# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.837 0.116 0.031 0.012 0.003 0.001 0.001 2 P 0.787 0.156 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 3 A 0.553 0.261 0.120 0.053 0.012 0.002 0.001 4 L 0.334 0.314 0.201 0.108 0.036 0.007 0.001 5 I 0.163 0.117 0.204 0.265 0.194 0.053 0.004 6 T 0.242 0.314 0.245 0.136 0.049 0.014 0.002 7 Y 0.127 0.134 0.174 0.241 0.227 0.090 0.007 8 R 0.146 0.202 0.214 0.215 0.150 0.064 0.008 9 T 0.085 0.156 0.195 0.245 0.203 0.104 0.012 10 T 0.057 0.179 0.255 0.265 0.158 0.074 0.012 11 V 0.014 0.022 0.048 0.165 0.357 0.337 0.058 12 Q 0.089 0.199 0.241 0.219 0.146 0.087 0.019 13 E 0.170 0.230 0.218 0.187 0.117 0.063 0.016 14 D 0.214 0.253 0.198 0.149 0.091 0.065 0.030 15 W 0.090 0.097 0.129 0.212 0.253 0.185 0.034 16 V 0.161 0.123 0.110 0.148 0.184 0.192 0.082 17 D 0.171 0.158 0.160 0.185 0.149 0.129 0.047 18 Y 0.128 0.114 0.120 0.147 0.182 0.204 0.104 19 N 0.131 0.131 0.148 0.179 0.174 0.150 0.089 20 G 0.097 0.127 0.157 0.178 0.175 0.168 0.097 21 H 0.083 0.100 0.125 0.162 0.209 0.212 0.109 22 L 0.053 0.060 0.077 0.124 0.204 0.306 0.176 23 R 0.033 0.057 0.100 0.183 0.241 0.268 0.118 24 D 0.019 0.035 0.053 0.093 0.170 0.340 0.291 25 A 0.008 0.021 0.043 0.118 0.240 0.367 0.205 26 F 0.007 0.025 0.063 0.156 0.251 0.315 0.184 27 Y 0.002 0.006 0.013 0.030 0.081 0.327 0.539 28 L 0.002 0.006 0.012 0.041 0.113 0.414 0.411 29 L 0.002 0.021 0.077 0.201 0.279 0.282 0.137 30 I 0.001 0.002 0.008 0.042 0.166 0.479 0.303 31 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.375 0.583 32 S 0.002 0.020 0.072 0.231 0.329 0.291 0.056 33 Y 0.002 0.030 0.175 0.366 0.301 0.107 0.020 34 A 0.001 0.002 0.008 0.033 0.151 0.544 0.261 35 T 0.001 0.007 0.020 0.084 0.252 0.452 0.184 36 D 0.011 0.102 0.215 0.285 0.225 0.125 0.036 37 A 0.015 0.076 0.199 0.330 0.253 0.102 0.024 38 L 0.015 0.031 0.047 0.115 0.226 0.417 0.149 39 M 0.025 0.043 0.075 0.167 0.298 0.302 0.090 40 D 0.098 0.220 0.236 0.225 0.134 0.068 0.019 41 R 0.097 0.149 0.180 0.224 0.181 0.124 0.044 42 I 0.063 0.081 0.126 0.194 0.232 0.215 0.088 43 G 0.137 0.156 0.155 0.162 0.160 0.160 0.069 44 L 0.067 0.070 0.094 0.170 0.246 0.254 0.100 45 D 0.144 0.203 0.177 0.164 0.148 0.120 0.043 46 A 0.094 0.128 0.162 0.232 0.214 0.144 0.025 47 D 0.221 0.244 0.203 0.172 0.102 0.046 0.012 48 S 0.169 0.297 0.245 0.162 0.084 0.037 0.007 49 R 0.067 0.134 0.192 0.269 0.227 0.100 0.011 50 G 0.183 0.273 0.250 0.179 0.088 0.024 0.003 51 Q 0.340 0.296 0.189 0.110 0.048 0.016 0.002 52 S 0.220 0.251 0.204 