 0.240 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.062 0.008 0.028 0.553 75 V 0.291 0.004 0.038 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.005 0.005 0.001 0.571 0.057 76 W 0.592 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.338 77 V 0.702 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.033 78 Q 0.802 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.140 79 T 0.884 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.036 80 Q 0.871 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.054 81 I 0.581 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.359 82 L 0.520 0.001 0.020 0.126 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.006 0.002 0.212 0.086 83 G 0.156 0.003 0.061 0.019 0.006 0.002 0.009 0.001 0.003 0.033 0.010 0.092 0.606 84 F 0.056 0.008 0.115 0.014 0.040 0.021 0.004 0.001 0.002 0.114 0.218 0.159 0.250 85 D 0.005 0.007 0.063 0.025 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.146 0.655 0.043 0.024 86 R 0.012 0.002 0.149 0.046 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.240 0.422 0.016 0.091 87 K 0.192 0.009 0.149 0.009 0.004 0.006 0.010 0.001 0.001 0.062 0.028 0.284 0.246 88 R 0.336 0.014 0.028 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.005 0.003 0.068 0.505 89 L 0.691 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.175 0.070 90 H 0.798 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.119 91 V 0.875 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.044 92 Y 0.858 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.083 93 H 0.804 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.115 0.048 94 S 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.095 95 L 0.814 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.094 0.052 96 H 0.636 0.002 0.016 0.011 0.001 0.001 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.260 97 R 0.111 0.005 0.185 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.012 0.002 0.150 0.522 98 A 0.009 0.002 0.056 0.006 0.016 0.018 0.001 0.001 0.001 0.078 0.749 0.004 0.061 99 G 0.002 0.002 0.021 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.074 0.850 0.028 0.006 100 F 0.001 0.001 0.043 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.104 0.825 0.005 0.012 101 D 0.003 0.002 0.229 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.146 0.573 0.003 0.032 102 E 0.079 0.023 0.121 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.025 0.003 0.571 0.168 103 V 0.026 0.009 0.019 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.932 104 L 0.059 0.001 0.014 0.725 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.161 0.022 105 A 0.358 0.001 0.015 0.005 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 0.004 0.001 0.194 0.381 106 A 0.404 0.001 0.017 0.045 0.004 0.005 0.027 0.001 0.001 0.007 0.004 0.072 0.414 107 S 0.489 0.002 0.021 0.016 0.004 0.005 0.023 0.001 0.002 0.006 0.005 0.274 0.152 108 E 0.658 0.001 0.011 0.023 0.001 0.002 0.014 0.001 0.004 0.004 0.001 0.156 0.124 109 Q 0.540 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.002 0.002 0.058 0.362 110 M 0.355 0.001 0.007 0.520 0.001 0.001 0.013 0.001 0.006 0.004 0.001 0.053 0.039 111 L 0.570 0.001 0.018 0.077 0.001 0.003 0.025 0.001 0.006 0.010 0.002 0.109 0.178 112 L 0.736 0.001 0.011 0.007 0.001 0.003 0.060 0.004 0.005 0.002 0.001 0.038 0.131 113 H 0.758 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.064 0.007 0.009 0.001 0.001 0.090 0.055 114 V 0.726 0.008 0.016 0.002 0.001 0.003 0.051 0.005 0.006 0.002 0.001 0.031 0.151 115 D 0.100 0.010 0.413 0.007 0.001 0.009 0.011 0.001 0.020 0.024 0.006 0.076 0.323 116 L 0.002 0.001 0.040 0.002 0.036 0.025 0.001 0.001 0.001 0.096 0.784 0.002 0.010 117 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.021 0.015 0.001 0.001 0.001 0.055 0.884 0.002 0.002 118 G 0.001 0.005 0.138 0.001 0.029 0.022 0.001 0.001 0.001 0.206 0.580 0.008 0.009 119 P 0.001 0.018 0.462 0.007 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.189 0.261 0.003 0.039 120 Q 0.002 0.037 0.582 0.003 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 0.125 0.007 0.178 0.049 121 S 0.001 0.049 0.451 0.006 0.004 0.013 0.001 0.001 0.003 0.025 0.005 0.003 0.438 122 A 0.001 0.039 0.488 0.028 0.008 0.033 0.002 0.001 0.006 0.092 0.017 0.262 0.023 123 P 0.001 0.039 0.597 0.002 0.008 0.019 0.001 0.001 0.005 0.103 0.023 0.007 0.194 124 F 0.001 0.008 0.857 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.004 0.066 0.010 0.018 0.010 125 G 0.001 0.001 0.905 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.001 0.004 126 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 127 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 128 T 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 129 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 130 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 131 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 132 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 133 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 134 H 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 136 V 0.001 0.001 0.022 0.001 0.017 0.902 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.001 0.001 137 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.032 0.844 0.001 0.001 0.001 0.013 0.080 0.001 0.001 138 Q 0.001 0.001 0.028 0.001 0.040 0.729 0.001 0.001 0.001 0.025 0.177 0.001 0.001 139 Q 0.001 0.003 0.124 0.001 0.060 0.516 0.001 0.001 0.001 0.068 0.227 0.001 0.001 140 E 0.001 0.007 0.207 0.001 0.099 0.350 0.001 0.001 0.002 0.088 0.242 0.001 0.003 141 G 0.001 0.015 0.217 0.001 0.109 0.326 0.001 0.001 0.002 0.132 0.189 0.002 0.005 142 A 0.001 0.005 0.351 0.001 0.038 0.222 0.001 0.001 0.002 0.288 0.080 0.007 0.005 143 Q 0.001 0.016 0.599 0.001 0.036 0.123 0.001 0.001 0.003 0.089 0.122 0.001 0.010 144 A 0.001 0.013 0.672 0.001 0.013 0.075 0.001 0.001 0.004 0.181 0.032 0.008 0.003 145 P 0.001 0.012 0.691 0.001 0.042 0.119 0.001 0.001 0.003 0.063 0.058 0.001 0.010 146 Q 0.001 0.007 0.155 0.001 0.199 0.295 0.001 0.001 0.003 0.089 0.245 0.002 0.002 147 Y 0.001 0.006 0.107 0.001 0.251 0.286 0.001 0.001 0.004 0.080 0.254 0.004 0.006 148 M 0.002 0.012 0.204 0.003 0.215 0.287 0.001 0.001 0.008 0.082 0.162 0.005 0.017 149 G 0.006 0.013 0.227 0.008 0.084 0.261 0.002 0.003 0.017 0.125 0.214 0.017 0.025 150 R 0.021 0.025 0.331 0.006 0.042 0.251 0.005 0.002 0.024 0.102 0.087 0.040 0.066 151 T 0.071 0.039 0.222 0.008 0.045 0.191 0.019 0.003 0.031 0.071 0.072 0.051 0.176 152 I 0.049 0.022 0.221 0.019 0.035 0.204 0.018 0.005 0.032 0.127 0.094 0.100 0.072 153 K 0.032 0.016 0.305 0.013 0.019 0.102 0.010 0.001 0.027 0.181 0.064 0.083 0.149 154 L 0.004 0.012 0.552 0.002 0.007 0.048 0.004 0.001 0.020 0.163 0.026 0.079 0.083 155 P 0.001 0.015 0.867 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.014 0.017 0.015 0.005 0.048 156 A 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003