# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.263 0.138 0.137 0.131 0.119 0.086 0.052 0.031 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 2 P 0.313 0.190 0.153 0.118 0.098 0.052 0.033 0.019 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 3 A 0.217 0.124 0.126 0.141 0.134 0.098 0.065 0.038 0.024 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 4 L 0.118 0.085 0.098 0.129 0.166 0.130 0.102 0.074 0.047 0.026 0.015 0.007 0.003 0.001 5 I 0.062 0.034 0.041 0.084 0.107 0.146 0.127 0.116 0.087 0.092 0.054 0.029 0.016 0.005 6 T 0.083 0.081 0.090 0.131 0.131 0.107 0.114 0.102 0.075 0.038 0.023 0.017 0.005 0.003 7 Y 0.036 0.024 0.033 0.055 0.072 0.110 0.104 0.152 0.125 0.135 0.090 0.038 0.019 0.006 8 R 0.052 0.067 0.082 0.122 0.159 0.122 0.113 0.085 0.079 0.053 0.031 0.021 0.007 0.006 9 T 0.044 0.027 0.038 0.062 0.076 0.108 0.116 0.126 0.122 0.134 0.080 0.038 0.020 0.010 10 T 0.047 0.049 0.079 0.120 0.166 0.142 0.133 0.103 0.074 0.041 0.021 0.014 0.006 0.005 11 V 0.031 0.015 0.021 0.038 0.062 0.108 0.116 0.148 0.132 0.141 0.092 0.053 0.033 0.008 12 Q 0.059 0.071 0.098 0.165 0.177 0.135 0.111 0.075 0.052 0.029 0.014 0.009 0.003 0.002 13 E 0.136 0.091 0.095 0.119 0.122 0.112 0.095 0.080 0.059 0.044 0.029 0.012 0.004 0.002 14 D 0.106 0.103 0.111 0.139 0.159 0.125 0.088 0.070 0.049 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 15 W 0.073 0.082 0.086 0.134 0.154 0.137 0.107 0.088 0.064 0.039 0.021 0.008 0.003 0.002 16 V 0.077 0.051 0.068 0.105 0.128 0.148 0.135 0.103 0.083 0.053 0.027 0.014 0.005 0.003 17 D 0.121 0.089 0.106 0.120 0.126 0.118 0.096 0.090 0.063 0.031 0.022 0.010 0.005 0.002 18 Y 0.088 0.043 0.050 0.072 0.103 0.123 0.107 0.116 0.104 0.086 0.052 0.033 0.018 0.007 19 N 0.128 0.092 0.098 0.127 0.133 0.114 0.102 0.070 0.053 0.035 0.025 0.015 0.006 0.003 20 G 0.187 0.111 0.110 0.131 0.115 0.098 0.081 0.051 0.046 0.029 0.024 0.011 0.004 0.003 21 H 0.093 0.076 0.094 0.131 0.142 0.149 0.125 0.078 0.054 0.027 0.018 0.008 0.003 0.002 22 L 0.075 0.055 0.058 0.089 0.122 0.148 0.138 0.119 0.086 0.052 0.033 0.016 0.007 0.003 23 R 0.093 0.092 0.106 0.144 0.138 0.133 0.114 0.083 0.046 0.024 0.015 0.007 0.003 0.002 24 D 0.107 0.084 0.109 0.120 0.151 0.130 0.102 0.070 0.056 0.032 0.020 0.011 0.005 0.003 25 A 0.083 0.056 0.066 0.089 0.120 0.135 0.132 0.110 0.088 0.059 0.031 0.017 0.010 0.004 26 F 0.062 0.051 0.067 0.106 0.131 0.154 0.144 0.101 0.077 0.048 0.029 0.016 0.009 0.005 27 Y 0.025 0.017 0.028 0.057 0.101 0.136 0.171 0.140 0.136 0.084 0.056 0.030 0.012 0.007 28 L 0.047 0.037 0.050 0.070 0.102 0.152 0.153 0.123 0.108 0.061 0.049 0.027 0.015 0.005 29 L 0.087 0.116 0.119 0.169 0.156 0.108 0.082 0.070 0.044 0.025 0.013 0.005 0.003 0.002 30 I 0.016 0.019 0.031 0.075 0.112 0.171 0.212 0.187 0.099 0.046 0.019 0.008 0.003 0.002 31 F 0.009 0.011 0.028 0.062 0.125 0.199 0.195 0.169 0.125 0.057 0.013 0.004 0.002 0.001 32 S 0.135 0.199 0.211 0.167 0.150 0.064 0.037 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.093 0.143 0.176 0.192 0.171 0.097 0.065 0.041 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 34 A 0.015 0.017 0.040 0.094 0.136 0.205 0.259 0.175 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 35 T 0.040 0.065 0.127 0.164 0.219 0.159 0.121 0.055 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 36 D 0.297 0.218 0.179 0.128 0.092 0.045 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.235 0.210 0.191 0.154 0.104 0.059 0.025 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 38 L 0.038 0.035 0.053 0.130 0.194 0.189 0.151 0.111 0.064 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 39 M 0.049 0.061 0.075 0.128 0.160 0.180 0.151 0.103 0.054 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 40 D 0.413 0.248 0.141 0.091 0.044 0.028 0.019 