# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 P 0.080 0.016 0.011 0.012 0.012 0.025 0.844 3 A 0.183 0.009 0.038 0.014 0.210 0.080 0.467 4 L 0.409 0.005 0.031 0.007 0.141 0.069 0.339 5 I 0.691 0.005 0.008 0.005 0.026 0.011 0.254 6 T 0.888 0.005 0.001 0.003 0.013 0.004 0.086 7 Y 0.851 0.004 0.002 0.003 0.015 0.005 0.120 8 R 0.782 0.002 0.001 0.002 0.028 0.010 0.173 9 T 0.839 0.002 0.001 0.001 0.019 0.005 0.133 10 T 0.848 0.012 0.001 0.001 0.011 0.005 0.123 11 V 0.677 0.031 0.001 0.001 0.018 0.001 0.272 12 Q 0.318 0.013 0.001 0.001 0.016 0.003 0.649 13 E 0.051 0.004 0.400 0.084 0.060 0.334 0.067 14 D 0.031 0.002 0.480 0.075 0.077 0.285 0.051 15 W 0.112 0.017 0.425 0.075 0.073 0.115 0.184 16 V 0.243 0.265 0.047 0.058 0.069 0.063 0.254 17 D 0.129 0.037 0.023 0.013 0.070 0.053 0.675 18 Y 0.022 0.007 0.077 0.034 0.069 0.741 0.050 19 N 0.013 0.004 0.061 0.026 0.081 0.782 0.033 20 G 0.060 0.005 0.067 0.033 0.398 0.286 0.151 21 H 0.224 0.087 0.027 0.092 0.110 0.078 0.381 22 L 0.346 0.181 0.013 0.065 0.068 0.046 0.282 23 R 0.186 0.016 0.010 0.142 0.180 0.166 0.300 24 D 0.089 0.003 0.008 0.460 0.206 0.128 0.107 25 A 0.039 0.001 0.004 0.880 0.019 0.010 0.048 26 F 0.042 0.002 0.003 0.923 0.008 0.006 0.016 27 Y 0.025 0.001 0.004 0.955 0.004 0.004 0.008 28 L 0.025 0.001 0.004 0.950 0.005 0.004 0.011 29 L 0.012 0.001 0.006 0.955 0.007 0.012 0.009 30 I 0.006 0.001 0.007 0.952 0.005 0.022 0.008 31 F 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.006 0.004 32 S 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.009 0.002 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 34 A 0.001 0.001 0.004 0.969 0.001 0.021 0.004 35 T 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.009 0.002 36 D 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.011 0.003 37 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 38 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 39 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 40 D 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.001 41 R 0.001 0.001 0.006 0.924 0.005 0.062 0.002 42 I 0.001 0.001 0.004 0.370 0.010 0.608 0.006 43 G 0.001 0.002 0.002 0.018 0.057 0.739 0.179 44 L 0.005 0.009 0.001 0.002 0.067 0.003 0.912 45 D 0.022 0.022 0.002 0.004 0.021 0.002 0.927 46 A 0.006 0.004 0.284 0.520 0.030 0.111 0.045 47 D 0.003 0.001 0.440 0.347 0.017 0.153 0.038 48 S 0.005 0.003 0.519 0.265 0.020 0.121 0.066 49 R 0.020 0.022 0.220 0.362 0.043 0.219 0.114 50 G 0.020 0.009 0.134 0.231 0.086 0.301 0.220 51 Q 0.026 0.008 0.106 0.307 0.124 0.257 0.171 52 S 0.019 0.005 0.047 0.120 0.157 0.549 0.103 53 G 0.024 0.002 0.020 0.023 0.186 0.563 0.183 54 N 0.079 0.005 0.006 0.015 0.159 0.030 0.705 55 S 0.379 0.025 0.006 0.019 0.135 0.032 0.404 56 L 0.813 0.010 0.003 0.015 0.029 0.009 0.122 57 F 0.907 0.004 0.001 0.009 0.008 0.001 0.069 58 T 0.963 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.020 59 L 0.955 0.001 0.002 0.007 0.008 0.003 0.024 60 E 0.943 0.001 0.002 0.010 0.009 0.003 0.031 61 A 0.936 0.001 0.002 0.008 0.010 0.005 0.038 62 H 0.826 0.004 0.006 0.019 0.023 0.034 0.088 63 I 0.834 0.003 0.002 0.009 0.011 0.008 0.134 64 N 0.880 0.007 0.002 0.007 0.012 0.008 0.084 65 Y 0.888 0.006 0.003 0.004 0.015 0.014 0.070 66 L 0.612 0.008 0.016 0.013 0.121 0.021 0.209 67 H 0.427 0.002 0.008 0.007 0.295 0.014 0.246 68 E 0.336 0.008 0.007 0.005 0.100 0.027 0.517 69 V 0.156 0.040 0.001 0.002 0.059 0.005 0.736 70 K 0.110 0.005 0.001 0.001 0.031 0.009 0.843 71 L 0.020 0.004 0.028 0.006 0.155 0.730 0.057 72 G 0.018 0.001 0.019 0.001 0.119 0.764 0.079 73 T 0.092 0.002 0.006 0.001 0.278 0.019 0.603 74 E 0.622 0.005 0.001 0.001 0.028 0.004 0.340 75 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 76 W 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 77 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 78 Q 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 79 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 