# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.345 0.161 0.057 0.104 0.070 0.058 0.057 0.048 0.044 0.032 0.024 2 P 0.457 0.183 0.057 0.112 0.071 0.043 0.037 0.019 0.011 0.006 0.003 3 A 0.364 0.182 0.059 0.139 0.094 0.064 0.050 0.024 0.014 0.007 0.003 4 L 0.126 0.154 0.063 0.197 0.157 0.110 0.088 0.048 0.032 0.018 0.008 5 I 0.015 0.011 0.011 0.030 0.042 0.062 0.148 0.161 0.196 0.169 0.156 6 T 0.043 0.108 0.134 0.299 0.172 0.099 0.074 0.036 0.021 0.010 0.004 7 Y 0.023 0.032 0.027 0.091 0.120 0.152 0.220 0.154 0.103 0.054 0.023 8 R 0.126 0.150 0.120 0.296 0.153 0.075 0.043 0.019 0.010 0.005 0.003 9 T 0.029 0.037 0.028 0.078 0.099 0.141 0.228 0.139 0.116 0.072 0.033 10 T 0.072 0.205 0.105 0.335 0.168 0.066 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.036 0.085 0.199 0.280 0.382 12 Q 0.021 0.128 0.093 0.292 0.233 0.119 0.075 0.023 0.011 0.003 0.002 13 E 0.136 0.105 0.048 0.173 0.150 0.131 0.117 0.061 0.042 0.024 0.014 14 D 0.185 0.102 0.051 0.159 0.117 0.110 0.110 0.067 0.050 0.030 0.020 15 W 0.027 0.028 0.020 0.062 0.069 0.101 0.202 0.166 0.160 0.106 0.060 16 V 0.014 0.014 0.011 0.025 0.024 0.035 0.083 0.118 0.185 0.222 0.269 17 D 0.017 0.049 0.037 0.115 0.129 0.139 0.183 0.128 0.102 0.061 0.040 18 Y 0.032 0.032 0.023 0.080 0.102 0.121 0.172 0.136 0.132 0.101 0.070 19 N 0.102 0.056 0.022 0.097 0.119 0.128 0.145 0.105 0.100 0.075 0.052 20 G 0.106 0.061 0.024 0.102 0.106 0.120 0.154 0.121 0.104 0.065 0.036 21 H 0.030 0.042 0.027 0.065 0.072 0.092 0.160 0.148 0.157 0.125 0.082 22 L 0.013 0.009 0.011 0.023 0.027 0.039 0.096 0.125 0.195 0.220 0.244 23 R 0.013 0.040 0.046 0.122 0.163 0.166 0.208 0.107 0.079 0.039 0.019 24 D 0.010 0.018 0.026 0.060 0.060 0.080 0.167 0.149 0.186 0.150 0.096 25 A 0.023 0.011 0.023 0.035 0.043 0.070 0.142 0.142 0.192 0.173 0.145 26 F 0.004 0.009 0.028 0.060 0.074 0.142 0.324 0.173 0.105 0.054 0.027 27 Y 0.001 0.002 0.019 0.014 0.016 0.022 0.107 0.166 0.238 0.244 0.172 28 L 0.002 0.003 0.035 0.024 0.024 0.041 0.112 0.120 0.186 0.232 0.221 29 L 0.003 0.007 0.089 0.104 0.127 0.125 0.188 0.137 0.119 0.068 0.034 30 I 0.001 0.002 0.019 0.009 0.011 0.026 0.115 0.171 0.237 0.237 0.172 31 F 0.001 0.001 0.007 0.007 0.009 0.019 0.108 0.169 0.265 0.260 0.155 32 S 0.009 0.017 0.108 0.081 0.101 0.141 0.250 0.116 0.098 0.052 0.028 33 Y 0.008 0.016 0.122 0.128 0.131 0.157 0.226 0.104 0.061 0.032 0.015 34 A 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.007 0.043 0.096 0.228 0.315 0.292 35 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.046 0.232 0.217 0.213 0.166 0.110 36 D 0.002 0.008 0.195 0.190 0.218 0.185 0.118 0.041 0.025 0.011 0.005 37 A 0.004 0.010 0.042 0.056 0.090 0.182 0.300 0.144 0.086 0.052 0.033 38 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.008 0.050 0.116 0.258 0.298 0.255 39 M 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.018 0.078 0.127 0.201 0.273 0.283 40 D 0.002 