# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.007 0.008 0.010 0.010 0.013 0.020 0.003 0.001 0.002 0.847 2 P 0.005 0.001 0.003 0.005 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.970 3 A 0.034 0.001 0.003 0.034 0.021 0.032 0.088 0.001 0.001 0.003 0.784 4 L 0.106 0.002 0.002 0.080 0.034 0.050 0.077 0.001 0.001 0.005 0.645 5 I 0.030 0.005 0.001 0.314 0.115 0.178 0.082 0.001 0.001 0.003 0.273 6 T 0.016 0.004 0.001 0.281 0.109 0.210 0.075 0.001 0.001 0.003 0.300 7 Y 0.014 0.005 0.001 0.338 0.178 0.238 0.036 0.001 0.001 0.003 0.187 8 R 0.009 0.004 0.001 0.154 0.115 0.202 0.049 0.001 0.001 0.004 0.460 9 T 0.013 0.003 0.002 0.147 0.216 0.304 0.051 0.001 0.001 0.005 0.260 10 T 0.018 0.004 0.002 0.125 0.175 0.283 0.065 0.001 0.001 0.006 0.322 11 V 0.011 0.004 0.003 0.102 0.170 0.316 0.050 0.001 0.001 0.005 0.339 12 Q 0.012 0.004 0.002 0.087 0.188 0.329 0.080 0.001 0.001 0.004 0.293 13 E 0.007 0.002 0.002 0.030 0.056 0.097 0.026 0.001 0.001 0.002 0.777 14 D 0.014 0.004 0.001 0.048 0.130 0.239 0.123 0.001 0.001 0.006 0.434 15 W 0.127 0.008 0.002 0.023 0.072 0.100 0.123 0.002 0.001 0.018 0.526 16 V 0.125 0.032 0.006 0.073 0.131 0.166 0.127 0.003 0.001 0.014 0.322 17 D 0.044 0.021 0.003 0.032 0.100 0.106 0.342 0.002 0.001 0.010 0.339 18 Y 0.030 0.012 0.004 0.014 0.019 0.024 0.069 0.001 0.001 0.008 0.819 19 N 0.039 0.016 0.002 0.010 0.018 0.035 0.506 0.002 0.001 0.025 0.349 20 G 0.288 0.015 0.008 0.010 0.016 0.017 0.345 0.004 0.001 0.089 0.208 21 H 0.181 0.125 0.032 0.027 0.020 0.030 0.308 0.002 0.001 0.020 0.255 22 L 0.042 0.116 0.014 0.064 0.090 0.132 0.172 0.002 0.001 0.009 0.359 23 R 0.026 0.154 0.003 0.065 0.090 0.193 0.105 0.002 0.001 0.004 0.357 24 D 0.054 0.152 0.002 0.015 0.036 0.060 0.058 0.005 0.001 0.004 0.613 25 A 0.108 0.301 0.015 0.020 0.025 0.053 0.064 0.004 0.001 0.009 0.401 26 F 0.033 0.235 0.006 0.028 0.053 0.084 0.203 0.006 0.001 0.009 0.341 27 Y 0.040 0.490 0.009 0.038 0.036 0.067 0.087 0.006 0.001 0.005 0.222 28 L 0.015 0.834 0.002 0.021 0.018 0.029 0.014 0.003 0.001 0.001 0.063 29 L 0.015 0.837 0.002 0.008 0.007 0.014 0.024 0.004 0.001 0.001 0.088 30 I 0.018 0.892 0.005 0.003 0.003 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.061 31 F 0.011 0.948 0.002 0.004 0.004 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.017 32 S 0.009 0.931 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.044 33 Y 0.030 0.860 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.087 34 A 0.062 0.870 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.042 35 T 0.009 0.942 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.026 36 D 0.006 0.937 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.046 37 A 0.007 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 38 L 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.023 39 M 0.007 0.978 