# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.433 0.191 0.009 0.236 0.003 0.008 0.018 0.007 0.007 0.015 2 P 0.082 0.317 0.116 0.022 0.201 0.028 0.050 0.066 0.050 0.040 0.028 3 A 0.118 0.224 0.087 0.017 0.346 0.016 0.030 0.057 0.051 0.030 0.024 4 L 0.237 0.127 0.014 0.006 0.414 0.017 0.027 0.052 0.027 0.028 0.050 5 I 0.232 0.135 0.018 0.005 0.525 0.003 0.006 0.008 0.005 0.024 0.038 6 T 0.289 0.102 0.015 0.007 0.427 0.014 0.023 0.024 0.013 0.033 0.056 7 Y 0.123 0.262 0.056 0.008 0.488 0.005 0.005 0.010 0.006 0.012 0.025 8 R 0.269 0.087 0.014 0.007 0.356 0.008 0.016 0.026 0.021 0.069 0.127 9 T 0.075 0.347 0.055 0.003 0.457 0.002 0.007 0.010 0.009 0.012 0.022 10 T 0.205 0.255 0.067 0.001 0.365 0.001 0.007 0.011 0.012 0.024 0.052 11 V 0.058 0.502 0.174 0.012 0.195 0.003 0.011 0.012 0.009 0.007 0.017 12 Q 0.002 0.583 0.377 0.006 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 13 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.308 0.644 0.005 0.002 14 D 0.005 0.007 0.004 0.005 0.005 0.004 0.024 0.290 0.318 0.320 0.019 15 W 0.026 0.038 0.002 0.001 0.047 0.003 0.039 0.285 0.208 0.342 0.009 16 V 0.076 0.090 0.030 0.006 0.128 0.017 0.028 0.183 0.160 0.205 0.078 17 D 0.151 0.085 0.203 0.029 0.178 0.012 0.037 0.063 0.070 0.082 0.091 18 Y 0.014 0.038 0.024 0.007 0.027 0.007 0.045 0.492 0.221 0.117 0.009 19 N 0.013 0.266 0.084 0.024 0.056 0.011 0.042 0.166 0.148 0.173 0.017 20 G 0.029 0.063 0.082 0.113 0.041 0.068 0.051 0.231 0.119 0.146 0.056 21 H 0.053 0.075 0.042 0.016 0.095 0.016 0.048 0.352 0.145 0.119 0.039 22 L 0.085 0.076 0.037 0.024 0.106 0.041 0.044 0.299 0.131 0.095 0.062 23 R 0.014 0.072 0.050 0.076 0.028 0.080 0.182 0.305 0.094 0.083 0.014 24 D 0.052 0.054 0.061 0.028 0.068 0.013 0.014 0.187 0.119 0.340 0.063 25 A 0.018 0.034 0.008 0.002 0.042 0.004 0.011 0.653 0.199 0.020 0.009 26 F 0.009 0.015 0.005 0.002 0.018 0.004 0.024 0.783 0.114 0.019 0.006 27 Y 0.010 0.015 0.004 0.003 0.018 0.003 0.008 0.843 0.076 0.016 0.004 28 L 0.006 0.008 0.001 0.001 0.015 0.002 0.007 0.896 0.056 0.004 0.004 29 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.016 0.919 0.045 0.003 0.002 30 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.910 0.056 0.018 0.002 31 F 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.861 0.110 0.008 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.931 0.050 0.002 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.932 0.044 0.006 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.899 0.071 0.021 0.001 35 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.070 0.005 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.969 0.019 0.004 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.024 0.005 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.045 0.003 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.850 0.130 0.005 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.120 