# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.410 0.231 0.012 0.229 0.003 0.013 0.016 0.004 0.003 0.010 2 P 0.060 0.336 0.114 0.024 0.168 0.028 0.045 0.078 0.078 0.047 0.023 3 A 0.115 0.210 0.079 0.014 0.289 0.015 0.033 0.080 0.074 0.059 0.031 4 L 0.227 0.137 0.023 0.007 0.413 0.017 0.026 0.047 0.027 0.032 0.045 5 I 0.208 0.143 0.016 0.003 0.573 0.003 0.005 0.007 0.003 0.014 0.025 6 T 0.392 0.055 0.007 0.004 0.432 0.008 0.009 0.009 0.005 0.018 0.062 7 Y 0.092 0.251 0.037 0.005 0.591 0.002 0.002 0.005 0.001 0.004 0.010 8 R 0.358 0.041 0.004 0.004 0.314 0.010 0.014 0.017 0.015 0.064 0.161 9 T 0.062 0.372 0.069 0.003 0.472 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.009 10 T 0.226 0.250 0.036 0.001 0.397 0.001 0.003 0.007 0.007 0.022 0.049 11 V 0.054 0.544 0.156 0.014 0.198 0.004 0.007 0.007 0.004 0.004 0.009 12 Q 0.003 0.610 0.337 0.009 0.032 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 13 E 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.011 0.035 0.443 0.493 0.004 0.001 14 D 0.007 0.007 0.010 0.004 0.011 0.004 0.024 0.494 0.271 0.147 0.020 15 W 0.026 0.025 0.002 0.002 0.033 0.007 0.045 0.417 0.163 0.266 0.012 16 V 0.050 0.079 0.031 0.007 0.143 0.007 0.018 0.212 0.145 0.269 0.040 17 D 0.075 0.120 0.286 0.037 0.114 0.017 0.027 0.114 0.076 0.080 0.053 18 Y 0.006 0.016 0.009 0.005 0.010 0.007 0.039 0.532 0.271 0.098 0.007 19 N 0.011 0.432 0.131 0.035 0.073 0.016 0.058 0.085 0.061 0.088 0.009 20 G 0.042 0.056 0.046 0.076 0.034 0.045 0.043 0.128 0.133 0.284 0.114 21 H 0.085 0.112 0.043 0.012 0.159 0.022 0.061 0.232 0.107 0.112 0.054 22 L 0.158 0.099 0.032 0.021 0.181 0.025 0.029 0.174 0.108 0.095 0.078 23 R 0.024 0.065 0.061 0.081 0.044 0.085 0.107 0.258 0.114 0.134 0.027 24 D 0.137 0.074 0.053 0.015 0.156 0.006 0.011 0.179 0.071 0.179 0.119 25 A 0.012 0.024 0.006 0.003 0.033 0.002 0.007 0.651 0.230 0.023 0.008 26 F 0.005 0.006 0.002 0.001 0.009 0.003 0.022 0.818 0.119 0.014 0.002 27 Y 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.885 0.074 0.011 0.003 28 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.903 0.070 0.005 0.003 29 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.916 0.052 0.002 0.001 30 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.910 0.057 0.017 0.002 31 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.884 0.094 0.009 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.935 0.046 0.002 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.932 0.045 0.009 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.912 0.070 0.011 0.001 35 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.055 0.007 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.028 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.970 0.019 0.003 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.029 0.004 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.043 0.002 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.849 