0.010 0.269 0.240 0.224 0.143 0.072 0.025 0.011 0.004 0.002 41 R 0.004 0.018 0.091 0.091 0.123 0.214 0.256 0.100 0.059 0.030 0.014 42 I 0.005 0.004 0.003 0.010 0.014 0.033 0.140 0.196 0.247 0.235 0.115 43 G 0.181 0.119 0.042 0.107 0.077 0.087 0.133 0.088 0.077 0.053 0.036 44 L 0.010 0.012 0.013 0.026 0.034 0.047 0.099 0.139 0.199 0.224 0.198 45 D 0.099 0.294 0.077 0.188 0.126 0.082 0.066 0.029 0.021 0.012 0.007 46 A 0.079 0.039 0.024 0.063 0.070 0.097 0.137 0.126 0.148 0.124 0.094 47 D 0.345 0.140 0.067 0.137 0.091 0.066 0.058 0.031 0.029 0.019 0.016 48 S 0.091 0.087 0.069 0.127 0.104 0.108 0.141 0.092 0.084 0.055 0.041 49 R 0.026 0.018 0.014 0.039 0.046 0.078 0.155 0.148 0.154 0.160 0.162 50 G 0.063 0.073 0.064 0.123 0.112 0.116 0.145 0.096 0.084 0.067 0.058 51 Q 0.116 0.107 0.183 0.166 0.115 0.089 0.089 0.048 0.039 0.028 0.021 52 S 0.126 0.114 0.082 0.189 0.152 0.108 0.106 0.052 0.036 0.023 0.014 53 G 0.125 0.113 0.055 0.162 0.151 0.135 0.109 0.059 0.044 0.028 0.018 54 N 0.005 0.012 0.008 0.038 0.070 0.101 0.186 0.189 0.182 0.129 0.079 55 S 0.006 0.013 0.009 0.046 0.075 0.121 0.215 0.164 0.152 0.108 0.091 56 L 0.005 0.004 0.003 0.013 0.018 0.033 0.097 0.153 0.239 0.241 0.194 57 F 0.004 0.005 0.004 0.025 0.039 0.059 0.150 0.179 0.201 0.172 0.161 58 T 0.004 0.006 0.006 0.015 0.015 0.021 0.061 0.120 0.217 0.254 0.282 59 L 0.005 0.005 0.006 0.038 0.061 0.098 0.184 0.182 0.186 0.144 0.092 60 E 0.039 0.067 0.097 0.200 0.183 0.153 0.135 0.062 0.036 0.018 0.010 61 A 0.006 0.008 0.013 0.032 0.036 0.055 0.143 0.168 0.195 0.195 0.149 62 H 0.035 0.088 0.098 0.181 0.135 0.109 0.130 0.074 0.068 0.046 0.036 63 I 0.003 0.004 0.007 0.013 0.016 0.028 0.105 0.140 0.223 0.232 0.229 64 N 0.074 0.137 0.187 0.288 0.179 0.080 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 65 Y 0.004 0.011 0.009 0.032 0.047 0.069 0.164 0.164 0.202 0.165 0.131 66 L 0.031 0.028 0.024 0.096 0.127 0.140 0.184 0.135 0.119 0.067 0.049 67 H 0.130 0.125 0.103 0.190 0.152 0.127 0.104 0.036 0.019 0.009 0.004 68 E 0.191 0.191 0.140 0.225 0.119 0.065 0.041 0.014 0.008 0.004 0.002 69 V 0.006 0.004 0.002 0.008 0.011 0.019 0.065 0.110 0.188 0.245 0.341 70 K 0.155 0.334 0.146 0.192 0.097 0.044 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 71 L 0.064 0.060 0.043 0.128 0.104 0.116 0.177 0.119 0.097 0.060 0.033 72 G 0.489 0.190 0.059 0.120 0.071 0.035 0.020 0.008 0.004 0.002 0.002 73 T 0.058 0.103 0.059 0.227 0.160 0.143 0.147 0.058 0.029 0.012 0.005 74 E 0.065 0.138 0.103 0.320 0.208 0.114 0.037 0.009 0.004 0.002 0.001 75 V 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.058 0.137 0.263 0.277 0.247 76 W 0.003 0.032 0.063 0.448 0.303 0.108 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.040 0.104 0.259 0.312 0.272 78 Q 0.007 0.027 0.044 0.423 0.311 0.131 0.042 0.010 0.003 0.001 0.001 79 T 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.067 0.131 0.290 0.296 0.191 