0.180 0.103 0.037 0.005 53 G 0.103 0.250 0.256 0.212 0.117 0.053 0.009 54 N 0.007 0.024 0.071 0.206 0.343 0.297 0.053 55 S 0.003 0.007 0.023 0.083 0.241 0.475 0.167 56 L 0.003 0.004 0.009 0.026 0.103 0.416 0.439 57 F 0.003 0.005 0.007 0.020 0.068 0.297 0.599 58 T 0.003 0.006 0.009 0.021 0.067 0.250 0.646 59 L 0.002 0.009 0.022 0.064 0.143 0.315 0.445 60 E 0.006 0.035 0.077 0.149 0.221 0.296 0.216 61 A 0.003 0.014 0.034 0.100 0.227 0.420 0.201 62 H 0.006 0.037 0.088 0.189 0.279 0.304 0.097 63 I 0.007 0.018 0.042 0.106 0.240 0.435 0.153 64 N 0.021 0.115 0.254 0.327 0.187 0.080 0.016 65 Y 0.013 0.026 0.057 0.165 0.347 0.344 0.047 66 L 0.058 0.165 0.252 0.269 0.178 0.069 0.010 67 H 0.152 0.265 0.247 0.190 0.103 0.039 0.004 68 E 0.224 0.343 0.249 0.127 0.044 0.011 0.002 69 V 0.053 0.072 0.133 0.283 0.315 0.134 0.010 70 K 0.195 0.349 0.249 0.128 0.054 0.021 0.003 71 L 0.114 0.185 0.213 0.259 0.172 0.052 0.005 72 G 0.219 0.347 0.244 0.130 0.048 0.010 0.001 73 T 0.133 0.288 0.260 0.198 0.091 0.027 0.003 74 E 0.058 0.276 0.346 0.217 0.081 0.018 0.003 75 V 0.004 0.017 0.045 0.160 0.369 0.358 0.046 76 W 0.004 0.058 0.216 0.385 0.246 0.076 0.015 77 V 0.002 0.008 0.019 0.072 0.210 0.539 0.149 78 Q 0.002 0.033 0.167 0.375 0.286 0.116 0.023 79 T 0.004 0.014 0.037 0.117 0.266 0.447 0.115 80 Q 0.007 0.063 0.187 0.337 0.261 0.125 0.019 81 I 0.020 0.044 0.076 0.171 0.293 0.338 0.059 82 L 0.061 0.217 0.280 0.259 0.128 0.048 0.006 83 G 0.139 0.283 0.274 0.194 0.085 0.022 0.002 84 F 0.184 0.219 0.227 0.205 0.119 0.040 0.005 85 D 0.517 0.304 0.120 0.045 0.012 0.002 0.001 86 R 0.356 0.320 0.193 0.095 0.030 0.005 0.001 87 K 0.242 0.320 0.235 0.136 0.051 0.015 0.002 88 R 0.061 0.202 0.260 0.233 0.163 0.068 0.013 89 L 0.009 0.021 0.051 0.159 0.313 0.351 0.096 90 H 0.011 0.081 0.183 0.282 0.241 0.155 0.047 91 V 0.004 0.017 0.036 0.099 0.215 0.443 0.187 92 Y 0.004 0.039 0.130 0.263 0.279 0.224 0.061 93 H 0.005 0.015 0.042 0.114 0.271 0.429 0.124 94 S 0.006 0.053 0.171 0.309 0.293 0.146 0.022 95 L 0.007 0.012 0.031 0.114 0.352 0.434 0.050 96 H 0.035 0.181 0.307 0.305 0.137 0.034 0.002 97 R 0.135 0.350 0.302 0.162 0.045 0.006 0.001 98 A 0.531 0.316 0.115 0.031 0.006 0.001 0.001 99 G 0.804 0.148 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 100 F 0.551 0.251 0.131 0.053 0.012 0.002 0.001 101 D 0.586 0.252 0.104 0.045 0.011 0.002 0.001 102 E 0.257 0.360 0.239 0.102 0.034 0.007 0.001 103 V 0.037 0.096 0.187 0.298 0.256 0.114 0.012 104 L 0.018 0.059 0.108 0.195 0.280 0.280 0.059 105 A 0.023 