# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 P 0.091 0.017 0.010 0.010 0.012 0.024 0.835 3 A 0.216 0.009 0.035 0.013 0.203 0.070 0.455 4 L 0.460 0.005 0.029 0.006 0.136 0.061 0.302 5 I 0.737 0.004 0.008 0.005 0.024 0.010 0.212 6 T 0.907 0.005 0.001 0.002 0.011 0.003 0.070 7 Y 0.872 0.003 0.001 0.003 0.013 0.005 0.102 8 R 0.791 0.002 0.001 0.002 0.029 0.011 0.164 9 T 0.843 0.002 0.001 0.001 0.020 0.006 0.128 10 T 0.861 0.012 0.001 0.001 0.010 0.005 0.112 11 V 0.703 0.030 0.001 0.001 0.016 0.001 0.250 12 Q 0.339 0.012 0.001 0.001 0.015 0.003 0.630 13 E 0.052 0.004 0.421 0.087 0.057 0.316 0.063 14 D 0.031 0.002 0.501 0.075 0.073 0.271 0.048 15 W 0.111 0.016 0.441 0.076 0.069 0.111 0.177 16 V 0.253 0.258 0.051 0.060 0.068 0.063 0.248 17 D 0.138 0.037 0.025 0.014 0.070 0.053 0.663 18 Y 0.023 0.007 0.079 0.036 0.068 0.738 0.049 19 N 0.013 0.004 0.062 0.028 0.080 0.778 0.033 20 G 0.064 0.005 0.069 0.036 0.387 0.289 0.150 21 H 0.239 0.084 0.028 0.100 0.110 0.080 0.358 22 L 0.361 0.179 0.013 0.071 0.066 0.046 0.264 23 R 0.193 0.017 0.011 0.150 0.171 0.164 0.295 24 D 0.086 0.003 0.008 0.453 0.211 0.125 0.114 25 A 0.033 0.001 0.004 0.887 0.019 0.011 0.045 26 F 0.034 0.002 0.003 0.933 0.008 0.006 0.014 27 Y 0.019 0.001 0.003 0.963 0.003 0.004 0.007 28 L 0.018 0.001 0.004 0.960 0.004 0.004 0.009 29 L 0.008 0.001 0.005 0.964 0.005 0.010 0.007 30 I 0.004 0.001 0.006 0.961 0.004 0.019 0.006 31 F 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.003 32 S 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.007 0.002 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 34 A 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.017 0.003 35 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.002 36 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.002 37 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 38 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.002 39 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.002 40 D 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.001 41 R 0.001 0.001 0.006 0.926 0.005 0.060 0.002 42 I 0.001 0.001 0.004 0.382 0.010 0.595 0.006 43 G 0.001 0.002 0.002 0.018 0.065 0.723 0.188 44 L 0.006 0.011 0.001 0.002 0.080 0.003 0.897 45 D 0.020 0.023 0.002 0.003 0.021 0.002 0.929 46 A 0.004 0.003 0.322 0.523 0.021 0.091 0.036 47 D 0.002 0.001 0.500 0.337 0.013 0.122 0.025 48 S 0.005 0.003 0.565 0.265 0.014 0.103 0.046 49 R 0.020 0.026 0.228 0.405 0.037 0.194 0.091 50 G 0.018 0.008 0.127 0.230 0.076 0.345 0.195 51 Q 0.022 0.006 0.098 0.244 0.129 0.343 0.158 52 S 0.020 0.004 0.041 0.086 0.215 0.510 0.124 53 G 0.037 0.003 0.016 0.021 0.262 0.456 0.206 54 N 0.147 0.010 0.005 0.020 0.128 0.023 0.668 55 S 0.567 0.026 0.003 0.022 0.068 0.015 0.298 56 L 0.856 0.007 0.002 0.021 0.023 0.006 0.085 57 F 0.916 0.003 0.002 0.016 0.009 0.002 0.052 58 T 0.952 0.001 0.002 0.010 0.008 0.002 0.024 59 L 0.940 0.001 0.003 0.010 0.010 0.005 0.031 60 E 0.921 0.002 0.004 0.015 0.014 0.006 0.038 61 A 0.927 0.001 0.003 0.011 0.012 0.009 0.036 62 H 0.833 0.005 0.007 0.025 0.022 0.039 0.069 63 I 0.866 0.003 0.002 0.010 0.008 0.008 0.103 64 N 0.901 0.005 0.002 0.008 0.011 0.008 0.066 65 Y 0.904 0.005 0.003 0.005 0.013 0.013 0.057 66 L 0.646 0.008 0.013 0.015 0.101 0.019 0.198 67 H 0.473 0.002 0.007 0.008 0.255 0.013 0.242 68 E 0.351 0.008 0.007 0.004 0.098 0.025 0.507 69 V 0.152 0.039 0.001 0.002 0.058 0.005 0.743 70 K 0.103 0.005 0.001 0.001 0.032 0.009 0.850 71 L 0.018 0.003 0.026 0.005 0.154 0.741 0.053 72 G 0.017 0.001 0.018 0.001 0.114 0.775 0.074 73 T 0.088 0.002 0.006 0.001 0.265 0.018 0.622 74 E 0.609 0.006 0.001 0.001 0.028 0.004 0.352 75 V 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 76 W 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 77 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 78 Q 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 79 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 80 