80 Q 0.013 0.060 0.071 0.431 0.267 0.098 0.044 0.010 0.004 0.001 0.001 81 I 0.004 0.008 0.007 0.014 0.014 0.022 0.082 0.133 0.245 0.258 0.215 82 L 0.017 0.050 0.051 0.269 0.254 0.162 0.107 0.049 0.027 0.009 0.004 83 G 0.130 0.187 0.059 0.174 0.132 0.116 0.111 0.050 0.028 0.009 0.004 84 F 0.037 0.040 0.025 0.087 0.089 0.101 0.161 0.152 0.144 0.109 0.054 85 D 0.361 0.343 0.065 0.141 0.053 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 86 R 0.157 0.133 0.057 0.185 0.148 0.102 0.098 0.055 0.036 0.019 0.010 87 K 0.259 0.176 0.074 0.182 0.107 0.086 0.067 0.027 0.014 0.006 0.003 88 R 0.033 0.097 0.074 0.292 0.232 0.146 0.084 0.025 0.011 0.004 0.001 89 L 0.003 0.002 0.002 0.007 0.010 0.021 0.104 0.191 0.266 0.240 0.153 90 H 0.003 0.029 0.064 0.342 0.291 0.165 0.067 0.022 0.010 0.004 0.002 91 V 0.001 0.003 0.006 0.013 0.018 0.032 0.146 0.204 0.255 0.213 0.109 92 Y 0.005 0.017 0.028 0.256 0.245 0.201 0.142 0.058 0.029 0.013 0.006 93 H 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.022 0.117 0.178 0.296 0.251 0.116 94 S 0.005 0.035 0.047 0.376 0.296 0.129 0.068 0.027 0.012 0.004 0.001 95 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.015 0.072 0.133 0.273 0.292 0.196 96 H 0.003 0.023 0.036 0.248 0.284 0.174 0.137 0.055 0.028 0.008 0.003 97 R 0.014 0.044 0.023 0.105 0.133 0.176 0.264 0.133 0.075 0.026 0.007 98 A 0.155 0.135 0.085 0.228 0.146 0.105 0.079 0.037 0.018 0.008 0.002 99 G 0.571 0.277 0.044 0.064 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 100 F 0.253 0.242 0.050 0.143 0.098 0.071 0.066 0.036 0.022 0.013 0.005 101 D 0.378 0.221 0.056 0.158 0.095 0.050 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 102 E 0.104 0.184 0.098 0.257 0.172 0.096 0.057 0.018 0.009 0.003 0.002 103 V 0.009 0.018 0.012 0.069 0.108 0.180 0.278 0.173 0.092 0.045 0.015 104 L 0.005 0.010 0.015 0.076 0.131 0.189 0.217 0.139 0.109 0.071 0.037 105 A 0.003 0.003 0.010 0.014 0.018 0.035 0.150 0.190 0.232 0.210 0.136 106 A 0.007 0.034 0.055 0.344 0.256 0.147 0.086 0.037 0.020 0.009 0.004 107 S 0.004 0.003 0.004 0.006 0.007 0.014 0.079 0.143 0.250 0.291 0.200 108 E 0.014 0.032 0.056 0.271 0.247 0.170 0.121 0.046 0.027 0.012 0.006 109 Q 0.002 0.006 0.015 0.015 0.017 0.028 0.135 0.175 0.264 0.227 0.116 110 M 0.006 0.020 0.036 0.192 0.188 0.176 0.179 0.101 0.059 0.030 0.013 111 L 0.002 0.005 0.008 0.013 0.015 0.032 0.116 0.172 0.248 0.235 0.152 112 L 0.002 0.005 0.010 0.039 0.053 0.072 0.157 0.210 0.233 0.147 0.071 113 H 0.003 0.008 0.010 0.027 0.035 0.065 0.176 0.205 0.231 0.160 0.079 114 V 0.003 0.008 0.013 0.039 0.051 0.061 0.142 0.186 0.238 0.173 0.087 115 D 0.016 0.056 0.034 0.168 0.173 0.160 0.181 0.111 0.065 0.026 0.009 116 L 0.028 0.042 0.034 0.122 0.136 0.136 0.178 0.137 0.106 0.059 0.021 117 A 0.286 0.185 0.093 0.179 0.108 0.062 0.045 0.022 0.013 0.005 0.002 118 G 0.316 0.201 0.045 0.142 0.097 0.066 0.067 0.034 0.019 0.010 0.004 119 