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 40 D 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 41 R 0.053 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 42 I 0.070 0.824 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.079 0.001 0.001 0.012 43 G 0.315 0.149 0.021 0.002 0.001 0.001 0.003 0.454 0.001 0.002 0.053 44 L 0.017 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.022 45 D 0.010 0.007 0.008 0.015 0.004 0.003 0.074 0.015 0.001 0.001 0.864 46 A 0.014 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.962 47 D 0.008 0.007 0.001 0.010 0.002 0.004 0.385 0.001 0.001 0.004 0.578 48 S 0.322 0.021 0.001 0.012 0.005 0.007 0.391 0.003 0.001 0.040 0.199 49 R 0.453 0.282 0.002 0.024 0.005 0.008 0.063 0.005 0.001 0.007 0.149 50 G 0.208 0.400 0.004 0.026 0.030 0.027 0.080 0.012 0.001 0.011 0.202 51 Q 0.183 0.270 0.009 0.009 0.010 0.014 0.039 0.011 0.001 0.006 0.450 52 S 0.153 0.159 0.008 0.012 0.019 0.024 0.056 0.042 0.001 0.006 0.522 53 G 0.438 0.054 0.021 0.014 0.015 0.014 0.079 0.029 0.001 0.020 0.314 54 N 0.205 0.027 0.073 0.037 0.043 0.044 0.128 0.007 0.001 0.017 0.418 55 S 0.049 0.012 0.047 0.173 0.117 0.148 0.118 0.002 0.001 0.007 0.328 56 L 0.013 0.006 0.006 0.292 0.166 0.250 0.065 0.001 0.001 0.003 0.198 57 F 0.003 0.004 0.001 0.378 0.229 0.284 0.025 0.001 0.001 0.001 0.074 58 T 0.002 0.007 0.001 0.347 0.169 0.334 0.030 0.001 0.001 0.001 0.109 59 L 0.001 0.007 0.001 0.382 0.206 0.344 0.016 0.001 0.001 0.001 0.042 60 E 0.004 0.019 0.001 0.236 0.135 0.382 0.038 0.001 0.001 0.003 0.181 61 A 0.009 0.024 0.001 0.169 0.254 0.356 0.038 0.002 0.001 0.004 0.143 62 H 0.033 0.060 0.003 0.101 0.153 0.289 0.090 0.003 0.001 0.010 0.258 63 I 0.030 0.098 0.006 0.099 0.225 0.273 0.056 0.004 0.001 0.005 0.204 64 N 0.029 0.131 0.006 0.081 0.158 0.263 0.073 0.004 0.001 0.005 0.250 65 Y 0.054 0.156 0.012 0.044 0.141 0.239 0.063 0.006 0.001 0.006 0.279 66 L 0.058 0.142 0.012 0.067 0.140 0.300 0.061 0.007 0.001 0.007 0.206 67 H 0.052 0.072 0.014 0.040 0.130 0.185 0.064 0.007 0.001 0.005 0.430 68 E 0.040 0.040 0.008 0.028 0.069 0.097 0.032 0.004 0.001 0.003 0.679 69 V 0.068 0.040 0.006 0.051 0.150 0.247 0.064 0.008 0.001 0.006 0.361 70 K 0.084 0.043 0.004 0.033 0.106 0.122 0.109 0.006 0.001 0.006 0.487 71 L 0.044 0.023 0.003 0.019 0.041 0.062 0.062 0.003 0.001 0.005 0.737 72 G 0.108 0.013 0.006 0.023 0.041 0.070 0.165 0.003 0.001 0.020 0.551 73 T 0.218 0.008 0.017 0.028 0.048 0.036 0.141 0.001 0.001 0.022 0.480 74 E 0.058 0.008 0.022 0.056 0.050 0.090 0.151 0.001 0.001 0.012 0.551 75 V 0.018 0.004 0.006 0.188 0.335 0.318 0.048 0.001 0.001 0.004 0.080 76 W 0.004 0.005 0.001 0.278 0.213 0.374 0.046 0.001 0.001 0.001 0.078 77 V 0.001 0.004 0.001 0.170 0.324 0.440 0.011 0.001 0.001 0.001 0.049 78 Q 0.001 0.005 0.001 0.280 0.206 0.472 0.012 0.001 0.001 0.001 