Q 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 81 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 82 L 0.887 0.001 0.002 0.002 0.026 0.028 0.053 83 G 0.714 0.004 0.009 0.003 0.075 0.091 0.105 84 F 0.628 0.010 0.019 0.003 0.120 0.125 0.094 85 D 0.416 0.013 0.021 0.001 0.147 0.242 0.160 86 R 0.217 0.003 0.030 0.001 0.298 0.285 0.167 87 K 0.382 0.004 0.010 0.001 0.257 0.092 0.255 88 R 0.848 0.003 0.002 0.001 0.041 0.014 0.092 89 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 90 H 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 91 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 92 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 H 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 94 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 95 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 96 H 0.972 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 97 R 0.763 0.008 0.001 0.001 0.013 0.006 0.209 98 A 0.063 0.001 0.014 0.002 0.090 0.778 0.051 99 G 0.015 0.002 0.014 0.001 0.100 0.840 0.028 100 F 0.029 0.002 0.015 0.003 0.449 0.391 0.111 101 D 0.143 0.006 0.002 0.003 0.441 0.196 0.209 102 E 0.861 0.013 0.001 0.001 0.026 0.005 0.094 103 V 0.973 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 104 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 105 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 106 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 107 S 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 108 E 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 109 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 110 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 111 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 112 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 113 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 114 V 0.943 0.007 0.001 0.002 0.006 0.002 0.040 115 D 0.458 0.014 0.001 0.001 0.015 0.007 0.505 116 L 0.046 0.003 0.014 0.003 0.180 0.620 0.134 117 A 0.012 0.006 0.016 0.002 0.200 0.687 0.078 118 G 0.018 0.015 0.014 0.002 0.576 0.135 0.240 119 P 0.023 0.035 0.006 0.002 0.239 0.079 0.615 120 Q 0.069 0.061 0.004 0.001 0.212 0.061 0.590 121 S 0.108 0.095 0.007 0.002 0.151 0.053 0.583 122 A 0.109 0.033 0.004 0.005 0.362 0.018 0.469 123 P 0.098 0.032 0.004 0.010 0.096 0.032 0.728 124 F 0.066 0.058 0.009 0.021 0.068 0.027 0.751 125 G 0.039 0.012 0.017 0.094 0.068 0.037 0.734 126 H 0.010 0.001 0.055 0.713 0.064 0.098 0.059 127 T 0.014 0.005 0.031 0.846 0.020 0.046 0.037 128 T 0.011 0.002 0.017 0.927 0.006 0.016 0.021 129 V 0.010 0.001 0.011 0.951 0.005 0.011 0.011 130 C 0.009 0.001 0.016 0.942 0.005 0.018 0.008 131 R 0.005 0.001 0.025 0.909 0.005 0.043 0.011 132 L 0.004 0.001 0.017 0.911 0.005 0.044 0.018 133 N 0.002 0.001 0.017 0.934 0.006 0.029 0.012 134 H 0.002 0.001 0.027 0.913 0.006 0.040 0.011 135 L 0.003 0.001 0.028 0.898 0.005 0.054 0.012 136 V 0.003 0.003 0.038 0.856 0.013 0.060 0.025 137 E 0.005 0.003 0.068 0.757 0.019 0.110 0.039 138 Q 0.003 0.002 0.049 0.682 0.039 0.152 0.074 139 Q 0.003 0.004 0.063 0.537 0.066 0.131 0.197 140 E 0.003 0.003 0.076 0.355 0.060 0.375 0.128 141 G 0.004 0.002 0.099 0.154 0.096 0.506 0.139 142 A 0.013 0.008 0.027 0.058 0.348 0.078 0.467 143 Q 0.018 0.023 0.026 0.056 0.149 0.073 0.654 144 A 0.022 0.011 0.006 0.027 0.142 0.009 0.783 145 P 0.029 0.017 0.107 0.233 0.031 0.054 0.529 146 Q 0.023 0.006 0.278 0.370 0.052 0.139 0.133 147 Y 0.031 0.009 0.303 0.358 0.046 0.151 0.102 148 M 0.040 0.017 0.142 0.331 0.067 0.295 0.109 149 G 0.027 0.003 0.054 0.093 0.080 0.634 0.109 150 R 0.097 0.008 0.042 0.077 0.234 0.161 0.381 151 T 0.244 0.058 0.041 0.153 0.099 0.101 0.304 152 I 0.256 0.033 0.018 0.078 0.114 0.060 0.441 153 K 0.231 0.022 0.020 0.036 0.105 0.078 0.508 154 L 0.110 0.014 0.022 0.029 0.145 0.052 0.627 155 P 0.036 0.011 0.009 0.007 0.019 0.041 0.878 156 A 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.984