P 0.363 0.169 0.041 0.102 0.083 0.064 0.063 0.046 0.035 0.023 0.012 120 Q 0.210 0.251 0.047 0.141 0.114 0.083 0.074 0.037 0.024 0.013 0.007 121 S 0.233 0.094 0.037 0.106 0.107 0.090 0.110 0.080 0.069 0.047 0.028 122 A 0.143 0.089 0.031 0.125 0.125 0.107 0.144 0.097 0.073 0.044 0.021 123 P 0.346 0.181 0.078 0.141 0.095 0.057 0.049 0.025 0.016 0.009 0.004 124 F 0.012 0.019 0.009 0.031 0.046 0.073 0.147 0.178 0.196 0.174 0.114 125 G 0.091 0.193 0.054 0.128 0.126 0.114 0.120 0.073 0.054 0.031 0.017 126 H 0.527 0.127 0.083 0.126 0.067 0.034 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 127 T 0.311 0.172 0.083 0.159 0.104 0.066 0.054 0.023 0.015 0.008 0.005 128 T 0.006 0.021 0.019 0.045 0.044 0.075 0.168 0.184 0.196 0.145 0.097 129 V 0.008 0.011 0.024 0.067 0.120 0.201 0.260 0.137 0.092 0.052 0.027 130 C 0.057 0.066 0.620 0.122 0.054 0.035 0.027 0.010 0.006 0.003 0.002 131 R 0.002 0.014 0.055 0.150 0.179 0.203 0.225 0.093 0.047 0.023 0.008 132 L 0.002 0.002 0.009 0.004 0.004 0.008 0.041 0.084 0.203 0.311 0.333 133 N 0.010 0.017 0.175 0.226 0.224 0.175 0.117 0.033 0.017 0.006 0.002 134 H 0.021 0.050 0.651 0.154 0.067 0.035 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 135 L 0.002 0.003 0.010 0.015 0.030 0.095 0.292 0.198 0.163 0.125 0.066 136 V 0.012 0.012 0.028 0.033 0.045 0.078 0.238 0.204 0.182 0.114 0.053 137 E 0.051 0.103 0.545 0.150 0.083 0.037 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 138 Q 0.071 0.104 0.264 0.185 0.132 0.105 0.080 0.029 0.016 0.009 0.004 139 Q 0.122 0.072 0.073 0.082 0.087 0.099 0.160 0.106 0.096 0.066 0.037 140 E 0.306 0.174 0.167 0.126 0.079 0.057 0.048 0.019 0.012 0.007 0.004 141 G 0.202 0.139 0.141 0.129 0.095 0.080 0.095 0.047 0.035 0.023 0.013 142 A 0.104 0.075 0.066 0.094 0.092 0.105 0.163 0.103 0.096 0.064 0.037 143 Q 0.489 0.213 0.116 0.098 0.044 0.021 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 144 A 0.043 0.079 0.044 0.093 0.093 0.108 0.163 0.120 0.116 0.086 0.055 145 P 0.090 0.062 0.043 0.086 0.119 0.145 0.169 0.108 0.096 0.054 0.028 146 Q 0.404 0.183 0.161 0.153 0.058 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 147 Y 0.045 0.078 0.096 0.128 0.134 0.158 0.168 0.082 0.059 0.032 0.020 148 M 0.029 0.023 0.024 0.057 0.072 0.106 0.168 0.158 0.148 0.116 0.099 149 G 0.538 0.216 0.101 0.081 0.036 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 150 R 0.047 0.077 0.178 0.159 0.135 0.124 0.125 0.066 0.047 0.026 0.016 151 T 0.094 0.107 0.048 0.139 0.148 0.131 0.138 0.072 0.055 0.039 0.029 152 I 0.028 0.028 0.024 0.052 0.068 0.102 0.189 0.154 0.153 0.113 0.090 153 K 0.360 0.192 0.147 0.162 0.074 0.034 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 154 L 0.019 0.021 0.021 0.043 0.056 0.102 0.180 0.167 0.160 0.136 0.094 155 P 0.311 0.344 0.068 0.136 0.067 0.030 0.020 0.009 0.006 0.004 0.003 156 A 0.182 0.038 0.017 0.038 0.044 0.053 0.101 0.103 0.140 0.141 0.144