# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.012 0.051 0.039 0.068 0.080 0.014 0.633 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.990 3 A 0.028 0.002 0.028 0.040 0.067 0.084 0.007 0.744 4 L 0.089 0.003 0.035 0.036 0.042 0.056 0.007 0.732 5 I 0.120 0.003 0.162 0.214 0.244 0.069 0.007 0.180 6 T 0.021 0.003 0.146 0.181 0.203 0.049 0.002 0.394 7 Y 0.009 0.003 0.184 0.239 0.353 0.032 0.002 0.177 8 R 0.006 0.002 0.123 0.206 0.293 0.042 0.002 0.326 9 T 0.010 0.004 0.108 0.242 0.354 0.047 0.004 0.231 10 T 0.028 0.003 0.121 0.156 0.261 0.061 0.004 0.365 11 V 0.014 0.005 0.069 0.173 0.202 0.063 0.003 0.472 12 Q 0.011 0.009 0.050 0.134 0.319 0.107 0.003 0.366 13 E 0.006 0.005 0.010 0.016 0.050 0.032 0.002 0.879 14 D 0.028 0.026 0.016 0.023 0.033 0.233 0.008 0.633 15 W 0.369 0.040 0.013 0.017 0.027 0.171 0.015 0.349 16 V 0.148 0.305 0.077 0.073 0.078 0.075 0.014 0.230 17 D 0.022 0.396 0.062 0.096 0.137 0.049 0.011 0.227 18 Y 0.046 0.444 0.098 0.055 0.092 0.037 0.016 0.213 19 N 0.064 0.220 0.033 0.024 0.046 0.404 0.042 0.167 20 G 0.589 0.081 0.020 0.013 0.010 0.052 0.065 0.168 21 H 0.123 0.237 0.113 0.017 0.019 0.234 0.017 0.241 22 L 0.057 0.229 0.085 0.042 0.085 0.173 0.019 0.308 23 R 0.065 0.303 0.031 0.039 0.074 0.146 0.012 0.329 24 D 0.071 0.272 0.025 0.035 0.059 0.125 0.019 0.395 25 A 0.079 0.481 0.034 0.025 0.038 0.098 0.012 0.233 26 F 0.039 0.553 0.014 0.035 0.041 0.112 0.015 0.191 27 Y 0.039 0.713 0.018 0.035 0.043 0.044 0.008 0.100 28 L 0.016 0.844 0.011 0.024 0.033 0.013 0.003 0.057 29 L 0.014 0.830 0.011 0.030 0.035 0.015 0.004 0.061 30 I 0.007 0.922 0.006 0.012 0.015 0.005 0.002 0.030 31 F 0.013 0.901 0.007 0.011 0.023 0.005 0.005 0.035 32 S 0.022 0.862 0.005 0.005 0.009 0.012 0.007 0.077 33 Y 0.030 0.875 0.003 0.003 0.003 0.009 0.007 0.070 34 A 0.033 0.882 0.003 0.002 0.002 0.009 0.008 0.061 35 T 0.018 0.886 0.006 0.002 0.004 0.007 0.008 0.068 36 D 0.014 0.897 0.004 0.002 0.003 0.004 0.005 0.071 37 A 0.012 0.902 0.007 0.001 0.002 0.013 0.005 0.057 38 L 0.018 0.924 0.002 0.001 0.002 0.013 0.005 0.035 39 M 0.018 0.945 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.022 40 D 0.029 0.920 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 0.029 41 R 0.143 0.751 0.026 0.003 0.002 0.004 0.035 0.036 42 I 0.119 0.747 0.033 0.012 0.007 0.004 0.042 0.037 43 G 0.251 0.141 0.144 0.026 0.021 0.019 0.112 0.287 44 L 0.063 0.035 0.709 0.023 0.022 0.033 0.009 0.106 45 D 0.017 0.041 0.087 0.026 0.039 0.149 0.006 0.636 46 A 0.013 0.016 0.040 0.006 0.021 0.034 0.002 0.868 47 D 0.012 0.031 0.022 0.006 0.011 0.528 0.004 0.386 48 S 0.143 0.041 0.009 0.004 0.008 0.585 0.011 0.198 49 R 0.144 0.592 0.007 0.008 0.015 0.050 0.005 0.179 50 G 0.078 0.554 0.010 0.014 0.031 0.066 0.018 0.229 51 Q 0.178 0.557 0.020 0.016 0.020 0.046 0.025 0.138 52 S 0.206 0.460 0.013 0.022 