# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.006 0.005 0.004 2 P 0.001 0.010 0.852 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.031 0.003 0.024 3 A 0.002 0.013 0.504 0.010 0.049 0.013 0.001 0.001 0.006 0.232 0.075 0.069 0.027 4 L 0.014 0.019 0.304 0.035 0.036 0.014 0.008 0.001 0.039 0.119 0.048 0.030 0.333 5 I 0.053 0.015 0.126 0.012 0.005 0.005 0.027 0.003 0.079 0.026 0.013 0.538 0.097 6 T 0.137 0.019 0.060 0.012 0.001 0.002 0.045 0.004 0.112 0.013 0.005 0.051 0.538 7 Y 0.071 0.003 0.098 0.054 0.001 0.002 0.029 0.002 0.125 0.021 0.009 0.532 0.053 8 R 0.069 0.004 0.126 0.028 0.001 0.001 0.030 0.002 0.141 0.037 0.014 0.017 0.528 9 T 0.039 0.003 0.112 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.145 0.048 0.006 0.571 0.042 10 T 0.029 0.023 0.153 0.003 0.001 0.001 0.026 0.002 0.116 0.023 0.003 0.027 0.593 11 V 0.018 0.060 0.469 0.015 0.001 0.001 0.021 0.006 0.068 0.028 0.003 0.242 0.068 12 Q 0.003 0.032 0.699 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.023 0.002 0.031 0.186 13 E 0.002 0.002 0.058 0.006 0.442 0.152 0.001 0.001 0.002 0.034 0.281 0.003 0.018 14 D 0.003 0.003 0.030 0.009 0.401 0.115 0.001 0.001 0.003 0.069 0.347 0.012 0.007 15 W 0.003 0.009 0.089 0.011 0.433 0.124 0.001 0.001 0.006 0.076 0.208 0.009 0.030 16 V 0.007 0.197 0.232 0.005 0.070 0.218 0.002 0.002 0.010 0.113 0.056 0.016 0.071 17 D 0.002 0.044 0.544 0.011 0.048 0.145 0.001 0.001 0.006 0.098 0.052 0.022 0.026 18 Y 0.001 0.004 0.040 0.002 0.153 0.315 0.001 0.001 0.001 0.030 0.444 0.001 0.009 19 N 0.002 0.004 0.051 0.014 0.079 0.162 0.001 0.001 0.001 0.055 0.625 0.003 0.004 20 G 0.002 0.008 0.089 0.002 0.072 0.129 0.001 0.003 0.005 0.213 0.460 0.012 0.005 21 H 0.017 0.035 0.305 0.006 0.037 0.107 0.005 0.012 0.018 0.107 0.283 0.008 0.061 22 L 0.071 0.198 0.258 0.005 0.027 0.079 0.029 0.031 0.029 0.040 0.039 0.100 0.094 23 R 0.034 0.038 0.213 0.058 0.031 0.150 0.010 0.017 0.025 0.139 0.164 0.044 0.075 24 D 0.009 0.004 0.174 0.035 0.023 0.242 0.003 0.006 0.012 0.205 0.251 0.019 0.017 25 A 0.016 0.007 0.152 0.003 0.014 0.645 0.008 0.020 0.020 0.031 0.043 0.012 0.028 26 F 0.023 0.013 0.060 0.002 0.009 0.770 0.015 0.013 0.028 0.015 0.014 0.023 0.017 27 Y 0.012 0.002 0.010 0.001 0.007 0.922 0.006 0.008 0.009 0.003 0.007 0.003 0.011 28 L 0.008 0.001 0.010 0.005 0.006 0.943 0.003 0.003 0.004 0.004 0.008 0.003 0.003 29 L 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.002 0.004 30 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.002 31 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.370 0.001 0.001 0.001 0.018 0.601 0.001 0.001 43 G 0.001 0.005 0.152 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.172 0.652 0.001 0.001 44 L 0.001 0.032 0.731 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.219 0.008 0.003 0.002 45 D 0.001 0.043 0.840 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.089 0.006 0.002 0.011 46 A 0.001 0.002 0.026 0.001 0.180 0.701 0.001 0.001 0.001 0.009 0.080 0.001 0.001 47 D 0.001 0.001 0.014 0.001 0.252 0.664 0.001 0.001 0.001 0.007 0.059 0.001 0.001 48 S 0.001 0.001 0.020 0.001 0.301 0.627 0.001 0.001 0.001 0.010 0.038 0.001 0.001 49 R 0.001 0.007 0.027 0.001 0.111 0.780 0.001 0.001 0.001 0.010 0.061 0.001 0.002 50 G 0.001 0.011 0.049 0.003 0.105 0.634 0.001 0.001 0.001 0.023 0.167 0.001 0.002 51 Q 0.001 0.005 0.093 0.001 0.108 0.468 0.001 0.001 0.001 0.043 0.274 0.002 0.003 52 S 0.001 0.003 0.060 0.003 0.043 0.129 0.001 0.001 0.001 0.119 0.639 0.002 0.002 53 G 0.001 0.004 0.141 0.004 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.153 0.675 0.003 0.002 54 N 0.003 0.017 0.712 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.107 0.037 0.031 0.064 55 S 0.049 0.036 0.356 0.037 0.006 0.005 0.011 0.002 0.041 0.055 0.015 0.132 0.255 56 L 0.142 0.013 0.089 0.064 0.009 0.010 0.046 0.008 0.076 0.029 0.013 0.211 0.290 57 F 0.236 0.010 0.060 0.059 0.008 0.011 0.089 0.015 0.066 0.015 0.015 0.243 0.172 58 T 0.281 0.006 0.035 0.012 0.006 0.014 0.092 0.026 0.067 0.009 0.013 0.098 0.341 59 L 0.395 0.002 0.055 0.119 0.004 0.009 0.040 0.005 0.022 0.016 0.021 0.174 0.137 60 E 0.544 0.001 0.035 0.034 0.002 0.003 0.033 0.002 