# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.409 0.130 0.060 0.103 0.065 0.052 0.054 0.039 0.038 0.027 0.021 2 P 0.447 0.209 0.049 0.102 0.067 0.046 0.041 0.018 0.011 0.006 0.003 3 A 0.345 0.187 0.058 0.124 0.086 0.070 0.058 0.029 0.023 0.013 0.007 4 L 0.127 0.196 0.059 0.202 0.145 0.100 0.079 0.039 0.030 0.015 0.008 5 I 0.028 0.021 0.020 0.049 0.061 0.081 0.147 0.144 0.178 0.148 0.123 6 T 0.051 0.111 0.084 0.277 0.178 0.110 0.085 0.044 0.032 0.018 0.009 7 Y 0.030 0.032 0.029 0.091 0.113 0.137 0.198 0.145 0.117 0.073 0.035 8 R 0.097 0.141 0.099 0.307 0.179 0.088 0.053 0.018 0.010 0.004 0.002 9 T 0.024 0.030 0.024 0.068 0.085 0.119 0.224 0.159 0.137 0.087 0.043 10 T 0.076 0.188 0.107 0.316 0.174 0.074 0.041 0.012 0.007 0.003 0.002 11 V 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.035 0.075 0.204 0.288 0.378 12 Q 0.029 0.156 0.097 0.267 0.210 0.120 0.073 0.026 0.014 0.005 0.003 13 E 0.147 0.102 0.048 0.176 0.146 0.118 0.122 0.062 0.043 0.023 0.012 14 D 0.206 0.110 0.049 0.147 0.112 0.096 0.101 0.063 0.053 0.037 0.026 15 W 0.012 0.015 0.014 0.043 0.052 0.092 0.195 0.171 0.181 0.130 0.095 16 V 0.010 0.011 0.010 0.017 0.019 0.029 0.080 0.106 0.185 0.238 0.294 17 D 0.021 0.067 0.075 0.151 0.144 0.135 0.154 0.091 0.080 0.050 0.031 18 Y 0.045 0.039 0.035 0.089 0.096 0.115 0.159 0.121 0.126 0.099 0.075 19 N 0.114 0.061 0.023 0.091 0.096 0.106 0.145 0.108 0.106 0.083 0.066 20 G 0.127 0.077 0.041 0.111 0.106 0.118 0.146 0.096 0.089 0.057 0.032 21 H 0.030 0.044 0.036 0.081 0.095 0.121 0.177 0.125 0.129 0.095 0.067 22 L 0.013 0.014 0.016 0.027 0.024 0.032 0.084 0.107 0.207 0.224 0.251 23 R 0.018 0.068 0.043 0.135 0.160 0.166 0.196 0.098 0.069 0.034 0.014 24 D 0.012 0.018 0.019 0.054 0.063 0.084 0.166 0.149 0.190 0.151 0.095 25 A 0.029 0.014 0.026 0.032 0.043 0.066 0.148 0.144 0.187 0.159 0.152 26 F 0.006 0.011 0.029 0.076 0.090 0.159 0.291 0.150 0.106 0.056 0.026 27 Y 0.001 0.002 0.013 0.017 0.015 0.022 0.106 0.146 0.252 0.242 0.184 28 L 0.001 0.002 0.024 0.015 0.015 0.025 0.076 0.096 0.189 0.266 0.291 29 L 0.004 0.009 0.105 0.130 0.142 0.136 0.188 0.114 0.093 0.054 0.025 30 I 0.001 0.002 0.021 0.021 0.027 0.051 0.190 0.192 0.226 0.166 0.103 31 F 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.023 0.117 0.164 0.269 0.262 0.146 32 S 0.007 0.012 0.066 0.081 0.106 0.171 0.297 0.125 0.082 0.037 0.015 33 Y 0.006 0.022 0.136 0.173 0.175 0.179 0.181 0.073 0.034 0.015 0.006 34 A 0.001 0.001 0.008 0.006 0.006 0.013 0.067 0.104 0.241 0.298 0.254 35 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.023 0.122 0.167 0.256 0.247 0.170 36 D 0.002 0.010 0.145 0.239 0.256 0.186 0.098 0.033 0.020 0.009 0.003 37 A 0.005 0.014 0.052 0.079 0.120 0.206 0.289 0.112 0.067 0.038 0.018 38 L 0.001 0.001 0.005 0.008 0.007 0.013 0.076 0.136 0.259 0.268 0.227 39 M 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.021 0.080 0.132 0.213 0.264 