# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.005 2 P 0.001 0.006 0.894 0.011 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.020 0.004 0.011 3 A 0.001 0.005 0.523 0.032 0.040 0.009 0.001 0.001 0.006 0.244 0.062 0.042 0.034 4 L 0.007 0.015 0.389 0.016 0.029 0.012 0.006 0.001 0.045 0.102 0.038 0.036 0.304 5 I 0.038 0.012 0.120 0.005 0.004 0.006 0.036 0.004 0.142 0.024 0.007 0.472 0.132 6 T 0.129 0.009 0.072 0.020 0.001 0.002 0.062 0.004 0.150 0.010 0.003 0.032 0.507 7 Y 0.062 0.001 0.049 0.004 0.001 0.001 0.032 0.002 0.119 0.012 0.001 0.689 0.029 8 R 0.037 0.003 0.101 0.007 0.001 0.001 0.021 0.001 0.146 0.016 0.002 0.008 0.656 9 T 0.024 0.002 0.123 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.179 0.023 0.001 0.594 0.026 10 T 0.021 0.013 0.172 0.003 0.001 0.001 0.025 0.002 0.225 0.013 0.001 0.012 0.513 11 V 0.026 0.044 0.420 0.013 0.001 0.001 0.029 0.007 0.122 0.024 0.002 0.230 0.081 12 Q 0.003 0.036 0.655 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.029 0.001 0.024 0.177 13 E 0.002 0.002 0.057 0.004 0.455 0.131 0.001 0.001 0.003 0.036 0.289 0.003 0.016 14 D 0.001 0.001 0.039 0.003 0.421 0.064 0.001 0.001 0.001 0.070 0.389 0.006 0.004 15 W 0.003 0.005 0.076 0.017 0.459 0.079 0.001 0.001 0.002 0.111 0.230 0.004 0.012 16 V 0.010 0.271 0.315 0.005 0.026 0.066 0.002 0.001 0.006 0.160 0.038 0.016 0.085 17 D 0.001 0.041 0.785 0.002 0.008 0.029 0.001 0.001 0.002 0.037 0.014 0.012 0.068 18 Y 0.001 0.002 0.020 0.002 0.186 0.283 0.001 0.001 0.001 0.022 0.475 0.002 0.006 19 N 0.001 0.001 0.021 0.007 0.056 0.118 0.001 0.001 0.001 0.047 0.745 0.002 0.002 20 G 0.001 0.002 0.114 0.008 0.038 0.104 0.001 0.001 0.001 0.262 0.459 0.007 0.004 21 H 0.014 0.055 0.312 0.002 0.021 0.197 0.003 0.003 0.010 0.080 0.210 0.008 0.083 22 L 0.063 0.238 0.129 0.003 0.017 0.188 0.015 0.006 0.017 0.044 0.056 0.099 0.126 23 R 0.014 0.030 0.082 0.055 0.027 0.308 0.002 0.002 0.004 0.103 0.317 0.022 0.032 24 D 0.010 0.002 0.105 0.015 0.020 0.209 0.001 0.001 0.003 0.108 0.494 0.008 0.024 25 A 0.021 0.005 0.118 0.001 0.012 0.734 0.006 0.004 0.005 0.022 0.029 0.020 0.023 26 F 0.031 0.007 0.029 0.001 0.004 0.847 0.011 0.007 0.009 0.008 0.008 0.015 0.024 27 Y 0.010 0.001 0.007 0.001 0.003 0.955 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.006 28 L 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.400 0.001 0.001 0.001 0.030 0.554 0.001 0.001 43 G 0.001 0.006 0.140 0.003 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.113 0.718 0.001 0.001 44 L 0.001 0.027 0.800 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.156 0.006 0.003 0.003 45 D 0.001 0.024 0.905 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.046 0.004 0.001 0.009 46 A 0.001 0.004 0.059 0.001 0.218 0.596 0.001 0.001 0.001 0.026 0.094 0.001 0.001 47 D 0.001 0.002 0.032 0.001 0.275 0.571 0.001 0.001 0.001 0.016 0.100 0.001 0.001 48 S 0.001 0.001 0.019 0.001 0.367 0.523 0.001 0.001 0.001 0.014 0.071 0.001 0.001 49 R 0.001 0.012 0.043 0.001 0.111 0.729 0.001 0.001 0.002 0.020 0.076 0.001 0.004 50 G 0.001 0.009 0.100 0.004 0.073 0.583 0.001 0.002 0.002 0.036 0.180 0.002 0.007 51 Q 0.001 0.012 0.105 0.002 0.063 0.461 0.001 0.001 0.002 0.071 0.271 0.003 0.008 52 S 0.001 0.004 0.055 0.004 0.026 0.119 0.001 0.001 0.001 0.097 0.690 0.001 0.003 53 G 0.001 0.003 0.093 0.004 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.121 0.755 0.003 0.002 54 N 0.002 0.019 0.660 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.008 0.175 0.040 0.019 0.058 55 S 0.028 0.037 0.462 0.014 0.006 0.006 0.009 0.001 0.042 0.108 0.020 0.103 0.164 56 L 0.082 0.020 0.233 0.036 0.009 0.013 0.036 0.006 0.066 0.056 0.014 0.138 0.290 57 F 0.178 0.016 0.161 0.050 0.008 0.012 0.068 0.006 0.039 0.020 0.011 0.206 0.224 58 T 0.295 0.008 0.065 0.015 0.007 0.019 0.059 0.015 0.039 0.012 0.012 0.100 0.354 59 L 0.502 0.001 0.045 0.071 0.007 0.012 0.039 0.004 0.013 0.015 0.020 0.154 0.116 60 E 0.624 0.001 0.019 0.010 0.003 0.005 0.034 0.002 0.006 0.014 0.011 0.084 0.188 61 A 0.689 0.001 0.017 0.009 0.001 0.002 0.022 0.001 0.003 0.008 0.003 0.125 0.118 