0.013 0.023 0.012 0.070 0.228 61 A 0.600 0.001 0.024 0.008 0.001 0.002 0.034 0.002 0.006 0.012 0.005 0.194 0.113 62 H 0.717 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.050 0.002 0.005 0.003 0.002 0.070 0.139 63 I 0.668 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.045 0.001 0.004 0.003 0.001 0.136 0.122 64 N 0.552 0.001 0.025 0.060 0.001 0.001 0.054 0.002 0.007 0.008 0.005 0.175 0.109 65 Y 0.306 0.002 0.062 0.011 0.003 0.001 0.052 0.002 0.029 0.025 0.022 0.129 0.356 66 L 0.236 0.010 0.137 0.144 0.004 0.002 0.042 0.001 0.032 0.067 0.015 0.049 0.263 67 H 0.014 0.005 0.128 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.079 0.108 0.005 0.618 0.027 68 E 0.005 0.019 0.288 0.012 0.001 0.001 0.007 0.002 0.058 0.021 0.009 0.003 0.573 69 V 0.007 0.039 0.493 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.036 0.034 0.008 0.335 0.020 70 K 0.001 0.034 0.633 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 0.057 0.010 0.020 0.206 71 L 0.001 0.005 0.089 0.011 0.064 0.007 0.001 0.001 0.002 0.073 0.734 0.006 0.010 72 G 0.001 0.001 0.038 0.031 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.815 0.002 0.004 73 T 0.010 0.013 0.429 0.016 0.032 0.004 0.002 0.001 0.004 0.192 0.064 0.131 0.103 74 E 0.073 0.009 0.129 0.008 0.002 0.002 0.011 0.001 0.006 0.021 0.007 0.033 0.699 75 V 0.344 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.033 0.001 0.003 0.002 0.001 0.539 0.049 76 W 0.629 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.299 77 V 0.641 0.001 0.005 0.047 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.060 78 Q 0.642 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.003 0.002 0.096 0.199 79 T 0.633 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.004 0.002 0.077 0.250 80 Q 0.691 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.043 81 I 0.341 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.600 82 L 0.204 0.002 0.039 0.473 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 0.016 0.175 0.069 83 G 0.235 0.005 0.051 0.006 0.006 0.001 0.010 0.001 0.003 0.041 0.065 0.153 0.425 84 F 0.086 0.019 0.089 0.019 0.006 0.001 0.008 0.001 0.002 0.071 0.068 0.193 0.438 85 D 0.020 0.007 0.188 0.029 0.010 0.002 0.002 0.001 0.002 0.161 0.297 0.161 0.121 86 R 0.014 0.002 0.067 0.009 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.218 0.546 0.033 0.089 87 K 0.133 0.005 0.080 0.027 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 0.149 0.121 0.279 0.185 88 R 0.299 0.004 0.041 0.020 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.016 0.011 0.111 0.485 89 L 0.657 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.146 90 H 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.092 91 V 0.750 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.078 92 Y 0.732 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.160 93 H 0.855 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.061 94 S 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.054 95 L 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.069 96 H 0.847 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.062 97 R 0.384 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 0.007 0.124 0.433 98 A 0.029 0.003 0.099 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.673 0.043 0.074 99 G 0.006 0.002 0.030 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.820 0.021 0.014 100 F 0.004 0.004 0.039 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.124 0.766 0.023 0.019 101 D 0.020 0.003 0.286 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.328 0.251 0.032 0.056 102 E 0.208 0.014 0.189 0.007 0.005 0.003 0.012 0.001 0.001 0.041 0.015 0.244 0.261 103 V 0.344 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 0.555 104 L 0.604 0.001 0.011 0.090 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.199 0.062 105 A 0.722 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.107 0.133 106 A 0.685 0.001 0.008 0.009 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.003 0.002 0.106 0.161 107 S 0.631 0.001 0.012 0.019 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.004 0.003 0.170 0.143 108 E 0.700 0.001 0.018 0.027 0.002 0.003 