0.137 0.003 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.825 0.085 0.005 0.001 42 I 0.002 0.727 0.219 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 43 G 0.087 0.008 0.013 0.009 0.010 0.005 0.002 0.009 0.007 0.380 0.468 44 L 0.031 0.548 0.175 0.008 0.191 0.005 0.005 0.012 0.004 0.012 0.010 45 D 0.089 0.388 0.211 0.007 0.249 0.001 0.001 0.009 0.003 0.015 0.028 46 A 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.527 0.438 0.012 0.003 47 D 0.004 0.008 0.004 0.001 0.009 0.003 0.017 0.770 0.156 0.023 0.004 48 S 0.006 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 0.596 0.218 0.146 0.003 49 R 0.015 0.026 0.017 0.007 0.032 0.011 0.045 0.604 0.174 0.061 0.007 50 G 0.021 0.053 0.072 0.028 0.021 0.022 0.044 0.296 0.175 0.236 0.032 51 Q 0.047 0.059 0.040 0.029 0.052 0.046 0.116 0.277 0.136 0.167 0.031 52 S 0.019 0.256 0.141 0.123 0.058 0.070 0.111 0.111 0.048 0.049 0.014 53 G 0.023 0.034 0.062 0.128 0.020 0.043 0.022 0.040 0.068 0.474 0.085 54 N 0.094 0.136 0.047 0.030 0.172 0.020 0.037 0.080 0.094 0.212 0.077 55 S 0.162 0.201 0.118 0.015 0.328 0.006 0.008 0.032 0.034 0.044 0.052 56 L 0.092 0.353 0.096 0.005 0.408 0.004 0.005 0.014 0.008 0.006 0.009 57 F 0.224 0.262 0.042 0.002 0.416 0.001 0.006 0.013 0.003 0.006 0.023 58 T 0.456 0.058 0.015 0.014 0.350 0.012 0.012 0.011 0.003 0.006 0.063 59 L 0.083 0.157 0.023 0.037 0.309 0.094 0.128 0.111 0.029 0.016 0.011 60 E 0.443 0.036 0.004 0.002 0.397 0.004 0.008 0.018 0.006 0.016 0.066 61 A 0.149 0.153 0.010 0.002 0.648 0.001 0.001 0.006 0.002 0.008 0.020 62 H 0.412 0.032 0.002 0.001 0.436 0.001 0.001 0.005 0.003 0.023 0.084 63 I 0.350 0.098 0.008 0.001 0.498 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.037 64 N 0.278 0.094 0.016 0.008 0.420 0.012 0.019 0.019 0.012 0.046 0.077 65 Y 0.243 0.167 0.042 0.007 0.476 0.003 0.006 0.014 0.006 0.011 0.025 66 L 0.247 0.069 0.024 0.028 0.218 0.041 0.050 0.055 0.048 0.104 0.118 67 H 0.031 0.398 0.270 0.037 0.198 0.015 0.012 0.019 0.006 0.006 0.008 68 E 0.199 0.214 0.038 0.003 0.383 0.004 0.009 0.024 0.021 0.048 0.056 69 V 0.196 0.317 0.076 0.008 0.315 0.005 0.007 0.016 0.011 0.012 0.037 70 K 0.036 0.137 0.575 0.093 0.071 0.020 0.007 0.012 0.011 0.023 0.016 71 L 0.003 0.010 0.010 0.132 0.004 0.181 0.533 0.105 0.019 0.002 0.002 72 G 0.011 0.011 0.016 0.033 0.007 0.014 0.006 0.010 0.063 0.719 0.110 73 T 0.026 0.578 0.099 0.004 0.245 0.001 0.003 0.010 0.013 0.017 0.003 74 E 0.454 0.035 0.002 0.001 0.458 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.041 75 V 0.203 0.101 0.010 0.003 0.667 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 76 W 0.326 0.032 0.003 0.001 0.618 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 77 V 0.318 0.074 0.008 0.006 0.550 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 78 Q 0.494 0.018 0.002 0.001 0.318 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.145 79 T 0.175 0.171 0.020 0.003 0.616 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 