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 41 R 0.214 0.171 0.202 0.117 0.119 0.076 0.048 0.017 0.018 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 42 I 0.056 0.038 0.064 0.110 0.173 0.196 0.146 0.104 0.051 0.033 0.018 0.007 0.004 0.001 43 G 0.179 0.153 0.142 0.134 0.132 0.090 0.075 0.045 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 44 L 0.118 0.060 0.074 0.127 0.156 0.148 0.097 0.084 0.053 0.052 0.019 0.008 0.004 0.001 45 D 0.272 0.202 0.153 0.136 0.101 0.055 0.036 0.017 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 46 A 0.129 0.071 0.096 0.123 0.140 0.157 0.106 0.069 0.050 0.034 0.018 0.006 0.002 0.001 47 D 0.302 0.199 0.150 0.134 0.096 0.054 0.032 0.017 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 48 S 0.353 0.175 0.146 0.116 0.085 0.057 0.031 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 49 R 0.241 0.145 0.146 0.156 0.141 0.077 0.047 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 50 G 0.347 0.204 0.163 0.123 0.074 0.043 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 Q 0.365 0.192 0.160 0.111 0.081 0.044 0.022 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 S 0.180 0.143 0.134 0.164 0.134 0.093 0.062 0.048 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 53 G 0.120 0.144 0.130 0.136 0.137 0.115 0.084 0.066 0.034 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 54 N 0.014 0.023 0.036 0.075 0.123 0.155 0.159 0.152 0.104 0.077 0.045 0.020 0.011 0.005 55 S 0.009 0.012 0.022 0.044 0.076 0.115 0.155 0.121 0.135 0.109 0.103 0.056 0.024 0.018 56 L 0.003 0.003 0.006 0.011 0.019 0.043 0.070 0.106 0.158 0.154 0.192 0.124 0.068 0.044 57 F 0.003 0.002 0.003 0.006 0.011 0.020 0.038 0.074 0.128 0.160 0.197 0.189 0.106 0.063 58 T 0.002 0.002 0.002 0.005 0.010 0.018 0.039 0.122 0.138 0.161 0.182 0.153 0.115 0.051 59 L 0.003 0.002 0.004 0.008 0.012 0.028 0.054 0.091 0.123 0.188 0.182 0.149 0.097 0.060 60 E 0.008 0.013 0.021 0.043 0.091 0.087 0.132 0.169 0.141 0.120 0.074 0.048 0.025 0.029 61 A 0.008 0.007 0.011 0.021 0.037 0.084 0.094 0.099 0.134 0.183 0.137 0.094 0.060 0.031 62 H 0.013 0.027 0.046 0.133 0.212 0.152 0.153 0.093 0.093 0.050 0.013 0.007 0.003 0.004 63 I 0.023 0.020 0.028 0.058 0.077 0.136 0.141 0.129 0.122 0.121 0.089 0.034 0.016 0.006 64 N 0.093 0.112 0.145 0.171 0.159 0.111 0.084 0.064 0.038 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 65 Y 0.037 0.031 0.042 0.083 0.117 0.133 0.135 0.160 0.110 0.088 0.040 0.016 0.007 0.002 66 L 0.059 0.073 0.094 0.136 0.185 0.144 0.099 0.108 0.062 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 67 H 0.209 0.140 0.123 0.141 0.118 0.084 0.065 0.050 0.028 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 68 E 0.103 0.097 0.132 0.158 0.205 0.118 0.082 0.043 0.037 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 69 V 0.048 0.033 0.056 0.108 0.144 0.184 0.139 0.101 0.075 0.061 0.030 0.012 0.008 0.002 70 K 0.104 0.119 0.147 0.204 0.167 0.095 0.076 0.045 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 71 L 0.037 0.030 0.044 0.095 0.131 0.169 0.125 0.140 0.094 0.083 0.032 0.011 0.007 0.002 72 G 0.053 0.086 0.088 0.164 0.199 0.145 0.096 0.074 0.051 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 73 T 0.053 0.065 0.104 0.157 0.158 0.127 0.112 0.078 0.054 0.045 0.028 0.010 0.006 0.004 74 E 0.015 0.027 0.049 0.104 0.168 0.171 0.152 0.100 0.105 0.065 0.023 0.013 0.005 0.005 75 V 0.004 0.004 0.008 0.017 0.031 0.070 0.097 0.130 0.154 0.164 0.162 0.075 0.062 0.021 76 W 0.003 0.007 0.012 0.042 0.068 0.085 0.134 0.172 0.155 0.140 0.081 0.051 0.026 0.024 77 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.024 0.054 0.127 0.182 0.250 0.211 0.088 0.042 78 Q 0.001 0.002 0.004 0.011 0.024 0.032 0.061 0.188 0.191 0.179 0.129 0.084 0.056 0.036 79 