# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.236 0.145 0.064 0.105 0.073 0.068 0.077 0.070 0.067 0.055 0.041 2 P 0.392 0.202 0.073 0.112 0.079 0.051 0.044 0.021 0.014 0.008 0.003 3 A 0.360 0.166 0.085 0.147 0.097 0.060 0.046 0.020 0.011 0.005 0.003 4 L 0.109 0.090 0.059 0.128 0.118 0.108 0.127 0.092 0.078 0.058 0.033 5 I 0.047 0.037 0.054 0.094 0.108 0.124 0.181 0.125 0.106 0.072 0.052 6 T 0.102 0.142 0.169 0.274 0.139 0.073 0.050 0.025 0.015 0.008 0.003 7 Y 0.025 0.033 0.038 0.075 0.105 0.140 0.221 0.156 0.108 0.067 0.034 8 R 0.139 0.183 0.165 0.287 0.131 0.051 0.027 0.010 0.005 0.002 0.002 9 T 0.036 0.038 0.037 0.071 0.090 0.127 0.225 0.129 0.118 0.082 0.047 10 T 0.114 0.264 0.141 0.304 0.120 0.036 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 11 V 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 0.011 0.052 0.095 0.210 0.267 0.350 12 Q 0.035 0.184 0.123 0.312 0.197 0.086 0.044 0.011 0.005 0.002 0.001 13 E 0.245 0.163 0.068 0.207 0.142 0.088 0.053 0.018 0.009 0.004 0.002 14 D 0.240 0.128 0.064 0.175 0.111 0.092 0.084 0.045 0.031 0.018 0.012 15 W 0.034 0.037 0.026 0.084 0.097 0.132 0.214 0.141 0.123 0.073 0.040 16 V 0.011 0.012 0.011 0.025 0.026 0.040 0.097 0.134 0.198 0.212 0.234 17 D 0.010 0.032 0.035 0.098 0.116 0.145 0.211 0.141 0.108 0.063 0.040 18 Y 0.014 0.020 0.020 0.062 0.085 0.114 0.197 0.160 0.152 0.108 0.068 19 N 0.059 0.032 0.017 0.070 0.088 0.112 0.156 0.129 0.142 0.114 0.080 20 G 0.036 0.030 0.017 0.076 0.089 0.118 0.185 0.156 0.145 0.095 0.053 21 H 0.015 0.022 0.022 0.044 0.050 0.067 0.153 0.167 0.194 0.159 0.105 22 L 0.015 0.011 0.021 0.032 0.030 0.042 0.107 0.130 0.184 0.207 0.222 23 R 0.009 0.023 0.048 0.109 0.149 0.155 0.211 0.124 0.094 0.052 0.025 24 D 0.011 0.022 0.054 0.073 0.066 0.086 0.172 0.139 0.167 0.131 0.078 25 A 0.020 0.011 0.033 0.040 0.045 0.070 0.159 0.151 0.185 0.162 0.123 26 F 0.008 0.010 0.046 0.054 0.060 0.111 0.304 0.174 0.127 0.071 0.035 27 Y 0.002 0.005 0.043 0.028 0.028 0.038 0.149 0.173 0.212 0.197 0.125 28 L 0.004 0.007 0.072 0.043 0.039 0.055 0.126 0.126 0.176 0.191 0.160 29 L 0.008 0.011 0.101 0.090 0.111 0.127 0.199 0.138 0.115 0.068 0.032 30 I 0.001 0.007 0.055 0.024 0.024 0.041 0.144 0.177 0.221 0.191 0.114 31 F 0.002 0.006 0.041 0.026 0.027 0.041 0.158 0.177 0.226 0.188 0.108 32 S 0.039 0.050 0.198 0.116 0.107 0.113 0.170 0.082 0.067 0.037 0.021 33 Y 0.039 0.043 0.223 0.154 0.124 0.117 0.153 0.070 0.044 0.023 0.011 34 A 0.002 0.005 0.038 0.016 0.013 0.019 0.076 0.113 0.216 0.261 0.241 35 T 0.001 0.002 0.008 0.013 0.026 0.083 0.304 0.206 0.174 0.116 0.069 36 D 0.011 0.020 0.262 0.194 0.180 0.154 0.104 0.037 0.023 0.011 0.005 37 A 0.010 0.019 0.075 0.091 0.126 0.178 0.260 0.110 0.063 0.040 0.029 38 L 0.001 0.001 0.009 0.008 0.006 0.009 0.049 0.102 0.241 0.292 0.281 39 M 0.001 0.001 0.013 0.010 0.016 0.034 0.127 0.149 0.206 0.233 0.211 40 D 