# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.007 0.001 0.009 0.039 0.031 0.133 0.022 0.001 0.067 0.553 2 P 0.028 0.003 0.001 0.013 0.013 0.029 0.132 0.002 0.001 0.040 0.739 3 A 0.009 0.002 0.002 0.063 0.079 0.242 0.090 0.002 0.001 0.071 0.442 4 L 0.007 0.001 0.001 0.053 0.108 0.183 0.084 0.001 0.001 0.046 0.515 5 I 0.002 0.001 0.001 0.075 0.266 0.322 0.048 0.001 0.001 0.040 0.246 6 T 0.001 0.001 0.001 0.106 0.204 0.342 0.040 0.001 0.001 0.071 0.235 7 Y 0.003 0.001 0.001 0.074 0.295 0.351 0.037 0.001 0.001 0.049 0.190 8 R 0.003 0.002 0.001 0.118 0.239 0.362 0.037 0.001 0.001 0.023 0.215 9 T 0.004 0.001 0.001 0.051 0.333 0.366 0.024 0.001 0.001 0.026 0.194 10 T 0.002 0.001 0.001 0.051 0.411 0.281 0.036 0.001 0.001 0.022 0.196 11 V 0.003 0.002 0.001 0.109 0.140 0.196 0.096 0.003 0.001 0.018 0.432 12 Q 0.572 0.029 0.003 0.043 0.063 0.045 0.038 0.014 0.004 0.057 0.133 13 E 0.225 0.021 0.003 0.039 0.013 0.019 0.081 0.006 0.001 0.060 0.532 14 D 0.011 0.008 0.001 0.027 0.012 0.040 0.099 0.002 0.001 0.023 0.775 15 W 0.069 0.029 0.006 0.069 0.041 0.068 0.137 0.002 0.002 0.088 0.489 16 V 0.049 0.021 0.006 0.055 0.050 0.046 0.156 0.005 0.003 0.094 0.516 17 D 0.277 0.047 0.002 0.019 0.025 0.032 0.100 0.011 0.002 0.073 0.413 18 Y 0.195 0.055 0.002 0.022 0.010 0.015 0.127 0.008 0.001 0.065 0.500 19 N 0.037 0.025 0.001 0.026 0.018 0.047 0.190 0.008 0.001 0.047 0.600 20 G 0.035 0.020 0.002 0.061 0.042 0.089 0.155 0.004 0.001 0.074 0.517 21 H 0.060 0.028 0.003 0.074 0.097 0.104 0.139 0.004 0.001 0.102 0.388 22 L 0.049 0.101 0.003 0.064 0.045 0.075 0.137 0.005 0.001 0.061 0.460 23 R 0.060 0.422 0.003 0.030 0.020 0.037 0.083 0.005 0.001 0.060 0.280 24 D 0.022 0.634 0.002 0.025 0.019 0.038 0.044 0.004 0.001 0.054 0.156 25 A 0.009 0.768 0.002 0.015 0.023 0.039 0.022 0.002 0.001 0.023 0.097 26 F 0.007 0.851 0.001 0.009 0.031 0.032 0.010 0.002 0.001 0.020 0.036 27 Y 0.009 0.884 0.001 0.008 0.013 0.014 0.006 0.002 0.001 0.033 0.031 28 L 0.010 0.599 0.003 0.017 0.023 0.023 0.013 0.001 0.001 0.270 0.041 29 L 0.005 0.824 0.003 0.010 0.012 0.013 0.010 0.002 0.001 0.087 0.032 30 I 0.019 0.918 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.014 0.025 31 F 0.012 0.113 0.002 0.003 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 0.816 0.038 32 S 0.005 0.460 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.429 0.083 33 Y 0.020 0.873 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.039 0.048 34 A 0.005 0.912 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.019 0.040 35 T 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 36 D 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.016 37 A 0.012 0.913 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.002 0.040 0.015 38 L 0.033 0.748 0.015 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.009 0.124 0.049 39 M 0.048 0.041 