0.055 0.094 0.170 0.257 0.293 0.106 106 A 0.017 0.098 0.194 0.290 0.223 0.141 0.036 107 S 0.007 0.017 0.034 0.104 0.265 0.396 0.178 108 E 0.009 0.062 0.152 0.240 0.221 0.204 0.112 109 Q 0.005 0.013 0.036 0.106 0.237 0.422 0.181 110 M 0.006 0.019 0.078 0.208 0.299 0.275 0.116 111 L 0.007 0.012 0.023 0.046 0.137 0.482 0.294 112 L 0.006 0.009 0.015 0.046 0.164 0.457 0.304 113 H 0.005 0.011 0.026 0.077 0.219 0.440 0.223 114 V 0.006 0.020 0.042 0.122 0.300 0.401 0.109 115 D 0.028 0.139 0.245 0.298 0.195 0.084 0.010 116 L 0.065 0.214 0.280 0.268 0.137 0.032 0.003 117 A 0.543 0.268 0.107 0.054 0.022 0.006 0.001 118 G 0.537 0.257 0.127 0.056 0.019 0.004 0.001 119 P 0.456 0.275 0.163 0.078 0.024 0.005 0.001 120 Q 0.368 0.314 0.184 0.094 0.032 0.007 0.001 121 S 0.260 0.259 0.218 0.165 0.075 0.021 0.002 122 A 0.168 0.224 0.232 0.222 0.116 0.035 0.003 123 P 0.257 0.304 0.210 0.136 0.064 0.025 0.004 124 F 0.095 0.139 0.200 0.279 0.202 0.079 0.008 125 G 0.301 0.328 0.212 0.105 0.040 0.012 0.002 126 H 0.529 0.272 0.122 0.052 0.018 0.005 0.001 127 T 0.323 0.342 0.195 0.095 0.034 0.011 0.001 128 T 0.055 0.082 0.155 0.289 0.286 0.122 0.010 129 V 0.067 0.158 0.235 0.282 0.180 0.072 0.007 130 C 0.159 0.337 0.263 0.154 0.065 0.020 0.002 131 R 0.051 0.134 0.251 0.316 0.188 0.057 0.004 132 L 0.023 0.026 0.063 0.199 0.385 0.285 0.020 133 N 0.159 0.301 0.299 0.175 0.055 0.010 0.001 134 H 0.290 0.399 0.204 0.082 0.021 0.004 0.001 135 L 0.055 0.126 0.232 0.308 0.215 0.062 0.003 136 V 0.148 0.212 0.258 0.238 0.118 0.025 0.001 137 E 0.609 0.293 0.075 0.019 0.004 0.001 0.001 138 Q 0.613 0.234 0.098 0.043 0.011 0.002 0.001 139 Q 0.657 0.217 0.080 0.034 0.010 0.002 0.001 140 E 0.724 0.205 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 141 G 0.529 0.257 0.136 0.063 0.014 0.001 0.001 142 A 0.419 0.291 0.176 0.087 0.024 0.003 0.001 143 Q 0.553 0.294 0.102 0.040 0.009 0.002 0.001 144 A 0.165 0.206 0.249 0.248 0.112 0.020 0.001 145 P 0.158 0.193 0.235 0.242 0.136 0.034 0.002 146 Q 0.469 0.360 0.122 0.037 0.009 0.002 0.001 147 Y 0.252 0.254 0.235 0.177 0.067 0.014 0.001 148 M 0.143 0.170 0.219 0.264 0.158 0.045 0.002 149 G 0.436 0.305 0.155 0.071 0.025 0.007 0.001 150 R 0.333 0.285 0.202 0.124 0.044 0.011 0.001 151 T 0.196 0.254 0.228 0.181 0.103 0.036 0.003 152 I 0.102 0.112 0.180 0.276 0.229 0.092 0.009 153 K 0.386 0.351 0.169 0.066 0.021 0.006 0.001 154 L 0.245 0.216 0.209 0.195 0.105 0.028 0.002 155 P 0.597 0.247 0.088 0.044 0.017 0.006 0.001 156 A 0.354 0.202 0.180 0.155 0.082 0.025 0.003