0.004 0.015 0.390 0.218 0.164 0.106 0.061 0.023 0.011 0.005 0.003 41 R 0.002 0.012 0.060 0.068 0.113 0.220 0.292 0.116 0.066 0.035 0.015 42 I 0.003 0.003 0.003 0.006 0.008 0.015 0.072 0.140 0.259 0.300 0.191 43 G 0.080 0.066 0.034 0.087 0.086 0.115 0.191 0.118 0.101 0.071 0.050 44 L 0.009 0.014 0.021 0.031 0.039 0.054 0.120 0.153 0.196 0.208 0.156 45 D 0.073 0.261 0.079 0.196 0.144 0.094 0.077 0.035 0.023 0.012 0.007 46 A 0.109 0.055 0.035 0.086 0.086 0.107 0.136 0.108 0.118 0.093 0.068 47 D 0.479 0.139 0.068 0.121 0.068 0.040 0.033 0.017 0.017 0.011 0.008 48 S 0.097 0.076 0.057 0.116 0.093 0.114 0.164 0.102 0.091 0.054 0.037 49 R 0.038 0.028 0.026 0.060 0.063 0.103 0.174 0.148 0.138 0.119 0.102 50 G 0.064 0.087 0.111 0.153 0.118 0.121 0.125 0.077 0.061 0.045 0.039 51 Q 0.072 0.097 0.236 0.161 0.124 0.097 0.087 0.045 0.038 0.025 0.018 52 S 0.126 0.100 0.072 0.150 0.133 0.111 0.126 0.068 0.054 0.037 0.022 53 G 0.316 0.156 0.066 0.146 0.107 0.081 0.058 0.027 0.021 0.013 0.009 54 N 0.013 0.036 0.028 0.092 0.150 0.162 0.196 0.134 0.101 0.057 0.030 55 S 0.015 0.034 0.017 0.068 0.094 0.126 0.190 0.148 0.134 0.097 0.077 56 L 0.014 0.009 0.006 0.025 0.042 0.074 0.168 0.169 0.203 0.165 0.123 57 F 0.015 0.011 0.009 0.035 0.051 0.073 0.177 0.165 0.178 0.150 0.136 58 T 0.003 0.011 0.008 0.025 0.027 0.037 0.094 0.143 0.214 0.219 0.221 59 L 0.005 0.005 0.006 0.021 0.029 0.049 0.122 0.154 0.219 0.219 0.171 60 E 0.039 0.027 0.059 0.111 0.141 0.170 0.204 0.104 0.071 0.045 0.028 61 A 0.007 0.017 0.054 0.082 0.076 0.092 0.206 0.162 0.137 0.105 0.062 62 H 0.003 0.010 0.030 0.036 0.032 0.041 0.107 0.125 0.192 0.215 0.209 63 I 0.006 0.006 0.022 0.022 0.020 0.031 0.111 0.146 0.213 0.231 0.191 64 N 0.020 0.048 0.218 0.247 0.222 0.133 0.071 0.024 0.011 0.004 0.002 65 Y 0.002 0.007 0.025 0.028 0.032 0.049 0.149 0.152 0.212 0.196 0.148 66 L 0.009 0.007 0.015 0.052 0.073 0.107 0.204 0.179 0.186 0.109 0.059 67 H 0.067 0.081 0.189 0.181 0.139 0.137 0.124 0.043 0.024 0.011 0.005 68 E 0.045 0.073 0.144 0.154 0.137 0.134 0.149 0.075 0.050 0.027 0.012 69 V 0.009 0.006 0.007 0.013 0.014 0.021 0.069 0.112 0.181 0.246 0.322 70 K 0.121 0.214 0.151 0.189 0.141 0.085 0.059 0.020 0.012 0.006 0.003 71 L 0.076 0.082 0.088 0.170 0.124 0.123 0.147 0.083 0.058 0.033 0.017 72 G 0.565 0.196 0.065 0.093 0.046 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 73 T 0.035 0.061 0.041 0.177 0.146 0.162 0.208 0.091 0.047 0.021 0.010 74 E 0.163 0.233 0.146 0.275 0.122 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 75 V 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.081 0.164 0.281 0.261 0.194 76 W 0.003 0.039 0.069 0.454 0.296 0.104 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.082 0.242 0.321 0.320 78 Q 0.004 0.023 0.037 0.452 0.316 0.122 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 79 T 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.058 