0.022 79 T 0.002 0.009 0.001 0.134 0.231 0.473 0.025 0.001 0.001 0.002 0.125 80 Q 0.004 0.010 0.001 0.237 0.282 0.389 0.022 0.001 0.001 0.002 0.053 81 I 0.012 0.022 0.003 0.086 0.194 0.393 0.057 0.002 0.001 0.005 0.227 82 L 0.013 0.025 0.002 0.117 0.298 0.409 0.036 0.003 0.001 0.004 0.093 83 G 0.037 0.031 0.005 0.044 0.176 0.215 0.060 0.006 0.001 0.006 0.419 84 F 0.051 0.037 0.015 0.061 0.182 0.251 0.069 0.004 0.001 0.008 0.323 85 D 0.021 0.016 0.003 0.034 0.116 0.151 0.183 0.004 0.001 0.006 0.466 86 R 0.045 0.010 0.007 0.022 0.031 0.047 0.085 0.002 0.001 0.015 0.735 87 K 0.106 0.017 0.008 0.042 0.077 0.087 0.300 0.002 0.001 0.028 0.332 88 R 0.160 0.016 0.014 0.049 0.050 0.066 0.177 0.002 0.001 0.028 0.439 89 L 0.044 0.021 0.012 0.164 0.232 0.239 0.086 0.001 0.001 0.006 0.195 90 H 0.008 0.011 0.004 0.184 0.216 0.369 0.058 0.001 0.001 0.003 0.146 91 V 0.003 0.010 0.001 0.158 0.261 0.459 0.021 0.001 0.001 0.001 0.086 92 Y 0.002 0.011 0.001 0.168 0.229 0.524 0.015 0.001 0.001 0.001 0.050 93 H 0.003 0.016 0.001 0.131 0.247 0.467 0.020 0.001 0.001 0.001 0.114 94 S 0.009 0.025 0.001 0.168 0.237 0.401 0.031 0.002 0.001 0.003 0.123 95 L 0.019 0.029 0.002 0.094 0.257 0.408 0.033 0.004 0.001 0.003 0.150 96 H 0.022 0.036 0.004 0.113 0.253 0.394 0.033 0.005 0.001 0.004 0.136 97 R 0.033 0.027 0.005 0.041 0.199 0.258 0.076 0.008 0.001 0.003 0.350 98 A 0.016 0.010 0.004 0.022 0.038 0.067 0.051 0.003 0.001 0.003 0.787 99 G 0.039 0.004 0.002 0.011 0.023 0.031 0.260 0.004 0.001 0.014 0.612 100 F 0.427 0.007 0.021 0.010 0.008 0.009 0.146 0.001 0.001 0.043 0.330 101 D 0.088 0.012 0.014 0.028 0.017 0.020 0.182 0.001 0.001 0.013 0.625 102 E 0.051 0.007 0.009 0.077 0.077 0.091 0.225 0.001 0.001 0.012 0.452 103 V 0.030 0.015 0.003 0.133 0.137 0.237 0.150 0.001 0.001 0.004 0.291 104 L 0.010 0.024 0.001 0.177 0.233 0.371 0.045 0.001 0.001 0.002 0.137 105 A 0.005 0.028 0.001 0.127 0.246 0.439 0.040 0.001 0.001 0.002 0.114 106 A 0.015 0.050 0.001 0.114 0.194 0.325 0.046 0.002 0.001 0.003 0.249 107 S 0.030 0.072 0.004 0.139 0.204 0.293 0.051 0.003 0.001 0.006 0.200 108 E 0.015 0.056 0.003 0.121 0.188 0.326 0.084 0.004 0.001 0.010 0.192 109 Q 0.029 0.044 0.009 0.093 0.217 0.375 0.061 0.005 0.001 0.012 0.155 110 M 0.016 0.057 0.009 0.157 0.274 0.417 0.025 0.003 0.001 0.004 0.037 111 L 0.009 0.054 0.006 0.158 0.288 0.382 0.016 0.002 0.001 0.002 0.082 112 L 0.003 0.020 0.003 0.176 0.375 0.385 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 113 H 0.003 0.016 0.001 0.142 0.318 0.444 0.013 0.001 0.001 0.001 0.060 114 V 0.003 0.011 0.002 0.201 0.284 0.435 0.018 0.001 0.001 0.001 0.044 115 D 0.004 0.012 0.001 0.158 0.269 0.352 0.087 0.002 0.001 0.003 0.111 116 L 0.022 0.009 0.004 0.103 0.101 0.163 0.101 0.003 0.001 0.012 0.482 117 A 0.032 0.007 0.003 0.024 0.034 0.060 0.483 0.002 0.001 0.024 