# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.214 0.450 0.008 0.053 0.021 0.020 0.002 0.185 0.006 0.001 2 P 0.263 0.011 0.623 0.016 0.001 0.017 0.003 0.001 0.002 0.001 0.063 3 A 0.212 0.094 0.564 0.046 0.023 0.030 0.007 0.006 0.011 0.005 0.003 4 L 0.136 0.305 0.401 0.077 0.021 0.037 0.003 0.001 0.015 0.001 0.002 5 I 0.043 0.521 0.249 0.048 0.070 0.041 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 6 T 0.017 0.741 0.152 0.016 0.049 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 Y 0.009 0.693 0.134 0.009 0.104 0.017 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 8 R 0.028 0.346 0.513 0.016 0.021 0.054 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 9 T 0.008 0.664 0.120 0.012 0.147 0.014 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 10 T 0.006 0.492 0.418 0.003 0.018 0.039 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 11 V 0.006 0.633 0.290 0.003 0.020 0.026 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 12 Q 0.005 0.265 0.604 0.001 0.018 0.054 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 13 E 0.711 0.027 0.187 0.022 0.011 0.027 0.004 0.003 0.003 0.003 0.003 14 D 0.828 0.013 0.010 0.132 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 15 W 0.499 0.133 0.084 0.162 0.083 0.013 0.004 0.002 0.016 0.002 0.002 16 V 0.377 0.246 0.146 0.087 0.026 0.062 0.008 0.002 0.042 0.002 0.002 17 D 0.364 0.162 0.114 0.138 0.023 0.103 0.021 0.002 0.067 0.004 0.001 18 Y 0.458 0.121 0.056 0.212 0.024 0.053 0.037 0.007 0.028 0.004 0.001 19 N 0.208 0.033 0.073 0.265 0.022 0.024 0.328 0.022 0.018 0.007 0.001 20 G 0.120 0.010 0.029 0.030 0.072 0.004 0.170 0.468 0.002 0.094 0.001 21 H 0.618 0.142 0.075 0.096 0.025 0.023 0.005 0.002 0.008 0.006 0.001 22 L 0.614 0.099 0.094 0.100 0.009 0.046 0.012 0.002 0.019 0.004 0.001 23 R 0.786 0.033 0.045 0.073 0.011 0.022 0.015 0.003 0.009 0.003 0.001 24 D 0.867 0.009 0.009 0.074 0.004 0.009 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 25 A 0.942 0.012 0.014 0.021 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 26 F 0.964 0.016 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.986 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.991 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.979 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.925 0.002 0.002 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.944 0.005 0.009 0.031 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 35 T 0.948 0.004 0.004 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 D 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.227 0.002 0.003 0.766 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.011 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.414 0.529 0.002 0.028 0.001 44 L 0.022 0.295 0.554 0.037 0.031 0.048 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 45 D 0.012 0.076 0.660 0.010 0.047 0.158 0.003 0.001 0.028 0.003 0.001 46 A 0.964 0.003 0.007 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.882 0.002 0.009 0.099 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 S 0.723 0.017 0.026 0.212 0.005 0.005 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 49 R 0.739 0.031 0.086 0.115 0.005 0.008 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 50 G 0.689 0.028 0.091 0.070 0.033 0.009 0.017 0.032 0.004 0.028 0.001 51 Q 0.664 0.078 0.080 0.132 0.015 0.012 0.009 0.002 0.006 0.002 0.001 52 S 0.276 0.073 0.170 0.410 0.021 0.007 0.025 0.003 0.012 0.003 0.001 53 G 0.028 0.003 0.016 0.016 0.023 0.001 0.120 0.648 0.001 0.144 0.001 54 N 0.169 0.164 0.265 0.208 0.048 0.049 0.061 0.009 0.017 0.009 0.001 55 S 0.141 0.379 0.261 0.050 0.112 0.021 0.010 0.004 0.013 0.009 0.001 56 L 0.295 0.320 0.256 0.035 0.033 0.040 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 57 F 0.251 0.428 0.182 0.028 0.054 0.031 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 