0.127 0.301 0.303 0.191 80 Q 0.009 0.039 0.047 0.423 0.297 0.117 0.050 0.012 0.005 0.001 0.001 81 I 0.002 0.007 0.005 0.012 0.011 0.018 0.073 0.128 0.243 0.272 0.230 82 L 0.007 0.027 0.032 0.234 0.264 0.179 0.132 0.067 0.041 0.012 0.004 83 G 0.119 0.206 0.049 0.183 0.133 0.121 0.108 0.048 0.023 0.007 0.002 84 F 0.026 0.037 0.026 0.095 0.094 0.099 0.152 0.153 0.152 0.111 0.053 85 D 0.209 0.263 0.073 0.205 0.113 0.066 0.042 0.016 0.008 0.003 0.001 86 R 0.261 0.189 0.066 0.211 0.137 0.067 0.041 0.015 0.008 0.003 0.001 87 K 0.110 0.101 0.052 0.150 0.115 0.126 0.157 0.091 0.059 0.028 0.011 88 R 0.017 0.052 0.042 0.193 0.215 0.202 0.164 0.063 0.033 0.014 0.005 89 L 0.003 0.003 0.005 0.010 0.014 0.026 0.125 0.200 0.260 0.226 0.129 90 H 0.002 0.012 0.033 0.188 0.240 0.224 0.156 0.074 0.041 0.021 0.008 91 V 0.001 0.002 0.008 0.008 0.009 0.015 0.082 0.153 0.270 0.283 0.170 92 Y 0.001 0.004 0.011 0.081 0.113 0.159 0.224 0.162 0.127 0.078 0.040 93 H 0.001 0.004 0.016 0.016 0.020 0.040 0.151 0.199 0.270 0.201 0.081 94 S 0.002 0.011 0.031 0.164 0.204 0.168 0.191 0.120 0.068 0.029 0.010 95 L 0.002 0.003 0.012 0.011 0.011 0.017 0.072 0.128 0.257 0.286 0.200 96 H 0.002 0.009 0.021 0.131 0.207 0.193 0.217 0.118 0.071 0.025 0.007 97 R 0.020 0.053 0.053 0.117 0.115 0.162 0.230 0.127 0.080 0.032 0.010 98 A 0.048 0.057 0.049 0.128 0.130 0.143 0.188 0.120 0.076 0.045 0.016 99 G 0.420 0.290 0.052 0.100 0.053 0.032 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 100 F 0.210 0.222 0.054 0.149 0.114 0.083 0.074 0.042 0.027 0.016 0.007 101 D 0.338 0.189 0.060 0.153 0.113 0.070 0.043 0.017 0.010 0.004 0.002 102 E 0.066 0.125 0.065 0.229 0.208 0.142 0.101 0.036 0.018 0.007 0.003 103 V 0.010 0.017 0.015 0.052 0.076 0.127 0.240 0.192 0.145 0.085 0.039 104 L 0.005 0.005 0.010 0.031 0.055 0.094 0.190 0.169 0.186 0.148 0.107 105 A 0.010 0.011 0.047 0.038 0.039 0.063 0.186 0.171 0.183 0.155 0.097 106 A 0.004 0.016 0.040 0.186 0.191 0.178 0.169 0.095 0.065 0.039 0.018 107 S 0.011 0.007 0.030 0.015 0.013 0.020 0.089 0.130 0.224 0.255 0.206 108 E 0.006 0.007 0.040 0.089 0.104 0.134 0.233 0.143 0.116 0.080 0.047 109 Q 0.004 0.010 0.118 0.040 0.036 0.048 0.150 0.142 0.188 0.163 0.102 110 M 0.003 0.005 0.023 0.043 0.054 0.097 0.223 0.189 0.162 0.132 0.070 111 L 0.003 0.007 0.028 0.024 0.029 0.056 0.155 0.169 0.216 0.191 0.122 112 L 0.002 0.004 0.016 0.019 0.019 0.029 0.097 0.161 0.249 0.243 0.160 113 H 0.003 0.008 0.019 0.037 0.051 0.087 0.195 0.188 0.194 0.139 0.080 114 V 0.004 0.009 0.024 0.024 0.026 0.037 0.109 0.145 0.229 0.226 0.165 115 D 0.015 0.036 0.042 0.154 0.180 0.161 0.185 0.111 0.071 0.032 0.013 116 L 0.027 0.043 0.041 0.097 0.099 0.118 0.185 0.140 0.131 0.083 0.036 117 A 0.220 0.147 0.093 0.187 0.134 0.081 0.068 0.035 0.022 0.010 0.003 118 G 0.270 0.166 0.046 0.132 0.097 0.081 0.091 0.053 0.035 0.019 0.009 119 P 0.298 