62 H 0.678 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.034 0.001 0.003 0.006 0.004 0.126 0.130 63 I 0.669 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.033 0.001 0.003 0.005 0.002 0.083 0.183 64 N 0.606 0.001 0.022 0.025 0.001 0.001 0.046 0.001 0.008 0.006 0.004 0.194 0.084 65 Y 0.321 0.002 0.046 0.003 0.003 0.001 0.063 0.003 0.039 0.015 0.007 0.117 0.379 66 L 0.185 0.004 0.122 0.245 0.004 0.002 0.039 0.001 0.049 0.044 0.009 0.026 0.271 67 H 0.014 0.002 0.070 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.118 0.083 0.001 0.677 0.018 68 E 0.006 0.007 0.195 0.008 0.001 0.001 0.009 0.002 0.114 0.015 0.002 0.002 0.638 69 V 0.010 0.036 0.429 0.021 0.001 0.001 0.016 0.004 0.122 0.011 0.003 0.317 0.029 70 K 0.001 0.020 0.709 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 0.032 0.004 0.015 0.153 71 L 0.001 0.005 0.061 0.026 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.098 0.772 0.004 0.005 72 G 0.001 0.001 0.030 0.055 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.825 0.001 0.001 73 T 0.002 0.007 0.667 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.188 0.034 0.047 0.034 74 E 0.053 0.016 0.187 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.009 0.025 0.008 0.029 0.650 75 V 0.371 0.001 0.039 0.003 0.001 0.001 0.049 0.001 0.003 0.002 0.001 0.456 0.074 76 W 0.721 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.184 77 V 0.727 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.064 78 Q 0.721 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.081 0.146 79 T 0.670 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.056 0.224 80 Q 0.636 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.289 0.047 81 I 0.248 0.003 0.018 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.693 82 L 0.168 0.001 0.026 0.643 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.087 0.053 83 G 0.224 0.004 0.028 0.009 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 0.020 0.014 0.286 0.399 84 F 0.095 0.008 0.056 0.015 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 0.037 0.023 0.090 0.658 85 D 0.035 0.010 0.152 0.052 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.121 0.144 0.356 0.115 86 R 0.012 0.001 0.035 0.005 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.187 0.636 0.012 0.079 87 K 0.158 0.002 0.092 0.043 0.017 0.003 0.003 0.001 0.001 0.180 0.192 0.198 0.110 88 R 0.479 0.002 0.027 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 0.008 0.073 0.379 89 L 0.737 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.144 90 H 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.072 91 V 0.816 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.107 92 Y 0.766 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.082 93 H 0.853 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.092 94 S 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.057 95 L 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.072 96 H 0.880 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.081 97 R 0.474 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.219 0.262 98 A 0.029 0.001 0.028 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.073 0.781 0.007 0.055 99 G 0.020 0.001 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.817 0.035 0.015 100 F 0.006 0.002 0.048 0.010 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.107 0.761 0.023 0.020 101 D 0.012 0.002 0.373 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.226 0.017 0.066 102 E 0.126 0.024 0.186 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.060 0.009 0.343 0.236 103 V 0.110 0.013 0.016 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.824 104 L 0.262 0.001 0.031 0.432 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.183 0.074 105 A 0.710 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.002 0.112 0.143 106 A 0.755 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.134 107 S 0.722 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.117 0.124 108 E 0.831 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.005 0.004 0.066 0.064 109 Q 