0.029 0.028 0.060 0.183 53 G 0.434 0.106 0.032 0.031 0.030 0.019 0.130 0.219 54 N 0.238 0.042 0.147 0.031 0.038 0.122 0.044 0.337 55 S 0.050 0.019 0.081 0.060 0.070 0.146 0.015 0.558 56 L 0.041 0.020 0.076 0.079 0.125 0.096 0.006 0.556 57 F 0.032 0.017 0.164 0.187 0.199 0.118 0.006 0.276 58 T 0.016 0.017 0.081 0.140 0.163 0.102 0.003 0.479 59 L 0.009 0.055 0.065 0.277 0.428 0.041 0.002 0.122 60 E 0.018 0.105 0.044 0.170 0.384 0.105 0.004 0.169 61 A 0.051 0.213 0.033 0.196 0.262 0.088 0.011 0.145 62 H 0.125 0.301 0.033 0.144 0.203 0.052 0.018 0.123 63 I 0.058 0.430 0.043 0.130 0.176 0.028 0.013 0.123 64 N 0.027 0.462 0.036 0.159 0.175 0.024 0.013 0.103 65 Y 0.065 0.382 0.025 0.092 0.153 0.034 0.028 0.221 66 L 0.089 0.389 0.052 0.068 0.177 0.041 0.017 0.169 67 H 0.062 0.254 0.031 0.099 0.125 0.090 0.029 0.310 68 E 0.079 0.164 0.012 0.025 0.032 0.036 0.022 0.630 69 V 0.236 0.226 0.052 0.055 0.091 0.053 0.037 0.250 70 K 0.127 0.173 0.030 0.084 0.073 0.123 0.038 0.352 71 L 0.063 0.107 0.058 0.082 0.109 0.047 0.036 0.498 72 G 0.137 0.057 0.053 0.084 0.101 0.071 0.097 0.401 73 T 0.297 0.009 0.069 0.071 0.054 0.110 0.041 0.349 74 E 0.004 0.001 0.021 0.027 0.021 0.031 0.002 0.892 75 V 0.041 0.001 0.065 0.235 0.473 0.079 0.003 0.104 76 W 0.013 0.001 0.123 0.347 0.319 0.034 0.002 0.162 77 V 0.002 0.001 0.085 0.429 0.386 0.011 0.001 0.086 78 Q 0.001 0.001 0.207 0.286 0.469 0.007 0.001 0.028 79 T 0.001 0.001 0.095 0.367 0.453 0.011 0.001 0.072 80 Q 0.002 0.001 0.177 0.237 0.529 0.015 0.001 0.039 81 I 0.007 0.002 0.105 0.214 0.520 0.044 0.001 0.106 82 L 0.010 0.005 0.095 0.256 0.507 0.040 0.003 0.083 83 G 0.029 0.010 0.032 0.172 0.267 0.077 0.010 0.403 84 F 0.088 0.015 0.072 0.097 0.237 0.100 0.015 0.376 85 D 0.042 0.025 0.014 0.068 0.110 0.166 0.013 0.562 86 R 0.078 0.026 0.014 0.025 0.060 0.126 0.023 0.648 87 K 0.109 0.063 0.018 0.033 0.034 0.303 0.025 0.415 88 R 0.225 0.069 0.026 0.031 0.041 0.231 0.029 0.348 89 L 0.069 0.255 0.073 0.116 0.098 0.077 0.011 0.300 90 H 0.030 0.117 0.083 0.176 0.228 0.099 0.009 0.259 91 V 0.023 0.143 0.058 0.176 0.251 0.063 0.005 0.281 92 Y 0.017 0.199 0.060 0.175 0.412 0.040 0.005 0.093 93 H 0.020 0.296 0.040 0.245 0.250 0.041 0.008 0.100 94 S 0.044 0.406 0.041 0.140 0.249 0.030 0.009 0.080 95 L 0.059 0.307 0.033 0.177 0.281 0.027 0.015 0.102 96 H 0.064 0.319 0.033 0.179 0.211 0.025 0.018 0.152 97 R 0.079 0.233 0.025 0.123 0.181 0.033 0.036 0.290 98 A 0.114 0.152 0.038 0.070 0.142 0.054 0.042 0.389 99 G 0.065 0.047 0.010 0.024 0.033 0.130 0.045 0.646 100 F 0.112 0.027 0.017 0.019 0.016 0.119 0.051 0.639 101 D 0.128 0.050 0.030 0.027 0.016 0.104 0.038 0.608 102 E 0.200 0.017 0.037 0.025 0.052 0.290 0.010 0.370 103 V 0.049 0.039 0.031 0.121 0.174 0.170 0.004 0.412 104 L 0.031 0.072 0.029 0.199 0.437 0.091 0.002 0.138 105 A 0.017 0.173 0.020 0.309 