0.805 0.062 0.006 0.001 42 I 0.002 0.707 0.235 0.002 0.041 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.001 43 G 0.099 0.008 0.011 0.012 0.013 0.007 0.004 0.018 0.009 0.389 0.429 44 L 0.048 0.506 0.101 0.008 0.255 0.008 0.009 0.022 0.008 0.018 0.017 45 D 0.214 0.211 0.098 0.003 0.396 0.001 0.001 0.006 0.003 0.011 0.057 46 A 0.016 0.013 0.004 0.001 0.021 0.001 0.003 0.429 0.476 0.029 0.007 47 D 0.006 0.011 0.005 0.002 0.012 0.007 0.043 0.661 0.215 0.034 0.005 48 S 0.013 0.019 0.005 0.003 0.022 0.003 0.025 0.535 0.210 0.160 0.007 49 R 0.033 0.045 0.035 0.011 0.068 0.016 0.030 0.457 0.178 0.110 0.018 50 G 0.036 0.083 0.106 0.048 0.036 0.031 0.046 0.247 0.149 0.178 0.039 51 Q 0.066 0.095 0.061 0.034 0.078 0.041 0.084 0.253 0.121 0.131 0.036 52 S 0.014 0.234 0.156 0.135 0.042 0.063 0.114 0.103 0.056 0.068 0.015 53 G 0.029 0.047 0.078 0.139 0.026 0.051 0.019 0.038 0.060 0.413 0.100 54 N 0.167 0.183 0.040 0.014 0.301 0.011 0.021 0.050 0.053 0.102 0.059 55 S 0.196 0.165 0.043 0.008 0.493 0.006 0.009 0.018 0.013 0.018 0.030 56 L 0.187 0.185 0.021 0.003 0.573 0.004 0.005 0.006 0.002 0.003 0.010 57 F 0.259 0.133 0.014 0.003 0.559 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.019 58 T 0.404 0.060 0.009 0.008 0.436 0.009 0.008 0.010 0.002 0.004 0.050 59 L 0.145 0.166 0.016 0.023 0.507 0.041 0.033 0.037 0.009 0.008 0.016 60 E 0.395 0.045 0.004 0.004 0.424 0.006 0.011 0.016 0.005 0.014 0.075 61 A 0.203 0.166 0.018 0.005 0.561 0.003 0.003 0.008 0.002 0.008 0.021 62 H 0.305 0.071 0.004 0.002 0.526 0.003 0.008 0.013 0.005 0.016 0.048 63 I 0.317 0.127 0.012 0.004 0.463 0.005 0.004 0.009 0.005 0.008 0.049 64 N 0.301 0.073 0.012 0.006 0.404 0.009 0.019 0.022 0.012 0.045 0.099 65 Y 0.240 0.168 0.041 0.007 0.428 0.004 0.008 0.025 0.015 0.028 0.035 66 L 0.173 0.104 0.042 0.032 0.196 0.032 0.059 0.097 0.092 0.102 0.072 67 H 0.027 0.344 0.295 0.064 0.123 0.027 0.030 0.049 0.019 0.013 0.009 68 E 0.163 0.151 0.051 0.008 0.258 0.012 0.020 0.067 0.058 0.124 0.089 69 V 0.130 0.387 0.094 0.010 0.246 0.011 0.017 0.036 0.021 0.017 0.030 70 K 0.062 0.193 0.482 0.058 0.099 0.018 0.006 0.016 0.013 0.027 0.026 71 L 0.002 0.017 0.013 0.114 0.005 0.166 0.537 0.114 0.026 0.003 0.002 72 G 0.014 0.012 0.015 0.034 0.008 0.015 0.006 0.016 0.072 0.669 0.140 73 T 0.033 0.513 0.080 0.003 0.263 0.002 0.008 0.024 0.031 0.036 0.005 74 E 0.369 0.059 0.005 0.001 0.513 0.001 0.005 0.004 0.004 0.008 0.030 75 V 0.171 0.148 0.014 0.005 0.643 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 76 W 0.317 0.046 0.004 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 77 V 0.294 0.100 0.007 0.003 0.557 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.030 78 Q 0.454 0.033 0.002 0.005 0.338 0.005 0.010 0.002 0.001 0.020 0.130 79 T 0.220 0.149 0.016 0.003 0.587 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 80 Q 0.150 0.168 0.010 0.001 0.639 