0.778 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 0.111 110 M 0.808 0.001 0.008 0.048 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 0.048 111 L 0.798 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.064 0.004 0.005 0.001 0.001 0.043 0.077 112 L 0.818 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.083 0.006 0.004 0.001 0.001 0.027 0.048 113 H 0.780 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.058 0.007 0.008 0.001 0.001 0.078 0.056 114 V 0.635 0.003 0.031 0.003 0.001 0.001 0.050 0.007 0.014 0.005 0.002 0.052 0.197 115 D 0.144 0.015 0.285 0.007 0.002 0.002 0.013 0.001 0.026 0.056 0.011 0.216 0.221 116 L 0.014 0.004 0.140 0.006 0.053 0.013 0.001 0.001 0.002 0.151 0.516 0.010 0.090 117 A 0.003 0.005 0.078 0.003 0.049 0.009 0.001 0.001 0.001 0.172 0.655 0.018 0.008 118 G 0.001 0.009 0.321 0.010 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.327 0.271 0.013 0.011 119 P 0.001 0.005 0.535 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.259 0.158 0.001 0.025 120 Q 0.004 0.033 0.479 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.006 0.144 0.025 0.278 0.021 121 S 0.004 0.080 0.301 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.064 0.008 0.002 0.524 122 A 0.002 0.008 0.487 0.008 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.084 0.006 0.385 0.005 123 P 0.001 0.017 0.755 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.033 0.007 0.001 0.172 124 F 0.001 0.034 0.842 0.003 0.005 0.014 0.001 0.001 0.003 0.049 0.019 0.027 0.004 125 G 0.001 0.006 0.797 0.001 0.006 0.055 0.001 0.001 0.002 0.093 0.020 0.001 0.018 126 H 0.001 0.001 0.048 0.001 0.043 0.779 0.001 0.001 0.001 0.048 0.079 0.001 0.001 127 T 0.001 0.002 0.035 0.001 0.035 0.867 0.001 0.001 0.001 0.015 0.043 0.001 0.001 128 T 0.001 0.001 0.023 0.001 0.026 0.919 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.002 0.004 129 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 130 C 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 131 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 132 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 133 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 134 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.019 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 136 V 0.001 0.004 0.036 0.001 0.014 0.884 0.001 0.001 0.002 0.024 0.029 0.002 0.004 137 E 0.002 0.002 0.054 0.001 0.022 0.796 0.001 0.001 0.003 0.021 0.084 0.005 0.009 138 Q 0.002 0.002 0.079 0.001 0.028 0.698 0.001 0.001 0.002 0.042 0.139 0.003 0.004 139 Q 0.001 0.005 0.169 0.001 0.046 0.538 0.001 0.001 0.001 0.069 0.165 0.001 0.004 140 E 0.001 0.005 0.155 0.001 0.068 0.423 0.001 0.001 0.001 0.070 0.269 0.004 0.004 141 G 0.001 0.004 0.218 0.001 0.089 0.275 0.001 0.001 0.001 0.089 0.314 0.002 0.007 142 A 0.001 0.005 0.417 0.001 0.051 0.154 0.001 0.001 0.002 0.193 0.162 0.008 0.006 143 Q 0.001 0.017 0.491 0.001 0.038 0.162 0.001 0.001 0.003 0.117 0.152 0.004 0.016 144 A 0.001 0.009 0.692 0.001 0.017 0.092 0.001 0.001 0.002 0.133 0.033 0.010 0.009 145 P 0.001 0.015 0.474 0.003 0.088 0.268 0.001 0.001 0.002 0.059 0.063 0.004 0.024 146 Q 0.003 0.008 0.166 0.003 0.163 0.431 0.001 0.001 0.003 0.072 0.115 0.019 0.015 147 Y 0.004 0.008 0.081 0.001 0.201 0.504 0.001 0.001 0.003 0.043 0.111 0.009 0.033 148 M 0.003 0.010 0.081 0.018 0.082 0.468 0.001 0.001 0.008 0.055 0.246 0.013 0.014 149 G 0.005 0.004 0.139 0.019 0.036 0.132 0.001 0.001 0.003 0.158 0.468 0.017 0.018 150 R 0.020 0.009 0.441 0.005 0.021 0.090 0.005 0.002 0.026 0.151 0.106 0.052 0.072 151 T 0.063 0.072 0.288 0.003 0.021 0.052 0.019 0.002 0.049 0.041 0.039 0.054 0.300 152 I 0.064 0.024 0.321 0.010 0.017 0.042 0.019 0.002 0.026 0.096 0.041 0.229 0.109 153 K 0.035 0.026 0.477 0.006 0.014 0.024 0.013 0.001 0.022 0.091 0.042 0.047 0.202 154 L 0.003 0.013 0.707 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 0.157 0.016 0.050 0.032 155 P 0.001 0.004 0.960 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 0.014 156 A 0.001 0.002 0.960 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.003