80 Q 0.146 0.244 0.015 0.001 0.576 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 81 I 0.697 0.011 0.004 0.002 0.164 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.113 82 L 0.011 0.034 0.010 0.195 0.035 0.461 0.164 0.031 0.035 0.016 0.008 83 G 0.316 0.146 0.118 0.010 0.253 0.002 0.003 0.005 0.009 0.059 0.080 84 F 0.199 0.053 0.016 0.227 0.113 0.126 0.022 0.027 0.038 0.068 0.111 85 D 0.019 0.044 0.097 0.480 0.048 0.132 0.060 0.042 0.043 0.023 0.013 86 R 0.075 0.035 0.011 0.018 0.061 0.014 0.023 0.104 0.219 0.334 0.105 87 K 0.042 0.077 0.022 0.023 0.105 0.025 0.056 0.164 0.178 0.276 0.032 88 R 0.367 0.080 0.016 0.008 0.370 0.006 0.011 0.022 0.014 0.034 0.071 89 L 0.307 0.066 0.004 0.001 0.591 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.022 90 H 0.254 0.072 0.007 0.004 0.627 0.004 0.004 0.004 0.001 0.004 0.020 91 V 0.457 0.040 0.003 0.001 0.460 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.032 92 Y 0.444 0.024 0.003 0.007 0.417 0.011 0.011 0.005 0.001 0.010 0.068 93 H 0.225 0.107 0.006 0.001 0.644 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 94 S 0.340 0.062 0.005 0.001 0.540 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.039 95 L 0.395 0.086 0.011 0.005 0.381 0.007 0.007 0.013 0.005 0.015 0.075 96 H 0.192 0.227 0.045 0.013 0.347 0.013 0.015 0.023 0.015 0.036 0.073 97 R 0.109 0.288 0.155 0.045 0.259 0.018 0.011 0.030 0.022 0.037 0.027 98 A 0.028 0.086 0.107 0.126 0.036 0.076 0.108 0.282 0.123 0.017 0.010 99 G 0.022 0.038 0.118 0.113 0.021 0.095 0.095 0.112 0.098 0.246 0.042 100 F 0.035 0.479 0.087 0.062 0.193 0.019 0.039 0.034 0.014 0.017 0.020 101 D 0.040 0.004 0.003 0.006 0.013 0.009 0.007 0.026 0.075 0.609 0.208 102 E 0.008 0.647 0.163 0.002 0.170 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 103 V 0.510 0.028 0.001 0.001 0.432 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 104 L 0.236 0.084 0.021 0.032 0.525 0.035 0.019 0.007 0.003 0.005 0.033 105 A 0.313 0.090 0.009 0.005 0.508 0.006 0.007 0.006 0.001 0.007 0.050 106 A 0.422 0.048 0.010 0.008 0.377 0.007 0.008 0.006 0.002 0.020 0.093 107 S 0.283 0.105 0.018 0.003 0.536 0.002 0.002 0.003 0.002 0.010 0.036 108 E 0.287 0.072 0.006 0.005 0.541 0.009 0.014 0.011 0.005 0.012 0.037 109 Q 0.382 0.083 0.007 0.003 0.484 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.031 110 M 0.285 0.049 0.003 0.007 0.600 0.010 0.012 0.006 0.002 0.004 0.023 111 L 0.302 0.053 0.005 0.003 0.614 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 112 L 0.226 0.083 0.004 0.003 0.628 0.005 0.004 0.008 0.002 0.004 0.034 113 H 0.375 0.058 0.008 0.001 0.448 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 0.077 114 V 0.078 0.468 0.069 0.007 0.306 0.006 0.008 0.011 0.007 0.015 0.024 115 D 0.182 0.180 0.050 0.002 0.552 0.001 0.003 0.004 0.002 0.005 0.020 116 L 0.019 0.033 0.029 0.008 0.021 0.010 0.028 0.401 0.400 0.042 0.011 117 A 0.005 0.039 0.038 0.031 0.016 0.098 