0.274 40 D 0.002 0.015 0.277 0.269 0.221 0.114 0.064 0.021 0.011 0.005 0.002 41 R 0.004 0.023 0.105 0.116 0.147 0.204 0.233 0.087 0.050 0.022 0.008 42 I 0.006 0.005 0.005 0.016 0.021 0.045 0.157 0.178 0.231 0.209 0.126 43 G 0.164 0.132 0.054 0.116 0.087 0.083 0.121 0.078 0.074 0.053 0.038 44 L 0.014 0.014 0.013 0.026 0.033 0.050 0.123 0.148 0.212 0.210 0.157 45 D 0.118 0.344 0.078 0.181 0.103 0.069 0.053 0.023 0.017 0.009 0.006 46 A 0.096 0.055 0.026 0.073 0.076 0.088 0.129 0.114 0.137 0.117 0.088 47 D 0.355 0.150 0.078 0.143 0.089 0.058 0.052 0.025 0.023 0.015 0.011 48 S 0.072 0.069 0.058 0.123 0.106 0.117 0.161 0.107 0.093 0.057 0.037 49 R 0.033 0.021 0.021 0.054 0.061 0.089 0.158 0.134 0.154 0.140 0.135 50 G 0.064 0.093 0.118 0.165 0.138 0.126 0.127 0.062 0.049 0.032 0.025 51 Q 0.065 0.093 0.193 0.188 0.134 0.104 0.091 0.041 0.039 0.030 0.022 52 S 0.091 0.092 0.058 0.162 0.127 0.116 0.138 0.072 0.063 0.045 0.034 53 G 0.245 0.139 0.069 0.168 0.129 0.084 0.071 0.036 0.029 0.019 0.012 54 N 0.015 0.029 0.024 0.086 0.131 0.145 0.211 0.145 0.118 0.064 0.031 55 S 0.008 0.025 0.019 0.108 0.169 0.195 0.212 0.110 0.081 0.047 0.026 56 L 0.001 0.002 0.002 0.009 0.012 0.021 0.078 0.138 0.231 0.263 0.242 57 F 0.003 0.005 0.006 0.024 0.039 0.061 0.168 0.180 0.202 0.166 0.147 58 T 0.002 0.004 0.004 0.011 0.011 0.016 0.051 0.106 0.215 0.279 0.302 59 L 0.002 0.004 0.005 0.029 0.047 0.072 0.176 0.182 0.213 0.166 0.104 60 E 0.033 0.065 0.077 0.220 0.197 0.158 0.129 0.060 0.037 0.017 0.009 61 A 0.007 0.010 0.009 0.029 0.037 0.055 0.150 0.170 0.217 0.182 0.132 62 H 0.038 0.132 0.103 0.268 0.184 0.113 0.090 0.033 0.022 0.010 0.006 63 I 0.003 0.004 0.004 0.011 0.014 0.025 0.085 0.123 0.229 0.257 0.244 64 N 0.143 0.212 0.117 0.297 0.142 0.053 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 65 Y 0.007 0.015 0.011 0.041 0.055 0.081 0.168 0.165 0.198 0.151 0.106 66 L 0.034 0.039 0.028 0.111 0.145 0.155 0.174 0.110 0.095 0.061 0.048 67 H 0.164 0.137 0.085 0.189 0.137 0.109 0.101 0.038 0.023 0.011 0.006 68 E 0.155 0.176 0.110 0.216 0.139 0.092 0.065 0.022 0.013 0.006 0.003 69 V 0.005 0.002 0.001 0.005 0.006 0.011 0.043 0.076 0.173 0.237 0.440 70 K 0.182 0.334 0.121 0.190 0.091 0.044 0.023 0.006 0.004 0.002 0.002 71 L 0.038 0.069 0.049 0.168 0.134 0.142 0.177 0.096 0.069 0.038 0.020 72 G 0.464 0.163 0.064 0.118 0.076 0.044 0.029 0.014 0.011 0.007 0.009 73 T 0.027 0.090 0.042 0.213 0.171 0.151 0.181 0.072 0.034 0.013 0.006 74 E 0.050 0.124 0.079 0.358 0.245 0.101 0.032 0.007 0.003 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.070 0.205 0.285 0.405 76 W 0.003 0.044 0.056 0.471 0.281 0.098 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.038 0.111 0.270 0.315 0.253 78 Q 0.007 0.032 0.031 0.341 0.347 0.165 0.059 0.012 0.004 0.001 0.001 79 T 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.051 0.124 0.273 0.326 0.206 80 Q 0.010 0.063 0.057 