0.002 0.002 0.004 0.003 0.006 0.016 81 I 0.660 0.010 0.003 0.001 0.190 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.125 82 L 0.024 0.034 0.015 0.101 0.051 0.398 0.250 0.056 0.031 0.023 0.017 83 G 0.297 0.142 0.113 0.012 0.232 0.004 0.003 0.007 0.011 0.073 0.107 84 F 0.162 0.084 0.025 0.161 0.137 0.120 0.030 0.050 0.051 0.071 0.109 85 D 0.031 0.062 0.088 0.332 0.055 0.146 0.083 0.047 0.060 0.070 0.025 86 R 0.108 0.085 0.026 0.022 0.151 0.013 0.022 0.077 0.148 0.247 0.100 87 K 0.111 0.147 0.022 0.008 0.228 0.016 0.050 0.101 0.114 0.156 0.046 88 R 0.246 0.124 0.027 0.013 0.376 0.017 0.037 0.037 0.023 0.045 0.056 89 L 0.324 0.087 0.006 0.001 0.544 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.027 90 H 0.203 0.121 0.014 0.004 0.610 0.005 0.006 0.010 0.003 0.005 0.020 91 V 0.437 0.054 0.004 0.001 0.460 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.033 92 Y 0.376 0.053 0.008 0.011 0.458 0.009 0.013 0.007 0.002 0.013 0.050 93 H 0.314 0.090 0.008 0.003 0.545 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.024 94 S 0.263 0.098 0.011 0.002 0.574 0.002 0.003 0.007 0.003 0.006 0.032 95 L 0.482 0.045 0.007 0.003 0.340 0.008 0.010 0.011 0.005 0.017 0.072 96 H 0.177 0.235 0.045 0.017 0.375 0.019 0.022 0.026 0.012 0.025 0.045 97 R 0.124 0.242 0.146 0.028 0.278 0.017 0.011 0.034 0.022 0.058 0.039 98 A 0.037 0.088 0.087 0.143 0.042 0.105 0.140 0.245 0.082 0.018 0.013 99 G 0.024 0.031 0.079 0.187 0.018 0.089 0.080 0.117 0.128 0.209 0.039 100 F 0.014 0.571 0.147 0.064 0.128 0.015 0.022 0.013 0.005 0.011 0.009 101 D 0.044 0.006 0.003 0.008 0.017 0.011 0.015 0.030 0.067 0.584 0.216 102 E 0.039 0.452 0.134 0.006 0.341 0.005 0.007 0.007 0.004 0.004 0.002 103 V 0.308 0.055 0.002 0.001 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 104 L 0.346 0.052 0.008 0.009 0.523 0.009 0.008 0.003 0.001 0.002 0.039 105 A 0.229 0.131 0.013 0.006 0.572 0.006 0.003 0.003 0.001 0.004 0.032 106 A 0.377 0.081 0.010 0.007 0.412 0.005 0.010 0.008 0.003 0.018 0.069 107 S 0.250 0.160 0.026 0.005 0.487 0.006 0.005 0.006 0.003 0.010 0.042 108 E 0.248 0.102 0.012 0.006 0.475 0.010 0.029 0.017 0.012 0.036 0.052 109 Q 0.372 0.096 0.008 0.002 0.483 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 110 M 0.182 0.097 0.008 0.009 0.662 0.009 0.009 0.005 0.002 0.003 0.014 111 L 0.366 0.037 0.003 0.001 0.569 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 112 L 0.164 0.101 0.006 0.003 0.697 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.018 113 H 0.431 0.041 0.004 0.001 0.443 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.067 114 V 0.079 0.435 0.065 0.008 0.312 0.011 0.012 0.013 0.008 0.026 0.030 115 D 0.187 0.187 0.059 0.002 0.524 0.001 0.003 0.005 0.003 0.007 0.023 116 L 0.029 0.025 0.021 0.006 0.026 0.010 0.025 0.376 0.413 0.053 0.016 117 A 0.005 0.078 0.085 0.059 0.019 0.098 0.290 0.252 0.079 0.031 0.003 118 G 0.029 