0.413 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.192 0.194 0.077 40 D 0.664 0.021 0.003 0.003 0.001 0.001 0.044 0.014 0.002 0.081 0.166 41 R 0.039 0.008 0.001 0.007 0.001 0.002 0.066 0.002 0.001 0.032 0.843 42 I 0.012 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 0.123 0.001 0.001 0.012 0.834 43 G 0.017 0.010 0.001 0.018 0.006 0.015 0.139 0.003 0.001 0.034 0.758 44 L 0.020 0.009 0.001 0.016 0.006 0.009 0.119 0.003 0.001 0.043 0.775 45 D 0.133 0.267 0.004 0.068 0.006 0.017 0.100 0.008 0.002 0.084 0.311 46 A 0.215 0.223 0.006 0.037 0.004 0.008 0.066 0.008 0.002 0.083 0.347 47 D 0.072 0.218 0.005 0.048 0.015 0.031 0.098 0.015 0.002 0.090 0.406 48 S 0.138 0.078 0.007 0.038 0.019 0.042 0.094 0.006 0.003 0.140 0.436 49 R 0.095 0.020 0.031 0.045 0.019 0.035 0.105 0.006 0.015 0.157 0.470 50 G 0.240 0.009 0.003 0.012 0.016 0.027 0.103 0.007 0.002 0.061 0.520 51 Q 0.142 0.002 0.002 0.013 0.009 0.020 0.097 0.002 0.002 0.053 0.658 52 S 0.017 0.002 0.001 0.011 0.010 0.019 0.153 0.002 0.001 0.025 0.760 53 G 0.007 0.001 0.001 0.022 0.022 0.044 0.163 0.002 0.001 0.031 0.707 54 N 0.003 0.005 0.001 0.108 0.085 0.102 0.123 0.001 0.001 0.074 0.498 55 S 0.001 0.005 0.001 0.258 0.151 0.272 0.037 0.001 0.001 0.090 0.186 56 L 0.002 0.009 0.001 0.262 0.173 0.181 0.028 0.001 0.001 0.039 0.305 57 F 0.001 0.006 0.001 0.359 0.290 0.219 0.012 0.001 0.001 0.036 0.074 58 T 0.015 0.011 0.003 0.223 0.184 0.241 0.029 0.002 0.001 0.128 0.164 59 L 0.037 0.014 0.002 0.212 0.221 0.243 0.040 0.005 0.001 0.059 0.166 60 E 0.053 0.022 0.002 0.098 0.127 0.267 0.078 0.003 0.002 0.058 0.291 61 A 0.014 0.031 0.002 0.083 0.269 0.294 0.053 0.003 0.001 0.025 0.224 62 H 0.032 0.035 0.004 0.069 0.241 0.294 0.069 0.007 0.002 0.031 0.216 63 I 0.030 0.046 0.004 0.058 0.272 0.236 0.049 0.007 0.002 0.024 0.271 64 N 0.070 0.034 0.005 0.047 0.181 0.309 0.059 0.004 0.003 0.032 0.256 65 Y 0.032 0.012 0.004 0.058 0.137 0.226 0.066 0.006 0.002 0.028 0.430 66 L 0.056 0.038 0.003 0.050 0.078 0.153 0.091 0.007 0.002 0.043 0.478 67 H 0.074 0.018 0.002 0.052 0.184 0.236 0.063 0.007 0.001 0.054 0.308 68 E 0.014 0.006 0.006 0.043 0.084 0.170 0.101 0.001 0.003 0.038 0.535 69 V 0.020 0.001 0.005 0.036 0.169 0.217 0.063 0.003 0.002 0.040 0.444 70 K 0.337 0.002 0.002 0.028 0.055 0.070 0.067 0.004 0.002 0.105 0.329 71 L 0.057 0.001 0.001 0.013 0.013 0.033 0.130 0.003 0.001 0.032 0.717 72 G 0.003 0.001 0.001 0.011 0.010 0.031 0.106 0.001 0.001 0.015 0.823 73 T 0.001 0.001 0.001 0.038 0.186 0.323 0.098 0.001 0.001 0.038 0.316 74 E 0.001 0.001 0.001 0.080 0.170 0.457 0.036 0.001 0.001 0.058 0.197 75 V 0.001 0.001 0.001 0.060 0.424 0.408 0.006 0.001 0.001 0.053 0.047 76 W 0.001 0.001 0.001 0.051 0.420 0.438 0.005 0.001 0.001 0.035 0.050 77 V 0.001 0.002 0.001 0.043 0.499 0.384 0.004 0.001 0.001 0.021 0.046 78 Q 0.002 0.005 0.001 0.070 0.454 