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.023 0.073 0.107 0.176 0.221 0.198 0.122 0.058 80 Q 0.002 0.005 0.010 0.026 0.054 0.074 0.121 0.208 0.173 0.153 0.079 0.047 0.022 0.026 81 I 0.003 0.004 0.007 0.012 0.026 0.049 0.076 0.119 0.169 0.176 0.177 0.103 0.052 0.027 82 L 0.013 0.027 0.055 0.112 0.138 0.183 0.169 0.129 0.079 0.048 0.026 0.011 0.006 0.004 83 G 0.071 0.105 0.103 0.140 0.178 0.120 0.094 0.063 0.067 0.030 0.019 0.007 0.002 0.002 84 F 0.035 0.048 0.076 0.144 0.173 0.171 0.130 0.109 0.060 0.032 0.014 0.004 0.002 0.001 85 D 0.285 0.271 0.176 0.111 0.066 0.038 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 86 R 0.139 0.132 0.179 0.162 0.172 0.090 0.054 0.033 0.021 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 87 K 0.144 0.114 0.126 0.145 0.154 0.120 0.080 0.054 0.030 0.018 0.011 0.003 0.002 0.001 88 R 0.054 0.073 0.088 0.140 0.197 0.144 0.107 0.075 0.057 0.038 0.014 0.007 0.003 0.002 89 L 0.010 0.008 0.014 0.036 0.064 0.099 0.127 0.159 0.144 0.159 0.090 0.052 0.028 0.010 90 H 0.009 0.017 0.025 0.064 0.088 0.105 0.134 0.154 0.146 0.106 0.070 0.045 0.021 0.015 91 V 0.002 0.001 0.003 0.006 0.010 0.023 0.041 0.079 0.140 0.208 0.228 0.162 0.065 0.034 92 Y 0.002 0.004 0.007 0.018 0.039 0.048 0.078 0.180 0.178 0.163 0.124 0.080 0.047 0.030 93 H 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.018 0.034 0.065 0.103 0.177 0.216 0.191 0.118 0.060 94 S 0.005 0.010 0.021 0.047 0.089 0.093 0.145 0.219 0.147 0.108 0.057 0.031 0.014 0.014 95 L 0.005 0.005 0.009 0.017 0.034 0.072 0.090 0.141 0.150 0.176 0.155 0.083 0.047 0.016 96 H 0.019 0.039 0.079 0.166 0.198 0.189 0.140 0.079 0.051 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 97 R 0.131 0.136 0.124 0.174 0.182 0.093 0.056 0.040 0.037 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 98 A 0.152 0.195 0.180 0.222 0.129 0.061 0.030 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 G 0.462 0.291 0.132 0.062 0.025 0.015 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.357 0.241 0.181 0.106 0.069 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.427 0.265 0.142 0.072 0.045 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.107 0.143 0.131 0.166 0.215 0.102 0.059 0.033 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 103 V 0.022 0.022 0.038 0.076 0.113 0.154 0.179 0.192 0.092 0.053 0.034 0.013 0.008 0.003 104 L 0.016 0.018 0.027 0.059 0.118 0.141 0.136 0.127 0.117 0.091 0.061 0.054 0.022 0.013 105 A 0.010 0.005 0.010 0.019 0.024 0.049 0.078 0.118 0.144 0.173 0.152 0.123 0.072 0.022 106 A 0.010 0.014 0.023 0.051 0.085 0.097 0.120 0.150 0.159 0.125 0.061 0.058 0.026 0.021 107 S 0.004 0.003 0.006 0.012 0.019 0.047 0.067 0.122 0.151 0.200 0.177 0.103 0.064 0.025 108 E 0.005 0.013 0.021 0.061 0.096 0.116 0.147 0.148 0.149 0.127 0.050 0.033 0.016 0.018 109 Q 0.003 0.004 0.008 0.017 0.030 0.059 0.108 0.116 0.176 0.166 0.158 0.089 0.034 0.032 110 M 0.002 0.004 0.010 0.022 0.046 0.080 0.121 0.192 0.176 0.136 0.099 0.047 0.034 0.031 111 L 0.003 0.002 0.004 0.006 0.011 0.022 0.048 0.079 0.116 0.143 0.175 0.177 0.122 0.092 112 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.017 0.030 0.062 0.158 0.148 0.188 0.154 0.102 0.082 0.042 113 H 0.005 0.004 0.006 0.012 0.022 0.039 0.061 0.100 0.124 0.151 0.183 0.147 0.092 0.055 114 V 0.013 0.011 0.015 0.038 0.055 0.093 0.126 0.141 0.140 0.136 0.114 0.069 0.032 0.017 115 D 0.031 0.051 0.055 0.120 0.152 0.139 0.138 0.104 0.107 0.048 0.033 0.013 0.005 0.003 116 L 0.051 0.068 0.082 0.146 0.149 0.169 0.121 0.077 0.071 0.036 0.022 0.006 0.002 0.001 117 A 0.336 0.248 0.183 0.092 0.059 0.036 0.021 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 118 G 0.414 0.206 0.165 0.083 0.063 0.032 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 P 0.318 0.166 0.149 0.120 