0.024 0.001 0.002 0.013 0.011 0.077 0.121 109 Q 0.685 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.004 0.001 0.137 0.135 110 M 0.800 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.033 0.001 0.002 0.003 0.001 0.052 0.074 111 L 0.791 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.053 0.004 0.005 0.001 0.001 0.065 0.071 112 L 0.811 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.081 0.006 0.004 0.001 0.001 0.032 0.051 113 H 0.808 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.066 0.004 0.006 0.001 0.001 0.056 0.051 114 V 0.607 0.006 0.041 0.007 0.001 0.001 0.056 0.009 0.018 0.006 0.004 0.080 0.164 115 D 0.103 0.009 0.380 0.010 0.004 0.002 0.013 0.002 0.034 0.044 0.031 0.185 0.183 116 L 0.011 0.005 0.151 0.005 0.023 0.004 0.001 0.001 0.003 0.143 0.573 0.012 0.069 117 A 0.004 0.007 0.072 0.005 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.196 0.644 0.024 0.009 118 G 0.001 0.007 0.240 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.613 0.100 0.015 0.005 119 P 0.001 0.010 0.611 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.186 0.111 0.001 0.057 120 Q 0.003 0.061 0.529 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.110 0.046 0.216 0.018 121 S 0.002 0.056 0.601 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.055 0.008 0.001 0.260 122 A 0.001 0.006 0.662 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.105 0.005 0.205 0.002 123 P 0.001 0.021 0.728 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.040 0.012 0.002 0.182 124 F 0.001 0.037 0.792 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.114 0.020 0.018 0.003 125 G 0.001 0.006 0.772 0.001 0.006 0.051 0.001 0.001 0.001 0.124 0.023 0.002 0.014 126 H 0.001 0.001 0.025 0.001 0.022 0.868 0.001 0.001 0.001 0.024 0.059 0.001 0.001 127 T 0.001 0.002 0.020 0.001 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.001 0.001 128 T 0.001 0.001 0.019 0.001 0.014 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 129 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 130 C 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 131 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 132 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 133 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 134 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 136 V 0.001 0.001 0.026 0.001 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.016 0.023 0.001 0.001 137 E 0.001 0.002 0.037 0.001 0.020 0.866 0.001 0.001 0.001 0.018 0.049 0.003 0.003 138 Q 0.001 0.002 0.063 0.001 0.018 0.802 0.001 0.001 0.002 0.035 0.073 0.001 0.003 139 Q 0.001 0.003 0.099 0.001 0.035 0.723 0.001 0.001 0.001 0.035 0.098 0.001 0.003 140 E 0.001 0.006 0.075 0.001 0.057 0.560 0.001 0.001 0.001 0.045 0.250 0.002 0.002 141 G 0.001 0.008 0.136 0.001 0.074 0.391 0.001 0.001 0.001 0.061 0.320 0.002 0.003 142 A 0.001 0.007 0.400 0.001 0.036 0.182 0.001 0.001 0.002 0.173 0.191 0.002 0.005 143 Q 0.001 0.014 0.524 0.001 0.020 0.139 0.001 0.001 0.003 0.163 0.129 0.002 0.005 144 A 0.001 0.010 0.721 0.001 0.006 0.056 0.001 0.001 0.002 0.183 0.015 0.004 0.002 145 P 0.001 0.013 0.506 0.002 0.059 0.245 0.001 0.001 0.004 0.059 0.090 0.003 0.018 146 Q 0.002 0.009 0.183 0.003 0.156 0.381 0.001 0.001 0.003 0.085 0.162 0.008 0.008 147 Y 0.005 0.020 0.119 0.001 0.159 0.444 0.002 0.001 0.008 0.050 0.157 0.016 0.018 148 M 0.002 0.012 0.073 0.006 0.041 0.324 0.001 0.001 0.004 0.048 0.471 0.008 0.010 149 G 0.002 0.006 0.158 0.007 0.020 0.098 0.001 0.001 0.002 0.106 0.581 0.008 0.010 150 R 0.011 0.015 0.484 0.003 0.017 0.080 0.002 0.001 0.013 0.146 0.092 0.083 0.053 151 T 0.028 0.072 0.231 0.003 0.033 0.088 0.008 0.001 0.019 0.063 0.052 0.032 0.369 152 I 0.022 0.020 0.352 0.031 0.035 0.075 0.008 0.002 0.015 0.094 0.091 0.204 0.051 153 K 0.021 0.026 0.491 0.015 0.034 0.034 0.006 0.001 0.008 0.101 0.070 0.021 0.172 154 L 0.001 0.009 0.636 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.233 0.016 0.083 0.008 155 P 0.001 0.005 0.940 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.023 156 A 0.001 0.013 0.873 0.001 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.049 0.025 0.004 0.004