0.387 0.006 0.001 0.001 0.026 0.049 79 T 0.013 0.005 0.002 0.026 0.385 0.393 0.017 0.002 0.001 0.066 0.090 80 Q 0.044 0.006 0.001 0.042 0.381 0.331 0.026 0.004 0.001 0.044 0.119 81 I 0.045 0.009 0.008 0.055 0.156 0.258 0.078 0.003 0.007 0.035 0.347 82 L 0.043 0.008 0.005 0.044 0.170 0.205 0.078 0.005 0.004 0.030 0.408 83 G 0.107 0.007 0.003 0.022 0.085 0.110 0.083 0.005 0.003 0.038 0.537 84 F 0.028 0.002 0.002 0.021 0.069 0.103 0.122 0.004 0.001 0.029 0.619 85 D 0.031 0.005 0.002 0.033 0.041 0.104 0.104 0.003 0.001 0.037 0.640 86 R 0.016 0.003 0.002 0.041 0.095 0.130 0.118 0.002 0.001 0.049 0.544 87 K 0.002 0.002 0.001 0.060 0.190 0.346 0.068 0.001 0.001 0.035 0.294 88 R 0.002 0.002 0.001 0.083 0.204 0.361 0.044 0.001 0.001 0.054 0.249 89 L 0.001 0.001 0.001 0.095 0.337 0.415 0.020 0.001 0.001 0.027 0.103 90 H 0.002 0.001 0.001 0.070 0.289 0.479 0.019 0.001 0.001 0.039 0.100 91 V 0.001 0.002 0.001 0.066 0.390 0.428 0.013 0.001 0.001 0.023 0.076 92 Y 0.005 0.004 0.001 0.053 0.324 0.457 0.022 0.001 0.001 0.034 0.099 93 H 0.004 0.003 0.001 0.031 0.403 0.428 0.018 0.001 0.001 0.017 0.093 94 S 0.004 0.003 0.001 0.051 0.279 0.514 0.021 0.001 0.001 0.028 0.098 95 L 0.011 0.004 0.004 0.055 0.300 0.389 0.035 0.001 0.002 0.048 0.151 96 H 0.031 0.004 0.005 0.055 0.240 0.347 0.046 0.002 0.003 0.057 0.209 97 R 0.169 0.005 0.007 0.022 0.080 0.140 0.064 0.004 0.007 0.068 0.434 98 A 0.072 0.001 0.002 0.009 0.016 0.035 0.063 0.003 0.002 0.027 0.770 99 G 0.062 0.001 0.001 0.004 0.012 0.018 0.071 0.003 0.001 0.028 0.801 100 F 0.008 0.002 0.001 0.006 0.023 0.032 0.117 0.002 0.001 0.023 0.787 101 D 0.005 0.003 0.001 0.017 0.075 0.131 0.119 0.002 0.001 0.042 0.605 102 E 0.002 0.015 0.001 0.047 0.255 0.325 0.048 0.001 0.001 0.049 0.258 103 V 0.002 0.008 0.001 0.048 0.233 0.358 0.029 0.001 0.001 0.138 0.183 104 L 0.001 0.017 0.001 0.056 0.361 0.334 0.020 0.001 0.001 0.077 0.132 105 A 0.005 0.022 0.001 0.056 0.309 0.388 0.020 0.001 0.001 0.087 0.110 106 A 0.008 0.007 0.002 0.050 0.326 0.403 0.019 0.001 0.001 0.092 0.091 107 S 0.007 0.003 0.001 0.037 0.307 0.456 0.029 0.001 0.001 0.049 0.110 108 E 0.007 0.003 0.001 0.059 0.340 0.400 0.036 0.001 0.001 0.055 0.098 109 Q 0.001 0.002 0.001 0.102 0.253 0.420 0.044 0.001 0.001 0.050 0.126 110 M 0.001 0.001 0.001 0.096 0.256 0.492 0.018 0.001 0.001 0.080 0.055 111 L 0.001 0.001 0.001 0.128 0.277 0.397 0.021 0.001 0.001 0.054 0.120 112 L 0.001 0.001 0.001 0.151 0.323 0.400 0.013 0.001 0.001 0.035 0.076 113 H 0.002 0.001 0.001 0.077 0.278 0.467 0.019 0.001 0.001 0.077 0.077 114 V 0.005 0.001 0.002 0.090 0.225 0.380 0.036 0.001 0.002 0.063 0.194 115 D 0.408 0.002 0.004 0.032 0.067 0.140 0.050 0.006 0.006 0.101 0.183 116 L 0.143 0.001 0.003 0.017 0.011 0.028 0.061 0.002 0.002 0.063 0.667 117 A 0.012 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.051 0.001 0.001 