0.115 0.058 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 120 Q 0.310 0.175 0.140 0.120 0.107 0.061 0.039 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 121 S 0.216 0.117 0.119 0.123 0.136 0.105 0.079 0.054 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 122 A 0.180 0.102 0.103 0.141 0.147 0.123 0.084 0.056 0.029 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 123 P 0.278 0.155 0.135 0.125 0.117 0.070 0.048 0.032 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 124 F 0.113 0.065 0.087 0.132 0.148 0.154 0.110 0.075 0.049 0.035 0.019 0.009 0.003 0.001 125 G 0.190 0.117 0.134 0.140 0.130 0.119 0.075 0.039 0.029 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 126 H 0.357 0.160 0.117 0.121 0.098 0.058 0.037 0.023 0.013 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 127 T 0.258 0.193 0.154 0.138 0.106 0.061 0.041 0.024 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 128 T 0.081 0.062 0.093 0.125 0.161 0.180 0.130 0.085 0.045 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 129 V 0.109 0.100 0.150 0.157 0.180 0.125 0.083 0.049 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 130 C 0.398 0.156 0.110 0.114 0.090 0.056 0.031 0.023 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 131 R 0.174 0.167 0.135 0.181 0.150 0.083 0.051 0.029 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 132 L 0.042 0.033 0.061 0.114 0.148 0.188 0.166 0.117 0.078 0.033 0.012 0.004 0.001 0.001 133 N 0.354 0.231 0.171 0.115 0.063 0.033 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 H 0.496 0.225 0.141 0.066 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.106 0.083 0.106 0.175 0.220 0.143 0.089 0.051 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 136 V 0.186 0.134 0.174 0.174 0.156 0.081 0.051 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 137 E 0.586 0.175 0.098 0.070 0.038 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.539 0.193 0.105 0.081 0.047 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 Q 0.486 0.184 0.138 0.090 0.056 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.529 0.176 0.117 0.078 0.053 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 G 0.442 0.160 0.134 0.106 0.085 0.039 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.388 0.140 0.113 0.129 0.106 0.059 0.034 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.468 0.203 0.127 0.089 0.057 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 A 0.248 0.126 0.146 0.153 0.140 0.096 0.048 0.021 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 145 P 0.386 0.161 0.130 0.126 0.098 0.050 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 146 Q 0.578 0.200 0.108 0.060 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Y 0.277 0.157 0.147 0.135 0.129 0.076 0.038 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 148 M 0.128 0.087 0.119 0.169 0.185 0.136 0.087 0.050 0.020 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 149 G 0.444 0.232 0.148 0.078 0.048 0.023 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 R 0.364 0.158 0.121 0.124 0.099 0.062 0.031 0.019 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 151 T 0.148 0.115 0.126 0.166 0.176 0.103 0.072 0.049 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 152 I 0.080 0.040 0.054 0.102 0.146 0.204 0.143 0.115 0.049 0.044 0.014 0.006 0.003 0.001 153 K 0.350 0.198 0.154 0.125 0.086 0.038 0.025 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 154 L 0.170 0.073 0.111 0.145 0.150 0.145 0.087 0.046 0.031 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 155 P 0.327 0.166 0.139 0.124 0.114 0.061 0.031 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 156 A 0.304 0.142 0.133 0.131 0.107 0.071 0.045 0.032 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001