58 T 0.284 0.464 0.149 0.019 0.025 0.038 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 59 L 0.426 0.376 0.111 0.016 0.028 0.029 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 60 E 0.658 0.193 0.054 0.022 0.044 0.014 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 61 A 0.749 0.122 0.044 0.028 0.042 0.006 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 62 H 0.763 0.129 0.021 0.045 0.018 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 63 I 0.710 0.170 0.046 0.028 0.010 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 64 N 0.797 0.060 0.040 0.071 0.006 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 65 Y 0.649 0.102 0.057 0.096 0.026 0.024 0.026 0.003 0.014 0.001 0.001 66 L 0.553 0.113 0.169 0.125 0.009 0.017 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 67 H 0.216 0.290 0.210 0.034 0.124 0.016 0.042 0.006 0.057 0.006 0.001 68 E 0.320 0.059 0.511 0.037 0.005 0.057 0.004 0.001 0.004 0.001 0.003 69 V 0.179 0.419 0.230 0.080 0.045 0.023 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 70 K 0.089 0.358 0.413 0.014 0.018 0.035 0.010 0.001 0.059 0.001 0.001 71 L 0.099 0.018 0.834 0.030 0.001 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 72 G 0.013 0.001 0.008 0.019 0.006 0.001 0.084 0.850 0.001 0.018 0.001 73 T 0.008 0.197 0.735 0.004 0.013 0.022 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 74 E 0.009 0.179 0.775 0.003 0.002 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 75 V 0.004 0.815 0.128 0.004 0.025 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 76 W 0.002 0.609 0.357 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 77 V 0.003 0.886 0.062 0.001 0.029 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 78 Q 0.006 0.852 0.085 0.002 0.031 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 79 T 0.006 0.757 0.080 0.002 0.141 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 80 Q 0.011 0.756 0.127 0.001 0.036 0.035 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 81 I 0.049 0.509 0.328 0.004 0.005 0.078 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 82 L 0.188 0.387 0.145 0.192 0.026 0.024 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 83 G 0.048 0.077 0.111 0.033 0.239 0.013 0.149 0.238 0.007 0.085 0.001 84 F 0.252 0.310 0.195 0.110 0.068 0.023 0.008 0.002 0.023 0.008 0.001 85 D 0.445 0.035 0.079 0.287 0.028 0.034 0.062 0.008 0.010 0.011 0.001 86 R 0.280 0.121 0.102 0.260 0.090 0.028 0.080 0.016 0.017 0.005 0.001 87 K 0.191 0.397 0.207 0.113 0.047 0.014 0.012 0.004 0.014 0.002 0.001 88 R 0.080 0.649 0.133 0.019 0.056 0.024 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 89 L 0.039 0.554 0.318 0.009 0.027 0.038 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 90 H 0.041 0.736 0.098 0.007 0.085 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 91 V 0.091 0.748 0.070 0.008 0.050 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 92 Y 0.110 0.674 0.129 0.012 0.034 0.025 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 93 H 0.221 0.499 0.111 0.015 0.095 0.026 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 94 S 0.230 0.542 0.105 0.016 0.076 0.016 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 95 L 0.369 0.397 0.113 0.048 0.029 0.024 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 96 H 0.312 0.351 0.106 0.137 0.030 0.025 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 97 R 0.155 0.244 0.276 0.042 0.064 0.055 0.057 0.006 0.097 0.005 0.001 98 A 0.392 0.045 0.389 0.113 0.016 0.015 0.009 0.006 0.003 0.008 0.003 99 G 0.378 0.042 0.084 0.103 0.063 0.007 0.060 0.155 0.008 0.098 0.001 100 F 0.438 0.035 0.200 0.219 0.021 0.009 0.046 0.006 0.004 0.022 0.001 101 D 0.143 0.013 0.047 0.225 0.013 0.013 0.311 0.220 0.005 0.008 0.001 102 E 0.075 0.475 0.372 0.008 0.009 0.030 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 