# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.004 0.021 0.028 0.040 0.055 0.005 0.814 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 3 A 0.009 0.001 0.013 0.029 0.051 0.058 0.003 0.836 4 L 0.108 0.002 0.027 0.033 0.038 0.051 0.006 0.735 5 I 0.142 0.005 0.112 0.208 0.229 0.065 0.005 0.234 6 T 0.043 0.004 0.121 0.219 0.268 0.050 0.003 0.292 7 Y 0.013 0.003 0.165 0.258 0.344 0.032 0.002 0.182 8 R 0.008 0.002 0.097 0.216 0.318 0.041 0.002 0.316 9 T 0.011 0.004 0.097 0.264 0.353 0.038 0.004 0.230 10 T 0.024 0.003 0.111 0.172 0.303 0.056 0.004 0.326 11 V 0.013 0.003 0.078 0.159 0.206 0.051 0.003 0.487 12 Q 0.013 0.007 0.067 0.151 0.349 0.120 0.003 0.288 13 E 0.009 0.006 0.018 0.027 0.082 0.040 0.002 0.814 14 D 0.024 0.020 0.022 0.026 0.049 0.226 0.008 0.624 15 W 0.329 0.026 0.016 0.019 0.031 0.196 0.018 0.365 16 V 0.268 0.151 0.067 0.062 0.065 0.090 0.020 0.277 17 D 0.041 0.183 0.090 0.103 0.150 0.090 0.018 0.326 18 Y 0.057 0.165 0.100 0.054 0.097 0.060 0.017 0.451 19 N 0.051 0.085 0.042 0.027 0.054 0.475 0.028 0.240 20 G 0.498 0.051 0.032 0.022 0.018 0.096 0.057 0.225 21 H 0.127 0.121 0.175 0.024 0.028 0.193 0.015 0.317 22 L 0.034 0.118 0.167 0.077 0.109 0.152 0.015 0.328 23 R 0.056 0.142 0.078 0.069 0.123 0.157 0.011 0.365 24 D 0.050 0.122 0.049 0.049 0.093 0.134 0.015 0.486 25 A 0.068 0.213 0.069 0.034 0.054 0.119 0.011 0.433 26 F 0.038 0.263 0.029 0.041 0.049 0.219 0.013 0.348 27 Y 0.048 0.474 0.025 0.036 0.058 0.117 0.009 0.233 28 L 0.017 0.821 0.014 0.022 0.037 0.018 0.003 0.068 29 L 0.013 0.832 0.009 0.019 0.024 0.024 0.004 0.076 30 I 0.011 0.928 0.004 0.006 0.009 0.006 0.003 0.033 31 F 0.019 0.914 0.004 0.004 0.012 0.005 0.005 0.036 32 S 0.021 0.894 0.002 0.002 0.004 0.010 0.006 0.060 33 Y 0.016 0.936 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.037 34 A 0.026 0.904 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.053 35 T 0.019 0.892 0.005 0.002 0.003 0.005 0.007 0.067 36 D 0.010 0.900 0.005 0.002 0.003 0.003 0.004 0.074 37 A 0.010 0.908 0.006 0.001 0.002 0.009 0.005 0.060 38 L 0.015 0.937 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.033 39 M 0.015 0.944 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.026 40 D 0.020 0.930 0.003 0.001 0.002 0.005 0.008 0.032 41 R 0.097 0.822 0.013 0.002 0.001 0.003 0.027 0.035 42 I 0.132 0.753 0.021 0.006 0.003 0.003 0.051 0.030 43 G 0.454 0.102 0.078 0.012 0.008 0.013 0.153 0.180 44 L 0.064 0.032 0.770 0.015 0.013 0.024 0.008 0.074 45 D 0.013 0.031 0.068 0.018 0.033 0.147 0.005 0.684 46 A 0.014 0.017 0.043 0.006 0.025 0.034 0.002 0.860 47 D 0.015 0.035 0.025 0.006 0.014 0.469 0.004 0.432 48 S 0.134 0.040 0.009 0.004 0.007 0.596 0.013 0.198 49 R 0.259 0.499 0.008 0.009 0.014 0.037 0.008 0.166 50 G 0.183 0.354 0.015 0.020 0.037 0.077 0.036 0.278 51 Q 0.243 0.232 0.043 0.026 0.032 0.069 0.044 