0.394 0.270 0.121 0.062 0.015 0.006 0.002 0.001 81 I 0.003 0.005 0.003 0.008 0.009 0.015 0.058 0.112 0.236 0.281 0.270 82 L 0.021 0.053 0.036 0.251 0.250 0.172 0.125 0.051 0.027 0.011 0.004 83 G 0.152 0.208 0.071 0.192 0.132 0.096 0.081 0.035 0.021 0.008 0.004 84 F 0.063 0.046 0.023 0.081 0.081 0.096 0.163 0.139 0.136 0.107 0.064 85 D 0.337 0.335 0.076 0.150 0.059 0.025 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 86 R 0.218 0.163 0.067 0.184 0.132 0.088 0.072 0.035 0.023 0.012 0.006 87 K 0.209 0.160 0.069 0.182 0.126 0.099 0.084 0.034 0.022 0.010 0.005 88 R 0.028 0.076 0.068 0.273 0.227 0.154 0.099 0.038 0.022 0.010 0.004 89 L 0.004 0.003 0.004 0.012 0.016 0.031 0.118 0.161 0.241 0.232 0.177 90 H 0.005 0.043 0.086 0.378 0.282 0.125 0.053 0.017 0.008 0.003 0.001 91 V 0.001 0.003 0.004 0.013 0.019 0.035 0.136 0.199 0.281 0.208 0.101 92 Y 0.006 0.028 0.035 0.263 0.270 0.179 0.130 0.048 0.026 0.010 0.004 93 H 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.017 0.089 0.157 0.290 0.282 0.151 94 S 0.005 0.040 0.059 0.375 0.280 0.127 0.074 0.024 0.011 0.003 0.001 95 L 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.012 0.056 0.128 0.266 0.298 0.226 96 H 0.004 0.026 0.025 0.233 0.288 0.194 0.136 0.054 0.027 0.009 0.003 97 R 0.033 0.076 0.039 0.141 0.153 0.168 0.191 0.098 0.065 0.026 0.009 98 A 0.097 0.104 0.067 0.227 0.172 0.134 0.113 0.046 0.025 0.011 0.004 99 G 0.525 0.239 0.056 0.096 0.043 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 100 F 0.175 0.206 0.050 0.162 0.114 0.087 0.089 0.049 0.035 0.021 0.011 101 D 0.339 0.209 0.062 0.178 0.107 0.055 0.030 0.010 0.006 0.003 0.001 102 E 0.070 0.139 0.079 0.246 0.182 0.125 0.092 0.035 0.019 0.008 0.004 103 V 0.006 0.012 0.010 0.057 0.102 0.167 0.268 0.173 0.117 0.063 0.025 104 L 0.005 0.010 0.016 0.074 0.099 0.124 0.196 0.151 0.146 0.106 0.073 105 A 0.003 0.004 0.011 0.016 0.023 0.039 0.123 0.152 0.220 0.227 0.180 106 A 0.006 0.025 0.048 0.261 0.227 0.161 0.132 0.063 0.044 0.022 0.011 107 S 0.003 0.004 0.004 0.008 0.009 0.017 0.071 0.136 0.253 0.279 0.216 108 E 0.014 0.035 0.050 0.248 0.253 0.180 0.129 0.048 0.028 0.011 0.004 109 Q 0.005 0.011 0.018 0.025 0.024 0.037 0.117 0.166 0.253 0.213 0.131 110 M 0.005 0.016 0.025 0.128 0.161 0.175 0.224 0.123 0.087 0.040 0.016 111 L 0.002 0.006 0.007 0.018 0.022 0.041 0.132 0.168 0.236 0.219 0.150 112 L 0.004 0.008 0.014 0.036 0.044 0.060 0.143 0.171 0.217 0.184 0.120 113 H 0.004 0.010 0.012 0.036 0.046 0.069 0.166 0.181 0.209 0.158 0.111 114 V 0.004 0.010 0.010 0.031 0.044 0.061 0.140 0.171 0.219 0.189 0.122 115 D 0.017 0.055 0.050 0.206 0.194 0.161 0.161 0.076 0.050 0.022 0.008 116 L 0.032 0.051 0.037 0.125 0.140 0.155 0.190 0.114 0.085 0.049 0.021 117 A 0.341 0.212 0.096 0.170 0.084 0.044 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 118 G 0.376 0.188 0.052 0.142 0.089 0.058 0.048 0.021 0.014 0.008 0.004 119 P 