0.449 0.207 0.070 0.042 0.004 118 G 0.043 0.285 0.190 0.095 0.137 0.014 0.017 0.020 0.015 0.132 0.053 119 P 0.065 0.227 0.237 0.025 0.116 0.013 0.014 0.060 0.062 0.111 0.071 120 Q 0.016 0.486 0.276 0.007 0.167 0.004 0.008 0.018 0.008 0.006 0.004 121 S 0.192 0.243 0.110 0.007 0.294 0.005 0.012 0.023 0.021 0.036 0.058 122 A 0.012 0.499 0.357 0.005 0.107 0.002 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 123 P 0.103 0.384 0.193 0.007 0.205 0.007 0.020 0.019 0.010 0.019 0.032 124 F 0.044 0.297 0.244 0.057 0.103 0.025 0.064 0.071 0.033 0.034 0.029 125 G 0.009 0.359 0.392 0.076 0.043 0.020 0.006 0.054 0.017 0.018 0.006 126 H 0.007 0.021 0.008 0.003 0.024 0.009 0.014 0.620 0.253 0.034 0.005 127 T 0.015 0.021 0.012 0.001 0.023 0.002 0.008 0.789 0.083 0.033 0.012 128 T 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.849 0.094 0.037 0.002 129 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.925 0.059 0.004 0.001 130 C 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.935 0.046 0.002 0.001 131 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.942 0.032 0.006 0.001 132 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.857 0.096 0.029 0.001 133 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.854 0.121 0.006 0.001 134 H 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.021 0.875 0.078 0.013 0.002 135 L 0.003 0.006 0.003 0.002 0.006 0.004 0.027 0.792 0.117 0.039 0.002 136 V 0.024 0.029 0.005 0.002 0.032 0.004 0.016 0.651 0.181 0.045 0.011 137 E 0.015 0.034 0.015 0.008 0.026 0.018 0.079 0.572 0.170 0.053 0.009 138 Q 0.025 0.082 0.055 0.016 0.059 0.020 0.118 0.382 0.116 0.110 0.017 139 Q 0.072 0.156 0.101 0.024 0.128 0.022 0.061 0.243 0.088 0.069 0.034 140 E 0.022 0.123 0.086 0.051 0.053 0.037 0.095 0.286 0.145 0.088 0.015 141 G 0.017 0.069 0.130 0.108 0.029 0.060 0.051 0.178 0.114 0.210 0.033 142 A 0.034 0.286 0.162 0.021 0.148 0.015 0.045 0.166 0.064 0.039 0.021 143 Q 0.057 0.288 0.171 0.014 0.163 0.010 0.043 0.102 0.051 0.071 0.030 144 A 0.030 0.405 0.344 0.011 0.125 0.002 0.007 0.043 0.016 0.006 0.010 145 P 0.037 0.305 0.089 0.010 0.134 0.008 0.019 0.240 0.123 0.018 0.015 146 Q 0.023 0.041 0.025 0.011 0.032 0.048 0.135 0.453 0.191 0.029 0.013 147 Y 0.031 0.027 0.019 0.018 0.028 0.025 0.063 0.387 0.143 0.226 0.031 148 M 0.070 0.188 0.060 0.049 0.122 0.050 0.093 0.175 0.072 0.077 0.042 149 G 0.057 0.045 0.040 0.092 0.041 0.054 0.033 0.085 0.086 0.350 0.118 150 R 0.084 0.291 0.074 0.008 0.336 0.006 0.021 0.086 0.041 0.034 0.019 151 T 0.215 0.138 0.027 0.004 0.379 0.008 0.027 0.076 0.044 0.038 0.044 152 I 0.115 0.283 0.035 0.004 0.457 0.004 0.009 0.028 0.018 0.019 0.029 153 K 0.283 0.102 0.044 0.003 0.314 0.003 0.013 0.021 0.019 0.091 0.106 154 L 0.026 0.526 0.306 0.009 0.112 0.001 0.003 0.008 0.003 0.002 0.004 155 P 0.014 0.538 0.282 0.021 0.082 0.007 0.010 0.024 0.013 0.006 0.004 156 A 0.029 0.113 0.062 0.016 0.060 0.031 0.068 0.291 0.274 0.042 0.014