80 Q 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 81 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 82 L 0.888 0.001 0.002 0.002 0.026 0.028 0.053 83 G 0.712 0.004 0.008 0.003 0.075 0.091 0.107 84 F 0.621 0.010 0.018 0.003 0.124 0.127 0.096 85 D 0.415 0.014 0.020 0.001 0.150 0.237 0.163 86 R 0.215 0.003 0.029 0.001 0.303 0.282 0.168 87 K 0.379 0.004 0.009 0.001 0.262 0.091 0.256 88 R 0.845 0.003 0.002 0.001 0.041 0.013 0.096 89 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 90 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 91 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 92 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 H 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 94 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 95 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 96 H 0.972 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 97 R 0.793 0.008 0.001 0.001 0.013 0.006 0.178 98 A 0.089 0.001 0.020 0.004 0.095 0.737 0.053 99 G 0.023 0.003 0.019 0.002 0.107 0.807 0.038 100 F 0.029 0.001 0.016 0.003 0.416 0.433 0.102 101 D 0.133 0.004 0.002 0.002 0.458 0.248 0.153 102 E 0.895 0.010 0.001 0.001 0.018 0.003 0.073 103 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 104 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 105 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 106 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 107 S 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 108 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 109 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 110 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 111 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 112 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 113 H 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 114 V 0.942 0.007 0.001 0.002 0.007 0.002 0.040 115 D 0.456 0.015 0.001 0.001 0.015 0.007 0.506 116 L 0.044 0.003 0.014 0.003 0.178 0.628 0.130 117 A 0.011 0.006 0.015 0.002 0.196 0.695 0.075 118 G 0.017 0.015 0.014 0.002 0.580 0.135 0.237 119 P 0.023 0.035 0.006 0.002 0.241 0.082 0.611 120 Q 0.070 0.064 0.005 0.001 0.212 0.063 0.585 121 S 0.110 0.098 0.007 0.002 0.149 0.053 0.581 122 A 0.113 0.034 0.004 0.005 0.353 0.019 0.473 123 P 0.100 0.033 0.004 0.009 0.095 0.032 0.726 124 F 0.066 0.057 0.009 0.019 0.069 0.028 0.752 125 G 0.039 0.012 0.017 0.083 0.069 0.039 0.740 126 H 0.011 0.002 0.059 0.668 0.076 0.113 0.071 127 T 0.016 0.007 0.034 0.822 0.025 0.053 0.045 128 T 0.013 0.003 0.017 0.917 0.007 0.017 0.026 129 V 0.010 0.002 0.012 0.945 0.006 0.011 0.014 130 C 0.010 0.001 0.018 0.936 0.006 0.019 0.010 131 R 0.005 0.001 0.027 0.906 0.006 0.042 0.013 132 L 0.004 0.002 0.018 0.908 0.005 0.045 0.018 133 N 0.002 0.001 0.018 0.930 0.006 0.032 0.012 134 H 0.002 0.001 0.029 0.907 0.006 0.043 0.012 135 L 0.003 0.001 0.032 0.888 0.005 0.058 0.013 136 V 0.004 0.004 0.045 0.837 0.015 0.066 0.029 137 E 0.005 0.003 0.069 0.735 0.021 0.122 0.045 138 Q 0.004 0.002 0.046 0.639 0.044 0.173 0.092 139 Q 0.003 0.004 0.055 0.484 0.075 0.147 0.232 140 E 0.003 0.004 0.065 0.322 0.079 0.348 0.178 141 G 0.006 0.003 0.091 0.140 0.127 0.434 0.200 142 A 0.015 0.008 0.028 0.062 0.316 0.079 0.492 143 Q 0.020 0.027 0.029 0.058 0.148 0.071 0.647 144 A 0.021 0.009 0.007 0.029 0.139 0.009 0.786 145 P 0.028 0.016 0.134 0.265 0.026 0.061 0.470 146 Q 0.020 0.006 0.332 0.323 0.048 0.138 0.134 147 Y 0.027 0.008 0.347 0.315 0.045 0.160 0.098 148 M 0.035 0.018 0.160 0.278 0.069 0.340 0.101 149 G 0.024 0.002 0.064 0.065 0.078 0.658 0.109 150 R 0.080 0.006 0.049 0.061 0.239 0.202 0.363 151 T 0.248 0.072 0.044 0.116 0.101 0.130 0.289 152 I 0.244 0.036 0.012 0.042 0.106 0.037 0.523 153 K 0.228 0.027 0.012 0.014 0.091 0.045 0.581 154 L 0.085 0.012 0.020 0.012 0.120 0.028 0.723 155 P 0.017 0.008 0.007 0.003 0.011 0.017 0.938 156 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993