# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.007 0.008 0.010 0.011 0.015 0.022 0.003 0.001 0.002 0.836 2 P 0.005 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.973 3 A 0.030 0.001 0.002 0.028 0.018 0.030 0.085 0.001 0.001 0.003 0.803 4 L 0.115 0.001 0.002 0.061 0.027 0.038 0.070 0.001 0.001 0.005 0.681 5 I 0.038 0.005 0.001 0.266 0.102 0.158 0.091 0.001 0.001 0.003 0.335 6 T 0.020 0.004 0.001 0.253 0.106 0.203 0.083 0.001 0.001 0.003 0.326 7 Y 0.016 0.006 0.001 0.320 0.170 0.232 0.040 0.001 0.001 0.003 0.213 8 R 0.010 0.004 0.001 0.148 0.114 0.197 0.050 0.001 0.001 0.003 0.471 9 T 0.013 0.003 0.002 0.143 0.208 0.292 0.052 0.001 0.001 0.005 0.281 10 T 0.018 0.004 0.002 0.124 0.172 0.279 0.064 0.001 0.001 0.006 0.330 11 V 0.011 0.004 0.003 0.102 0.168 0.316 0.051 0.001 0.001 0.005 0.340 12 Q 0.012 0.004 0.002 0.087 0.184 0.322 0.081 0.001 0.001 0.004 0.301 13 E 0.007 0.002 0.002 0.030 0.054 0.093 0.025 0.001 0.001 0.002 0.784 14 D 0.014 0.004 0.001 0.046 0.127 0.232 0.125 0.001 0.001 0.006 0.444 15 W 0.130 0.007 0.002 0.023 0.073 0.100 0.121 0.002 0.001 0.018 0.524 16 V 0.125 0.031 0.006 0.072 0.132 0.168 0.128 0.003 0.001 0.014 0.322 17 D 0.044 0.020 0.003 0.033 0.104 0.109 0.342 0.002 0.001 0.010 0.333 18 Y 0.030 0.012 0.004 0.014 0.020 0.024 0.068 0.001 0.001 0.008 0.819 19 N 0.039 0.015 0.002 0.010 0.017 0.034 0.513 0.001 0.001 0.025 0.344 20 G 0.299 0.014 0.008 0.010 0.016 0.017 0.337 0.003 0.001 0.092 0.204 21 H 0.186 0.115 0.032 0.027 0.020 0.029 0.318 0.002 0.001 0.021 0.250 22 L 0.042 0.105 0.015 0.065 0.088 0.129 0.178 0.002 0.001 0.009 0.367 23 R 0.025 0.139 0.003 0.070 0.095 0.204 0.109 0.002 0.001 0.004 0.350 24 D 0.049 0.135 0.002 0.016 0.037 0.064 0.061 0.005 0.001 0.004 0.627 25 A 0.104 0.284 0.014 0.022 0.027 0.059 0.066 0.004 0.001 0.009 0.411 26 F 0.031 0.224 0.005 0.030 0.055 0.087 0.208 0.006 0.001 0.009 0.345 27 Y 0.038 0.492 0.008 0.040 0.037 0.067 0.086 0.005 0.001 0.005 0.222 28 L 0.015 0.837 0.002 0.021 0.019 0.030 0.013 0.003 0.001 0.001 0.060 29 L 0.015 0.843 0.002 0.007 0.007 0.013 0.023 0.003 0.001 0.001 0.087 30 I 0.019 0.893 0.005 0.002 0.003 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.059 31 F 0.011 0.948 0.002 0.004 0.004 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.017 32 S 0.009 0.930 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.044 33 Y 0.031 0.856 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.089 34 A 0.066 0.862 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.045 35 T 0.009 0.940 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.026 36 D 0.006 0.935 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.048 37 A 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 38 L 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.025 39 M 0.007 