0.177 0.059 0.131 0.096 0.071 0.065 0.042 0.031 0.020 0.010 120 Q 0.206 0.209 0.051 0.145 0.121 0.093 0.082 0.042 0.028 0.015 0.008 121 S 0.199 0.084 0.027 0.076 0.074 0.066 0.100 0.102 0.111 0.091 0.069 122 A 0.205 0.104 0.032 0.116 0.113 0.099 0.121 0.081 0.067 0.041 0.022 123 P 0.314 0.154 0.058 0.123 0.096 0.069 0.074 0.045 0.034 0.021 0.011 124 F 0.025 0.036 0.015 0.047 0.059 0.081 0.141 0.160 0.176 0.156 0.104 125 G 0.093 0.151 0.052 0.121 0.126 0.119 0.129 0.081 0.064 0.038 0.024 126 H 0.480 0.144 0.095 0.130 0.070 0.039 0.024 0.009 0.006 0.003 0.001 127 T 0.216 0.170 0.086 0.175 0.127 0.090 0.071 0.030 0.019 0.009 0.006 128 T 0.005 0.014 0.018 0.035 0.033 0.055 0.149 0.183 0.211 0.169 0.127 129 V 0.011 0.011 0.033 0.075 0.124 0.206 0.267 0.126 0.081 0.043 0.022 130 C 0.042 0.059 0.629 0.143 0.058 0.033 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 131 R 0.001 0.008 0.046 0.093 0.120 0.191 0.275 0.133 0.075 0.042 0.016 132 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.005 0.009 0.055 0.098 0.216 0.303 0.292 133 N 0.011 0.015 0.354 0.251 0.171 0.108 0.065 0.015 0.006 0.002 0.001 134 H 0.008 0.028 0.609 0.176 0.098 0.053 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.011 0.006 0.011 0.046 0.225 0.198 0.215 0.179 0.106 136 V 0.004 0.006 0.057 0.049 0.068 0.118 0.327 0.179 0.119 0.055 0.018 137 E 0.016 0.027 0.857 0.066 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.015 0.042 0.285 0.145 0.146 0.164 0.135 0.037 0.018 0.009 0.004 139 Q 0.009 0.010 0.047 0.021 0.027 0.050 0.173 0.172 0.214 0.171 0.106 140 E 0.131 0.123 0.418 0.144 0.088 0.049 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 141 G 0.156 0.148 0.473 0.113 0.056 0.027 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 142 A 0.050 0.051 0.053 0.079 0.104 0.137 0.211 0.111 0.098 0.064 0.040 143 Q 0.652 0.172 0.069 0.055 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 144 A 0.061 0.101 0.071 0.102 0.098 0.112 0.158 0.101 0.097 0.063 0.037 145 P 0.100 0.075 0.053 0.083 0.102 0.127 0.161 0.109 0.091 0.059 0.040 146 Q 0.401 0.198 0.126 0.160 0.066 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 147 Y 0.091 0.111 0.140 0.188 0.159 0.148 0.099 0.033 0.019 0.008 0.004 148 M 0.053 0.043 0.040 0.076 0.070 0.070 0.108 0.127 0.150 0.134 0.129 149 G 0.194 0.128 0.052 0.109 0.119 0.111 0.114 0.066 0.053 0.031 0.022 150 R 0.094 0.096 0.144 0.156 0.132 0.115 0.108 0.061 0.048 0.028 0.017 151 T 0.059 0.065 0.032 0.098 0.136 0.147 0.215 0.106 0.072 0.046 0.025 152 I 0.075 0.045 0.043 0.054 0.041 0.043 0.092 0.109 0.158 0.179 0.161 153 K 0.233 0.210 0.127 0.178 0.111 0.065 0.041 0.016 0.011 0.006 0.003 154 L 0.096 0.060 0.061 0.080 0.067 0.100 0.144 0.127 0.119 0.093 0.052 155 P 0.264 0.251 0.066 0.128 0.097 0.060 0.055 0.033 0.022 0.015 0.008 156 A 0.257 0.103 0.034 0.095 0.098 0.079 0.099 0.074 0.069 0.053 0.038