0.311 52 S 0.113 0.121 0.018 0.024 0.035 0.041 0.044 0.605 53 G 0.253 0.030 0.042 0.044 0.045 0.048 0.092 0.446 54 N 0.198 0.008 0.152 0.038 0.042 0.138 0.031 0.391 55 S 0.037 0.004 0.277 0.132 0.132 0.109 0.009 0.299 56 L 0.017 0.003 0.169 0.150 0.232 0.060 0.002 0.367 57 F 0.005 0.001 0.333 0.254 0.267 0.031 0.002 0.106 58 T 0.005 0.002 0.196 0.210 0.270 0.049 0.001 0.266 59 L 0.003 0.002 0.172 0.282 0.452 0.026 0.001 0.061 60 E 0.007 0.006 0.070 0.233 0.448 0.084 0.002 0.149 61 A 0.031 0.009 0.074 0.227 0.469 0.078 0.006 0.106 62 H 0.068 0.013 0.042 0.272 0.396 0.082 0.008 0.119 63 I 0.041 0.016 0.048 0.248 0.408 0.044 0.007 0.188 64 N 0.015 0.025 0.034 0.393 0.385 0.031 0.005 0.112 65 Y 0.033 0.028 0.031 0.194 0.362 0.037 0.012 0.302 66 L 0.050 0.038 0.056 0.162 0.416 0.060 0.009 0.208 67 H 0.038 0.034 0.046 0.286 0.308 0.067 0.012 0.210 68 E 0.009 0.009 0.007 0.021 0.033 0.017 0.004 0.900 69 V 0.090 0.029 0.075 0.131 0.223 0.072 0.019 0.360 70 K 0.080 0.018 0.024 0.096 0.089 0.165 0.018 0.510 71 L 0.034 0.015 0.041 0.083 0.126 0.049 0.014 0.638 72 G 0.057 0.016 0.059 0.114 0.142 0.109 0.037 0.465 73 T 0.240 0.004 0.046 0.080 0.071 0.154 0.030 0.376 74 E 0.018 0.001 0.038 0.067 0.065 0.070 0.004 0.738 75 V 0.031 0.001 0.051 0.290 0.535 0.051 0.002 0.040 76 W 0.007 0.001 0.086 0.379 0.365 0.023 0.001 0.140 77 V 0.001 0.001 0.063 0.448 0.437 0.007 0.001 0.043 78 Q 0.001 0.001 0.106 0.284 0.572 0.008 0.001 0.027 79 T 0.001 0.001 0.055 0.381 0.509 0.010 0.001 0.043 80 Q 0.003 0.001 0.095 0.245 0.594 0.018 0.001 0.043 81 I 0.009 0.002 0.062 0.230 0.535 0.044 0.001 0.116 82 L 0.008 0.004 0.059 0.328 0.489 0.029 0.002 0.081 83 G 0.025 0.007 0.023 0.182 0.318 0.062 0.009 0.372 84 F 0.072 0.009 0.065 0.141 0.278 0.078 0.014 0.344 85 D 0.027 0.011 0.014 0.093 0.122 0.128 0.012 0.593 86 R 0.057 0.010 0.016 0.045 0.092 0.110 0.020 0.649 87 K 0.116 0.022 0.025 0.082 0.090 0.273 0.025 0.366 88 R 0.238 0.012 0.022 0.071 0.105 0.215 0.025 0.312 89 L 0.077 0.023 0.061 0.300 0.232 0.068 0.010 0.229 90 H 0.018 0.005 0.044 0.314 0.368 0.059 0.004 0.188 91 V 0.008 0.003 0.027 0.313 0.454 0.034 0.001 0.160 92 Y 0.005 0.003 0.024 0.273 0.646 0.018 0.001 0.031 93 H 0.003 0.004 0.020 0.467 0.464 0.012 0.001 0.028 94 S 0.005 0.005 0.024 0.355 0.562 0.012 0.001 0.034 95 L 0.007 0.005 0.021 0.328 0.582 0.016 0.001 0.040 96 H 0.008 0.011 0.021 0.399 0.501 0.014 0.002 0.045 97 R 0.011 0.020 0.017 0.290 0.488 0.026 0.006 0.143 98 A 0.034 0.022 0.023 0.125 0.292 0.069 0.019 0.416 99 G 0.070 0.012 0.007 0.039 0.054 0.134 0.051 0.632 100 F 0.190 0.008 0.012 0.029 0.025 0.146 0.069 0.521 101 D 0.068 0.010 0.030 0.048 0.032 0.159 0.036 0.617 102 E 0.164 0.004 0.032 0.065 0.138 0.284 0.009 0.304 103 V 0.046 0.005 0.035 0.215 0.303 0.127 0.003 0.267 104 L 0.013 0.004 0.026 0.293 0.548 0.048 0.001 0.067 105 A 