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 40 D 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 41 R 0.050 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 42 I 0.068 0.825 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.012 43 G 0.309 0.149 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.465 0.001 0.002 0.050 44 L 0.014 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 45 D 0.011 0.008 0.008 0.015 0.004 0.003 0.076 0.016 0.001 0.001 0.858 46 A 0.015 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.961 47 D 0.009 0.007 0.001 0.008 0.001 0.003 0.387 0.001 0.001 0.004 0.580 48 S 0.282 0.026 0.001 0.012 0.004 0.006 0.410 0.003 0.001 0.040 0.216 49 R 0.401 0.313 0.001 0.023 0.005 0.008 0.075 0.005 0.001 0.007 0.160 50 G 0.250 0.389 0.004 0.020 0.026 0.020 0.066 0.014 0.001 0.011 0.200 51 Q 0.230 0.338 0.014 0.007 0.008 0.012 0.035 0.009 0.001 0.006 0.340 52 S 0.091 0.188 0.006 0.011 0.024 0.025 0.058 0.044 0.001 0.004 0.549 53 G 0.375 0.076 0.014 0.012 0.015 0.016 0.075 0.039 0.001 0.023 0.355 54 N 0.299 0.037 0.058 0.021 0.028 0.028 0.122 0.012 0.001 0.022 0.373 55 S 0.097 0.014 0.065 0.103 0.062 0.071 0.124 0.003 0.001 0.012 0.449 56 L 0.030 0.006 0.017 0.244 0.150 0.201 0.086 0.001 0.001 0.005 0.261 57 F 0.004 0.003 0.002 0.379 0.241 0.277 0.031 0.001 0.001 0.001 0.062 58 T 0.001 0.004 0.001 0.364 0.182 0.327 0.023 0.001 0.001 0.001 0.096 59 L 0.001 0.003 0.001 0.407 0.219 0.331 0.011 0.001 0.001 0.001 0.028 60 E 0.002 0.008 0.001 0.279 0.145 0.380 0.032 0.001 0.001 0.002 0.152 61 A 0.004 0.010 0.001 0.238 0.252 0.367 0.028 0.001 0.001 0.003 0.097 62 H 0.018 0.022 0.002 0.133 0.155 0.304 0.091 0.002 0.001 0.009 0.265 63 I 0.024 0.036 0.004 0.119 0.221 0.294 0.063 0.003 0.001 0.006 0.230 64 N 0.024 0.056 0.004 0.094 0.175 0.275 0.087 0.003 0.001 0.006 0.277 65 Y 0.048 0.083 0.009 0.048 0.144 0.242 0.070 0.004 0.001 0.007 0.344 66 L 0.050 0.086 0.008 0.066 0.154 0.322 0.068 0.004 0.001 0.007 0.233 67 H 0.050 0.050 0.010 0.038 0.129 0.188 0.067 0.005 0.001 0.005 0.460 68 E 0.038 0.032 0.006 0.027 0.070 0.102 0.034 0.003 0.001 0.003 0.685 69 V 0.061 0.033 0.005 0.050 0.155 0.262 0.065 0.006 0.001 0.006 0.358 70 K 0.079 0.038 0.004 0.032 0.111 0.129 0.108 0.005 0.001 0.006 0.487 71 L 0.043 0.022 0.003 0.020 0.045 0.067 0.062 0.003 0.001 0.005 0.730 72 G 0.105 0.013 0.005 0.024 0.043 0.075 0.164 0.003 0.001 0.019 0.547 73 T 0.207 0.008 0.016 0.028 0.052 0.039 0.139 0.001 0.001 0.022 0.488 74 E 0.058 0.008 0.021 0.056 0.052 0.096 0.149 0.001 0.001 0.012 0.547 75 V 0.018 0.004 0.006 0.183 0.337 0.320 0.047 0.001 0.001 0.004 0.080 76 W 0.004 0.005 0.001 0.272 0.216 0.376 0.046 0.001 0.001 0.001 0.078 77 V 0.001 0.004 0.001 0.168 0.325 0.441 0.011 0.001 0.001 0.001 0.049 78 Q 0.001 0.005 0.001 0.278 0.207 0.472 0.013 0.001 0.001 0.001 