0.353 0.044 0.003 0.082 106 A 0.022 0.281 0.014 0.210 0.337 0.030 0.005 0.101 107 S 0.029 0.327 0.012 0.226 0.300 0.023 0.009 0.074 108 E 0.049 0.328 0.019 0.160 0.260 0.052 0.018 0.114 109 Q 0.053 0.405 0.019 0.160 0.187 0.043 0.027 0.106 110 M 0.091 0.347 0.043 0.141 0.214 0.043 0.032 0.087 111 L 0.046 0.278 0.047 0.254 0.227 0.030 0.017 0.102 112 L 0.028 0.106 0.107 0.277 0.298 0.032 0.014 0.139 113 H 0.024 0.050 0.077 0.359 0.364 0.022 0.007 0.098 114 V 0.016 0.033 0.100 0.304 0.357 0.028 0.004 0.158 115 D 0.007 0.036 0.043 0.334 0.351 0.029 0.005 0.196 116 L 0.039 0.020 0.060 0.103 0.274 0.058 0.013 0.433 117 A 0.054 0.013 0.018 0.040 0.080 0.508 0.024 0.262 118 G 0.345 0.012 0.017 0.027 0.033 0.142 0.035 0.389 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 120 Q 0.023 0.006 0.061 0.057 0.116 0.164 0.010 0.563 121 S 0.046 0.005 0.017 0.009 0.022 0.031 0.006 0.863 122 A 0.151 0.012 0.153 0.083 0.130 0.067 0.010 0.395 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 124 F 0.030 0.005 0.053 0.022 0.079 0.175 0.003 0.634 125 G 0.041 0.005 0.016 0.005 0.014 0.123 0.003 0.794 126 H 0.027 0.012 0.006 0.003 0.010 0.069 0.002 0.872 127 T 0.027 0.029 0.003 0.001 0.003 0.178 0.001 0.758 128 T 0.054 0.302 0.004 0.002 0.005 0.168 0.004 0.460 129 V 0.013 0.857 0.003 0.001 0.004 0.013 0.001 0.108 130 C 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 131 R 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 132 L 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 133 N 0.017 0.952 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 134 H 0.035 0.910 0.005 0.001 0.001 0.005 0.009 0.034 135 L 0.055 0.874 0.006 0.001 0.001 0.006 0.010 0.047 136 V 0.022 0.878 0.010 0.001 0.003 0.006 0.006 0.074 137 E 0.030 0.734 0.011 0.002 0.003 0.031 0.011 0.178 138 Q 0.080 0.741 0.009 0.002 0.002 0.021 0.020 0.125 139 Q 0.073 0.795 0.009 0.002 0.003 0.008 0.015 0.097 140 E 0.074 0.648 0.017 0.005 0.005 0.037 0.026 0.189 141 G 0.199 0.332 0.024 0.006 0.006 0.041 0.047 0.344 142 A 0.398 0.255 0.043 0.007 0.011 0.035 0.038 0.212 143 Q 0.075 0.178 0.043 0.009 0.011 0.049 0.037 0.598 144 A 0.116 0.097 0.085 0.026 0.033 0.067 0.014 0.563 145 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 146 Q 0.024 0.023 0.035 0.041 0.078 0.160 0.009 0.630 147 Y 0.239 0.070 0.054 0.023 0.021 0.107 0.017 0.470 148 M 0.210 0.140 0.078 0.052 0.071 0.073 0.016 0.361 149 G 0.230 0.081 0.108 0.084 0.085 0.072 0.021 0.320 150 R 0.159 0.048 0.231 0.080 0.086 0.081 0.019 0.295 151 T 0.032 0.031 0.093 0.067 0.089 0.059 0.009 0.620 152 I 0.046 0.033 0.166 0.162 0.245 0.044 0.012 0.293 153 K 0.024 0.021 0.088 0.073 0.111 0.070 0.018 0.596 154 L 0.073 0.012 0.149 0.099 0.126 0.068 0.011 0.463 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 156 A 0.003 0.001 0.010 0.015 0.051 0.063 0.001 0.856