0.011 0.898 118 G 0.007 0.001 0.001 0.007 0.050 0.064 0.084 0.003 0.001 0.024 0.760 119 P 0.008 0.001 0.001 0.007 0.018 0.020 0.085 0.001 0.001 0.021 0.840 120 Q 0.006 0.001 0.001 0.012 0.124 0.101 0.078 0.006 0.001 0.027 0.645 121 S 0.006 0.001 0.001 0.008 0.014 0.015 0.075 0.001 0.001 0.006 0.875 122 A 0.003 0.001 0.001 0.014 0.121 0.121 0.119 0.004 0.001 0.018 0.600 123 P 0.013 0.001 0.001 0.035 0.009 0.015 0.116 0.001 0.001 0.029 0.780 124 F 0.027 0.008 0.001 0.042 0.031 0.032 0.116 0.006 0.001 0.158 0.579 125 G 0.116 0.358 0.002 0.012 0.004 0.006 0.050 0.004 0.001 0.047 0.400 126 H 0.031 0.310 0.003 0.015 0.011 0.014 0.068 0.013 0.001 0.041 0.495 127 T 0.013 0.870 0.001 0.004 0.004 0.005 0.013 0.003 0.001 0.010 0.077 128 T 0.038 0.899 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.007 0.038 129 V 0.027 0.311 0.004 0.005 0.005 0.005 0.014 0.005 0.001 0.556 0.068 130 C 0.013 0.767 0.012 0.003 0.002 0.003 0.024 0.004 0.005 0.083 0.085 131 R 0.057 0.738 0.030 0.003 0.002 0.003 0.018 0.021 0.007 0.021 0.100 132 L 0.101 0.658 0.013 0.004 0.002 0.003 0.022 0.028 0.006 0.027 0.136 133 N 0.115 0.368 0.002 0.003 0.002 0.006 0.052 0.007 0.002 0.039 0.404 134 H 0.037 0.366 0.020 0.009 0.002 0.008 0.064 0.011 0.008 0.066 0.410 135 L 0.139 0.310 0.025 0.007 0.005 0.010 0.080 0.017 0.011 0.058 0.337 136 V 0.188 0.173 0.006 0.006 0.006 0.009 0.062 0.005 0.004 0.042 0.498 137 E 0.061 0.119 0.005 0.007 0.006 0.012 0.090 0.004 0.003 0.033 0.659 138 Q 0.094 0.209 0.011 0.009 0.004 0.011 0.071 0.012 0.005 0.044 0.529 139 Q 0.406 0.137 0.007 0.005 0.005 0.007 0.047 0.014 0.003 0.050 0.319 140 E 0.110 0.088 0.002 0.008 0.006 0.015 0.070 0.009 0.001 0.039 0.653 141 G 0.078 0.029 0.001 0.010 0.007 0.015 0.075 0.001 0.001 0.027 0.756 142 A 0.015 0.030 0.001 0.021 0.045 0.037 0.116 0.001 0.001 0.031 0.701 143 Q 0.016 0.085 0.001 0.006 0.019 0.023 0.086 0.003 0.001 0.011 0.750 144 A 0.049 0.606 0.003 0.005 0.016 0.010 0.049 0.022 0.002 0.023 0.216 145 P 0.379 0.319 0.024 0.002 0.002 0.003 0.030 0.015 0.009 0.026 0.191 146 Q 0.301 0.232 0.003 0.004 0.005 0.010 0.032 0.017 0.001 0.046 0.348 147 Y 0.135 0.015 0.006 0.008 0.008 0.024 0.074 0.003 0.003 0.119 0.604 148 M 0.064 0.047 0.011 0.056 0.023 0.047 0.100 0.004 0.002 0.072 0.572 149 G 0.028 0.009 0.003 0.023 0.045 0.072 0.103 0.003 0.001 0.038 0.676 150 R 0.013 0.002 0.001 0.029 0.171 0.174 0.075 0.003 0.001 0.034 0.498 151 T 0.013 0.001 0.001 0.041 0.031 0.084 0.097 0.001 0.001 0.046 0.685 152 I 0.007 0.001 0.001 0.027 0.127 0.109 0.081 0.001 0.001 0.028 0.619 153 K 0.006 0.001 0.001 0.033 0.023 0.034 0.093 0.001 0.001 0.013 0.796 154 L 0.014 0.001 0.001 0.012 0.078 0.063 0.094 0.017 0.001 0.027 0.694 155 P 0.133 0.004 0.001 0.032 0.011 0.012 0.088 0.003 0.001 0.033 0.682 156 A 0.057 0.004 0.001 0.018 0.017 0.028 0.102 0.006 0.001 0.030 0.735