0.024 79 T 0.002 0.008 0.001 0.133 0.232 0.475 0.024 0.001 0.001 0.002 0.122 80 Q 0.004 0.010 0.001 0.232 0.281 0.391 0.023 0.001 0.001 0.003 0.056 81 I 0.012 0.021 0.003 0.086 0.195 0.391 0.057 0.002 0.001 0.005 0.228 82 L 0.013 0.024 0.002 0.116 0.298 0.407 0.037 0.003 0.001 0.004 0.096 83 G 0.036 0.029 0.005 0.043 0.178 0.218 0.059 0.006 0.001 0.006 0.420 84 F 0.049 0.035 0.014 0.061 0.188 0.258 0.068 0.004 0.001 0.008 0.316 85 D 0.021 0.016 0.003 0.035 0.123 0.160 0.178 0.003 0.001 0.006 0.455 86 R 0.044 0.010 0.006 0.023 0.034 0.051 0.086 0.002 0.001 0.015 0.731 87 K 0.104 0.016 0.008 0.042 0.081 0.092 0.294 0.002 0.001 0.028 0.333 88 R 0.161 0.015 0.013 0.049 0.051 0.068 0.176 0.002 0.001 0.028 0.436 89 L 0.044 0.020 0.012 0.161 0.235 0.241 0.086 0.001 0.001 0.006 0.194 90 H 0.008 0.010 0.004 0.179 0.220 0.372 0.058 0.001 0.001 0.003 0.146 91 V 0.003 0.009 0.001 0.154 0.268 0.456 0.021 0.001 0.001 0.001 0.087 92 Y 0.002 0.009 0.001 0.169 0.224 0.522 0.016 0.001 0.001 0.001 0.056 93 H 0.003 0.013 0.001 0.127 0.247 0.466 0.021 0.001 0.001 0.001 0.120 94 S 0.008 0.021 0.001 0.165 0.236 0.409 0.032 0.001 0.001 0.003 0.124 95 L 0.017 0.026 0.002 0.093 0.250 0.399 0.035 0.003 0.001 0.003 0.170 96 H 0.022 0.031 0.003 0.097 0.268 0.399 0.032 0.004 0.001 0.004 0.140 97 R 0.033 0.026 0.005 0.038 0.190 0.255 0.067 0.006 0.001 0.003 0.376 98 A 0.023 0.015 0.005 0.032 0.067 0.113 0.061 0.004 0.001 0.004 0.676 99 G 0.035 0.007 0.002 0.011 0.029 0.039 0.233 0.003 0.001 0.011 0.628 100 F 0.250 0.008 0.013 0.009 0.009 0.011 0.157 0.002 0.001 0.036 0.505 101 D 0.144 0.013 0.014 0.024 0.016 0.020 0.205 0.001 0.001 0.021 0.541 102 E 0.082 0.010 0.012 0.051 0.057 0.058 0.245 0.001 0.001 0.015 0.471 103 V 0.030 0.018 0.004 0.099 0.130 0.221 0.181 0.001 0.001 0.005 0.312 104 L 0.011 0.026 0.002 0.156 0.230 0.403 0.046 0.001 0.001 0.002 0.123 105 A 0.005 0.038 0.001 0.115 0.244 0.424 0.041 0.001 0.001 0.002 0.131 106 A 0.015 0.057 0.001 0.085 0.199 0.332 0.041 0.002 0.001 0.003 0.264 107 S 0.033 0.082 0.004 0.122 0.200 0.292 0.049 0.003 0.001 0.006 0.210 108 E 0.016 0.063 0.004 0.118 0.188 0.321 0.083 0.004 0.001 0.010 0.193 109 Q 0.029 0.047 0.009 0.093 0.216 0.374 0.060 0.005 0.001 0.012 0.155 110 M 0.016 0.061 0.009 0.156 0.267 0.421 0.025 0.003 0.001 0.004 0.038 111 L 0.009 0.057 0.006 0.159 0.287 0.382 0.016 0.002 0.001 0.002 0.078 112 L 0.003 0.022 0.003 0.177 0.374 0.383 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 113 H 0.003 0.018 0.001 0.143 0.318 0.445 0.013 0.002 0.001 0.001 0.056 114 V 0.003 0.012 0.002 0.199 0.286 0.437 0.017 0.001 0.001 0.001 0.041 115 D 0.004 0.013 0.001 0.160 0.273 0.355 0.083 0.002 0.001 0.003 0.105 116 L 0.022 0.010 0.005 0.105 0.104 0.168 0.101 0.003 0.001 0.011 0.472 117 A 0.031 0.007 0.003 0.024 0.034 0.061 0.486 0.002 