0.333 0.242 0.082 0.102 0.009 0.011 0.023 0.016 0.118 0.037 119 P 0.065 0.201 0.229 0.025 0.096 0.014 0.017 0.065 0.047 0.132 0.108 120 Q 0.010 0.567 0.267 0.003 0.129 0.002 0.004 0.010 0.003 0.002 0.002 121 S 0.191 0.260 0.091 0.004 0.353 0.003 0.009 0.016 0.012 0.019 0.042 122 A 0.014 0.458 0.362 0.008 0.116 0.005 0.013 0.013 0.005 0.003 0.003 123 P 0.075 0.345 0.309 0.008 0.175 0.008 0.012 0.014 0.007 0.016 0.031 124 F 0.027 0.273 0.244 0.090 0.076 0.038 0.103 0.071 0.029 0.027 0.022 125 G 0.007 0.395 0.398 0.049 0.038 0.012 0.003 0.042 0.019 0.029 0.007 126 H 0.006 0.034 0.014 0.003 0.023 0.008 0.022 0.561 0.287 0.036 0.005 127 T 0.013 0.025 0.013 0.002 0.020 0.002 0.011 0.745 0.102 0.055 0.013 128 T 0.005 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.805 0.116 0.051 0.003 129 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.906 0.071 0.008 0.001 130 C 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.933 0.047 0.003 0.001 131 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.012 0.927 0.039 0.012 0.001 132 L 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.836 0.108 0.034 0.002 133 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.846 0.116 0.009 0.001 134 H 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.028 0.823 0.104 0.023 0.002 135 L 0.005 0.007 0.004 0.002 0.008 0.004 0.027 0.759 0.127 0.053 0.005 136 V 0.018 0.036 0.008 0.002 0.032 0.004 0.016 0.652 0.193 0.032 0.008 137 E 0.013 0.033 0.011 0.005 0.028 0.013 0.065 0.597 0.174 0.052 0.008 138 Q 0.038 0.073 0.044 0.008 0.073 0.012 0.084 0.391 0.136 0.118 0.023 139 Q 0.063 0.126 0.083 0.017 0.116 0.020 0.055 0.324 0.110 0.062 0.025 140 E 0.022 0.137 0.084 0.055 0.057 0.044 0.114 0.278 0.122 0.071 0.015 141 G 0.024 0.069 0.088 0.094 0.039 0.049 0.047 0.135 0.096 0.311 0.048 142 A 0.027 0.343 0.227 0.023 0.146 0.012 0.032 0.089 0.044 0.041 0.016 143 Q 0.047 0.317 0.243 0.012 0.139 0.011 0.065 0.085 0.031 0.027 0.023 144 A 0.021 0.497 0.299 0.007 0.119 0.002 0.007 0.023 0.010 0.005 0.009 145 P 0.029 0.406 0.130 0.005 0.149 0.006 0.009 0.123 0.109 0.022 0.013 146 Q 0.019 0.045 0.030 0.006 0.030 0.025 0.103 0.436 0.266 0.029 0.011 147 Y 0.032 0.032 0.024 0.026 0.026 0.023 0.063 0.271 0.134 0.325 0.043 148 M 0.062 0.276 0.059 0.067 0.148 0.050 0.094 0.107 0.044 0.056 0.038 149 G 0.026 0.015 0.012 0.039 0.017 0.060 0.041 0.084 0.156 0.432 0.118 150 R 0.032 0.381 0.178 0.008 0.209 0.003 0.012 0.080 0.058 0.030 0.010 151 T 0.249 0.143 0.021 0.002 0.345 0.004 0.020 0.090 0.054 0.026 0.047 152 I 0.096 0.248 0.035 0.010 0.352 0.017 0.040 0.084 0.057 0.030 0.030 153 K 0.251 0.075 0.026 0.006 0.247 0.009 0.022 0.056 0.049 0.148 0.111 154 L 0.077 0.422 0.223 0.009 0.212 0.003 0.008 0.020 0.005 0.007 0.015 155 P 0.088 0.338 0.150 0.027 0.175 0.019 0.029 0.047 0.028 0.051 0.048 156 A 0.057 0.316 0.153 0.023 0.162 0.017 0.030 0.091 0.085 0.038 0.029