0.004 0.006 0.020 0.458 0.472 0.013 0.001 0.026 106 A 0.004 0.006 0.012 0.343 0.585 0.014 0.001 0.034 107 S 0.005 0.007 0.012 0.405 0.531 0.013 0.002 0.026 108 E 0.010 0.007 0.020 0.327 0.551 0.031 0.004 0.049 109 Q 0.015 0.008 0.022 0.375 0.511 0.029 0.005 0.036 110 M 0.025 0.007 0.044 0.302 0.548 0.028 0.005 0.041 111 L 0.007 0.006 0.041 0.437 0.439 0.014 0.003 0.054 112 L 0.004 0.004 0.073 0.412 0.440 0.011 0.002 0.053 113 H 0.004 0.003 0.075 0.347 0.489 0.013 0.001 0.068 114 V 0.004 0.003 0.078 0.315 0.459 0.023 0.001 0.117 115 D 0.004 0.005 0.042 0.325 0.414 0.027 0.002 0.180 116 L 0.018 0.005 0.052 0.097 0.297 0.060 0.007 0.465 117 A 0.029 0.003 0.012 0.025 0.059 0.574 0.011 0.287 118 G 0.255 0.007 0.011 0.024 0.030 0.218 0.029 0.426 119 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.981 120 Q 0.034 0.007 0.065 0.061 0.110 0.186 0.011 0.525 121 S 0.012 0.002 0.006 0.005 0.011 0.017 0.003 0.944 122 A 0.110 0.010 0.124 0.105 0.172 0.062 0.008 0.409 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 124 F 0.027 0.005 0.049 0.028 0.095 0.134 0.003 0.660 125 G 0.025 0.004 0.012 0.005 0.012 0.078 0.002 0.862 126 H 0.028 0.012 0.007 0.004 0.012 0.079 0.002 0.856 127 T 0.040 0.038 0.005 0.003 0.004 0.175 0.002 0.733 128 T 0.074 0.304 0.008 0.005 0.010 0.137 0.006 0.456 129 V 0.018 0.773 0.007 0.004 0.010 0.021 0.002 0.165 130 C 0.005 0.912 0.002 0.002 0.004 0.012 0.001 0.061 131 R 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 132 L 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 133 N 0.023 0.932 0.003 0.001 0.002 0.005 0.007 0.026 134 H 0.041 0.893 0.004 0.002 0.001 0.005 0.010 0.045 135 L 0.055 0.878 0.006 0.001 0.002 0.006 0.011 0.040 136 V 0.032 0.868 0.008 0.003 0.004 0.008 0.009 0.067 137 E 0.038 0.736 0.018 0.005 0.007 0.024 0.014 0.159 138 Q 0.089 0.637 0.019 0.005 0.008 0.034 0.024 0.184 139 Q 0.097 0.618 0.016 0.005 0.006 0.025 0.021 0.211 140 E 0.070 0.433 0.021 0.006 0.008 0.047 0.022 0.392 141 G 0.134 0.207 0.016 0.006 0.007 0.056 0.033 0.543 142 A 0.308 0.181 0.034 0.008 0.011 0.055 0.034 0.368 143 Q 0.115 0.136 0.027 0.008 0.011 0.066 0.037 0.600 144 A 0.148 0.090 0.050 0.023 0.031 0.066 0.009 0.584 145 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 146 Q 0.015 0.026 0.015 0.025 0.071 0.171 0.005 0.672 147 Y 0.343 0.120 0.022 0.014 0.017 0.105 0.016 0.361 148 M 0.290 0.329 0.026 0.026 0.037 0.048 0.016 0.227 149 G 0.389 0.154 0.051 0.039 0.032 0.040 0.033 0.264 150 R 0.325 0.088 0.166 0.041 0.041 0.079 0.031 0.230 151 T 0.084 0.077 0.067 0.041 0.067 0.067 0.016 0.581 152 I 0.091 0.066 0.183 0.140 0.214 0.051 0.021 0.235 153 K 0.041 0.034 0.079 0.049 0.078 0.093 0.025 0.602 154 L 0.112 0.023 0.242 0.117 0.150 0.060 0.013 0.284 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 156 A 0.006 0.003 0.019 0.025 0.088 0.065 0.002 0.791