103 V 0.152 0.209 0.570 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 104 L 0.447 0.383 0.079 0.031 0.024 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 105 A 0.243 0.365 0.174 0.020 0.131 0.043 0.005 0.002 0.015 0.002 0.001 106 A 0.399 0.305 0.069 0.107 0.070 0.027 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 107 S 0.334 0.291 0.087 0.082 0.152 0.016 0.013 0.008 0.013 0.004 0.001 108 E 0.313 0.386 0.110 0.076 0.079 0.021 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 109 Q 0.132 0.557 0.136 0.033 0.107 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 110 M 0.129 0.676 0.071 0.032 0.056 0.013 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 111 L 0.087 0.654 0.169 0.010 0.039 0.018 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 112 L 0.072 0.785 0.065 0.018 0.025 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 113 H 0.032 0.582 0.210 0.015 0.045 0.058 0.010 0.001 0.046 0.001 0.001 114 V 0.040 0.702 0.128 0.033 0.041 0.026 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 115 D 0.011 0.115 0.520 0.007 0.077 0.208 0.006 0.001 0.053 0.003 0.001 116 L 0.803 0.012 0.018 0.148 0.003 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 117 A 0.301 0.037 0.084 0.547 0.007 0.008 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 118 G 0.092 0.080 0.327 0.005 0.172 0.002 0.026 0.022 0.069 0.203 0.001 119 P 0.315 0.001 0.191 0.031 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.447 120 Q 0.205 0.224 0.382 0.080 0.041 0.021 0.012 0.005 0.027 0.003 0.001 121 S 0.196 0.052 0.541 0.141 0.005 0.038 0.006 0.003 0.006 0.002 0.010 122 A 0.095 0.278 0.382 0.004 0.078 0.010 0.012 0.002 0.128 0.010 0.001 123 P 0.256 0.006 0.575 0.017 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 124 F 0.202 0.121 0.443 0.147 0.018 0.036 0.009 0.003 0.018 0.002 0.001 125 G 0.155 0.040 0.579 0.006 0.089 0.013 0.003 0.011 0.006 0.096 0.001 126 H 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 T 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 C 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 R 0.971 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 N 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 H 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 E 0.987 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.876 0.002 0.006 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 Q 0.641 0.017 0.049 0.257 0.003 0.009 0.011 0.002 0.010 0.001 0.001 140 E 0.668 0.019 0.129 0.124 0.007 0.007 0.032 0.008 0.003 0.003 0.001 141 G 0.435 0.020 0.103 0.249 0.027 0.008 0.043 0.091 0.005 0.019 0.001 142 A 0.249 0.095 0.519 0.054 0.022 0.027 0.011 0.002 0.018 0.003 0.001 143 Q 0.249 0.064 0.551 0.056 0.009 0.038 0.007 0.002 0.014 0.002 0.007 144 A 0.104 0.094 0.707 0.005 0.010 0.016 0.006 0.001 0.050 0.005 0.002 145 P 0.179 0.006 0.737 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 146 Q 0.706 0.024 0.194 0.048 0.005 0.011 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 147 Y 0.602 0.057 0.084 0.103 0.041 0.013 0.041 0.035 0.011 0.014 0.001 148 M 0.516 0.084 0.125 0.231 0.012 0.014 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 149 G 0.323 0.047 0.132 0.063 0.165 0.008 0.039 0.132 0.006 0.085 0.001 150 R 0.392 0.218 0.217 0.083 0.050 0.022 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 151 T 0.234 0.420 0.252 0.027 0.020 0.025 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 152 I 0.192 0.432 0.104 0.213 0.027 0.015 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 153 K 0.059 0.259 0.239 0.053 0.091 0.057 0.133 0.008 0.094 0.005 0.001 154 L 0.012 0.307 0.601 0.002 0.015 0.021 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 155 P 0.021 0.016 0.905 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 156 A 0.254 0.159 0.377 0.038 0.060 0.023 0.023 0.025 0.015 0.025 0.001