0.377 0.168 0.045 0.111 0.082 0.064 0.057 0.034 0.029 0.020 0.012 120 Q 0.159 0.255 0.065 0.156 0.114 0.090 0.077 0.036 0.027 0.014 0.008 121 S 0.208 0.104 0.051 0.111 0.107 0.098 0.107 0.072 0.066 0.046 0.029 122 A 0.146 0.101 0.044 0.126 0.121 0.110 0.139 0.082 0.069 0.040 0.021 123 P 0.255 0.150 0.079 0.168 0.126 0.079 0.064 0.032 0.025 0.014 0.008 124 F 0.023 0.024 0.010 0.033 0.042 0.060 0.124 0.134 0.197 0.191 0.161 125 G 0.110 0.155 0.049 0.122 0.123 0.122 0.131 0.077 0.061 0.033 0.017 126 H 0.492 0.150 0.075 0.124 0.070 0.039 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 127 T 0.272 0.161 0.079 0.163 0.112 0.080 0.071 0.031 0.019 0.009 0.005 128 T 0.009 0.022 0.017 0.041 0.044 0.073 0.165 0.169 0.211 0.153 0.097 129 V 0.011 0.013 0.029 0.076 0.137 0.218 0.263 0.118 0.080 0.039 0.016 130 C 0.090 0.080 0.581 0.119 0.053 0.030 0.025 0.009 0.007 0.003 0.002 131 R 0.002 0.015 0.072 0.144 0.163 0.206 0.236 0.084 0.048 0.022 0.008 132 L 0.001 0.003 0.013 0.008 0.007 0.011 0.057 0.100 0.224 0.292 0.283 133 N 0.010 0.023 0.229 0.234 0.225 0.149 0.091 0.023 0.011 0.004 0.001 134 H 0.025 0.063 0.614 0.163 0.069 0.036 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 135 L 0.003 0.005 0.012 0.018 0.035 0.093 0.273 0.192 0.175 0.123 0.069 136 V 0.011 0.015 0.031 0.035 0.049 0.089 0.246 0.182 0.172 0.112 0.057 137 E 0.065 0.132 0.456 0.178 0.089 0.044 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 138 Q 0.082 0.116 0.254 0.180 0.126 0.102 0.082 0.027 0.017 0.009 0.005 139 Q 0.111 0.079 0.054 0.080 0.078 0.098 0.159 0.109 0.110 0.077 0.045 140 E 0.336 0.161 0.096 0.126 0.088 0.069 0.063 0.026 0.019 0.011 0.006 141 G 0.294 0.144 0.093 0.112 0.085 0.073 0.080 0.043 0.038 0.024 0.014 142 A 0.140 0.084 0.053 0.094 0.086 0.102 0.146 0.099 0.093 0.063 0.039 143 Q 0.368 0.288 0.093 0.128 0.062 0.032 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 144 A 0.063 0.092 0.042 0.080 0.085 0.097 0.148 0.117 0.127 0.089 0.060 145 P 0.124 0.082 0.046 0.118 0.148 0.166 0.152 0.071 0.054 0.026 0.013 146 Q 0.390 0.207 0.134 0.157 0.063 0.024 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 147 Y 0.045 0.063 0.061 0.116 0.131 0.166 0.200 0.095 0.066 0.036 0.021 148 M 0.035 0.033 0.034 0.071 0.076 0.103 0.173 0.140 0.141 0.108 0.086 149 G 0.497 0.234 0.123 0.089 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 150 R 0.056 0.083 0.127 0.164 0.135 0.135 0.145 0.066 0.047 0.027 0.014 151 T 0.116 0.113 0.049 0.125 0.121 0.120 0.134 0.075 0.065 0.044 0.037 152 I 0.037 0.033 0.020 0.047 0.058 0.089 0.178 0.139 0.158 0.129 0.112 153 K 0.288 0.272 0.146 0.166 0.074 0.031 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 154 L 0.060 0.033 0.020 0.046 0.051 0.074 0.146 0.142 0.169 0.148 0.113 155 P 0.399 0.301 0.052 0.108 0.057 0.034 0.023 0.010 0.008 0.004 0.003 156 A 0.468 0.148 0.046 0.103 0.070 0.054 0.046 0.024 0.020 0.013 0.008