0.001 0.024 0.328 118 G 0.343 0.004 0.006 0.020 0.014 0.015 0.182 0.005 0.001 0.053 0.359 119 P 0.146 0.005 0.068 0.024 0.013 0.016 0.106 0.001 0.001 0.014 0.606 120 Q 0.016 0.001 0.004 0.057 0.064 0.069 0.168 0.001 0.001 0.003 0.618 121 S 0.009 0.001 0.002 0.017 0.009 0.021 0.016 0.001 0.001 0.001 0.925 122 A 0.024 0.001 0.001 0.136 0.096 0.199 0.161 0.001 0.001 0.002 0.381 123 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 124 F 0.022 0.001 0.001 0.138 0.027 0.085 0.179 0.001 0.001 0.003 0.544 125 G 0.028 0.001 0.001 0.019 0.002 0.006 0.040 0.001 0.001 0.002 0.902 126 H 0.013 0.004 0.001 0.025 0.002 0.005 0.045 0.001 0.001 0.001 0.904 127 T 0.044 0.010 0.001 0.007 0.003 0.006 0.200 0.001 0.001 0.003 0.726 128 T 0.233 0.215 0.001 0.016 0.007 0.010 0.112 0.002 0.001 0.004 0.401 129 V 0.058 0.712 0.001 0.005 0.003 0.008 0.032 0.001 0.001 0.002 0.178 130 C 0.027 0.709 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.226 131 R 0.039 0.868 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.080 132 L 0.022 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 133 N 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 134 H 0.029 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.056 135 L 0.075 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.045 136 V 0.057 0.836 0.014 0.002 0.001 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.069 137 E 0.039 0.734 0.022 0.004 0.004 0.009 0.016 0.015 0.001 0.001 0.157 138 Q 0.125 0.640 0.004 0.004 0.003 0.006 0.011 0.012 0.001 0.001 0.193 139 Q 0.135 0.474 0.006 0.004 0.004 0.004 0.016 0.013 0.001 0.001 0.344 140 E 0.094 0.375 0.014 0.006 0.005 0.005 0.035 0.006 0.001 0.001 0.458 141 G 0.131 0.238 0.011 0.009 0.006 0.011 0.079 0.016 0.001 0.003 0.495 142 A 0.299 0.245 0.016 0.011 0.004 0.011 0.043 0.009 0.001 0.004 0.359 143 Q 0.161 0.195 0.011 0.014 0.007 0.012 0.039 0.013 0.001 0.002 0.547 144 A 0.251 0.150 0.011 0.011 0.008 0.013 0.048 0.005 0.001 0.001 0.500 145 P 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.983 146 Q 0.033 0.050 0.001 0.012 0.012 0.029 0.244 0.002 0.001 0.006 0.611 147 Y 0.329 0.103 0.002 0.005 0.007 0.013 0.177 0.005 0.001 0.010 0.349 148 M 0.190 0.583 0.002 0.014 0.008 0.011 0.031 0.005 0.001 0.002 0.154 149 G 0.177 0.301 0.006 0.016 0.013 0.015 0.045 0.011 0.001 0.008 0.408 150 R 0.255 0.283 0.039 0.018 0.014 0.019 0.060 0.004 0.001 0.005 0.303 151 T 0.084 0.164 0.012 0.038 0.040 0.053 0.073 0.022 0.001 0.003 0.511 152 I 0.148 0.137 0.014 0.112 0.067 0.097 0.057 0.017 0.001 0.006 0.346 153 K 0.118 0.060 0.011 0.036 0.026 0.046 0.069 0.014 0.001 0.005 0.615 154 L 0.162 0.035 0.044 0.068 0.041 0.093 0.072 0.006 0.001 0.005 0.473 155 P 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977 156 A 0.015 0.002 0.001 0.027 0.011 0.025 0.081 0.001 0.001 0.003 0.835