0.330 118 G 0.342 0.004 0.005 0.020 0.014 0.015 0.181 0.004 0.001 0.052 0.362 119 P 0.144 0.005 0.065 0.024 0.014 0.016 0.105 0.001 0.001 0.014 0.613 120 Q 0.016 0.001 0.004 0.058 0.066 0.070 0.168 0.001 0.001 0.003 0.614 121 S 0.009 0.001 0.002 0.017 0.009 0.020 0.015 0.001 0.001 0.001 0.927 122 A 0.024 0.001 0.001 0.136 0.095 0.200 0.162 0.001 0.001 0.002 0.379 123 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.980 124 F 0.022 0.001 0.001 0.136 0.026 0.083 0.181 0.001 0.001 0.003 0.546 125 G 0.027 0.001 0.001 0.019 0.002 0.006 0.039 0.001 0.001 0.002 0.904 126 H 0.013 0.005 0.001 0.026 0.002 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.899 127 T 0.047 0.012 0.001 0.007 0.003 0.006 0.200 0.001 0.001 0.003 0.722 128 T 0.219 0.237 0.001 0.015 0.007 0.010 0.110 0.002 0.001 0.004 0.396 129 V 0.055 0.733 0.001 0.005 0.003 0.008 0.030 0.001 0.001 0.002 0.163 130 C 0.026 0.731 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.208 131 R 0.039 0.878 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.071 132 L 0.023 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.018 133 N 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 134 H 0.029 0.895 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.057 135 L 0.074 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.046 136 V 0.052 0.838 0.013 0.002 0.001 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.074 137 E 0.037 0.743 0.018 0.004 0.004 0.008 0.015 0.014 0.001 0.001 0.155 138 Q 0.123 0.656 0.004 0.004 0.003 0.006 0.012 0.011 0.001 0.001 0.180 139 Q 0.130 0.513 0.006 0.004 0.004 0.004 0.015 0.013 0.001 0.001 0.310 140 E 0.099 0.410 0.013 0.006 0.005 0.005 0.029 0.006 0.001 0.001 0.426 141 G 0.154 0.247 0.011 0.009 0.007 0.012 0.069 0.019 0.001 0.003 0.469 142 A 0.302 0.230 0.019 0.011 0.003 0.011 0.038 0.009 0.001 0.003 0.372 143 Q 0.137 0.164 0.012 0.016 0.007 0.013 0.039 0.014 0.001 0.002 0.597 144 A 0.241 0.117 0.011 0.013 0.008 0.014 0.050 0.005 0.001 0.001 0.540 145 P 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 146 Q 0.033 0.037 0.001 0.015 0.016 0.037 0.231 0.002 0.001 0.005 0.623 147 Y 0.330 0.082 0.002 0.006 0.008 0.016 0.165 0.004 0.001 0.010 0.378 148 M 0.227 0.495 0.002 0.019 0.010 0.014 0.031 0.007 0.001 0.002 0.194 149 G 0.207 0.224 0.006 0.016 0.016 0.017 0.059 0.010 0.001 0.010 0.434 150 R 0.274 0.162 0.040 0.027 0.021 0.024 0.084 0.004 0.001 0.007 0.356 151 T 0.061 0.072 0.016 0.053 0.043 0.067 0.086 0.012 0.001 0.003 0.587 152 I 0.094 0.064 0.012 0.194 0.114 0.145 0.070 0.008 0.001 0.006 0.293 153 K 0.091 0.044 0.009 0.051 0.034 0.073 0.071 0.006 0.001 0.006 0.615 154 L 0.085 0.030 0.019 0.153 0.086 0.182 0.069 0.004 0.001 0.004 0.369 155 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 156 A 0.027 0.004 0.003 0.079 0.041 0.104 0.102 0.001 0.001 0.006 0.634